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快速了解如何将Schrödinger 技术融入您的研究。从概述到深度解析，您可以在这里找到有关应用、工作流程和分析的信息。

入门指南Maestro 视频 生命科学
入门指南Maestro

一套免费的视频系列，介绍Maestro 的使用基础。

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Maestro BioLuminate 入门指南 视频 生命科学
Maestro BioLuminate 入门指南

一套免费的视频系列，介绍Maestro Bioluminate的使用基础知识。

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文档

涵盖面板和工作流的全面参考文档。

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教程

针对各种工作流的自助式分步入门指南，附有示例文件，帮助您熟悉Schrödinger 工具。

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《化学家指南》Maestro

对药物化学家在构思阶段有用的Maestro 基础任务，以及先导化合物 优化 。

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利用……设计BACE1抑制剂自由能微扰

使用FEP+ 为一系列 BACE1 抑制剂准备、运行并分析自由能微扰 (FEP)模拟 。

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使用多序列查看器/编辑器创建嵌合同源建模

使用多序列查看器/编辑器（MSV）构建嵌合同源模型。

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结构制备与可视化导论

在Maestro 中进行配体和蛋白质结构的构建与可视化。

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BioLuminate 及多序列查看器/编辑器简介

准备并可视化一种酶，分析其序列以确定残基的保守性，并使用 MSV 构建同源模型。

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使用多序列查看器/编辑器构建同源模型

使用 MSV 构建并优化同源模型。

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使用多序列查看器/编辑器批量处理同源建模

使用 MSV，基于单个模板构建多个同源模型。

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利用WaterMap引导的先导化合物 优化 与Ligand Designer

使用“配体设计器”（Ligand Designer）置换不稳定的水分子，并优化苗头化合物 分子。

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使用“配体设计器”构建蛋白质-配体相互作用

使用“配体设计器”（Ligand Designer）构建蛋白质-配体相互作用，并优化苗头化合物 分子。

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使用 DeepAutoQSAR 训练和评估 ADMET 模型

利用一个大型数据集，构建并测试两个用于预测水溶性的模型。

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在膜结合蛋白上应用IFD-MD

为IFD-MD模拟设置一种膜结合蛋白，并可视化结果。

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基于结构的虚拟筛选 ，使用Glide

为分子对接 准备受体网格，对分子进行对接，并检查对接后的构象。

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使用 MM-GBSA 对被截断的配体进行重新评分

优化结合姿态，并对一项小型虚拟筛选的结果进行重新评分。

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构象 使用 MacroModel 和 ConfGen 对小分子进行分析

研究相关小分子的扭转分布，以及构象如何影响分子内和分子间相互作用。

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靶点 使用 SiteMap 和 WaterMap 进行分析

确定受体上的潜在活性位点。

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利用 WaterMap 识别结合位点 需求以及先导化合物 优化

分析 WaterMap 和 WM/MM 评分结果，以识别不稳定的水域并评估配体结合情况。

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与A2A结合的膜结合型FEP+

使用FEP+ ，针对一种膜结合蛋白，针对一系列 A2A 抑制剂，准备、运行并分析自由能微扰 (FEP)模拟 。

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图书馆设计中的分类工具

使用测序工具设计用于先导化合物 优化 的CDK2抑制剂的文库。

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在共价结合的配体上应用IFD-MD

针对共价结合的配体设置 IFD-MD，并可视化结果。

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视频

关于特定入门和科学主题的短视频概述，包括新版本功能的总结。

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创建一个Maestro 项目

《Maestro 入门指南》视频系列的第一期：工作目录、保存项目以及自定义鼠标操作。

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在……中导入和渲染结构Maestro

《Maestro 入门》视频系列的第二期：从蛋白质数据银行（PDB）导入结构、选择与包含、样式设置。

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在……中与对象和应用程序进行交互Maestro

《Maestro 入门视频系列》的第三期视频：在Maestro 中使用右键菜单、收藏夹工具栏以及浏览任务。

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在2D中修改配体以及在Maestro

《Maestro 入门视频系列》的第四期视频：2D Sketcher，配体对齐。

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在3D中修改化合物Maestro

《Maestro 入门》视频系列的第五期：使用3D Builder设计新化合物。

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Workspace 切换为Maestro

《Maestro 入门》视频系列的第六期：workspace 切换至“序列查看器”。

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使用结构层次结构并在Maestro

《Maestro 入门视频系列》的第七期视频：结构层次结构 添加曲面。

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配体相互作用图及图像生成在Maestro

“Maestro 入门”视频系列的第八期：配体相互作用图 分享图片。

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配体结构准备 以及Job Monitor 中的Maestro

“Maestro 入门”视频系列的第九期：配体结构准备 ，使用LigPrep 、Job Monitor 以及配体对齐功能。

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在……中制备蛋白质结构Maestro

《Maestro 入门》视频系列的第十期：使用Protein Preparation Workflow 进行蛋白质制备， 设置Glide 的分子对接 计算。

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使用Ligand Designer进行靶向R基团枚举Maestro

“Maestro 入门”视频系列的第十一集：使用Ligand Designer进行R-组枚举和分子对接 、自定义MPO以及对Ligand Designer的输出结果进行后处理。

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创建一个 BioLuminate 项目

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第一期视频：更改工作目录、保存项目等。

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在 BioLuminate 中导入和渲染结构

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第二期视频：从蛋白质数据银行（PDB）导入结构、选择与包含，以及workspace 的样式设置选项。

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在 BioLuminate 中与对象和应用程序交互

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第三期视频：BioLuminate 中右键点击的功能及界面管理方法。

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在 BioLuminate 中与应用程序互动并将其加入收藏

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第四个视频：收藏夹工具栏， 浏览“任务”菜单。

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Workspace 开关简介及BioLuminate中的结构层次体系

《Maestro BioLuminate入门视频系列》的第五期视频：workspace 介绍了切换功能、结构层次结构、在结构层次结构中添加抗体 注释以及执行测量操作。

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  • 视频
BioLuminate 中残基重新编号和项目表的抢先预览

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第六期视频：重命名链和残基，项目表。

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快速参考表

一份一页的PDF文件，以图文并茂的方式描述了该面板或工作流。

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GPUShape
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LigPrep
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PrimeX
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  • 教程
使用 E-sol 模拟血脑屏障的穿透

计算溶剂化能（E-sol）值，并分析结果以评估血脑屏障（BBB）的通透性。

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  • 教程
准备环肽 并将其与参考结构对齐

使用LigPrep 准备用于建模的环肽 ，并使用tug_align脚本将其与参考结构对齐。

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  • 教程
肽环化

通过命令行界面使用 macrocyclize.py 脚本对肽进行环化，并使用 Prime MM-GBSA 对环化后的结构进行排序。

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  • 教程
筛选 利用生成式技术构建超大规模语言库Glide

利用生成式机器学习方法，在24小时内筛选数十亿规模的图谱。

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蛋白质表征：第一部分

学习蛋白质表征工作流程：确定结构、分析表面性质以及进行混合溶剂实验分子动力学 (MD) 。

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  • 教程
使用……进行元动力学模拟的入门指南Desmond

对构象 采样或映射势能面进行元动力学模拟。

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  • 教程
利用大分子姿态过滤和MM-GBSA残基扫描对蛋白质-蛋白质对接姿态进行过滤和验证

确定蛋白质-蛋白质分子对接 中的哪些构象符合关于蛋白质-蛋白质界面的实验观察结果。

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  • 快速参考表
力场构建器

一份一页的指南，介绍如何使用“力场构建器”面板计算配体的缺失扭转参数。

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  • 快速参考表
配体相互作用图

一份关于如何使用“配体相互作用图”来分析配体-受体相互作用的一页指南。

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抗体 结构预测 以及使用 BioLuminate 进行可视化

预测抗体 的结构，分析结构质量，并对预测的结构进行必要的精修。

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利用BioLuminate为抗体 结构赋予“人性”

通过CDR嫁接和残基突变，使抗体 的结构更具生物活性。

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  • 教程
抗体 – Antigen分子对接 与 PIPER

使用PIPER将抗体 与抗原结构进行对接，以获得抗体-抗原复合物。

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利用……进行教学Schrödinger

通过基于网络的平台，让学生接触业界领先的分子建模 软件。将分子建模 融入课堂教学。

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