解锁您的蛋白质靶点 ,实现高精度、基于结构的设计
结构生物学正经历一场革命,得益于冷冻电镜(cryo-EM)以及AlphaFold等技术的进步,如今各蛋白类别的可用结构数量正迅速增加。然而,若要将这些模型应用于基于物理的模拟(包括对接和自由能扰动),则需要进行大量的精修以及精确的配体定位。
Schrödinger 针对蛋白质模型精修、配体定位和结合位点分析提供的全面解决方案套件,可帮助您发掘更多适用于基于结构的设计的目标。
基于多种起始条件生成可直接用于设计的结构的解决方案
同时启用靶点内和靶点外设计,以实现严谨的基于结构的设计
高分辨率结构
制备高分辨率X射线晶体或冷冻电镜结构,用于基于结构的设计
快速、可靠地构建适用于基于物理的模拟的高质量全原子蛋白质模型
以接近实验精度的水平预测新型配体在现有结构中的结合模式
无需为每个系列分别获取实验结构,即可了解竞争物的结合模式
低分辨率结构
优化和验证低分辨率X射线晶体或冷冻电镜结构
纠正常见的结构问题,构建可靠的全原子蛋白质模型
利用业界领先的力场,将配体对接到密度不明确的区域(例如冷冻电镜结构中),以消除不确定性
放置辅因子和溶剂,将低分辨率模型转换为完整的全原子模型
无结构
根据同源蛋白质序列构建并验证结构,或利用现有的AlphaFold结构
利用基因组数据的力量,轻松构建与药物研发相关的靶点同源模型
将配体可靠且准确地对接到基于模板的同源模型或AlphaFold结构中
利用已知的SAR数据和高度精确的计算机模拟结合亲和力测定法,对结构模型进行定量验证

你身边有不少志同道合的人
“在大约一年半的时间里,我们从一无所有,发展到如今OPLS力场能够非常出色地处理天然和高度修饰寡核苷酸的结构。而且,目前这项工作仍在继续,以处理热力学方面的问题。我们确实能够预测这两个方面,包括所有的结构和所有的结合特性。”
——威廉·德鲁里
独立药物发现顾问
案例研究与网络研讨会
了解施罗丁格技术如何被用于解决现实世界中的研究难题。
靶点 赋能服务
让我们帮助您准备您感兴趣的蛋白质靶点 ,以便进行前瞻性FEP+自由能计算。您可以基于已知的结构-活性关系(SAR),从实验X射线结构、不完整的冷冻电镜结构或AlphaFold结构入手。Schrödinger的科学家们凭借我们独特的技术和专业知识,对蛋白质-配体复合物进行建模和验证,以支持高度预测性的基于结构的设计方法。
文档与教程
了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。
主要产品
进一步了解可用于推进您研究项目的关键计算技术。
出版物
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