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快速了解如何将Schrödinger 技术融入您的研究。从概述到深度解析，您可以在这里找到有关应用、工作流程和分析的信息。

入门指南Maestro 视频 生命科学
入门指南Maestro

一套免费的视频系列，介绍Maestro 的使用基础。

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Maestro BioLuminate 入门指南 视频 生命科学
Maestro BioLuminate 入门指南

一套免费的视频系列，介绍Maestro Bioluminate的使用基础知识。

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文档

涵盖面板和工作流的全面参考文档。

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教程

针对各种工作流的自助式分步入门指南，附有示例文件，帮助您熟悉Schrödinger 工具。

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《化学家指南》Maestro

对药物化学家在构思阶段有用的Maestro 基础任务，以及先导化合物 优化 。

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利用……设计BACE1抑制剂自由能微扰

使用FEP+ 为一系列 BACE1 抑制剂准备、运行并分析自由能微扰 (FEP)模拟 。

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使用多序列查看器/编辑器创建嵌合同源建模

使用多序列查看器/编辑器（MSV）构建嵌合同源模型。

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结构制备与可视化导论

在Maestro 中进行配体和蛋白质结构的构建与可视化。

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BioLuminate 及多序列查看器/编辑器简介

准备并可视化一种酶，分析其序列以确定残基的保守性，并使用 MSV 构建同源模型。

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使用多序列查看器/编辑器构建同源模型

使用 MSV 构建并优化同源模型。

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使用多序列查看器/编辑器批量处理同源建模

使用 MSV，基于单个模板构建多个同源模型。

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利用WaterMap引导的先导化合物 优化 与Ligand Designer

使用“配体设计器”（Ligand Designer）置换不稳定的水分子，并优化苗头化合物 分子。

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使用“配体设计器”构建蛋白质-配体相互作用

使用“配体设计器”（Ligand Designer）构建蛋白质-配体相互作用，并优化苗头化合物 分子。

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使用 DeepAutoQSAR 训练和评估 ADMET 模型

利用一个大型数据集，构建并测试两个用于预测水溶性的模型。

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在膜结合蛋白上应用IFD-MD

为IFD-MD模拟设置一种膜结合蛋白，并可视化结果。

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基于结构的虚拟筛选 ，使用Glide

为分子对接 准备受体网格，对分子进行对接，并检查对接后的构象。

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使用 MM-GBSA 对被截断的配体进行重新评分

优化结合姿态，并对一项小型虚拟筛选的结果进行重新评分。

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构象 使用 MacroModel 和 ConfGen 对小分子进行分析

研究相关小分子的扭转分布，以及构象如何影响分子内和分子间相互作用。

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靶点 使用 SiteMap 和 WaterMap 进行分析

确定受体上的潜在活性位点。

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利用 WaterMap 识别结合位点 需求以及先导化合物 优化

分析 WaterMap 和 WM/MM 评分结果，以识别不稳定的水域并评估配体结合情况。

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与A2A结合的膜结合型FEP+

使用FEP+ ，针对一种膜结合蛋白，针对一系列 A2A 抑制剂，准备、运行并分析自由能微扰 (FEP)模拟 。

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图书馆设计中的分类工具

使用测序工具设计用于先导化合物 优化 的CDK2抑制剂的文库。

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在共价结合的配体上应用IFD-MD

针对共价结合的配体设置 IFD-MD，并可视化结果。

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视频

关于特定入门和科学主题的短视频概述，包括新版本功能的总结。

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创建一个Maestro 项目

《Maestro 入门指南》视频系列的第一期：工作目录、保存项目以及自定义鼠标操作。

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在……中导入和渲染结构Maestro

《Maestro 入门》视频系列的第二期：从蛋白质数据银行（PDB）导入结构、选择与包含、样式设置。

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在……中与对象和应用程序进行交互Maestro

《Maestro 入门视频系列》的第三期视频：在Maestro 中使用右键菜单、收藏夹工具栏以及浏览任务。

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在2D中修改配体以及在Maestro

《Maestro 入门视频系列》的第四期视频：2D Sketcher，配体对齐。

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在3D中修改化合物Maestro

《Maestro 入门》视频系列的第五期：使用3D Builder设计新化合物。

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Workspace 切换为Maestro

《Maestro 入门》视频系列的第六期：workspace 切换至“序列查看器”。

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使用结构层次结构并在Maestro

《Maestro 入门视频系列》的第七期视频：结构层次结构 添加曲面。

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配体相互作用图及图像生成在Maestro

“Maestro 入门”视频系列的第八期：配体相互作用图 分享图片。

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配体结构准备 以及Job Monitor 中的Maestro

“Maestro 入门”视频系列的第九期：配体结构准备 ，使用LigPrep 、Job Monitor 以及配体对齐功能。

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在……中制备蛋白质结构Maestro

《Maestro 入门》视频系列的第十期：使用Protein Preparation Workflow 进行蛋白质制备， 设置Glide 的分子对接 计算。

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使用Ligand Designer进行靶向R基团枚举Maestro

“Maestro 入门”视频系列的第十一集：使用Ligand Designer进行R-组枚举和分子对接 、自定义MPO以及对Ligand Designer的输出结果进行后处理。

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创建一个 BioLuminate 项目

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第一期视频：更改工作目录、保存项目等。

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在 BioLuminate 中导入和渲染结构

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第二期视频：从蛋白质数据银行（PDB）导入结构、选择与包含，以及workspace 的样式设置选项。

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在 BioLuminate 中与对象和应用程序交互

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第三期视频：BioLuminate 中右键点击的功能及界面管理方法。

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在 BioLuminate 中与应用程序互动并将其加入收藏

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第四个视频：收藏夹工具栏， 浏览“任务”菜单。

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Workspace 开关简介及BioLuminate中的结构层次体系

《Maestro BioLuminate入门视频系列》的第五期视频：workspace 介绍了切换功能、结构层次结构、在结构层次结构中添加抗体 注释以及执行测量操作。

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BioLuminate 中残基重新编号和项目表的抢先预览

《Maestro BioLuminate 入门视频系列》的第六期视频：重命名链和残基，项目表。

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快速参考表

一份一页的PDF文件，以图文并茂的方式描述了该面板或工作流。

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GPUShape
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LigPrep
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PrimeX
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LiveDesign 助手

了解如何使用“LiveDesign ”助手构建和调整着色规则、创建“自由形式”和“公式”列，以及绘制数据图表。

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RetroSynth 在LiveDesign

利用已知的构建模块和转化反应，发挥项目特有的化学优势，为您的合同研究组织（CRO）开辟相关的合成路线。

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在……中构建一个迁移学习模型LiveDesign

探讨在局部实验数据有限的情况下，迁移学习如何改善ADMET性质的预测。利用Direct ML构建HLM内源性清除模型，然后将其与利用预训练文献描述符的迁移学习模型进行比较。

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在……中构建残差 LogD机器学习（ML） 模型LiveDesign

了解如何构建基于残差logD的机器学习（ML） 模型，并利用AlogP作为溶解度和肝毒性风险的前瞻性筛选指标。

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Prime

一款完全集成式 蛋白结构预测 解决方案，将同源建模 和折叠识别功能整合到单一解决方案中。

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PIPER

一款最先进的蛋白质-蛋白质分子对接 程序。

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Phase

一款直观的药效团建模工具，可根据已知具有生物活性的分子的空间位阻和电子特性对化合物进行评估。

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OPLS4 和 OPLS5 力场

力场是化学体系势能的模型——它是一组用于模拟该体系势能的函数和参数，从而计算作用于每个粒子上的力。

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膜通透性

计算一组同源配体的被动膜通透性。

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Maestro

Schrödinger……的简化门户，可访问用于分子发现的最先进的预测性计算建模和机器学习（ML） 工作流。

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MacroModel

一款基于力场的分子建模 工具，具备一系列先进的功能和方法，用于研究分子构象、分子运动以及分子间相互作用。

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宏观-pKa

一种用于预测配体宏观pKa 值及pH依赖性互变异构体分布的自动化解决方案，该方案将基于物理理论 DFT 计算与经验修正相结合。

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利用……进行教学Schrödinger

通过基于网络的平台，让学生接触业界领先的分子建模 软件。将分子建模 融入课堂教学。

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