FEP+を用いた創薬のための自由エネルギー計算

FEP+を用いた創薬のための自由エネルギー計算


低分子化合物のリード化合物最適化に向けた、相対結合FEP+計算の実行、解析、およびトラブルシューティング

詳細
利用可能な言語
中国語、英語、日本語、韓国語
所要時間
所要時間:3週間/約15時間
レベル
上級
費用
学生以外のユーザーは1510ドル
学生・ポスドク:915ドル
コースの期間
コースに登録する際、ご希望の開始日と終了日を選択することができます。その期間中は、ご自身の都合に合わせて、非同期形式でコースにアクセスし、学習を進めることができます。

概要

計算手法は、低分子とタンパク質ターゲットとの結合親和性を予測することで、創薬活動を推進するのに役立ちます。シュレーディンガーのFEP+などの自由エネルギー摂動法は、創薬において結合親和性を正確に予測することができます。しかし、これらは高度な計算であり、その活用には専門知識が必要です。 計算化学者や創薬デザイナーは、FEP+の実践的なトレーニングを受けることで、ベストプラクティスを確実に適用し、結果に対して徹底的な分析を行うことができます。本コースでは、シュレーディンガーのFEP+の仕組みの概要を学び、相対結合親和性FEP+技術を複数のデータセットに適用し、一般的な分析手法を実践します。

このコースは、資格やバッジを取得することで、キャリアアップを図り、履歴書を充実させたい方に最適です。

  • シュレーディンガーの業界をリードするFEP+を実際に操作してみましょう
  • 進行中のプロジェクトに直接応用できる手法を学ぶことで、研究プログラムをスムーズにスタートさせましょう
  • FEP+マップの生成からpKaの補正に至るまで、さまざまなトピックを学びます
  • 新しい化合物を設計し、将来性を予測するFEP+を実施することで、本コースの学習内容を確実に習得していることを示すケーススタディを完成させる
  • コースの課題やコースに関する質問について、シュレーディンガー・エデュケーション・チームの専門家によるレビューやフィードバックを活用できます
  • コース期間中は、ご自身の都合に合わせて、いつでも自由に教材に取り組んでください。

 

本コースでは、コース受講に必要なライセンスおよび計算リソースが備わった、Web版シュレーディンガー・ソフトウェアへのアクセス権が付与されます:

要件
  • 安定した高速インターネット接続(8 Mbps以上)が利用できるコンピュータ
  • マウスおよび/または外部モニター(推奨されますが、必須ではありません)
  • 一般化学の実務知識
  • Maestroの実務知識。本コースでは、シュレーディンガーのグラフィカルユーザーインターフェースであるMaestroの操作方法については解説しません。Maestroの使用に慣れるため、当社の「Maestro入門」リソースをぜひご一読ください。
認証
  • シュレーディンガー講座の責任者が署名した証明書
  • LinkedInなどのソーシャルメディアに投稿できるバッジ
背景柄

学習内容

自由エネルギー摂動の基礎

自由エネルギー摂動法の背景にある歴史や理論、およびそれらがすでに創薬プログラムにどのような影響を与えているかについて理解を深める

FEP+用の構造体の準備

相対結合FEP+ジョブに向けたタンパク質およびリガンドの調製に関するベストプラクティス

一般的なトラブルシューティングの手法

FEP+の性能向上に向け、シミュレーション時間の延長、pKa補正、カスタムコアの活用、およびREST領域へのタンパク質残基の追加について検討する 

プロジェクトへのFEP+の適用

実践的なケーススタディを通じて、独自の脾臓チロシンキナーゼ(Syk)阻害剤を設計し、FEP+を用いてその特性を前向きに解析するスキルを活かしてください。

モジュール

モジュール1
2時間

自由エネルギーの摂動に関する概要と背景説明

動画
動画

コース概要:FEP+を用いた創薬のための自由エネルギー計算

チェックポイント
チェックポイント

名誉規範に関する同意書

動画
動画

自由エネルギー摂動法およびFEP+法入門

チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール2
4時間+計算時間

FEP+用の構造体の準備

動画
動画

FEP+のベストプラクティスと構造体の準備の重要性

動画チュートリアル
動画チュートリアル
  • タンパク質の調製と検証
  • リガンドの調製と配向
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール3
3時間+計算時間

相対結合FEP+:計算の設定と実行

動画チュートリアル
動画チュートリアル
  • FEP+パネルの概要
  • マップの生成および遡及的な相対結合親和性FEP+計算の実行 
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール4
4時間+計算時間

FEP+ジョブの分析とトラブルシューティング

動画チュートリアル
動画チュートリアル

FEP+の結果分析 

課題
課題

相関プロットの作成

チュートリアル
チュートリアル

FEP+の結果に関するトラブルシューティング

チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール5
2時間+計算時間

低分子医薬品の設計:FEP+を活用したケーススタディ

チュートリアル
チュートリアル
  • 新規化合物の設計および相対結合親和性のFEP+計算の実施
  • FEP+マップの統合:新規化合物および以前に検証済みの化合物の解析
課題
課題

ケーススタディの結果を検討し、議論する

コース修了
コースの修了と認定

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私たちは次世代の科学者を誇りを持って支援しており、経済的な余裕のない方々にも機会を提供することに尽力しています。学生、ポスドク、あるいは産業界の科学者として、当社のオンライン認定コースを受講するための資金援助制度についてご確認の上、今すぐお申し込みください!

卒業生の声

「このコースでは、FEP+計算の基本原理とワークフローが明確に解説されていました。創薬において計算モデリングの活用に関心のある方には、このコースを強くお勧めします。」
ケイト・コステノヴァ 博士研究員
「コースの冒頭で、構造の品質評価にこれほど重点が置かれていることに、嬉しい驚きを感じました。これは、プロジェクトを急いで立ち上げる中で、実務では……見過ごされがちな側面ですが、私としては非常に重要だと感じています。」
イヴァン・セルゲイェフ ROME Therapeutics 計算化学部門主任研究員
「構造に基づく創薬における計算化学の応用についてさらに学びたい方には、シュレーディンガーのオンライン講座を強くお勧めします。」
計算化学の大学院生
「わかりやすい説明のおかげで、[…] 難しい作業も非常に簡単にこなせるようになりました。そこで得た知識のおかげで、現在のプロジェクトの実験計画を立てたり、関連する論文を理解したりするのが、以前よりもずっと速くできるようになりました。」
アンナ・ドゥデク 長庚医療財団 博士研究員
「実践的な演習や実例に基づくケーススタディは特に有益で、FEP+に関する理解を深めるとともに、リード化合物最適化のための計算ワークフローにFEP+を組み込む方法をしっかりと身につけることができました。これは素晴らしい学習体験であり、合理的な創薬においてFEP+を活用する自信をさらに深めることができました。」
ヘイル・ハスデミル イリノイ大学
「FEP+を使った自由エネルギー計算に関する知識とスキルを再確認できて嬉しかったです。このコースは、今後のプロジェクトで間違いなく役立つでしょう。」
ニコライ・クズミッチ ワイツマン科学研究所
「このコースを受講したことで、自分の研究において相対結合FEPを応用する機会を得ることができました。また、参照化合物の実験的親和性に基づいて、新たな設計においてより正確な結合親和性を予測できると確信しています。」
アニルード・マノジおよびシンデュ・タンガラジ ジュビラント・バイオシス社

コースのバッジと修了証で、新たに身につけたスキルをアピールしましょう

当社の分子モデリングコースを修了し、学んだことを同僚や雇用主に共有する準備が整ったら、LinkedInのプロフィールに修了証やバッジを掲載することができます。

よくある質問

オンライン講座の受講料はいくらですか?

受講料はコースごと、および受講者の種類によって異なります。これらのコースを受講希望の学生の方には、入門コースが150ドル、材料科学のセットコースが305ドル、上級コースが870ドルの学生割引価格をご用意しています。一般の受講者の場合、入門コースは575ドル、上級コースおよびセットコースは1435ドルとなります。

コースはいつから始まりますか?

コースはセッション制で運営されており、各セッションは3~6週間の期間で、その間、受講生はコースの受講やソフトウェアの利用が可能です。各コースのページで、セッション日程や開始日をご確認いただけます。

講義は何時からですか?

コースのセッションが始まると、すべての講義は非同期形式となり、自分のペースで視聴できる動画やチュートリアル、課題などを都合の良い時に利用することができます。

このコースの受講料はどうやって支払えばいいですか?

受講をご希望の方は、登録手続きを完了し、クレジットカード決済ポータルをご利用いただくことで、即座にコースのお支払いが可能です。デビットカードはご利用いただけませんので、クレジットカードが必要となります。なお、ご要望に応じて発注書を発行することも可能です。このオプションをご希望の場合は、online-learning@schrodinger.com までメールにてご連絡ください。コースのお支払い方法についてご質問がある場合は、当サイトの「支払い方法」ページをご覧ください。

登録する前に、コースの内容をどのように確認できますか?
学生向けの奨学金の制度はありますか?

シュレーディンガーは、経済的に恵まれない学生を支援することに尽力しています。シュレーディンガーの使命は、治療薬や材料の発見方法に変革をもたらすことで、人々の健康と生活の質を向上させることです。シュレーディンガーは、次世代の科学者を支援できることを誇りに思っています。当社は、経済的支援を必要としていることが証明でき、かつ指導教員からの推薦状を提出できる、フルタイムの学生またはポスドクを対象とした奨学金プログラムを設立しました。 当奨学金プログラムの応募資格を満たす方は、ぜひ申請フォームにご記入ください!

コース終了後も教材は引き続き利用できますか?

コースが終了するとソフトウェアへのアクセスは終了しますが、コース内の教材の一部(スライド、論文、チュートリアルなど)はダウンロード可能となっており、コース終了後も参照することができます。一方、動画、クイズ、ソフトウェアへのアクセス権などのその他の教材は、コース期間中のみ利用可能です。

このコースを受講するには、そのソフトウェアへのアクセス権が必要ですか? ソフトウェアは別途購入する必要がありますか?

コース期間中は、Maestro、Bioluminate、Materials Science Maestro、および/またはLiveDesign(コースによって異なります)のウェブ版をご利用いただけます。ソフトウェアの利用権を別途購入する必要はありません。コース終了とともにソフトウェアへのアクセスは終了しますが、コース内の資料の一部(スライド、論文、チュートリアルなど)はダウンロード可能となっており、コース終了後も参照することができます。 動画、クイズ、ソフトウェアへのアクセス権などのその他の教材は、コース期間中のみご利用いただけます。シュレーディンガー社のソフトウェアは、コースに関連する目的でのみご利用いただくようお願いいたします。

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