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抗体设计

合理设计高效、安全且易于开发的单克隆抗体

抗体设计

基于结构的抗体设计能力

采用传统的IgG格式或其他格式

直接根据序列构建可靠的抗体三维结构模型

  • 利用一种集成了从头CDR环构象预测的完全引导式同源建模工作流来预测抗体结构
  • 执行批量同源建模,以加快亲本序列及其变体的模型构建
  • 利用结构表征预测工具对抗体序列进行建模和分级筛选,从而识别并确定有前景的候选抗体

优化理性抗体的的人源化过程

  • 通过CDR嫁接结合靶向残基突变来生成人源化抗体
  • 评估所得构造中“人性”所占的比例

理解并预测抗体与抗原的相互作用

  • 通过集合蛋白质-蛋白质对接预测抗体-抗原复合物的结构
  • 提高实验性表位图谱数据(例如突变分析或质谱分析)的分辨率,使其从肽水平细化至残基水平
  • 通过快速蛋白质-蛋白质对接识别有利的抗体-抗原相互作用
  • 通过一个易于使用的图形用户界面,对预测的蛋白质-蛋白质相互作用进行探究和分析

通过尽早发现潜在责任来降低开发风险

  • 利用结构表征预测工具对抗体序列进行建模和分级筛选,从而识别并确定有前景的候选抗体
  • 突出显示可能发生翻译后修饰和化学反应的表面位点
  • 利用计算蛋白质表面分析方法检测潜在的聚集热点

通过计算机模拟设计抗体

  • 准确预测残基替换对结合亲和力、选择性和热稳定性的影响
  • 利用 Residue Scan FEP+ 结合 lambda 动力学快速识别高质量的蛋白质变体
  • 利用“蛋白质突变FEP+”方法优化抗体候选物的筛选,其准确度可将实验测定的相对自由能再现至约1 kcal/mol的精度
  • 利用易于实施的计算工作流程进行多参数优化,例如同时优化稳定性、亲和力、交叉反应性、聚集倾向以及翻译后修饰风险
 

利用薛定谔(Schrödinger)的尖端软件设计高质量的生物制剂

BioLuminate


生物制剂发现的建模环境

LiveDesign


协作式数字生物制剂设计与发现实验室

精选课程《计算抗体工程导论》课程

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网络研讨会

了解施罗丁格技术如何被用于解决现实世界中的研究难题。

利用新型计算设计方法优化生物制剂的蛋白质稳定性

通过计算建模加速抗体药物研发

基于计算建模的抗体人源化

文档与教程

了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。

生命科学 教程

利用大分子姿态过滤和MM-GBSA残基扫描对蛋白质-蛋白质对接姿态进行过滤和验证

确定蛋白质-蛋白质对接中哪些构象符合关于蛋白质-蛋白质界面的实验观察结果。

生命科学 教程

使用 BioLuminate 进行抗体结构预测与可视化

预测抗体结构,分析结构质量,并对预测出的结构进行必要的精修。

生命科学 教程

利用BioLuminate实现抗体结构的人源化

通过CDR嫁接和残基突变实现抗体的“人源化”。

生命科学 教程

使用 PIPER 进行抗体-抗原对接

使用 PIPER 将抗体和抗原结构对接,以获得抗体-抗原复合物。

生命科学 教程

利用MM-GBSA残基扫描提高抗体的稳定性/亲和力

在抗原-抗体复合物中进行MM-GBSA残基扫描,以提高其稳定性和亲和力。

生命科学 文档

OPLS4 和 OPLS5 力场

力场是化学体系势能的模型——它是一组用于模拟该体系势能的函数和参数,从而计算作用于每个粒子上的力。

生命科学 文档

Prime

一款完全集成的蛋白质结构预测解决方案,将同源建模和折叠识别整合到单一解决方案中。

生命科学 文档

FEP+

利用基于物理原理的自由能扰动技术对蛋白质-配体结合进行计算预测,其准确度可与实验方法相媲美。

生命科学 文档

德斯蒙德

利用基于GPU的高性能分子动力学(MD)引擎对生物系统进行模拟。

生命科学 文档

BioLuminate

Schrödinger 用于生物制剂发现的综合建模平台。

主要产品

进一步了解可用于推进您研究项目的关键计算技术。

BioLuminate

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Prime

一种用于精确预测蛋白质结构的强大且创新的解决方案

PIPER

一款最先进的蛋白质-蛋白质对接程序

德斯蒙德

一款高性能分子动力学(MD)引擎,具备高可扩展性、高吞吐量和科学精度

FEP+

用于药物发现的高性能自由能计算

出版物

浏览相关应用领域中采用薛定谔技术的经同行评审的出版物列表。

生命科学 出版物

基于结构的浓缩抗体溶液中辅料对粘度影响的计算

生命科学 出版物

利用结构生物信息学和一种靶向P-环的单克隆抗体,发现了人类KRAS G13D基因中的新型可成药位点

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利用自由能扰动计算对蛋白质-蛋白质复合物突变的相对结合能进行稳健预测

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针对T细胞恶性肿瘤中TRBC1和TRBC2的结构导向免疫疗法工程化

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利用人工神经网络对单克隆抗体溶液的浓度依赖性粘度行为进行预测建模

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基于序列的粘度预测在快速抗体工程中的应用

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区分临床抗体与抗体库抗体:一种基于计算的开发可行性评估途径

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用于生物制剂定量结构-性质关系预测的描述符集

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高地运动会:基于氨基酸序列预测单克隆抗体生物物理和药物特性的基准测试

生命科学 出版物

一种通过主要组织相容性复合体I新抗原呈递靶向突变型β-catenin的工程化抗体片段

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软件平台

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