PIPER
最先端のタンパク質間ドッキングプログラム
タンパク質間相互作用を原子レベルで理解し、予測する
PIPERは、多段階アプローチと高度な数値計算手法に基づいた、十分に検証済みのタンパク質間ドッキングプログラムであり、タンパク質複合体の信頼性の高い構造を生成します。ボストン大学ヴァイダ研究室のドッキングコードを基盤とするPIPERは、過去のCAPRI（Critical Assessment of Prediction of Interactions）ブラインド実験において、タンパク質複合体の予測において卓越した性能を発揮した実績があります。
主な機能
直感的なバイオロジクス用インターフェース「BioLuminate」を使用すれば、タンパク質間ドッキング計算を簡単に設定・実行できます。
PIPERの効率的な高速フーリエ変換（FFT）手法と、高精度なペアワイズポテンシャルを組み合わせることで、相互作用するタンパク質の数十億もの相対的な配向を迅速にサンプリングし、評価します。
他のFFTベースのドッキングプログラムと比較して、初期のポーズ選定においてネイティブに近いコンフォメーションの数を増やしつつ、偽陽性の数を減らす
抗体-抗原や酵素-阻害剤などの特定のタンパク質-タンパク質複合体の種類に合わせて最適化された特殊なポテンシャルを用いて、解析結果の精度を向上させる
実験データを用いて、引力や斥力などのバイアス制約を含む幅広い制約を適用することで、正しいポーズの選択にバイアスをかけたり、特定の残基 を埋没させるように指定したりする
ドキュメントとチュートリアル
Schrödingerのソフトウェアに関するよくある質問への回答や、その活用におけるベストプラクティスをご確認ください。
出版物
関連する応用分野において、Schrödinger 技術を採用した査読付き論文の一覧をご覧ください。