サイトマップ
迅速、正確、かつ直感的な結合部位の同定
タンパク質の結合部位を理解し、創薬の効率を高める
「構造 」に基づくファースト・イン・クラスの創薬プロジェクトにおいて、創薬標的となり得る部位を特定することは、初期段階における重要な課題です。しかし、創薬プロジェクトにおいてこれらの部位を特定することは、しばしば困難を伴います。 SiteMapの実証済みのアルゴリズムは、同定 結合部位（アロステリック結合部位やタンパク質間界面を含む）を特定し、その創薬可能性を評価するのに役立ちます。SiteMapはリード化合物の発見に影響を与えるだけでなく、潜在的なリガンド-受容体 相互作用に関する知見を提供することで、研究者のリード化合物最適化を支援し、その知見をもとにリード化合物の修飾を行い、結合能活性 を高めることができます。
隠れた結合部位を特定し、同定 するための計算ワークフローを更新した
混合溶媒分子動力学（MxMD）とSiteMapを組み合わせたワークフロー：この新しいインシリコ・ワークフローで、隠れた結合部位の同定精度を向上させる
MxMDとSiteMapを併用した場合、65件のアポ／ホロPDBデータセットに含まれるアポ構造において、既知の隠れた結合部位のトップ5ヒット率は81.5％に達した。これに対し、SiteMapのみでは49.2％、MxMDのみでは67.7％にとどまった。
注目のウェビナー
主な機能
同定 および結合部位の迅速な同定
サイズ、機能、および溶媒への露出度がユーザーの仕様を満たす結合部位を特定します。SiteScore（リガンド への結合傾向を評価するために使用されるスコアリング関数）を用いて、物理学に基づく基準に基づき、薬理学的関連性が低いと思われる結合部位を除外するように調整された基準で、候補となる結合部位をランク付けします。
結合部位を簡単に可視化
結合部位を簡単に可視化できます。結合部位内の、疎水性基やリガンド の水素結合供与基、受容基、あるいは金属結合機能基が結合するのに適した領域を特定します。結合部位の異なるサブ領域を区別することで、リガンドの相補性を容易に評価することができます。
特定された場所で、ドッキングや仮想画面への操作をシームレスに進める
Glide を使用すれば、特定されたサイトを活用して、構造 に基づく仮想スクリーニング実験用のドッキングモデルを簡単に構築できます。
リガンド の設計指針となる結合部位の解明
生成された結合部位マップを参考に、どのような種類のリガンド 修飾が結合を促進すると予想されるかを検討する。
ドキュメントとチュートリアル
Schrödingerのソフトウェアに関するよくある質問への回答や、その活用におけるベストプラクティスをご確認ください。
出版物
関連する応用分野において、Schrödinger 技術を採用した査読付き論文の一覧をご覧ください。