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Desmond

高性能的分子动力学 (MD) (MD)引擎,具备高可扩展性、高吞吐量和科学精度

生命科学:Desmond

通过快速、准确的方法,理解并预测系统的关键性质分子动力学 (MD)

Desmond 这是一款基于GPU的高性能分子动力学(分子动力学 (MD) , MD)引擎,用于模拟生物系统,例如小分子蛋白质、病毒衣壳、蛋白质-配体复合物、混合溶剂中的小分子、有机固体以及合成长链分子复合物。

优点Desmond

GPU加速性能

在配备常规和高端网络的通用Linux集群上可实现卓越的吞吐量,并与单核CPU相比,在通用图形处理器(GPGPU)上的计算速度提高了100倍

卓越的精度

Desmond旨在确保数值精度、稳定性和严谨性,其性能可实现对纳米至微米级大规模特征在皮秒至微秒时间尺度上的模拟 。

值得信赖的能源技术

为原子级力场模型的能量和力计算提供了一个强大的框架,并与生物分子研究中常用的化学体系兼容

逼真的模拟

利用模拟 计算箱进行具有周期性边界条件的显式溶剂模拟,在计算中特别注重长程静电作用,可用于对具有显式脂质膜的蛋白质和核酸体系进行建模

易于使用的界面

提供智能默认设置,并在直观的界面中支持快速配置计算实验,同时支持模拟 的自动化配置,包括系统构建、分析工具和力场分配

强大的分析工具

支持在同一 Maestro 建模环境中,该环境可连接到量子力学(QM) 提供的全面建模工具套件,直至机器学习(ML)

应用

使用左右方向键在幻灯片之间切换。

混合溶剂分子动力学 (MD) (MxMD)

通过增强采样提升隐性结合口袋的识别能力。利用 MxMD 配合我们全新的界面,可简化蛋白质表面隐性结合口袋的设置、分析及可自定义的可视化操作。

解离动力学

通过解离动力学分析表征配体-受体相互作用。利用增强采样方法可视化解离路径,从而根据其解离速率识别并优化具有潜力的先导化合物 化合物。

NVIDIA 官方合作伙伴

Schrödinger 与英伟达建立了战略合作伙伴关系,旨在针对英伟达GPU技术优化我们的计算药物发现平台。

文档与教程

了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。

生命科学 教程

蛋白质表征:第3部分

利用MM-GBSA方法研究牛β-乳球蛋白二聚体界面突变。

生命科学 教程

蛋白质表征:第2部分

通过进行并分析分子动力学 (MD) 模拟,探讨牛β-乳球蛋白在不同pH值条件下的特性。

生命科学 教程

学习路径:环肽建模

关于药物发现中环肽 所用工具和工作流的系统性概述。

生命科学 教程

蛋白质表征:第一部分

学习蛋白质表征工作流程:确定结构、分析表面性质以及进行混合溶剂实验分子动力学 (MD) 。

生命科学 教程

使用……进行元动力学模拟的入门指南Desmond

对构象 采样或映射势能面进行元动力学模拟。

生命科学 教程

生成三元复合结构,以实现靶向蛋白降解剂的理性设计

生成并评估靶点-PROTAC(蛋白降解靶向嵌合体)-连接酶复合物的结构,以便构建连接子优化 。

生命科学 教程

复杂蛋白质溶液的模拟

学习如何为分子动力学(分子动力学 (MD) ,MD)模拟准备复杂的蛋白质系统模拟 。

生命科学 教程

利用BioLuminate进行酶工程

研究OYE家族中一种烯烃还原酶的突变对酶稳定性和配体结合的影响。

生命科学 教程

构建和分析复杂的脂质双层,并嵌入膜蛋白

学习如何构建和分析复杂的脂质双层,以及如何将蛋白质嵌入其中。

生命科学 教程

薄板剪切

学习如何计算薄层剪切粘度和摩擦系数。

相关产品

进一步了解可用于推进您研究项目的相关计算技术。

虚拟集群

用于在云端运行仿真的安全、可扩展的环境

Maestro

专为您的分子发现而设计的完整建模环境

OPLS4 和 OPLS5 力场

一个用于精确分子模拟的现代化、综合性力场

FEP+

用于药物发现的高性能自由能计算

IFD-MD

针对新型化学物质,对靶点和非靶点进行精确的配体结合模式预测

案例研究与网络研讨会

了解Schrödinger 技术如何被用于解决现实世界中的研究难题。

生命科学 网络研讨会

基于计算的隐性结合位点 检测与优先级排序

在本场网络研讨会中,我们将介绍一种创新的计算工作流程,该流程将混合溶剂分子动力学 (MD) (MxMD)与SiteMap相结合,用于揭示和鉴定隐性结合位点。

生命科学 网络研讨会

Schrödinger Software 2024-3 新功能介绍网络研讨会录像回放

2024年9月3日 | 此次,我们发布了最新版本2024-3。在本场网络研讨会中,我们将为您介绍主要的新功能。

生命科学 网络研讨会

抗体 以计算建模为指导的人性化

生命科学 网络研讨会

Desmond分子动力学模拟 |分子动力学 (MD) 模拟

“Desmond分子动力学模拟”培训将演示Desmond分子动力学的工作流程,其中包括

生命科学 网络研讨会

降解剂 双功能设计计算工作流

生命科学 网络研讨会

“按需设计酶:基于结构的酶建模方法”

概述了如何利用Schrödinger 技术,通过基于结构的理性设计来优化酶。

生命科学 网络研讨会

分子动力学 (MD) 及增强采样方法的案例研究

在本场网络研讨会中,我们将介绍小分子构象 采样及膜通透性方面的应用。

出版物

浏览采用Schrödinger 技术、发表在相关应用领域的经同行评审的出版物列表。

材料科学 出版物

用于先进封装的模拟 材料特性

生命科学 出版物

STX-721 是一种共价 EGFR/HER2 外显子 20 抑制剂,它利用外显子 20 突变体的动态蛋白质状态,并在多种人类癌症模型中实现了独特的突变体选择性 。

生命科学 出版物

一种经过大规模验证和盲测验证的、用于支持小分子药物开发的可靠晶体结构预测 法

材料科学 出版物

利用……揭示来自平螺旋藻(Arthrospira platensis)的蓝色天然色素异藻蓝蛋白的光吸收机制分子动力学 (MD)

材料科学 出版物

利用分子动力学 (MD) 模拟和自由能分析评估类药物化合物与猴痘病毒VP39蛋白的结合潜能及稳定性

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利用分子动力学模拟预测非晶固体分散体中药物与聚合物的相容性模拟 :关于溶剂化自由能的陷阱

材料科学 出版物

波利溶解机制的潜在应用:以布比卡因的分子动力学 (MD) 模拟 为例

材料科学 出版物

利用机器学习(ML) 和基于物理理论 模型设计新一代聚合物

材料科学 出版物

利用分子动力学 (MD) 模拟对泼尼松龙在聚乳酸-共聚乙二酸聚合物载体中的包封进行建模

材料科学 出版物

用于高效去除染料的Cu-TiO₂/沸石/PMMA片剂:光催化水净化研究

培训与资源

在线认证课程

通过分子建模 的实践性在线课程,提升您的技能水平。这些可自主安排学习进度的课程涵盖了广泛的科学主题,并提供Schrödinger 软件的使用权限及技术支持。

教程

了解如何将Schrödinger 软件的技术和最佳实践应用于您的项目,以确保项目成功。查找培训资源、教程、快速入门指南、视频等内容。