作为公司范围内的休整与充电计划的一部分,Schrödinger 全球所有办事处将于8月17日至21日当周暂停办公。在此期间,我们的响应将有所限制,敬请谅解。Scientific和技术支持 团队成员仅会处理紧急支持问题。

靶点 赋能服务

靶点 赋能服务

解锁您感兴趣的蛋白质靶点 及配体系列,用于FEP+

节省您的时间和资源——让我们为您准备所需的蛋白质-配体系统,以进行基于结构的设计。无论您是基于实验X射线晶体结构、冷冻电镜结构、AlphaFold预测结构还是同源模型,Schrödinger 的科学家都将运用我们独有的技术和专业知识,对蛋白质-配体复合物进行优化和验证,以实现高度可预测的基于结构的设计。

最适合企业和团队:

• 希望加快从苗头化合物 到先导化合物 以及先导化合物 优化 的转换进程,以达成项目里程碑
• 希望最大限度地减少在准备和验证结构模型上花费的时间
• 希望利用Schrödinger提供的先进基于物理理论 方法和专业知识

最适合以下项目:

• 当有SAR数据且已知结合位点 的位置,但靶点 的结构数据不完整(冷冻电镜、低分辨率X射线)或缺失(同源建模、AlphaFold模型)时
• 当化合物结构逐渐偏离原始项目先导化合物或先导化合物 系列,且结构数据逐渐变得不尽如人意时

借助无与伦比的技术和专业知识,推动您的探索计划

为您独特的靶点 或非 项目创建可直接用于设计的工作结构靶点

Schrödinger 已成功实现将FEP+ 应用于靶点 的多种类别的药物,包括GPCR、激酶等

充分利用Schrödinger 技术的大规模应用所带来的全部效益

该服务涵盖所有计算、许可及服务时间,用于进行全面的蛋白质靶点 评估并构建准确的结构模型

结合我们计算方面的专业知识,进一步完善您对靶点 的独特见解

Schrödinger 凭借我们在基于结构的药物设计领域多年积累的专业经验,助力实现具有挑战性的目标,通过FEP+

案例研究一

挑战:

尽管已获得靶点 与该系列目标配体形成复合物的约3.2Å冷冻电镜结构,但无法解释已知的结构活性关系(SAR),因此该项目实际上未能通过结构分析得到验证。

结果:

通过这种综合试错法,我们不仅发现了另一种配体结合模式,还确定了结合所必需的、虽微小但至关重要的蛋白质构象调整。尽管与结构生物学团队提出的模型相比,这种结合模式发生了翻转,但它同样符合实验密度分布,而且更重要的是,能够预测所有已知的结构活性关系(SAR)。

案例研究二

挑战:

针对一种具有柔性结构的蛋白质靶点 开发的一系列小分子抑制剂,由于缺乏指导设计的结构见解,以及在同源蛋白上出现靶点 的活性,其研发已接近极限。

结果:

Schrödinger 该方法成功对目标系列分子在靶点 和anti-靶点 上的FEP+ 预测进行了精确预测。重要的是,该研究揭示了配体结合所必需的特定环结构和侧链运动;值得注意的是,研究结果出人意料——尽管这两种蛋白质高度相似,但结果却显示它们具有不同的结合模式。

从所有层级的结构信息开始启用FEP+

无论您是基于模板的同源性建模和AlphaFold模型起步,还是拥有不完整的冷冻电镜或实验X射线晶体结构,Schrödinger的团队都具备必要的科学专业知识和计算资源,能够为您的独特项目提供结构解析支持。

经过科学验证的解决方案,用于基于结构的药物设计

  • 出版物
利用预测模型实现基于结构的药物设计

Miller, E. B. 等。《Cell》2024年,第187卷,第3期,第521-525页

  • 出版物
针对苗头化合物 药物发现,对AlphaFold2的精炼结构和未精炼结构进行基准测试。

张Y等。《化学信息与建模杂志》2023年,第63卷,第6期,第1656–1667页。

  • 出版物
基于诱导契合的分子对接 方法能够对同源模型进行精确的自由能微扰 计算。

徐T等。《化学理论与计算杂志》2022年,第18卷,第9期,第5710–5724页。

利用数字技术推动探索项目

FEP+

用于药物发现的高性能自由能计算

IFD-MD

针对新型化学物质,对靶点和非靶点进行精确的配体结合模式预测

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预约通话,了解我们的专家如何帮助您获取计算机模拟解决方案——让我们协助您准备您感兴趣的蛋白质靶点 ,以便进行FEP+ 自由能计算。

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满足您组织需求的软件和服务

软件平台

利用一个功能全面且易于使用的平台,部署用于分子建模 、设计和协作的数字化药物发现工作流。

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利用Schrödinger的大规模计算专业知识和技术,推动您的项目顺利通过药物发现过程中的关键阶段。

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