アイデア創出
線形リードを自動的にマクロサイクルに変換する。
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ユーザー指定または自動定義された結合点間の一般的なリンカー化学構造を列挙する、自動化されたマクロサイクリゼーション・ワークフロー
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組み込みのリンカーおよびタンパク質側鎖ライブラリ、またはご自身のものを持ち込むことも可能です
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最適な候補者を特定するための物理ベースの評価手法
コンフォメーションサンプリング
他のサンプリング手法の限界となっている、物理的な障壁を克服する。
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プライム・マクロサイクル・サンプリング(Prime-MCS)は、多様なマクロサイクル化合物について、事前の情報に基づいて正確な立体配置アンサンブルを生成するための効率的なサンプリング手法である。
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局所的なマクロサイクル立体配置空間を堅牢に探索するためのマクロモデル
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溶質テンパリングを伴うレプリカ交換(REST)分子動力学シミュレーションにより、大規模で柔軟性の高い環状ペプチドへのサンプリングが拡大される
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マクロサイクルの安定性を予測するためのメタダイナミクスシミュレーションにおけるデズモンド法
バインディング姿勢の予測
大型で柔軟なリングに特化したドッキング技術 ― 低分子向けのワークフローを無理に適用したものではありません。
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Glideと、マクロサイクル環に特化したサンプリングを組み合わせることで、大規模なバーチャルスクリーニングが可能になります
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MacroDockは、専用のマクロサイクルサンプリング技術とGlideドッキングを組み合わせた、高精度なマクロサイクルドッキングに特化したソリューションです。
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フォールド・アンド・ドッキング法を用いた、大きく柔軟な環状ペプチドのドッキングのためのペプチドワークフロー(未定)
結合親和性の予測
低分子化合物においてその信頼性が実証されてきた、この厳格なFEP+エンジンが、今回、大環状化合物およびペプチド系化合物についてもその有効性が確認されました。
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FEP+向けの同族マクロサイクル系列のリガンドアラインメントおよび系調製に特化したソリューション
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FEP+は、直鎖型からマクロサイクルへの転移やその他の環閉鎖反応に対する親和性を正確に予測する
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FEP+における立体配置エネルギー障壁を横断するサンプリングのための、溶質テンパリングを伴う統合型レプリカ交換(REST)
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新規マクロサイクル化学におけるカスタムトーションパラメータのサポート
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これまでに報告されている複数のペプチド系および非ペプチド系マクロサイクル化合物群において、優れた遡及的性能が確認された
透水性の予測
環を合成する前に、経口バイオアベイラビリティのスクリーニングを行ってください。
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Prime-RRCK により、実験的に得られたマクロサイクル RRCK 透過性データの高スループットモデリングが可能となる
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環状ペプチドの受動透過性と能動輸送の分類