使用 FEP+ 进行药物设计的自由能计算

使用 FEP+ 进行药物设计的自由能计算


针对小分子先导化合物优化,运行、分析和排查相对结合FEP+计算中的问题

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可用语言
中文、英语、日语、韩语
时长
3周 / 约15小时完成
级别
高级
成本
非学生用户需支付 1510 美元
学生/博士后 915美元
课程时间安排
报名课程时,您可以选择自己希望的开始和结束日期。在该时间段内,您可以异步访问课程,并根据自己的时间安排进行学习。

概述

计算方法可通过预测小分子与蛋白质靶点的结合亲和力,推动药物发现工作。自由能扰动技术(如薛定谔的FEP+)可在药物设计中对结合亲和力提供准确的预测。然而,这些属于高级计算,需要专业知识才能应用。 计算化学家和药物设计师可通过参加FEP+操作实践培训,确保遵循最佳实践并能对结果进行全面分析。在本课程中,您将全面了解Schrödinger的FEP+的工作原理,将相对结合亲和力FEP+技术应用于多个数据集,并掌握常见的分析技术。

本课程非常适合希望通过获得证书和徽章来提升职业能力、丰富简历的人士。

  • 亲身体验施罗丁格(Schrödinger)业界领先的 FEP+ 平台
  • 通过学习可直接应用于当前项目的研究方法,为您的研究计划开个好头
  • 学习从 FEP+ 图生成到 pKa 校正等各类主题
  • 通过设计新化合物并运行前瞻性FEP+分析,完成一项案例研究,以证明已掌握本课程内容
  • 您可以获得施罗丁格教育团队专家对课程作业及课程相关问题的评审和反馈
  • 在课程期间,您可以根据自己的时间安排,在方便的时候自主学习课程材料。

 

本课程提供基于网页的薛定谔软件(Schrödinger)的使用权限,并配备了课程所需的许可和计算资源:

要求
  • 一台配备可靠高速互联网连接(8 Mbps 或更高)的计算机
  • 鼠标和/或外接显示器(推荐但非必需)
  • 具备普通化学的实用知识
  • 具备Maestro的基本操作知识。本课程不会教授如何操作Schrödinger的图形用户界面Maestro。请先学习我们的《Maestro入门指南》相关资料,以熟悉Maestro的使用方法。
认证
  • 由薛定谔课程负责人签署的证书
  • 一枚可以发布到社交媒体(例如领英)上的徽章
背景图案

您将学到什么

自由能扰动的基础知识

了解自由能扰动方法背后的历史与理论,以及这些方法目前如何影响药物研发项目

为 FEP+ 准备结构

为相对结合FEP+实验准备蛋白质和配体的最佳实践

常见的故障排除方法

探索通过延长模拟时间、pKa校正、自定义核心以及向REST区域添加蛋白质残基来提升FEP+性能 

在项目中应用 FEP+

在一项实践性案例研究中运用您的技能,设计新型脾酪氨酸激酶(Syk)抑制剂,并利用FEP+对其进行前瞻性分析。

模块

第1模块
2小时

自由能扰动的介绍与背景设定

视频
视频

课程概述:使用 FEP+ 进行药物设计的自由能计算

检查点
检查点

荣誉守则协议

视频
视频

自由能扰动及FEP+方法简介

结束检查点
模块结束检查点
第2模块
4 小时 + 计算时间

为 FEP+ 准备结构

视频
视频

FEP+的最佳实践及基材制备的重要性

视频教程
视频教程
  • 蛋白质的制备与验证
  • 配体制备与对齐
结束检查点
模块结束检查点
第3模块
3 小时 + 计算时间

相对结合能 FEP+:设置并运行计算

视频教程
视频教程
  • FEP+ 面板简介
  • 生成映射并运行回顾性相对结合亲和力FEP+计算 
结束检查点
模块结束检查点
第4模块
4 小时 + 计算时间

分析和排查 FEP+ 作业的问题

视频教程
视频教程

FEP+ 结果分析 

作业
作业

相关性图的生成

教程
教程

FEP+结果的故障排除

结束检查点
模块结束检查点
第5模块
2 小时 + 计算时间

小分子药物设计 FEP+ 指导案例研究

教程
教程
  • 设计新化合物并进行前瞻性相对结合亲和力FEP+计算
  • 合并 FEP+ 图谱:分析新化合物和先前已验证的化合物
作业
作业

审查并讨论案例研究的结果

课程结业
课程结业与证书

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我们自豪地支持新一代科学家,并致力于为资源有限的人士提供机会。无论您是学生、博士后还是行业科学家,都可以了解我们在线认证课程的资助方案,并立即报名!

校友心声

“这门课程清晰地阐述了FEP+计算的基本原理和工作流程。我强烈推荐这门课程给所有对利用计算建模进行药物设计感兴趣的人。”
凯特·科斯滕诺娃 博士后研究助理
“课程一开始就非常重视结构质量评估,这让我感到惊喜。在实际工作中,大家往往为了尽快启动项目而忽略了这一点,但我认为这一点极其重要。”
伊万·谢尔盖耶夫,ROME Therapeutics 计算化学首席科学家
“我强烈推荐施罗丁格在线课程给所有希望深入了解计算化学在基于结构的药物设计中的应用的人。”
计算化学专业研究生
“通俗易懂的讲解[…]让原本棘手的任务变得非常容易完成。所学到的知识帮助我设计当前项目的实验方案,并比以前更快地理解相关论文。”
安娜·杜德克,长庚医疗基金会博士后研究员
“实践练习和实际案例研究特别有价值,加深了我对 FEP+ 的理解,以及如何将其整合到先导化合物优化的计算工作流中。这是一次极好的学习经历,让我对使用 FEP+ 进行理性药物设计更加充满信心。”
黑尔·哈斯德米尔伊利诺伊大学
“我很高兴能通过FEP+重新温习了自由能计算方面的知识和技能。这门课程肯定会对我今后的项目大有帮助。”
尼古拉·库兹米奇 魏茨曼科学研究所
“学习这门课程让我了解了如何在研究中应用相对结合FEP,我相信,基于参考化合物的实验亲和力,它将使我对新设计方案的结合亲和力预测更加准确。”
阿尼鲁德·马诺杰和辛杜·坦加拉杰,JubilantBiosys 有限公司

通过课程徽章和证书,展示你新掌握的技能

当您完成我们提供的分子建模课程,并准备将所学知识分享给同事和雇主时,可以在您的 LinkedIn 个人资料中展示您的证书和徽章。

常见问题

在线课程的费用是多少?

课程价格因课程类型和学员类别而异。对于希望参加这些课程的学生,我们提供以下学生专享价格:入门课程150美元,材料科学课程套餐305美元,高级课程870美元。对于商业学员,入门课程价格为575美元,高级课程及课程套餐价格为1435美元。

课程什么时候开始?

课程以期为单位进行,每期为期3至6周,在此期间,学员可访问课程内容并使用相关软件。您可以在各课程页面上查看课程期次及开课日期。

讲座是什么时候?

课程开始后,所有课程均为异步进行,您可以根据自己的时间安排,随时观看自主学习的视频、教程并完成作业。

我该如何支付这门课程的费用?

有兴趣的参与者可通过完成注册并使用信用卡支付通道进行即时报名来支付课程费用。请注意,您必须使用信用卡支付,因为我们不接受借记卡。此外,我们可根据要求提供采购订单,如需此选项,请发送电子邮件至 online-learning@schrodinger.com。如果您对课程付款方式有任何疑问,请访问我们的“付款方式”页面。

如何在注册前预览课程?
是否有面向学生的奖学金机会?

施罗丁格致力于为资源有限的学生提供支持。施罗丁格的使命是通过革新药物和材料的发现方式,改善人类健康和生活质量。施罗丁格自豪地支持新一代科学家。我们设立了一项奖学金计划,面向能够证明有经济困难并获得学术导师支持声明的全日制学生或博士后研究人员。 如果您符合我们的奖学金计划申请条件,请填写申请表!

课程结束后,学习资料还能继续使用吗?

虽然课程结束时将无法再访问该软件,但课程中的部分资料(幻灯片、论文和教程)可供下载,以便您在课程结束后随时查阅。其他资料,例如视频、测验以及软件访问权限,仅在课程期间内可用。

我需要使用该软件才能参加这门课程吗?我需要另外购买该软件吗?

在课程期间,您将能够使用Maestro、Bioluminate、Materials Science Maestro和/或LiveDesign的网络版(具体取决于课程内容)。您无需单独购买任何软件的使用权限。虽然课程结束时软件使用权限将终止,但课程中的部分资料(幻灯片、论文和教程)可供下载,以便您在课程结束后查阅。 其他材料,例如视频、测验以及软件使用权限,仅在课程期间内有效。请注意,Schrödinger软件仅限用于与课程相关的目的。

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