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JUN 15, 2023

在高级生物信息学/生物化学/分子建模 课程中,利用Schrödinger软件包讲授计算机辅助药物设计(CADD)

计算机辅助药物设计(CADD)已成为现代药物发现与开发流程中不可或缺的一部分。为了使学生掌握CADD的核心技能,必须将相关工具和软件包纳入生物信息学、生物化学以及分子建模 课程的教学大纲中。本次演讲将介绍如何在高年级课程中,将Schrödinger 小分子药物发现套件(一套广泛使用的计算化学工具套件)有效融入CADD概念的教学中。Schrödinger 软件包提供了全面的模块和功能,涵盖同源建模 、分子分子对接 、虚拟筛选 以及分子动力学 (MD) 模拟。通过向学生介绍这一强大的软件包,他们能够获得利用计算技术进行理性药物设计的实践经验。本次演讲探讨了将Schrödinger 软件包整合到课程中的潜在益处、挑战及策略,重点在于加深学生对CADD原理的理解、培养批判性思维能力,并为未来的科研和工业应用提供实践培训。 此外,本次演讲还强调了将真实案例研究和协作项目融入教学的重要性,以此强化学习体验并鼓励跨学科方法。通过在高年级课程中引入Schrödinger 软件包,学生能够培养宝贵的计算技能,并为在快速发展的药物发现与设计领域做出贡献做好更充分的准备。

我们的演讲嘉宾

吴春

罗文大学

吴春博士是罗文大学化学与生物化学系及生物与生物医学科学系的终身副教授,同时在两个系任教。他于特拉华大学获得博士学位,期间开发了蛋白质力场,并针对淀粉样肽进行了分子动力学 (MD) 模拟。随后,他在加州大学戴维斯分校和圣巴巴拉分校担任博士后研究员,从事淀粉样肽寡聚体的建模研究。 在罗文大学,他的实验室利用基因组数据集正在构建一种新型进化理论(近中性平衡选择理论/NNBST),该理论不仅能最好地解释SARS-CoV-2及其他病原体的分子进化,还能准确识别其基因组中的热点区域,从而开发用于治疗这些传染病的第一代/下一代疫苗和药物; 通过分子分子对接 、同源建模 和分子动力学 (MD) 模拟,其计算机辅助药物设计(CADD)实验室正在研究各种蛋白质受体与配体之间的结合相互作用,以推动新型药物设计。吴实验室与实验研究组通力合作,致力于发现新型蛋白质受体和小分子,作为潜在的抗癌剂、抗病毒剂和抗神经系统疾病药物,并优化离子液体以稳定蛋白质和核酸。 作为首席研究员(PI)和共同首席研究员(co-PI),他已发表92篇经同行评审的论文,获得总额150万美元的外部资助,并累计获得330万CPU小时的计算资源,其h指数达35,总被引次数超过8857次。他在计算生物化学、分子建模 、模拟 及CADD领域的贡献得到了同行们的广泛认可。 他曾受邀在国内外学术会议及中国顶尖研究机构作报告,并于2021年被印度尼西亚教育与文化部授予“世界级教授”称号。除科研工作外,Chun还热衷于本科生和研究生的教学与指导工作。 在罗文大学任教期间,他指导了30余名硕士研究生和100余名本科生开展研究,相关成果包括28+23篇学术论文和69+83份海报。