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肽类发现

利用基于计算的结构方法设计肽类药物

肽类发现
背景图案

探索计算辅助肽设计带来的优势

大规模地对初始天然肽进行枚举并拓展创意

探索向标准和非标准氨基酸的突变、定制主链修饰以及多种环化反应,以合成具有所需性质的新型天然肽或肽类似物。

探索构象景观

预测三维结构,计算结构各异的构象的相对结合自由能,并选择最合理的结合模式。

预测肽的关键性质

通过促进具有所需性能及相关理化特性(如膜通透性和溶解度)的肽结构的设计与优化,指导肽的发现。

理解肽与靶点 之间的相互作用

运用专门的对接工具、分子动力学以及先进的自由能扰动计算方法,以接近实验水平的精度预测结合亲和力、选择性、热稳定性和pH依赖性。

 

利用薛定谔(Schrödinger)的尖端软件设计高质量的生物制剂

BioLuminate


生物制剂发现的建模环境

LiveDesign


协作式数字生物制剂设计与发现实验室

你身边有不少志同道合的人

“LiveDesign 彻底改变了一切。我们将其用于化合物的日常设计工作。 整个团队协同合作,对化合物进行建模,同时利用各种能为我们带来帮助的Schrodinger应用程序——包括小分子和肽的建模。FEP能够非常准确地预测肽的亲和力,特别是对于那些可能暴露在溶剂中或与蛋白质相互作用的位点。在使用FEP进行肽建模方面,我们取得了非常好的效果。”

——Donya Ohadi
强生创新医药

出版物

浏览相关应用领域中采用薛定谔技术的经同行评审的出版物列表。

生命科学 出版物

α-锥毒素LvIA第11位点的基本残基通过静电机制影响其对α3β2和α3β4烟碱受体的亚型选择性

生命科学 出版物

基于结构的蛋白质-蛋白质相互作用位点的评估及其成药性分类

生命科学 出版物

具有双重PCSK9/HMG-CoAR抑制活性的羽扇豆肽P5类似物的计算设计与生物学评价

生命科学 出版物

生长抑素受体在配体识别方面的可塑性

生命科学 出版物

通过精确的自由能计算,可以预测针对烟碱型乙酰胆碱受体的锥螺毒素中增强效力与选择性的突变

生命科学 出版物

可通过精确的自由能计算预测针对电压门控钠通道NaV1.7的门控调节毒素的增强活性突变

生命科学 出版物

离子通道上肽类毒素结合位点的水热力学

生命科学 出版物

用于治疗应用的巨环化合物自动化设计:从小分子到肽和蛋白质

生命科学 出版物

通过全面的计算和生物物理表征推进治疗性蛋白质的发现与开发

生命科学 出版物

多颗粒蛋白结构域肽可与前猫hepsin D结合,并在体外比前颗粒蛋白更有效地刺激其酶活性

文档与教程

了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。

生命科学 教程

学习路径:环肽建模

药物发现中环肽相关工具与工作流的系统性概述。

生命科学 教程

处理非标准氨基酸

设计非标准氨基酸(NSAAs),将这些非标准氨基酸添加到数据库中,运行并分析包含所设计非标准氨基酸的MM-GBSA残基扫描。

生命科学 教程

环肽的制备及其与参考结构的比对

使用 LigPrep 制备用于建模的环肽,并使用 tug_align 脚本将其与参考结构对齐。

生命科学 教程

肽环化

通过命令行界面使用 macrocyclize.py 脚本对肽进行环化,并使用 Prime MM-GBSA 对环化后的结构进行排序。

生命科学 文档

LiveDesign ML

一款 LiveDesign 插件,可在 LiveDesign 环境中提供高度自动化的系统,用于部署监督学习建模管道。

生命科学 文档

Prime

一款完全集成的蛋白质结构预测解决方案,将同源建模和折叠识别整合到单一解决方案中。

生命科学 文档

FEP+

利用基于物理原理的自由能扰动技术对蛋白质-配体结合进行计算预测,其准确度可与实验方法相媲美。

生命科学 文档

力场构建器

通过针对一组分子的量子力学计算进行拟合,自定义 OPLS4 或 OPLS5 力场中未明确包含的扭转矩。

生命科学 文档

德斯蒙德

利用基于GPU的高性能分子动力学(MD)引擎对生物系统进行模拟。

生命科学 文档

BioLuminate

Schrödinger 用于生物制剂发现的综合建模平台。

主要产品

进一步了解可用于推进您研究项目的关键计算技术。

BioLuminate

用于生物制剂发现的综合建模平台

LiveDesign

您的全方位数字分子设计实验室

Prime

一种用于精确预测蛋白质结构的强大且创新的解决方案

MacroModel

一款功能全面、用途广泛的分子建模程序

滑行

业界领先的配体-受体对接解决方案

PIPER

一款最先进的蛋白质-蛋白质对接程序

FEP+

用于药物发现的高性能自由能计算

满足您组织需求的软件和服务

软件平台

利用一个功能全面且易于使用的分子建模、设计和协作平台,部署数字化药物发现工作流程。

模特服务

充分利用施罗丁格(Schrödinger)的计算专业知识和技术优势,助力您的项目顺利通过药物发现过程中的关键阶段。

支持与培训

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