Desmond
높은 확장성, 처리량 및 과학적 정확도를 제공하는 고성능 분자동역학 (MD) 엔진
높은 확장성, 처리량 및 과학적 정확도를 제공하는 고성능 분자동역학 (MD) 엔진
Desmond 이 엔진은 GPU 기반의 고성능 MD( 분자동역학 ) 엔진으로, 작은 단백질, 바이러스 캡시드, 단백질-리간드 복합체, 혼합 용매 내 소분자, 유기 고체, 합성 고분자 복합체와 같은 생물학적 시스템을 시뮬레이션하는 데 사용됩니다.
일반 및 고성능 네트워크를 모두 갖춘 상용 리눅스 클러스터에서 탁월한 처리량을 달성하며, 단일 CPU에 비해 범용 GPU(GPGPU)에서 연산 속도를 100배 향상시킵니다.
수치적 정확성( 안정성)과 엄밀성( Desmond)에 중점을 두고 설계된 이 알고리즘은, 피코초에서 마이크로초에 이르는 시간 척도에서 나노미터에서 마이크로미터 크기의 대규모 특징을 시뮬레이션할 수 있게 해줍니다.
원자 수준 힘장 모델의 에너지 및 힘 계산을 위한 견고한 프레임워크를 제공하며, 생체분자 연구에서 일반적으로 사용되는 화학적 결합 방식과 호환됩니다.
장거리 정전기력 계산에 세심한 주의를 기울여 시뮬레이션 박스를 활용하고 주기적 경계 조건을 적용한 명시적 용매 시뮬레이션을 수행하며, 명시적 지질막을 갖춘 단백질 및 핵산 시스템을 모델링하는 데 사용할 수 있다.
지능형 기본 설정을 제공하며, 직관적인 인터페이스를 통해 계산 실험을 신속하게 설정할 수 있게 해주는 동시에, 시스템 구축, 분석 도구 및 힘장 할당을 포함한 자동화된 시뮬레이션 설정을 지원합니다.
동일한 Maestro 양자역학부터 포괄적인 모델링 도구 모음까지 연결되는 동일한 모델링 환경 내에서 계산 결과를 시각화하고 분석할 수 있게 해줍니다. 머신러닝

Schrödinger NVIDIA와 전략적 파트너십을 맺고, 당사의 전산 기반 신약 개발 플랫폼을 NVIDIA GPU 기술에 최적화하고 있습니다.
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