Schrödinger 디지털 신약 개발 세미나 17:
Schrödinger의 물리학 기반 항체 분석 및 설계 접근법

슈뢰딩거의 신약 개발 플랫폼은 물리학의 제1원리에 기반한 계산화학 기술을 활용하여 단백질 3차원 구조 정보를 바탕으로 한 첨단 약물 설계를 가능하게 하며, 해당 소프트웨어는 전 세계 주요 제약사에서 활용되고 있습니다.

본 세미나에서는 슈뢰딩거의 Biologics Modeling Suite: BioLumimate를 활용한 일반적인 항체의 3D 모델링 기술 외에도, 단백질-단백질 도킹을 이용한 항원-항체 복합체 구조 예측 및 자유 에너지 섭동법(FEP)을 통한 친화도·안정성 예측 등에 대해 설명합니다.또한, 단독으로는 특정 안정된 콘포메이션을 가지지 않는 무질서한(Disordered) 에피토프를 가진 항원에 대해, 분자 동역학(MD) 시뮬레이션과 직교(Orthogonal) 실험 데이터를 활용하여 항원-항체 복합체 구조를 추정할 가능성에 대해 논의합니다.아울러, 계산화학적으로 예측된 항체의 3D 구조로부터 설명자를 도출하여, 물리적 원리만으로는 예측하기 어려운 개발 가능성(Developability)과 관련된 매개변수의 예측 모델을 자동으로 생성하는 도구인 λ-다이나믹스를 활용한 CpH-MD법을 통해 아미노산 잔기의 국소적 pKa 예측을 pH 의존성 항원과의 결합이나 ADC 개발을 목적으로 하는 부위 선택적 기능화(Siteselective Functionalization)에 적용할 수 있는 가능성 등, 최근의 선진적인 시도들에 대해서도 소개하겠습니다.