릴리스 노트

소분자 신약 개발

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• Protein Preparation Workflow (PPW)에서 서열 정보를 보다 효과적으로 통합함으로써 펩타이드 결합 연결성을 개선함

단백질 X선 구조 정밀화

• 이제 Phenix/OPLS는 회절 정보를 포함하는 CIF 파일에서 실행할 수 있습니다.

저온 전자현미경 모델 정제

• GlideEM/GlideXtal에서 매크로사이클에 대한 지원 개선

결합 부위 및 구조 분석

결합 부위 특성 분석

• 서열 및 복합체 구조 정보를 결합한 ‘키나아제 보존성 분석 인터페이스(Kinase Conservation Analysis Interface)’를 활용하여 키나아제 선택성 관련 과제를 합리화하십시오: ‘ FEP+ ’의 ‘잔기 스캔(Residue Scan)’ 기능을 통해 검증 가능한, 리간드의 키나아제 선택성을 조절할 수 있는 유망한 선택성 조절 잔기를 식별하십시오.

Desmond 분자동역학

• 강화 샘플링 기법을 통해 규명된 해리 경로를 바탕으로 한 해리 속도 예측을 활용하여 단백질-리간드 복합체의 해리 동역학을 최적화한다

혼합 용매 MD (MxMD)

• MxMD 시뮬레이션을 설정하고 분석할 수 있는 ‘혼합 용매 분자동역학 인터페이스’가 정식 출시됨에 따라, 잠재적 결합 부위를 식별하고 경쟁적 및 알로스테릭 결합 부위의 약물 개발 가능성을 평가할 수 있습니다.

Hit Identification & 온라인 상영

액티브 러닝 응용 분야

• ML 모델 구축 시 Glide 의 자세에서 추출한 3D 특징을 활용하여 액티브 러닝 ABFEP에서 최고 점수를 받은 리간드의 다양성 향상
• 연구자들은 이제 ‘ 액티브 러닝 ’ 시뮬레이션에서 각 반복 단계마다 활용하거나 탐색할 다양한 배치 크기와 선택 규칙을 지정할 수 있습니다.

Lead Optimization

단백질 FEP

• FEP+ ‘ FEP+ ’의 잔기 스캔에서 도출된 궤적 및 구조적 출력 결과를 ‘ ’ 인터페이스에서 확인하세요.
• ABFEP에 새롭게 도입된 ‘접촉별 잔기 상호작용 에너지 분석’을 활용하여 리간드 결합에서 주요 상호작용을 합리화한다.
• 복잡한 FEP 맵에서 연결이 끊긴 하위 맵을 쉽게 식별할 수 있습니다.

분광학

• 자기적으로 비등가한 핵을 식별하여 NMR 스펙트럼 예측의 정확도 향상

거대고리 화합물

• 새로운 cyclize_peptide.py 스크립트를 사용하여 FASTA 파일의 펩타이드 서열을 자동으로 열거하고 순환 구조로 변환하세요.
• Glide 의 매크로사이클 도킹을 위한 링 템플릿 생성이 맞춤형 매개변수를 사용하여 이제 macrocycle_template_gen.py 스크립트를 통해 자동화되었습니다.
• 샘플링 옵션을 보다 세밀하게 제어할 수 있도록 개선된 macrocycle_sample.py 스크립트와, 주변 수용체 원자들을 포함하여 구조적 탐색 공간을 제한하는 새로운 수용체 인식형 매크로사이클 샘플링 알고리즘
  • 업데이트된 macrocycle_sample.py 스크립트가 macro_sample.py를 대체합니다.
• 고리 템플릿 구조 생성 시 고리 내 질소 원자 치환기의 처리 방식 개선
• tug_align.py는 이제 2D 리간드 파일을 입력으로 지원합니다.
• tug_align.py는 정렬 수렴 기준을 보다 정밀하게 제어할 수 있는 몇 가지 새로운 명령줄 옵션을 제공하며, 이는 고리형 펩타이드와 같은 대형 분자의 수렴 시간을 단축하는 데 유용합니다.

의약화학 설계

리간드 설계 도구

• MCS 도킹을 위한 2D/3D 편집 워크플로우에서 사용자가 지정하거나 자동으로 생성된 리간드 양성자화 와 토토머 상태를 활성화합니다.

생물학적 제제 신약 개발

• MMGBSA 잔기 스캐닝 백엔드를 완전히 재작성하여 신뢰성을 높였으며, 더 다양한 비표준 아미노산과 DNA/RNA 돌연변이에 대한 지원 기능을 개선했습니다.
• ImmuneBuilder를 활용한, 고처리량 머신러닝 기반의 새로운 항체 및 나노바디 구조 예측 기술. 구조당 약 1분의 처리 속도를 자랑하여 수천 개의 구조에 대한 일괄 모델링에 적합합니다.
• FASTA 파일에서 TCR 알파 및 베타 사슬을 자동으로 식별하고 시각화를 위해 주석을 달아줍니다(명령줄: run_tcr_modeling.py).
• 제한성이 덜한 N-글리코실화 PROSITE 패턴으로 업데이트됨

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

• 결함 에너지를 계산하기 위한 워크플로우 솔루션
• DFT 의 주기적 수렴성 테스트 결과 출력을 위한 워크플로 작업 메뉴(WAM)
• 각 구조에 대한 총 자화량/전하 설정 지원
• dynmat.x를 통한 열역학적 특성 계산 지원 (명령줄)
• NEB 계산 중단 및 중간 구조 반환에 대한 지원

재료 정보학

제품: MS Informatics

• ML 구성: 고급 설정 제어 옵션
• 머신러닝 속성: 모델 범위 외부의 구조체 건너뛰기
• 머신러닝 속성: 싱글렛(S0)에서 트리플렛(T1)으로의 에너지 예측
• 머신러닝 속성: 정공/전자 재편 에너지 예측
• 머신러닝 속성: 궤도(HOMO/LUMO) 에너지 예측
• 머신러닝 속성: 기존 모델에 대한 업데이트

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

제품: MS CG

• 자동화된 CG 매핑: 특수 화학물질/폴리머를 위한 MARTINI 매핑
• CG FF Builder: 원자 수준 참조 데이터 내보내기 지원

유전 특성

제품: MS 유전체

• 복소 유전율: 지수 적합 과정에서 유지되는 선형 적합 매개변수

반응성

제품: MS 반응성

• 나노반응기: 온도조절 수조의 온도 제어
• 나노리액터: xTB 동역학 시뮬레이션의 병렬화 지원
• 반응 워크플로우: 전이 상태에 대한 xTB 헤시안 사용 지원
• 반응 워크플로우: 구조 탐색이 실패할 때 입력된 콘포머 사용
• 반응 워크플로우: 에너지 계산에 대한 SCF 수렴도 개선

마이크로키네틱스

제품: MS Microkinetics

• 미세동역학 모델링: 처리 속도와 확장성이 최대 2차수까지 향상됨
• 미세동역학 모델링: 다중 촉매/촉매 활성 부위 유형을 고려한 개선된 모델
• 미세동역학 모델링: 뷰어에서 데이터 시각화 기능 개선
• 미세동역학 모델링: 뷰어에 표시되는 작업 이름

반응형 인터페이스 시뮬레이터

제품: MS RIS

• 고체 전해질 계면: 서브작업 대기열 조정 기능 개선
• 고체 전해질 계면: 정압(NpT) 시뮬레이션 지원 (명령줄)

MS Maestro 빌더 및 도구

• OLED 소자를 디지털 방식으로 설계, 관리 및 시각화할 수 있는 GUI 패널
• Single Complex: 사용 편의성 향상을 위한 UI 개선
• 솔베이트 시스템: 무작위 시드를 통한 다중 구성 생성 지원

고전 역학

• 얇은 평면의 전단 마찰력을 계산하기 위한 워크플로 솔루션
• MD의 장벽 전위: 진입 시 장벽 정보 읽기 지원
• 증발: 시스템에서 제거된 분자의 총 개수를 그래프로 표시하는 옵션
• 증발: 장벽과 관련된 정보(적용된 경우)가 출력 결과에 기록됨
• 고분자 가교: 링 스피어에 대한 효율적인 검사를 통해 속도 향상
• 궤적 밀도 분석: 여러 밀도 깊이를 표시하는 옵션
• 궤적 밀도 분석: 2D 히트맵 플롯 내보내기 옵션

양자역학

• 에너지를 기반으로 한 ‘ phase ’ 다이어그램을 작성하기 위한 워크플로 솔루션
• 계산 엘립소메트리 데이터를 계산하고 분석하기 위한 워크플로 솔루션
• QM 컨버전스 모니터: 마지막 단계의 구조에 쉽게 접근할 수 있음

교육 콘텐츠

생명과학

• 새로운 튜토리얼: GlideXtal 및 Phenix/OPLS를 이용한 단백질-리간드 결정 구조 정제

재료 과학

• 새로운 튜토리얼: ‘ Coarse-Grained ’ 시뮬레이션을 위한 자동화된 ‘ Martini ’ 피팅
• 새로운 튜토리얼: 얇게 깎기
• 새로운 튜토리얼: 결함 에너지 계산
• 새로운 튜토리얼: 광전자 소자 설계자
• 새로운 튜토리얼: 전산 타원계측법
• 새로운 튜토리얼: ‘ Phase ’ 다이어그램
• 새로운 튜토리얼: 고체 전해질 내 리튬 이온 확산에 대한 Ab initio 분자동역학 시뮬레이션
• 업데이트된 튜토리얼: 마이크로키네틱 모델링
• 업데이트된 튜토리얼: 유기금속 착물

LiveDesign

2025-1 버전의 새로운 기능

• 생물제제
  • 이제 폼 뷰에서는 다른 위젯에서 드릴다운을 수행하려면 시퀀스 뷰어가 필요합니다.
  • 시퀀스 정렬을 수행하면 이제 정렬 유형을 알려주는 알림이 표시되며, 정렬에 실패한 경우 “다시 시도” 버튼이 제공됩니다.
  • 시퀀스 뷰어와 3D 시각화 도구가 모두 포함된 폼 뷰에서는 아미노산 잔기를 동기화하여 선택할 수 있습니다. 즉, 시퀀스 뷰어에서 아미노산을 선택하면 3D 시각화 도구에서 해당 아미노산이 강조 표시되며, 그 반대의 경우도 마찬가지입니다.
  • 시퀀스 검색 옵션을 통해 이제 데이터베이스, 활성 LiveReports 및 기타 LiveReports를 검색할 수 있습니다.
  • 서열 뷰어에서 잔기 위에 마우스를 올리면 툴팁을 통해 비천연 아미노산의 분자 구조를 확인할 수 있습니다.
  • 서열 뷰어에서 단량체의 표시 형식을 전환하여 단일 문자로 구성된 FASTA 형식으로 보거나, 비자연적 단량체의 경우 사용자 정의 기호(최대 6자)로 볼 수 있습니다.
  • 각 정렬 방법에 대해 갭 페널티, 번호 매기기 방식 및 점수 산정 기준을 기본값으로 재설정합니다.
  • 고급 검색 패널의 하위 구조 검색 기능에서는 “자식 항목 일치” 옵션을 지원하며, 이를 통해 엔티티의 하위 구성 요소를 기준으로 검색할 수 있습니다.
• 성능 개선
  • 파일 가져오기, 열거, Maestro 업로드를 통해 업로드된 소분자는 LiveReport에 더 빠르게 표시됩니다.
• 랜딩 페이지: 화합물 상세 페이지에서 해당 화합물의 모든 실험 데이터를 확인하세요
• 데이터 및 열 트리:
  • ‘다중 매개변수 최적화’ 열과 ‘수식’ 열을 폴더로 묶기
  • 새로운 수식, MPO 및 FFC를 생성하는 버튼의 텍스트가 “NEW”에서 “CREATE”로 변경되었습니다.
  • ‘ 어세이 ’ 열에 [LIM] 접두사가 표시되도록 수정됨 (데이터 및 열 트리)
• 관리자 패널의 ‘프로토콜’에 추가된 새로운 MAE-FILE 매크로를 통해, 프로토콜 및 모델에서 ‘ Maestro ’ 파일 형식을 사용하여 화합물과 생물학적 제제에 접근할 수 있게 되었습니다. ‘ Maestro ’ 파일 형식에는 생물학적 제제의 잔기 정보가 포함되어 있습니다.
• LiveDesign 를 구성하여 다음을 포함한 사용 통계에 대한 이메일을 발송하도록 설정합니다: 지난 한 달 동안의 고유 로그인 횟수, 활성 사용자 총 수, 지난주에 추가된 화합물 수, 화합물 총 수, 지난주에 업데이트된 LiveReports 총 수, 활성 LiveReports 총 수 및 활성 LiveReports 수. 각 사용자에 대해서는 다음 정보가 보고됩니다: 사용자 이름, 첫 로그인 날짜, 마지막 로그인 날짜, 소유한 LiveReports 수
• 서버 전체 검색 설정을 구성하여 검색 패널의 기본 검색 대상을 ‘데이터베이스’, ‘활성 LiveReport’ 또는 ‘기타 LiveReport’로 설정합니다.
• 새로운 LDClient 메서드인 get_all_compounds()를 사용하면 지정된 프로젝트 목록 내의 모든 화합물을 가져올 수 있습니다.
• 이제 ‘반응 열거’ 도구에서 스케치한 반응에 원자 쿼리를 사용하여 반응 정의를 더욱 구체적으로 지정할 수 있습니다.

수정된 사항

• LiveReport 템플릿을 업데이트하면 중복 템플릿이 생성되었으나, 이제 템플릿이 올바르게 업데이트됩니다.
• 65,536개 이상의 열에 입력으로 사용되었던 모델 열은 새로운 화합물에 대한 값을 계산하지 못했으나, 이제 예측값을 올바르게 계산하여 표시합니다.
• Windows에서 터치스크린이 활성화된 상태에서는 스케쳐에 붙여넣기가 실패했으나, 이제는 구조체를 올바르게 붙여넣을 수 있습니다.
• 수백 개의 수식 열이 포함된 LiveReports에서는 셀이 깜빡이고 다른 LiveReports의 속도가 느려지곤 했으나, 이제는 올바르게 계산되며 다른 LiveReports의 성능에 영향을 주지 않습니다.
• combine() 함수를 사용한 수식은 후속 수식의 입력값으로 사용할 수 없었으며, 이로 인해 수식 계산이 실패했습니다. 이제 combine() 함수를 사용하는 수식을 다른 수식에 입력해도 올바르게 계산됩니다.
• 메인 스프레드시트에서 행을 선택해도 3D 비주얼라이저에 3D 구조가 표시되지 않았으나, 이제는 3D 구조가 올바르게 표시됩니다.
• 스프레드시트에서 매개변수화 모델에 대한 여러 입력값이 동시에 변경되면 LiveReports에 빨간색 오류 막대가 표시되었으나, 이제 LiveReport가 정상적으로 로드됩니다.
• 이전의 타우토머 중복 제거 로직은 케토-에놀 타우토머의 중복을 제거했으나, 타우토머가 아닌 화합물의 중복까지 제거하는 의도치 않은 부작용을 초래했습니다. 업데이트된 타우토머 중복 제거 로직은 ‘ LiveDesign ’ 버전 2024-4 및 그 이전 버전에서 적용되었던 기존 동작으로 되돌려졌습니다.
• 이미지가 포함된 모델 열의 셀을 클릭하면 이전에는 브라우저에 두 개의 탭(이미지가 표시된 탭 하나와 빈 탭 하나)이 열렸지만, 이제는 이미지가 표시된 탭 하나만 열립니다.
• 이전에는 ‘양식’ 보기에서 저장할 때 갭 페널티에 대한 변경 사항이 반영되지 않았으나, 이제 갭 페널티 값을 수정하고 저장하면 올바르게 반영됩니다.
• 이전에는 열이 열 그룹 내에 포함된 경우 열 메뉴에서 “ 어세이 열 일괄 생성(제한 적용)” 옵션을 사용할 수 없었으나, 이제는 이 옵션이 항상 표시됩니다.
• 이제 시퀀스 뷰어에서 번호 매기기 방식을 변경한 후에도 3D 시각화 도구와 시퀀스 뷰어 간의 잔기 동기화 기능이 계속 유지됩니다.
• 모델이 실제로는 성공적으로 실행되었음에도 불구하고 LiveReport에서 모델 결과가 가끔 ‘실패’로 표시되곤 했으나, 이제 LiveReport에 모델 결과가 올바르게 표시됩니다.
• 어세이 뷰어 도구는 가끔 날짜 필터를 0일로 변경하여 데이터를 표시하지 않는 경우가 있었는데, 이제는 기본적으로 전날 이내에 업로드된 데이터만 표시하도록 변경되었습니다.
• 모델이 실제로는 성공적으로 실행되었음에도 불구하고 LiveReport에서 모델 결과가 가끔 ‘실패’로 표시되곤 했으나, 이제 LiveReport에 모델 결과가 올바르게 표시됩니다.
• Ligand Designer에서 삭제된 포즈가 가끔 다시 나타나곤 했는데, 이제는 더 이상 나타나지 않습니다.
• 프로토콜과 모델의 생성 날짜가 실제 생성 날짜보다 하루 앞선 것으로 표시되었으나, 이제 올바른 날짜가 표시됩니다.
• LiveReport 필터는 기존에는 실제 생물학적 제제 또는 가상 생물학적 제제에 대한 필터링 기능을 지원하지 않았으나, 이제 해당 필터를 적용할 수 있는 빠른 토글 기능을 제공합니다.
• 메인 스프레드시트에서 모델 첨부 파일(예: Glide 모델의 LID)을 열면 이미지가 표시되지 않던 문제가 해결되어 이제 이미지가 정상적으로 표시됩니다.
• 플롯 툴팁은 화면에 고정된 후에는 드래그하여 이동할 수 없었으나, 이제 고정 후에도 새로운 위치로 드래그할 수 있습니다.
• 생물학적 개체를 가져올 때 가끔 메인 스프레드시트에 하위 구성 요소가 표시되지 않는 경우가 있었는데, 이제 하위 구성 요소가 올바르게 표시됩니다.
• LiveDesign 이전에는 데이터베이스 잠금 문제로 인해 LiveReports가 가끔 열리지 않는 경우가 있었으나, 이제는 더 이상 멈추지 않습니다.
• 고정된 행을 필터링하면 메인 스프레드시트의 첫 번째 행에 깜빡이는 사각형이 표시되던 현상이 사라졌으며, 이제 해당 행의 데이터가 올바르게 표시됩니다.
• 시퀀스 뷰어는 엔티티를 하나만 선택한 경우에도 LiveReport에 있는 모든 엔티티를 표시했으나, 이제는 선택한 엔티티만 올바르게 표시합니다.
• 서열 뷰어를 가로로 스크롤하면 눈금이 초기화되고 상단에 잘못된 잔기 번호가 표시되었으나, 이제는 올바른 잔기 번호가 표시됩니다.
• 프로젝트 선택기를 열면 프로젝트 목록이 표시되기까지 가끔 몇 초가 걸리곤 했지만, 이제는 프로젝트 목록이 즉시 표시됩니다.
• LiveDesign 이전에는 데이터베이스 잠금 문제로 인해 LiveReports가 가끔 열리지 않는 경우가 있었으나, 이제는 더 이상 멈추지 않습니다.
• 고정된 행을 필터링하면 메인 스프레드시트의 첫 번째 행에 깜빡이는 사각형이 표시되던 현상이 사라졌으며, 이제 해당 행의 데이터가 올바르게 표시됩니다.
• LiveReport 내보내기 시 이전에는 기본적으로 일부 열만 내보내졌으나, 이제는 기본적으로 모든 열이 내보내집니다.
• LiveDesign 사용자를 외부 인증 시스템과 동기화하는 작업이 실패했던 이유는, LiveDesign 에서 라이선스가 없는 사용자 수를 총 라이선스 수에 포함시켰기 때문이었으나, 이제는 사용 가능한 라이선스가 있는 한 사용자 동기화가 허용됩니다.
• 관리자 패널 UI에서 라이선스 파일이 가끔 업로드에 실패하곤 했으나, 이제는 정상적으로 업로드됩니다.
• 단일 로그인(SSO)을 사용할 때 LiveDesign 에 사용자 이메일 주소가 저장되지 않았고, LiveReport 알림이 사용자에게 이메일로 전송되지 않았습니다. 이제 이메일 주소가 올바르게 저장됩니다.
• 로그아웃 후 다시 로그인하면 ‘LiveReport’ 탭이 사라지곤 했으나, 이제는 다시 로그인하면 정상적으로 표시됩니다.
• LiveReport를 복제할 때 이전에는 열의 일부만 복사되는 것이 기본 설정이었으나, 이제는 모든 열을 복사하는 것이 기본 설정으로 변경되었습니다.