구조 예측 및 타겟 활성화
고정밀도 구조 기반 설계를 위한 단백질 표적 규명
현재 구조생물학 분야는 혁명의 한가운데에 있으며, 극저온 전자현미경(cryo-EM) 및 AlphaFold와 같은 기술의 발전 덕분에 다양한 단백질 분류에 걸쳐 이용 가능한 구조 데이터가 급속히 늘어나고 있습니다. 그러나 도킹 및 자유 에너지 섭동과 같은 물리 기반 시뮬레이션에서 이러한 모델을 활용하기 위해서는 상당한 정밀화 작업과 정확한 리간드 배치 과정이 필요합니다.
Schrödinger의 단백질 모델 정제, 리간드 배치 및 결합 부위 분석을 위한 포괄적인 솔루션 제품군을 활용하면, 구조 기반 설계를 위한 더 광범위한 표적을 발굴할 수 있습니다.
역량
다양한 출발점을 바탕으로 설계에 바로 활용할 수 있는 구조를 생성하는 솔루션
엄격한 구조 기반 설계를 위해 온타겟과 오프타겟을 모두 활성화합니다
고해상도 구조
구조 기반 설계를 위해 고해상도 X선 결정 또는 극저온 전자현미경(cryo-EM) 구조를 준비한다
물리 기반 시뮬레이션에 적합한 고품질의 전원자 단백질 모델을 빠르고 안정적으로 구축합니다.
기존 구조 내에서 새로운 리간드의 결합 방식을 실험적 정확도에 근접한 수준으로 예측한다
각 계열에 대해 실험적 구조를 확보할 필요 없이 경쟁 물질의 결합 방식을 파악할 수 있습니다.
저해상도 구조
저해상도 X선 결정 구조 또는 극저온 전자현미경(cryo-EM) 구조를 정제하고 검증한다
흔히 발생하는 구조적 문제를 수정하고, 신뢰할 수 있는 전원자 단백질 모델을 구축한다
크라이오-EM 구조와 같이 밀도가 불확실한 영역에 리간드를 도킹하고, 동급 최고의 힘장을 사용하여 불확실성을 해소한다
저해상도 모델을 완전한 전원자 표현으로 변환하기 위해 보조 인자와 용매를 배치한다
구조 없음
상동 단백질 서열을 기반으로 구조를 생성하고 검증하거나, 제공된 AlphaFold 구조를 활용합니다.
유전체 데이터의 힘을 활용하여 의약적으로 중요한 표적의 상동 모델을 손쉽게 생성하세요
템플릿 기반 상동성 모델이나 AlphaFold 구조에 리간드를 안정적이고 정확하게 도킹합니다.
알려진 SAR 및 매우 정확한 in silico 결합 친화도 분석법을 활용하여 구조 모델을 정량적으로 검증한다
당신은 훌륭한 분들과 함께하고 계십니다
“약 1년 반이라는 기간 동안, 우리는 아무것도 없던 상태에서 출발해 이제는 OPLS 힘장 모델이 천연 올리고뉴클레오티드와 초변형 올리고뉴클레오티드 모두의 구조를 매우 잘 다루는 시스템으로 발전했습니다. 그리고 현재 이 시스템은 열역학적 측면까지 다루는 방향으로 계속 발전하고 있습니다. 우리는 구조와 결합 특성 등 모든 측면을 정확히 예측할 수 있게 되었습니다.”
–윌리엄 드루리
독립 신약 개발 컨설턴트
사례 연구 및 웨비나
슈뢰딩거 기술이 실제 연구 과제를 해결하는 데 어떻게 활용되고 있는지 알아보세요.
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향후 FEP+ 자유 에너지 계산을 위해 귀하가 관심 있는 단백질 표적 물질을 준비하는 데 저희가 도와드리겠습니다. 알려진 SAR을 바탕으로 한 실험적 X선 구조, 또는 불완전한 냉동전자현미경(cryoEM) 구조나 AlphaFold 구조부터 시작하십시오. 슈뢰딩거의 과학자들은 독자적인 기술과 전문 지식을 활용하여, 예측력이 뛰어난 구조 기반 설계 기법을 위해 단백질-리간드 복합체를 모델링하고 검증합니다.
문서 및 튜토리얼
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