構造予測とターゲット活性化
高精度な構造に基づく設計を実現するために、タンパク質ターゲットの解明を進めましょう
現在、構造生物学の分野では革命的な変化が起きており、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）やAlphaFoldなどの技術の進歩により、あらゆるタンパク質クラスにおいて利用可能な構造データが急速に増加しています。しかし、ドッキングや自由エネルギー摂動といった物理ベースのシミュレーションでこれらのモデルを活用するには、大幅な精緻化とリガンドの正確な配置が必要となります。
Schrödingerが提供する、タンパク質モデルの精緻化、リガンド配置、および結合部位解析のための包括的なソリューション群により、構造に基づく設計の対象となるターゲットの幅を広げることができます。
機能
幅広い出発点から、設計に直ちに活用できる構造体を生成するためのソリューション
厳密な構造に基づく設計を行うために、オンターゲットとオフターゲットの両方を有効にする
高分解能の構造
構造に基づく設計のために、高解像度のX線結晶構造または低温電子顕微鏡（クライオ-EM）構造を準備する
物理ベースのシミュレーションに適した、高品質な全原子タンパク質モデルを迅速かつ確実に構築する
既存の構造における新規リガンドの結合様式を、実験値に近い精度で予測する
各シリーズごとに実験的な構造を決定する必要なく、競合物質の結合様式を把握できる
低解像度の構造
低分解能X線結晶構造または低温電子顕微鏡（クライオEM）構造の精緻化と検証
一般的な構造上の問題を修正し、信頼性の高い全原子タンパク質モデルを構築する
クラス最高の力場を用いて、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）構造など、密度が不明確な領域にリガンドをドッキングさせ、不確実性を解消する
低解像度のモデルを完全な全原子表現に変換するための補因子と溶媒を指定する
構造なし
相同タンパク質の配列から構造を作成・検証するか、または利用可能なAlphaFoldの構造を活用する
ゲノムデータの力を活用し、医薬品開発に関連する標的のホモロジーモデルを簡単に作成する
テンプレートに基づくホモロジーモデルやAlphaFold構造に、リガンドを確実かつ正確にドッキングする
既知のSARおよび高精度なインシリコ結合親和性アッセイを用いて、構造モデルを定量的に検証する
あなただけじゃないですよ
「約1年半という期間で、当初は何もなかった状態から、現在ではOPLSフォースフィールドを用いて、天然のオリゴヌクレオチドと高度に修飾されたオリゴヌクレオチドの両方について、その構造を非常に的確に扱えるシステムを構築しました。そして現在も、熱力学的側面の解析へとその取り組みは続いています。私たちは、構造と結合特性の両面を、すべて正確に予測することができるようになりました。」
–ウィリアム・ドリュリー
独立系創薬コンサルタント
事例紹介とウェビナー
シュレーディンガー社の技術が、現実の研究課題の解決にどのように活用されているかをご覧ください。
注目のサービス
ターゲット・イネーブルメント・サービス
FEP+自由エネルギー計算に向けた、お客様が関心をお持ちのタンパク質ターゲットの準備を、弊社がお手伝いいたします。既知のSAR（構造活性相関）を持つ実験的なX線結晶構造、あるいは不完全なクライオ電子顕微鏡（cryoEM）構造やAlphaFold構造を基に開始します。シュレーディンガーの科学者たちは、独自の技術と専門知識を駆使し、予測精度の高い構造ベースの設計手法に向けたタンパク質-リガンド複合体のモデリングと検証を行います。
ドキュメントとチュートリアル
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主力製品
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出版物
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