거대고리 모델링

거대고리 모델링을 위한 종단간 물리 기반 솔루션

슈뢰딩거의 거대고리 모델링 워크플로는 단일 플랫폼에서 거대고리 설계, 구조 샘플링, 도킹 및 최적화에 물리 기반의 정확성과 확장 가능한 자동화 기능을 제공합니다.

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거대고리 화합물을 위해 개발된 모델링 기법이지만, 해당 화합물에 적합하지 않음

0.40Å

거대고리 샘플링 정확도에 대한 백본 RMSD 중앙값

65% → 88%

도킹 성공률

1.06

다양한 거대고리 계통에 걸친 kcal/mol 단위의 RMSE

슈뢰딩거의 종단 간 매크로사이클 파이프라인

거대고리형 리간드, 고리형 펩타이드 및 제약 조건이 적용된 유사체를 더욱 자신 있게 탐구해 보세요.

아이디어 구상

선형 리드를 매크로사이클로 자동으로 변환합니다.

사용자 정의 또는 자동 정의된 결합 지점 간의 일반적인 링커 화학 구조를 열거하는 자동화된 매크로사이클화 워크플로우
내장된 링커 및 단백질 측쇄 라이브러리 또는 사용자 지정 라이브러리 사용
최적의 후보자를 선별하기 위한 물리 기반 평가 방식

구조 샘플링

다른 시료 채취 방법을 제한하는 자연적인 운동학적 장벽을 극복하십시오.

프라임 매크로사이클 샘플링(Prime-MCS)은 다양한 매크로사이클 화합물에 대해 사전에 정확한 구조적 앙상블을 생성하는 데 효과적인 샘플러입니다.
국소적 거대고리 구조 공간의 견고한 탐색을 위한 매크로모델
용질 템퍼링을 적용한 복제 교환(REST) 분자 동역학 시뮬레이션은 크고 유연한 고리형 펩타이드에 대한 샘플링 범위를 확장한다
매크로사이클의 안정성을 예측하기 위한 메타다이나믹스 시뮬레이션에 사용되는 데스몬드

바인딩 자세 예측

크고 유연한 고리를 위해 특별히 설계된 도킹 기술 — 단순히 소분자 워크플로우를 억지로 적용한 것이 아닙니다.

전문적인 매크로사이클 고리 샘플링을 활용한 글라이드는 대규모 가상 스크리닝을 가능하게 합니다
MacroDock은 전용 매크로사이클 샘플링 기술과 Glide 도킹을 결합한, 고정밀 매크로사이클 도킹을 위해 특별히 설계된 솔루션입니다.
폴드 앤 도킹(fold and dock) 접근법을 이용한 크고 유연한 고리형 펩타이드의 도킹을 위한 펩타이드 워크플로우 (미정)

결합 친화도 예측

소분자 분야에서 그 신뢰성을 입증받은 것과 동일한 정밀한 FEP+ 엔진이, 이제 거대고리 및 펩타이드 계열에 대해서도 검증되었습니다.

FEP+를 위한 동족체 거대고리 계열의 리간드 정렬 및 시스템 조성을 위한 전용 솔루션
FEP+는 선형 구조에서 거대고리 구조로의 전환 및 기타 고리 폐쇄 반응에 대한 친화도를 정확하게 예측합니다.
FEP+에서 구조적 에너지 장벽을 가로지르는 샘플링을 위한 용질 템퍼링(REST)을 통합한 복제 교환
새로운 매크로사이클 화학에 대한 맞춤형 비틀림 매개변수 지원
다수의 발표된 펩타이드 및 비펩타이드 거대고리 계열 전반에 걸친 강력한 후향적 성과

투과성 예측

고리 구조를 합성하기 전에 반드시 경구 생체이용률을 평가하십시오.

Prime-RRCK는 실험적으로 얻은 거대고리형 RRCK 투과성 데이터에 대한 고처리량 모델링을 가능하게 합니다.
순환 펩티드의 수동적 투과 및 능동 수송 분류

마이크로사이클에 특화된 모델링이 필요한 이유

거대고리 화합물은 소분자와 생물학적 제제 사이의 독특한 화학적 영역을 차지하며, 이로 인해 일반적인 소분자 모델링 소프트웨어에 내재된 가정들이 종종 깨지곤 합니다. 이러한 화합물의 제한된 고리 구조는 효능, 선택성 및 표적 결합력을 향상시킬 수 있지만, 동시에 다음과 같은 독특한 모델링상의 과제를 야기하기도 합니다: