2023년 9월 6일

물리학 기반 이중 기능 분해제 설계, 온라인 강연 녹화본

발표자

두안 지안신 박사
응용과학 부문 연구원

초록

두 개의 리간드와 하나의 링커를 가진 이중 기능성 분자는 E3 연결효소와 표적 단백질을 결합시켜 표적 단백질의 분해를 촉진할 수 있다. 이중 기능성 분해제의 분자 설계에는 여전히 많은 과제가 남아 있다: 1) 표적 결합에 방해가 되지 않도록 단백질 리간드(warhead)와 링커의 결합 지점을 최적화하는 것; 2) 복잡한 구조를 고려하여,분해제의 결합 효능을 최적화하는 것; 3) 삼원 구조 모델의 예측. 위의 과제 중 첫 번째는 소분자 설계와 동일하므로, FEP+를 적용하기에 매우 적합합니다. 이번 온라인 세미나에서는 물리 이론 기반 시뮬레이션(예: 강화 샘플링 및 FEP)을 두 번째 및 세 번째 과제에 어떻게 적용할 수 있는지 소개하겠습니다.

두 개의 리간드와 하나의 링커로 구성된 이중 기능성 분자는 E3 리가제를 표적 단백질로 유인하여 표적 단백질의 분해를 유도할 수 있습니다. 이중 기능성 분해제의 설계에는 다음과 같은 여러 가지 과제가 있습니다. 1) 표적 결합의 방해를 방지하기 위한 워헤드 리간드 및 링커 결합 부위의 최적화; 2) 복잡한 구조를 고려한 분해제의 결합 효능 최적화; 3) 삼원 구조 모델의 예측. 첫 번째 과제는 본질적으로 소분자 설계와 동일하며, 이는 FEP+ 에 매우 적합합니다. 이번 웨비나에서는 강화된 샘플링(enhanced sampling) 및 FEP와 같은 물리 기반 시뮬레이션이 두 번째 및 세 번째 과제에 어떻게 적용될 수 있는지 보여드리겠습니다.