Software Applications
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AutoQSAR
ベストプラクティスに基づくQSAR予測モデルの自動生成と解析
AutoQSARを用いて高品質なQSARモデルを自動生成することで、構造活性相関の解析が極めてシンプルにできるようになります。
> Learn More BioLuminate
バイオ医薬品創出やタンパク質モデリングのための包括的なソリューション
BioLuminateはバイオ医薬品の創出やタンパク質構造を含む系の解析を目的とした新しく直感的なユーザーインターフェースで、優れたモデリングアルゴリズムをシームレスに操作することができます。
> Learn More Canvas
ケモインフォマティックス・コンピューティングの統合環境
Canvasは、様々な用途で比類のないパフォーマンスを発揮する革新的な技術に基づいて開発されたケモインフォマティックスのソフトウェアスイートで、研究者が直面する幅広い問題の解決に役立てることができます。
> Learn More CombiGlide
リード化合物の探索や最適化のための、コンビナトリアル分子構造生成とコアホッピングツール
CombiGlideは、リガンド−受容体間の相互作用を評価する正確なスコア関数と優れたコンビナトリアル・ドッキングアルゴリズム、高効率なコアホッピング機能を組み合わせた技術で、フォーカストライブラリのデザインや新規母核同定に利用することができます。これらの技術はリード化合物探索や最適化研究を大きく前進させます。
> Learn More ConfGen
正確で効率的な生理活性コンフォメーション探索
高速で正確なConfGenを用いると、リガンドの生理活性コンフォメーションを最低限のサイズのコンフォマーセットで再現でき、バーチャルスクリーニングなどの以降の作業に費やす時間と労力を削減することができます。
> Learn More Core Hopping
リガンド構造やリガンド−受容体複合体構造に基づいた、リード最適化のための網羅的な母核探索
これまでのリガンドベースの新規母核探索手法に加えて、Core Hoppingでは受容体の活性サイトや既知結合ポーズの情報を用いた受容体構造ベースの新規母核探索を行うことができます。
> Learn More CovDock
共有結合リガンドの結合ポーズ予測とドッキングスコアを算出するオールインワンのワークフロー
Glideの高精度ドッキング機能にPrimeの高性能なタンパク質構造リファインメント機能を組み合わせることにより、GovDocは共有結合リガンドの精度の高いドッキング予測とスコアリングを行うオールインワンのワークフローを提供します。
> Learn More Desmond
高速分子動力学シミュレーション
Desmondはスピードと精度の両方を持ち合わせた、長いタイムスケールのシミュレーションが可能な分子動力学シミュレーションプログラムです。それにより、生物学や創薬の研究で重要な事象の解析が可能になります。Maestroとシームレスに連携しており、計算のセットアップからシミュレーション計算の実行、解析まで一連の作業を行うことができます。
> Learn More e-Pharmacophores
エネルギー的に最適化した受容体構造ベースの3Dファーマコフォア生成ツール
e-Pharmacophoresは、Glide XPの結合エネルギー項を用いてファーマコフォア・スクリーニングのスピードを取り入れた受容体構造ベースのファーマコフォアを生成する新しいアプローチです。
> Learn More Epik
高速で信頼性の高いpKa予測
信頼性が実証されているハメット・タフト則と強力なトートマー予測ツールの組み合わせにより、Epikは生体内の環境で取り得るリガンドのプロトン化状態の正確な生成を行います。
> Learn More FEP+
新規医薬品創出を目的とした高性能な自由エネルギー摂動計算
FEP+は、高精度の力場（OPLS3）とGPUの高速性を活用した高性能サンプリングアルゴリズムを組み合わせた自由エネルギー摂動計算（FEP）プログラムです。極めて高い精度での結合自由エネルギー予測を実現し、受容体構造を利用した創薬プロジェクトに大きく貢献します。
> Learn More Field-Based QSAR
リガンド構造に基づいた定量的構造活性相関による新規リード化合物探索、最適化ツール
Field-Based QSARは、リガンドベースの創薬プロジェクトにおいて新しい可能性を広げるツールです。Field-Based QSARはアラインメントされた活性、非活性化合物のリガンド構造をトレーニングセットに用いて、化学的な特性を記述する力場やガウシアンフィールドに基づき各リガンドの活性値を予測します。
> Learn More Glide
リガンド−受容体ドッキングのための卓越したソリューション
Glideは、数百万化合物に対するハイスループット・バーチャルスクリーニングを行うスピードを重視したモードから精度を重視したモードまで、作業ニーズに応じた計算オプションを選択することができます。どの計算モードにおいても活性化合物を上位に濃縮することができる高性能ドッキングソリューションです。
> Learn More Induced Fit
受容体活性サイト内のインデュースドフィット（誘導適合）を考慮した、正確で高速な新しいドッキング手法
リガンドの受容体結合時に結合サイトの構造が変化する場合、受容体を剛体として扱う一般的なドッキング計算では正しい結合ポーズを予測できない事があります。Induced Fitは、GlideとPrimeの機能を組み合わせた独自の手法により、受容体の構造変化を考慮したドッキング計算を実現します。
> Learn More Jaguar
高速ab initio量子化学計算パッケージ
Jaguarは、気相、液相の両方のシミュレーションに対応している高性能なab initio量子化学計算パッケージです。特に金属を含む系に適した機能を有しており、これにより実際の系を正確に計算、評価できるプログラムになっています。
> Learn More KNIME Extensions
ワークフロー自動化とデータ解析を簡単に行うための、柔軟な設定が可能で多彩なモジュールを持つフレームワーク
広く使われているオープンソースソフトウェアであるKNIMEのインターフェース上で個々の”ノード”を組み合わせることで、構造の準備やトレーニング・テストセット選択から、検証された予測モデルまでを繋げる一連のワークフローを簡単に作成できます。多様なタスクを効率的に処理できるという点で、Schrödinger KNIME Extensionsはモデリングやケモインフォマティクスに必要不可欠なツールです。
> Learn More LigPrep
さまざまな用途で利用可能な正確な3D分子モデル生成ツール
LigPrepは単なる2D構造の3Dへの変換だけでなく、互変異性や立体異性、イオン化状態を考慮した構造を生成することができます。さらにエネルギーの極小化や柔軟性の高いフィルタリング機能を持ち、必要に応じてカスタマイズしたリガンドライブラリを作成することで、Glideによるドッキング計算やPhase による3Dファーマコフォアを用いたスクリーニングなどの解析を効率的に行うことができます。
> Learn More LiveDesign
複数のサイト・企業にまたがる共同研究プロジェクトにも対応した、次世代の創薬研究プラットフォーム
LiveDesignを用いることにより、研究プロジェクトの進捗状況をリアルタイムで把握する事が可能になります。研究者の全ての着想を記録、解析、優先順位付けすることが容易にできるため、研究開発の大幅なスピードアップと効率化を図ることができます。
> Learn More MacroModel
多様な研究に対応するフル機能を備えた分子モデリングプログラム
MacroModelは、優れた力場パラメータや正確かつ効果的な溶媒和モデル、高度な配座探索機能に加え、操作性に優れるMaestroユーザーインターフェースにより計算化学を初めて行う人から上級者の方まで幅広い研究ニーズに対応できる分子モデリングパッケージです。
> Learn More Maestro 11
全面的に刷新された汎用分子モデリング環境
Maestro 11は、デザインを全面的に刷新した全Schrödinger製品のインターフェースです。長年用いられてきたMaestroの可視化および解析ツールのユーザビリティが大幅に強化されたMaestro11は、全ての研究者が多彩な分子モデリングを行える統合環境です。
> Learn More Membrane Permeability
リガンドの3D構造を利用した高精度な受動的膜透過性予測
PrimeのMembrane Permeabilityは、リガンドの受動的膜透過性が脱溶媒和エネルギーとイオン化状態のエネルギーに依存しているという物理モデルに基づいた膜透過性予測ツールです。リガンド構造の配座探索を行い、水溶液中と生体膜中の各環境におけるエネルギーの差を算出することで精度の高い受動的膜透過性の予測を行うことができます。
> Learn More MS Combi
材料向けコンビナトリアル化合物ライブラリの自動生成
MS Combi を使うことにより、 Schrödinger で培われた化合物構造発生テクニックを最大限活用して高速に化合物構造データライブラリを作成できます。作成されたライブラリは様々な分野のハイスループットナノスケールシミュレーションで利用可能です。
> Learn More MS Jaguar
高速な第一原理電子状態計算パッケージ
MS Jaguar は化学反応や材料特性を予測する強力なツールです。計算で得られる特性情報は材料やデバイスの作成・運用や不良要因とも関連が深く、また新材料の探索や最適化にも応用できます。Jaguar のスピードと精度により、高効率で安定した実践的化合物シミュレーションが実現します。
> Learn More OPLS3
ケミカルスペースを広く網羅する革新的な力場パラメータ
正確な力場パラメータの作成はSchrödingerの最も注力している研究分野です。OPLS3はその集大成となるもので、低分子だけでなくタンパク質や核酸に対しても精度の高いパラメータを持っており、ケミカルスペースを広く網羅しています。
> Learn More Phase
リガンド構造に基づいたドラッグデザインのための高性能プログラム
Phaseは、さまざまなアプローチで3Dファーマコフォアモデリングを行うことができるプログラムパッケージです。リガンド構造を利用したファーマコフォア生成だけでなく、受容体との複合体構造やリガンド結合ポケットの構造を入力データとすることもできます。高速、高精度で柔軟な設定が可能なPhaseはヒット化合物探索やリードホッピングを行う際の強力なツールとなります。
> Learn More PIPER
最先端のタンパク質−タンパク質ドッキングプログラム
PIPERは形状の相補性、クーロン力、脱溶媒和効果などのタンパク質−タンパク質相互作用を正確に見積もる独自のスコアリング関数を持ち、タンパク質間の相互作用エネルギースコアを高速フーリエ変換（FFT）を用いて計算することで、信頼性の高い正確なタンパク質−タンパク質複合体構造モデルを生成します。
> Learn More PLDB
高い拡張性を持った、タンパク質の三次元構造およびタンパク質−リガンド相互作用のデータベース
PLDBは、様々なカスタムワークフローに組み込んで利用することができる、拡張性の高いタンパク質構造データベースです。PDBやin-houseの構造データに対して、複雑な構造モチーフやタンパク質−リガンドのパターンをクエリとした柔軟な検索ができます。
> Learn More Prime
パワフルで革新的な、高精度タンパク質構造予測プログラムパッケージ
Primeはアミノ酸配列のホモロジー検索、アラインメントから構築した3D構造の精密化までの機能を一体化したタンパク質のための統合的な構造予測プログラムです。初心者でも直感的なインターフェースを用いてモデル構造を構築することができる一方で、エキスパートユーザも予測精度を高めるためにループ部分や側鎖構造の構築などの計算条件を詳細に設定することができます。Primeは、タンパク質構造に基づくドラッグデザイン（Structure-Based Drug Design; SBDD）に必要とされる正確な受容体構造を構築するためのパワフルで完成されたツールです。
> Learn More PrimeX
正確なタンパク質結晶構造リファインメントを行う包括的なパッケージ
X線結晶構造を用いたシミュレーションを行う際、水素原子を付加した後や高エネルギーの原子間接触を取り除くために、エネルギー極小化計算を行う必要があります。しかし、その際にはX線回折データを用いないため、初期構造によってはリファインメント後の構造が回折データから外れてしまうことがあります。PrimeXは最先端のリファインメント・アルゴリズムにより、水素原子を含んだ精度の高いall-atomのタンパク質構造を、X線回折データを利用して準備することができます。
> Learn More Protein Preparation Wizard
シミュレーションに適したタンパク質構造の調整を行い、
信頼性の高いall-atomのモデル構造を作成するための使いやすいツール
Protein Preparation Wizardはプロジェクト初期段階で役立つツールです。X線結晶構造を用いてシミュレーションを行う場合、水素原子の付加や欠損した側鎖やループ構造の構築、側鎖のフリップ状態の最適化、プロトン化状態の予測など、さまざまな調整が必要です。Protein Preparation Wizardは、これらのX線結晶構造の問題点を調整し、Glideによるドッキング計算やDesmondによる分子動力学計算などのモデリング研究に適した構造を簡単に準備することができます。
> Learn More PyMOL
分子構造を用いた共同作業を行うための、美麗で高機能な分子表示ソフトウェア
PyMolは世界中で数万人の研究者が、分子データの表示、共有および解析に利用しているソフトウェアです。軽量高速で簡単に美しい分子画像を作成できるだけでなく、Pythonベースでの開発による柔軟性と拡張性を持っています。
> Learn More QikProp
医薬品候補化合物探索のための高速ADME特性予測
薬物動態（ADME）特性を考慮し、研究の初期段階で問題のある化合物を取り除くことは、医薬品開発の成功確率の向上と開発コストの削減に重要です。QikPropは1時間あたり50万化合物以上のスピードで創薬に関連する物性値の評価を行う、リード生成と最適化に必須のツールです。
> Learn More QM-Polarized Ligand Docking
Glideの性能とQSiteの正確性を組み合わせた、新しい研究のソリューション
QM-Polarized Ligand Dockingは、これまでにないアルゴリズムを持つプログラムで、ab initio法を使ってタンパク質の環境を考慮したリガンド電荷計算を行い、ドッキング計算を実行します。革新的で実践的なQM-Polarized Ligand Dockingを用いることで、純粋なMMドッキングアルゴリズムと比較して精度の高いドッキング計算が可能になります。
> Learn More QSite
高速QM/MMプログラム
QSiteは量子力学をタンパク質の反応中心に適用し、分子力学法をその他の部分に適用して計算を行います。これによりタンパク質が関わる反応の詳細が理解できるようになり、リード最適化の強力なツールになります。
> Learn More Shape Screening
分子形状に基づき構造の重ね合わせと類似性検索を行う、高速で効率的なツール
Shape Screeningは新規リード化合物の発見を目的として、大規模化合物データベースから既知リード化合物に類似した形状や静電的な特徴を持つ化合物を高速にスクリーニングできるツールです。
> Learn More SiteMap
精度と高速性を兼ね備えた実用的なリガンド−受容体結合部位の同定ツール
リガンド結合部位を高速に同定できる新しいアルゴリズムと、使い勝手のよい可視化ツールによる評価機能を併せ持つSiteMapは、リガンド結合部位の同定とその特徴の理解に役立てることができます。
> Learn More WaterMap
リード最適化の新しいパラダイム
WaterMapは、タンパク質のリガンド結合サイトにおける水和構造と、その水分子のエネルギー的な特性を予測します。リガンド結合サイト内の水分子の影響を考慮することで、最適なリガンドをデザインするための新しいアイデアに繋がります。
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