2023年9月6日

基于物理理论 双功能降解剂的设计，基于物理理论设计的虚拟双功能降解剂，网络讲座录像

演讲者

段建新博士
应用科学研究员

摘要

具有两个配体和一个连接子（Linker）的双功能分子能够结合E3连接酶与靶蛋白，从而促进靶蛋白的降解。双功能降解剂的分子设计仍面临诸多挑战：1）优化蛋白配体（warhead）与连接子的连接点，避免干扰靶点结合；2）鉴于其复杂的结构，优化降解剂的结合效力；3）三元组结构模型的预测。上述挑战中的第一项与小分子设计相同，非常适合采用FEP+。本次网络讲座中，我们将展示如何将基于物理理论的模拟（例如增强采样和FEP）应用于第二和第三项挑战。

具有两个配体和一个连接子的双功能分子能够将E3连接酶招募至靶点 蛋白上，从而导致靶点 蛋白的降解。双功能降解剂的设计面临着诸多挑战：1) 需对蛋白配体 及连接子连接点进行优化 ，以避免干扰on靶点 的结合；2) 鉴于结构的复杂性，需对降解剂的结合亲和力进行优化 ；3) 三元结构模型的预测。 第一个挑战本质上与小分子设计相同，而FEP+ 非常适合处理此类问题。在本期网络研讨会中，我们将展示如何将基于物理理论 中的模拟方法（如增强采样和FEP）应用于第二和第三个挑战。