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快速、准确且直观的结合位点 识别
快速、准确且直观的结合位点 识别
在基于结构的“首创”药物发现项目中,识别可成药口袋是一项重要的早期挑战。然而,在药物设计项目中定位这些位点往往颇具难度。 SiteMap 经过验证的算法有助于识别结合位点(包括别构结合位点和蛋白质-蛋白质界面),并评估其成药性。除了对先导化合物 药物发现产生影响外,SiteMap 还能通过提供潜在配体-受体相互作用的见解,协助研究人员先导化合物 优化 ,进而指导对先导化合物 化合物的修饰,以提高其结合效力。
混合溶剂分子动力学 (MD) (MxMD)结合SiteMap工作流:利用这一全新的计算机模拟工作流,提升隐性结合位点 的鉴定效率
在由65个apo/holo PDB数据集组成的样本中,MxMD与SiteMap结合使用,在apo结构中已知隐性结合位点的Top-5检出率达到81.5%,而仅使用SiteMap时该检出率仅为49.2%,仅使用MxMD时则为67.7%。
定位那些在尺寸、功能以及溶剂暴露程度方面均符合用户规格的结合位点。利用基于物理理论 标准对潜在结合位点进行排序,该标准经过优化,可借助SiteScore(一种用于评估位点与配体结合倾向性的评分函数)剔除那些在药理学上不太可能具有相关性的位点。
轻松可视化结合位点:识别结合位点 中适合疏水基团、配体氢键供体、受体或金属结合官能团占据的区域。区分不同的结合位点 亚区域,从而能够轻松评估配体的互补性。
利用已识别的位点,可轻松通过Glide 设置分子对接 模型,用于基于结构的虚拟筛选 实验。
利用生成的结合位点 图谱,来指导哪些类型的配体修饰有望促进结合。
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