8月17日から21日までの1週間、シュレーディンガーの全世界のオフィスは、社員全員が休息を取り、リフレッシュするための全社的な取り組みの一環として休業いたします。この期間中は、お問い合わせへの対応が制限される場合がございますので、あらかじめご了承ください。科学・技術サポートチームのメンバーは、緊急のサポート案件のみに対応いたします。

ペプチド創薬

インシリコ構造ベースの手法を用いたペプチド系医薬品の設計

ペプチド創薬
背景柄

計算機支援によるペプチド設計のメリットを探る

初期の天然ペプチドを網羅的に列挙し、それを超えたアイデアを大規模に創出する

標準アミノ酸および非標準アミノ酸への置換、独自の骨格修飾、そして多種多様な環化反応を駆使して、所望の特性を持つ新規天然ペプチドやペプチド模倣体を創製します。

立体構造のランドスケープを探る

3D構造を予測し、構造的に多様なコンフォメーションの相対的な結合自由エネルギーを計算し、最も妥当な結合様式を選択する。

ペプチドの主要な特性を予測する

所望の特性および膜透過性や溶解性などの関連する物理化学的特性を備えたペプチド構造の設計と最適化を促進することにより、ペプチドの発見を導く。

ペプチドと標的との相互作用を理解する

専用のドッキングツール、分子動力学シミュレーション、および高度な自由エネルギー摂動計算を活用し、実験レベルに近い精度で、結合親和性、選択性、熱安定性、およびpH依存性を予測します。

 

シュレーディンガーの最先端ソフトウェアを活用して、高品質なバイオ医薬品を設計する

BioLuminate


バイオ医薬品創薬のためのモデリング環境

LiveDesign


デジタルバイオロジクスに関する共同設計・創薬研究所

あなただけじゃないですよ

「LiveDesignはすべてを変えました。私たちは、化合物の日常的な設計にこのツールを利用しています。 チーム全体で連携して化合物のモデリングを行うほか、低分子やペプチドのモデリングなど、有益なさまざまなSchrodingerのアプリも活用しています。FEPは、ペプチドに対する親和性を非常に正確に予測でき、特に溶媒に露出している部位やタンパク質と相互作用する部位について優れた予測能力を発揮します。ペプチドのモデリングにFEPを活用することで、当社では非常に良い成果を上げています。」

–Donya Ohadi
J&J Innovative Medicine

出版物

シュレーディンガー技術を活用した、関連応用分野における査読付き論文の一覧をご覧ください。

ライフサイエンス 出版物

α-コノトキシンLvIAの11番位置にある塩基性残基は、静電的メカニズムを介して、α3β2型およびα3β4型ニコチン性受容体間のサブタイプ選択性に影響を与える

ライフサイエンス 出版物

タンパク質間相互作用部位の構造に基づく評価および創薬適性の分類

ライフサイエンス 出版物

PCSK9およびHMG-CoARの二重阻害活性を有するルピンペプチドP5の類似体の計算機支援設計および生物学的評価

ライフサイエンス 出版物

ソマトスタチン受容体におけるリガンド認識の可塑性

ライフサイエンス 出版物

ニコチン性アセチルコリン受容体に対するコノトキシンの効力および選択性を高める変異は、正確な自由エネルギー計算を用いて予測することができる

ライフサイエンス 出版物

電圧依存性ナトリウムチャネルNaV1.7に対するゲーティング修飾毒素の効力増強変異は、正確な自由エネルギー計算を用いて予測できる

ライフサイエンス 出版物

イオンチャネル上のペプチド毒素結合部位の水熱力学

ライフサイエンス 出版物

治療用途に向けたマクロサイクルの自動設計:低分子からペプチド、タンパク質まで

ライフサイエンス 出版物

包括的な計算科学および生物物理学的特性評価による治療用タンパク質の発見と開発の推進

ライフサイエンス 出版物

マルチグラヌリンドメインペプチドはプロカテプシンDに結合し、in vitroにおいてプログラヌリンよりも効果的にその酵素活性を促進する

ドキュメントとチュートリアル

シュレーディンガーのソフトウェアに関するよくある質問への回答や、その活用におけるベストプラクティスをご確認ください。

ライフサイエンス チュートリアル

学習パス:環状ペプチドのモデリング

創薬における環状ペプチドのためのツールとワークフローに関する体系的な概要。

ライフサイエンス チュートリアル

非標準アミノ酸の取り扱い

非標準アミノ酸(NSAA)を設計し、そのNSAAをデータベースに追加し、設計したNSAAを組み込んだMM-GBSA残基スキャンを実行して解析を行う。

ライフサイエンス チュートリアル

環状ペプチドの合成と参照構造への位置合わせ

LigPrep を使用してモデリング用途向けの環状ペプチドを調製し、tug_align スクリプトを用いてそれらを参照構造にアラインメントする。

ライフサイエンス チュートリアル

ペプチドの環化

コマンドラインインターフェースを介して macrocyclize.py スクリプトを使用し、ペプチドを環化させ、Prime MM-GBSA を用いて環化された構造を順位付けする。

ライフサイエンス ドキュメント

LiveDesign ML

LiveDesign内で教師あり学習のモデリングパイプラインを展開するための、高度に自動化されたシステムを提供するLiveDesignプラグイン。

ライフサイエンス ドキュメント

プライム

ホモロジーモデリングとフォールド認識を単一のソリューションに統合した、完全に統合されたタンパク質構造予測ソリューション。

ライフサイエンス ドキュメント

FEP+

実験手法と同等の精度で、物理学に基づく自由エネルギー摂動技術を用いたタンパク質-リガンド結合の計算予測。

ライフサイエンス ドキュメント

フォースフィールド・ビルダー

OPLS4 または OPLS5 力場に明示的に含まれていないトーションを、一連の分子に対する量子力学計算の結果に適合させることでカスタマイズする。

ライフサイエンス ドキュメント

デズモンド

GPUを活用した高性能分子動力学(MD)エンジンを用いて、生物学的システムをシミュレーションします。

ライフサイエンス ドキュメント

BioLuminate

バイオ医薬品創薬のためのシュレーディンガーの包括的なモデリングプラットフォーム。

主力製品

研究プロジェクトを前進させるために活用できる主要な計算技術について、詳しくご覧ください。

BioLuminate

バイオ医薬品創薬のための包括的なモデリングプラットフォーム

LiveDesign

デジタル分子設計のための総合ラボ

プライム

タンパク質構造を正確に予測するための、強力かつ革新的なソリューション

マクロモデル

汎用性が高く、充実した機能を備えた分子モデリングプログラム

グライド

業界をリードするリガンド・受容体ドッキングソリューション

PIPER

最先端のタンパク質間ドッキングプログラム

FEP+

創薬のための高性能な自由エネルギー計算

組織のニーズに応えるソフトウェアとサービス

ソフトウェアプラットフォーム

分子モデリング、設計、およびコラボレーションのための包括的で使いやすいプラットフォームを活用し、デジタル創薬ワークフローを導入しましょう。

モデリングサービス

シュレーディンガーの計算に関する専門知識と技術を大規模に活用し、創薬プロセスの重要な段階において、お客様のプロジェクトを前進させましょう。

サポートとトレーニング

初心者から経験豊富なユーザーまでを対象に設計された、専門家のサポート、学習教材、およびトレーニングリソースをご利用いただけます。