PIPER
一款最先进的蛋白质-蛋白质分子对接 程序
在原子层面理解和预测蛋白质-蛋白质相互作用
PIPER 是一个经过充分验证的蛋白质-蛋白质分子对接 程序，它基于多阶段方法和先进的数值方法，能够生成可靠的蛋白质-蛋白质复合物结构。该程序基于波士顿大学 Vajda 实验室开发的分子对接 代码，根据以往 CAPRI（相互作用预测关键评估）盲测实验的结果，PIPER 作为蛋白质-蛋白质复合物的预测工具表现卓越，其预测效果已得到充分验证。
核心能力
借助直观的生物信息学界面 BioLuminate，可轻松设置和运行蛋白质-蛋白质分子对接 计算
利用PIPER高效的高速傅里叶变换（FFT）方法，结合精确的成对势能，快速采样并评估数十亿个相互作用蛋白质的相对取向
与其他基于FFT的分子对接 程序相比，在初始姿势筛选中增加近原生构象的数量，同时减少假阳性数量
利用针对特定类别的蛋白质-蛋白质复合物（例如抗体 抗原以及酶-抑制剂对）所优化的专用势能函数，以提升计算结果
利用实验数据，通过施加一系列约束（包括吸引或排斥的偏置约束，或将特定残基标记为埋藏残基）来引导正确构象的选择
文档与教程
了解常见问题的解答，并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。
出版物
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