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结构预测与靶点 支持

把握结构生物学革命的机遇

结构预测与靶点 支持

解锁您的蛋白质靶点 ,实现高精度、基于结构的设计

结构生物学正经历一场革命,得益于冷冻电镜(cryo-EM)以及AlphaFold等技术的进步,如今各蛋白类别的可用结构数量正迅速增加。然而,若要将这些模型应用于基于物理的模拟(包括对接和自由能扰动),则需要进行大量的精修以及精确的配体定位。

Schrödinger 针对蛋白质模型精修、配体定位和结合位点分析提供的全面解决方案套件,可帮助您发掘更多适用于基于结构的设计的目标。

能力

基于多种起始条件生成可直接用于设计的结构的解决方案

同时启用靶点内和靶点外设计,以实现严谨的基于结构的设计

高分辨率结构

制备高分辨率X射线晶体或冷冻电镜结构,用于基于结构的设计

快速、可靠地构建适用于基于物理的模拟的高质量全原子蛋白质模型
以接近实验精度的水平预测新型配体在现有结构中的结合模式
无需为每个系列分别获取实验结构,即可了解竞争物的结合模式

低分辨率结构

优化和验证低分辨率X射线晶体或冷冻电镜结构

纠正常见的结构问题,构建可靠的全原子蛋白质模型
利用业界领先的力场,将配体对接到密度不明确的区域(例如冷冻电镜结构中),以消除不确定性
放置辅因子和溶剂,将低分辨率模型转换为完整的全原子模型

无结构

根据同源蛋白质序列构建并验证结构,或利用现有的AlphaFold结构

利用基因组数据的力量,轻松构建与药物研发相关的靶点同源模型
将配体可靠且准确地对接到基于模板的同源模型或AlphaFold结构中
利用已知的SAR数据和高度精确的计算机模拟结合亲和力测定法,对结构模型进行定量验证

你身边有不少志同道合的人

“在大约一年半的时间里,我们从一无所有,发展到如今OPLS力场能够非常出色地处理天然和高度修饰寡核苷酸的结构。而且,目前这项工作仍在继续,以处理热力学方面的问题。我们确实能够预测这两个方面,包括所有的结构和所有的结合特性。”

——威廉·德鲁里
独立药物发现顾问

鉴定并评估蛋白质结合位点的成药性

结合位点鉴定

快速、准确地识别并排序蛋白质的可能结合位点

神秘口袋探索

利用基于元动力学的加速采样工作流程,对混合溶剂模拟进行分析,以阐明隐蔽的结合口袋并揭示结合热点

水合位点分析

通过预测结合位点中水合位点的位置和热力学势,探索配体设计的新可能性

案例研究与网络研讨会

了解施罗丁格技术如何被用于解决现实世界中的研究难题。

生命科学 网络研讨会

建模服务:通往Schrödinger平台的高效切入点

欢迎加入我们,了解施罗丁格建模服务如何为您的项目提供一条快速通道,助您充分释放我们平台的变革力量。

生命科学 网络研讨会

建模服务:进入Schrödinger平台录制功能的高效切入点

欢迎加入我们,了解施罗丁格建模服务如何为您的项目提供一条快速通道,助您充分释放我们平台的变革力量。

生命科学 网络研讨会

薛定谔数字药物研发研讨会:迈向临床——计算化学带来的药物研发流程变革——第22届

2026年2月18日 | 薛定谔数字药物研发研讨会第22期 | 预测毒理学解决方案:基于结构的可操作性见解,助力尽早消除毒性风险

生命科学 网络研讨会

薛定谔数字药物研发研讨会:迈向临床——计算化学带来的药物研发流程变革——第21期

基于MD模拟的化合物膜透过性预测

生命科学 网络研讨会

预测毒理学解决方案:基于结构的可操作性见解,助力尽早消除毒性风险

欢迎加入我们,了解我们的全新预测毒理学解决方案如何从根本上改变设计流程。

生命科学 网络研讨会

第六届 EFMC² “Tandem Talks”

施罗丁格公司很高兴能参加将于10月9日举行的第六届EFMC²“Tandem Talks”线上活动。

生命科学 网络研讨会

基于结构的发现:用于每月一次疟疾化学预防的高活性二氢奥罗酸脱氢酶抑制剂

在本期网络研讨会上,施罗丁格公司的药物化学家兼项目负责人聂哲,以及达拉斯德克萨斯大学西南医学中心教授玛格丽特·菲利普斯,通过对话分享了各自团队如何通力合作,共同致力于发现新型DHODH抑制剂。

生命科学 网络研讨会

存档发布:利用增强采样技术高效预测药物-靶点 的停留时间

人们越来越认识到,配体结合的动力学在药物研发中日益重要。

生命科学 网络研讨会

Schrödinger 数字药物研发研讨会:超越小分子结合的自由能计算:预测抗体亲和力、pH 感知、受体功能响应等

在本演讲中,我们将介绍通过FEP+方法的最新扩展,成功实现小分子结合以外的高附加值应用的案例。

生命科学 网络研讨会

受体功能响应的精确建模:GPCRs及其延伸

在本场网络研讨会中,我们将介绍一种易于处理且计算效率高的协议,该协议能够准确、可靠地预测受体对配体结合的功能响应。

特色服务

靶点 赋能服务

让我们帮助您准备您感兴趣的蛋白质靶点 ,以便进行前瞻性FEP+自由能计算。您可以基于已知的结构-活性关系(SAR),从实验X射线结构、不完整的冷冻电镜结构或AlphaFold结构入手。Schrödinger的科学家们凭借我们独特的技术和专业知识,对蛋白质-配体复合物进行建模和验证,以支持高度预测性的基于结构的设计方法。

文档与教程

了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。

生命科学 教程

蛋白质表征:第2部分

通过进行和分析分子动力学模拟,探讨牛β-乳球蛋白在不同pH值条件下的性质特征。

生命科学 教程

《使用Desmond进行元动力学模拟入门》

进行元动力学模拟,用于构象采样或绘制势能面。

生命科学 教程

利用大分子姿态过滤和MM-GBSA残基扫描对蛋白质-蛋白质对接姿态进行过滤和验证

确定蛋白质-蛋白质对接中哪些构象符合关于蛋白质-蛋白质界面的实验观察结果。

生命科学 教程

使用 SiteMap 分析核酸的结合位点

利用SiteMap识别和评估核酸结构中的结合位点。

生命科学 教程

核酸结构的制备

核酸结构中相互作用的可视化与分析。

生命科学 文档

WaterMap

采用显式水分子模型进行了高效收敛的分子动力学模拟,并对所得轨迹进行分析以聚类水合位点。

生命科学 文档

网站地图

鉴定结合位点(包括别构结合位点和蛋白质-蛋白质界面),并评估其成药性。

生命科学 文档

PrimeX

一款用于辅助蛋白质晶体结构精修的高级工具,其生成的结构比其他蛋白质精修程序生成的结构更准确,也更适用于计算化学应用。

生命科学 文档

Prime

一款完全集成的蛋白质结构预测解决方案,将同源建模和折叠识别整合到单一解决方案中。

生命科学 文档

IFD-MD

基于GPU加速的受体-配体结合构象预测。

主要产品

进一步了解可用于推进您研究项目的关键计算技术。

大师

专为您的分子发现而设计的完整建模环境

IFD-MD

针对新型化学物质,对靶点和非靶点进行精确的配体结合模式预测

FEP+

用于药物发现的高性能自由能计算

滑行

业界领先的配体-受体对接解决方案

OPLS4 和 OPLS5 力场

一个用于精确分子模拟的现代化、综合性力场

Prime

一种用于精确预测蛋白质结构的强大且创新的解决方案

网站地图

快速、准确且直观的结合位点鉴定

WaterMap

一种基于结构的、最先进的方法,用于评估水溶剂化配体结合位点的能量学特性,以优化配体

德斯蒙德

一款高性能分子动力学(MD)引擎,具备高可扩展性、高吞吐量和科学精度

出版物

浏览相关应用领域中采用薛定谔技术的经同行评审的出版物列表。

生命科学 出版物

利用人工智能重新定义可成药靶点

生命科学 出版物

ToxBench:一个基于AB-FEP计算标签的人类雌激素受体α结合亲和力预测基准

生命科学 出版物

人工智能与物理学的结合:基于计算结构的GPCR药物发现

生命科学 出版物

在药物发现中利用蛋白质构象的热力学原理

生命科学 出版物

与抗惊厥药结合的突触小泡蛋白2A和2B的结构

生命科学 出版物

基于吡咯的PfPKG抑制剂系列作为抗疟药的结构-活性关系

生命科学 出版物

利用AlphaFold和实验结构,通过诱导契合对接和自由能扰动法预测GPCR复合物的结构及结合亲和力

生命科学 出版物

α-锥毒素LvIA第11位点的基本残基通过静电机制影响其对α3β2和α3β4烟碱受体的亚型选择性

生命科学 出版物

基于结构的蛋白质-蛋白质相互作用位点的评估及其成药性分类

生命科学 出版物

生长抑素受体在配体识别方面的可塑性

满足您组织需求的软件和服务

软件平台

利用一个功能全面且易于使用的分子建模、设计和协作平台,部署数字化药物发现工作流程。

模特服务

充分利用施罗丁格(Schrödinger)的计算专业知识和技术优势,助力您的项目顺利通过药物发现过程中的关键阶段。

支持与培训

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