초록:
‘계산 생물학(Computational 분자모델링 )’ 수강생들은 정적인 교과서 삽화만으로는 이해하기 어려운 분자 상호작용을 효과적으로 시각화하고 파악할 수 있습니다. 이 라이트닝 토크는 ‘ Schrödinger ’ 교육용 모델링 도구를 활용하여 단백질-리간드 상호작용을 소개하는, 수업에서 바로 활용할 수 있는 간단한 도킹 실습을 제시합니다. 학생들은 표적 단백질을 시각화하고, 그 활성 부위를 파악하며, 소분자 리간드를 준비한 뒤 기본적인 도킹 계산을 수행함으로써 이 과제를 완료합니다. 그 후, 결합 자세를 분석하여 형태적 상보성, 소수성 접촉, 수소 결합과 같은 중요한 상호작용을 파악합니다. 필요한 컴퓨터 자원이 적기 때문에 이 실습은 한 수업 시간 내에 완료될 수 있도록 설계되었습니다. 이 실습은 약리학, 의약화학 또는 생화학 분야의 학부 과정에서 간단한 실험 실습이나 시연으로 활용될 수 있습니다. 기술적인 복잡성보다는 분자 인식과 구조 기반 신약 개발에 대한 개념적 이해에 중점을 둡니다. 학생들은 이 방법을 통해 추상적인 개념을 실제 신약 개발 응용 사례와 더 잘 연결할 수 있으며, 이는 현재 교육 과정에 계산 모델링을 효과적으로 접목할 수 있는 유용한 방안을 제공합니다.

학생용 참고 자료:
단백질-리간드 상호작용을 살펴보는 간단한 워크시트, 1페이지 분량의 도킹 튜토리얼, 그리고 샘플 단백질 및 리간드 파일.

발표자:
파비트라 라마무르티
B. S. 압두르 라흐만 크레센트 과학기술연구소