관심 있는 단백질 표적 및 리간드 시리즈에 대한 정보를 확인하세요. FEP+
시간과 자원을 절약하세요. 구조 기반 설계를 위해 귀하가 관심 있는 단백질-리간드 시스템을 저희가 준비해 드리겠습니다. 실험적 X선 구조, 극저온 전자현미경(cryo-EM) 구조, AlphaFold 예측 구조, 또는 상동성 모델 등 어떤 자료를 기반으로 하든, Schrödinger 의 과학자들은 당사의 독보적인 기술과 전문성을 활용하여 예측 정확도가 높은 구조 기반 설계를 위해 단백질-리간드 복합체를 최적화하고 검증해 드립니다.
다음과 같은 기업 및 팀에 가장 적합합니다:
• ‘히트-투-리드(hit-to-lead)’ 및 ‘히트-투-프로토타입( lead optimization )’ 과정을 가속화하여 프로그램의 주요 단계를 달성하고자 하는 분
• 구조 모델의 준비 및 검증에 소요되는 시간을 최소화하고자 하는 분
• Schrödinger의 첨단 물리 기반 방법론과 전문 지식을 활용하고자 하는 분
다음과 같은 프로젝트에 가장 적합합니다:
• SAR 데이터가 있고 결합 부위의 위치는 알려져 있으나, 표적의 구조 데이터가 불완전하거나(저온 전자현미경, 저해상도 X선) 아예 없는 경우(상동 모델, AlphaFold 모델)
• 화학적 특성이 초기 프로젝트에서 도출된 히트 물질이나 리드 계열에서 점차 벗어나고 있으며, 구조 데이터가 최적의 상태가 아니게 되는 경우
타의 추종을 불허하는 기술과 전문성을 바탕으로 귀사의 탐사 프로그램을 한 단계 더 발전시키세요
독자적인 온타겟 또는 오프타겟을 위한 설계 준비가 완료된 구조를 생성하세요
Schrödinger GPCR, 키나아제 등을 포함한 광범위한 표적 군에 대해 FEP+ 의 사용을 성공적으로 가능하게 했습니다.
Schrödinger 기술의 모든 이점을 대규모로 누리세요
본 서비스에는 포괄적인 단백질 표적 평가를 수행하고 정확한 구조 모델을 구축하는 데 필요한 모든 컴퓨팅, 라이선스 및 서비스 시간이 포함됩니다.
당사의 컴퓨팅 전문성을 활용하여 귀사의 독보적인 대상 지식을 보완하십시오
Schrödinger 구조 기반 약물 설계 분야에서 까다로운 목표를 달성하는 데 있어 당사가 쌓아온 다년간의 전문성을 바탕으로 FEP+
사례 연구 I
과제:
해당 표적과 관심 대상 계열의 리간드가 복합체를 이룬 약 3.2Å 해상도의 극저온 전자현미경(cryo-EM) 구조가 확보되었음에도 불구하고, 알려진 구조-활성 관계(SAR)를 설명할 수 없었으며, 결과적으로 이 프로그램은 구조적 측면에서 활용이 불가능한 상태였다.
결과:
이러한 앙상블 방식의 시행착오 접근법을 통해 우리는 대체 리간드 결합 모드를 규명할 수 있었을 뿐만 아니라, 결합에 필요한 작지만 중요한 단백질 구조적 조정 사항도 파악할 수 있었습니다. 이 결합 모드는 구조생물학 팀이 제안한 모델과 비교해 반전된 형태였지만, 실험적 밀도 데이터와도 잘 부합했을 뿐만 아니라, 무엇보다도 현재 알려진 모든 구조-활성 관계(SAR)를 예측할 수 있었습니다.
사례 연구 II
과제:
유연성이 높은 단백질 표적을 대상으로 한 일련의 소분자 억제제 개발은, 설계에 필요한 구조적 통찰력이 부족했을 뿐만 아니라 동종 단백질에 대한 비표적 활성이 발생함에 따라 한계에 다다르고 있었다.
결과:
Schrödinger 이를 통해 대상 단백질과 항대상 단백질 모두에서 관심 있는 단백질 복합체( FEP+ )에 대한 정확한 예측이 가능해졌다. 특히, 리간드가 결합하는 데 필요한 구체적인 루프 및 측쇄 움직임을 밝혀냈으며, 놀랍게도 두 단백질이 높은 유사성을 보임에도 불구하고 서로 다른 결합 방식을 나타내는 등 결과는 직관과 상반되는 것이었다.
모든 수준의 구조 정보부터 시작하여 ‘ FEP+ ’ 기능을 활성화합니다.
템플릿 기반의 상동성 분석 및 AlphaFold 모델로 시작하시든, 불완전한 극저온 전자현미경(cryo-EM) 또는 실험적 X선 결정 구조를 보유하고 계시든, Schrödinger팀은 귀하의 독창적인 프로젝트를 구조적으로 실현하는 데 필요한 과학적 전문 지식과 계산 자원을 갖추고 있습니다.
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저희 전문가들이 어떻게 귀사가 인 실리코(in silico ) 솔루션을 활용할 수 있도록 도와드릴 수 있는지 알아보시려면 상담 일정을 예약해 주십시오. 향후 FEP+ 자유 에너지 계산을 위해 귀사가 관심 있는 단백질 표적을 준비할 수 있도록 저희가 도와드리겠습니다.
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