PIPER
최첨단 단백질-단백질 도킹 프로그램
원자 수준에서 단백질-단백질 상호작용을 이해하고 예측하기
PIPER는 다단계 접근법과 첨단 수치 기법을 기반으로 하는, 검증된 단백질-단백질 도킹 프로그램으로, 신뢰할 수 있는 단백질-단백질 복합체 구조를 생성합니다. 보스턴 대학교 Vajda 연구실의 도킹 코드를 기반으로 하는 PIPER는, 과거 CAPRI(Critical Assessment of Prediction of Interactions) 맹검 실험을 통해 단백질-단백질 복합체를 예측하는 데 있어 탁월한 성능을 입증한 바 있습니다.
주요 역량
직관적인 생물학적 인터페이스인 BioLuminate를 사용하여 단백질-단백질 도킹 계산을 손쉽게 설정하고 실행할 수 있습니다.
PIPER의 효율적인 고속 푸리에 변환(FFT) 기법과 정확한 쌍별 잠재력을 활용하여, 상호작용하는 단백질 간의 수십억 가지 상대적 배향에 대해 신속하게 샘플링하고 점수를 매길 수 있습니다.
다른 FFT 기반 도킹 프로그램에 비해 초기 포즈 선정 단계에서 원형에 가까운 구조의 수를 늘리는 동시에, 오탐의 수를 줄인다
항체-항원, 효소-억제제 쌍과 같은 특정 종류의 단백질-단백질 복합체에 최적화된 특수한 전위를 사용하여 결과를 개선하십시오.
실험 데이터를 활용하여, 인력을 발휘하거나 반발력을 주는 편향 제약 조건을 포함하여 광범위한 제약 조건을 적용함으로써 올바른 포즈의 선택을 유도하거나, 특정 잔기들이 매몰되도록 지정할 수 있다.
문서 및 튜토리얼
Schrödinger의 소프트웨어 사용과 관련된 자주 묻는 질문에 대한 답변을 확인하고, 모범 사례를 알아보세요.
간행물
관련 응용 분야에서 ‘ Schrödinger ’ 기술을 활용한 동료 심사를 거친 논문 목록을 살펴보세요.
교육 및 자료
온라인 자격증 과정
실습 중심의 온라인 ‘ 분자모델링 ’ 과정을 통해 여러분의 역량을 한 단계 높여보세요. 이 자기 주도형 과정은 다양한 과학 주제를 다루며, ‘ Schrödinger ’ 소프트웨어 이용 권한과 지원 서비스가 포함되어 있습니다.
튜토리얼
프로젝트의 성공을 위해 ‘ Schrödinger ’ 소프트웨어의 기술과 모범 사례를 활용하는 방법을 알아보세요. 교육 자료, 튜토리얼, 빠른 시작 가이드, 동영상 등을 확인해 보세요.
기타 리소스