전 세계 모든 Schrödinger 사무소는 휴식과 재충전을 위한 전사적 조치의 일환으로 8월 17일부터 21일까지 일주일간 휴무합니다. 이 기간 동안 문의에 대한 답변이 제한될 수 있으니 양해 부탁드립니다. 과학 및 기술 지원팀 직원들은 긴급 지원 문의에 한해 대응할 예정입니다.

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도서관 개요

릴리스 노트

이번 릴리스의 내용:

릴리스 2025-4

출시 정보:
릴리스 2025-4
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소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

  • 빈 프로젝트 테이블 열을 한 번의 클릭으로 삭제: 메뉴에서 단 한 번의 작업만으로 전체 프로젝트 테이블에서 빈 속성 열을 즉시 제거하여, ‘ workspace ’을 깔끔하게 정리함으로써 관련 데이터에 더 명확하게 집중할 수 있게 해줍니다.
  • workspace 의 마우스 오른쪽 버튼 메뉴에서 “테이블에서 항목 선택”: Workspace 의 원자 중 아무 곳이나 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하면 프로젝트 테이블에서 해당 항목을 즉시 찾아 선택하므로, 대규모 프로젝트에서 수동으로 검색할 필요가 없습니다.
  • Maestro 어시스턴트(베타) 개선 사항: Maestro 명령어 기록, 클립보드에 복사 기능, 더욱 명확해진 모드 알림, 간소화된 피드백 시스템이 추가되어 어시스턴트의 상호작용성이 향상되었습니다.

결합 부위 및 구조 분석

사이트맵

  • SiteMap은 이제 요청된 수보다 더 많은 사이트를 평가하여, SiteScore 기준 점수가 가장 높은 사이트 중 요청된 수만큼을 반환합니다.

Desmond 분자동역학

  • ‘에너지 분해 분석’ 패널에서 이제 사용자 정의 힘장 매개변수를 사용하여 생성된 궤적을 지원합니다.

혼합 용매 MD (MxMD)

  • 숨겨진 결합 부위를 더 잘 식별하기 위해 혼합 용매 분자 동역학(MD) 시뮬레이션에 비혼합성 프로브 추가: 소수성 프로브를 사용하여 열린 구조에서 일시적으로 노출된 결합 부위를 안정화함으로써, 해당 부위의 체류 시간을 늘리고 숨겨진 결합 부위의 식별을 용이하게 한다.

리간드 준비

약리활성기 모델링

  • combinatorial_explorer 워크플로우(명령줄 전용)를 사용하여 조합론적으로 정의된 방대한 가상 공간에서 1차원 유사성을 기반으로 선별 작업을 수행합니다.

Lead Optimization

리간드 정렬

  • 매크로사이클 정렬 작업이 아닌 작업은 작업을 제출하지 않고도 대화형 작업으로 실행할 수 있습니다.

열거

  • 구매 가능한 원료만 포함된 패스파인더 역합성 경로만 반환합니다.

FEP+

  • RE-FEP 계산에 리간드 원자 RMSF 분석 기능 추가

FEP 프로토콜 빌더

  • ‘없음’을 포함하여 용매 및 복합 핫 아톰 규칙을 별도로 활성화합니다.
  • 새로운 ‘Force Field version’ 매개변수를 사용하여 OPLS4와 OPLS5 간의 샘플링을 활성화합니다.

양자역학

  • 파장에 따른 광회전도를 예측한다
  • 18개의 새로운 이중 하이브리드 함수식에 대한 지원을 추가했습니다.
  • 불균형한 배치 작업 및 워크플로우에 대한 CPU 할당을 최적화하여 시뮬레이션 속도 향상
  • Jaguar 의 인터페이스에서 QRNN, MPNICE 및 UMA MLFF를 활용합니다.

의약화학 설계

리간드 설계 도구

  • 대화형 코어 호핑: 새로운 코어 스왑 워크플로는 비링형 코어를 지원하며 진정한 코어 호핑 변환을 가능하게 하여, 대화형 설계 환경 내에서 직접 다양한 화학적 공간을 탐색할 수 있게 해줍니다.
  • 매크로사이클화 위한 수동 결합점 선택: 새롭게 명칭이 변경된 ‘매크로사이클화’ 워크플로를 통해 결합점을 대화형 방식으로 선택할 수 있으며, 이를 통해 합성적으로 유의미한 설계에 초점을 맞춘 링커 열거를 가능하게 하는 정밀한 화학적 제어가 제공됩니다.

데 노보 디자인

  • AutoDesigner 워크플로우에 대한 새로운 PDF 보고서로, 입력 설정을 기록하고 열거 및 필터링 결과를 요약합니다.

의약품 제형

결정 구조 예측

  • 높은 정확도의 Z’=2 다형체 예측을 통한 의약품 제형 적용 범위 확대 (베타): 업데이트된 결정 구조 예측 기능을 활용하여 안정적인 결정 다형체를 식별하고, 이를 바탕으로 신뢰할 수 있는 샘플링, 검색 및 순위 지정이 가능합니다.

대체 치료법

이중 기능 분해제

  • “Linkers only” 옵션을 사용하여 “Degrader Ternary Complexes 생성” 인터페이스에서 작업할 때, 선택에 따라 두 탄두 사이에 양방향으로 연결체를 생성할 수 있습니다.
  • 검증된 메타다이나믹스(Metadynamics) 기반 워크플로우(베타)를 활용하여 분해 촉진 삼원 복합체를 평가하는 새로운 인터페이스를 통해, 링커 설계 시 삼원 복합체를 우선적으로 고려하십시오.

교육 콘텐츠

생물학적 제제 신약 개발

  • Maestro 를 통해 TCRBuilder2를 사용하여 T세포 수용체 구조를 예측하기 (정식 버전)
  • 팝업 시퀀스 뷰어를 MSV로 대체함으로써, 항체 휴머니제이션 패널에서 CDR 이식 전후의 서열을 시각화하는 기능이 개선되었습니다.
  • 잔기 스캔 결과 뷰어 인터페이스에서 돌연변이 차트를 업데이트하여 돌연변이 결과의 시각화 및 그래프 작성을 간소화했습니다.
  • 차트와 표 간의 동기화를 통해 잔류물 스캐닝 뷰어에서 분석을 더 간편하게 수행
  • MM-GBSA 잔기 스캐닝 뷰어 인터페이스에서 양쪽 축에 표시할 속성을 선택합니다. 예를 들어, x축에는 친화도(affinity)를, y축에는 결합 상수( 안정성 )를 표시합니다.
  • workspace 와 표 간의 선택 항목 동기화, 자동 ‘fit-on’ 선택 기능, 속성 표에서 특정 열의 표시 여부를 전환할 수 있는 기능을 통해 MM-GBSA 잔기 스캐닝 계산의 설정을 더욱 간편하게 할 수 있습니다.
  • 응결 의 성향 예측을 위해 최대 평균 표면 특성을 반영하는 새로운 ASPmax 단백질 설명자 (명령줄)

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

  • (+DEFECT_FORMATION_ENERGY) 결함 보정: 결함 형성 에너지를 계산하기 위한 워크플로 솔루션
  • Quantum ESPRESSO 7.5로 업그레이드하기
  • 3체 분산 보정 지원
  • d-밴드 중심의 시각화
  • 유한 변위 포논 계산 지원
  • 포논 계산에 필요한 디스크 공간 사용량 감소
  • 포논에 대한 자기일관성 임계값을 설정하는 옵션

MS 서피스

제품: MS SurfChem

  • 탈착 열거: 표에 표시된 활성 항목 workspace
  • 탈착 생성물 열거: 연관된 탈착 생성물을 열거하는 기능 지원

마이크로키네틱스

제품: MS Microkinetics

  • 선택성 제어 정도를 계산하는 옵션
  • 종별 속도 제어 정도를 그래프로 표시하는 옵션
  • 어종별로 압력 일정을 설정할 수 있는 옵션
  • 측면 상호작용을 정의하기 위한 전이 상태 지연 매개변수 설정
  • 횡방향 스케일링 매개변수를 통한 흡착질-흡착질 상호작용 설정
  • 반응 네트워크 파일 저장 및 불러오기 지원
  • 일반 텍스트를 이용한 간소화된 반응 입력 지원
  • workspace 항목에서 마이크로키네틱 모델을 불러오는 기능 지원
  • 뷰어 패널에서 x축을 로그 눈금으로 표시하는 기능 지원
  • 절대 오차 및 상대 오차 허용 범위에 대한 사용자 제어
  • 뷰어 패널에 표시되는 비물리적 MKM 단계의 수

반응성

제품: MS 반응성

  • 나노반응기: 기본 반응의 최종 상태에 대한 스핀을 설정하는 옵션
  • 나노반응기: 0.1에서 1.0까지 조정된 메타다이나믹스 공동 반경을 위한 정교화된 설정
  • 나노리액터: 정제된 DFT 또는 MLFF를 통해 여과된 제품 화학 물질
  • 나노반응기: 기본 반응 네트워크 모드에서 표시된 반응물 에너지
  • 나노리액터: 개방 껍질 계에 대한 MLFF(UMA) 에너지 정밀화 지원
  • 반응 네트워크 프로파일러: 정제된 에너지를 기준으로 컨포머를 정렬하는 옵션

고급 힘장 응용 분야

제품: MS FF 애플리케이션

  • QM 및 MD 기반 워크플로 솔루션에서 MLFF 선정 항목에 대한 지원 확대
  • QM 기반 워크플로우의 MLFF 옵션으로 UMA(Meta Platforms Inc. 개발)가 추가되었습니다.
  • (+ENABLE_GRPC_MLFF_DESMOND) UMA(Meta Platforms Inc. 개발)가 MD 기반 워크플로우의 MLFF 옵션으로 추가되었습니다.

분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 통한 수송 계산

제품: MS Transport

  • 이온 전도도: 액체 전해질 시스템에서 이온 전도도를 예측하기 위한 워크플로 솔루션
  • 점도: SHAKE 알고리즘을 비활성화하는 옵션 (명령줄)
  • 점도: MLFF 지원

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

제품: MS CG

  • Coarse-grained 매핑: 슈가 입자에 대한 일관되고 재사용 가능한 이름
  • Coarse-grained 매핑: 구속 시각화 개선
  • Coarse-grained 매핑: 단백질의 MARTINI 매핑
  • Coarse-grained 매핑: MARTINI 단당류의 매핑
  • Coarse-grained 매핑: MARTINI 콜레스테롤 매핑
  • Coarse-grained 매핑: CG FF Builder의 입력 자료로 사용될 전원자 CMS 생성
  • Coarse-Grained 매핑: 매핑 및 힘장 매개변수의 재사용성을 향상시키기 위한 ‘ SMARTS ’ 패턴의 정밀도 개선
  • Coarse-Grained 매핑: 기존 파티클 유형 재사용을 위한 사용자 경험(UX) 개선
  • Coarse-Grained 매핑: 매핑된 시스템의 시각화 workspace
  • Coarse-Grained 매핑: 기본적으로 부동액 물 분자 사용으로 설정됨
  • CG FF Builder: NpT를 ‘ MARTINI ’ 시뮬레이션의 기본 앙상블로 설정
  • CG FF Builder: 모델 구축 단계에서 단백질의 구조를 고정시키는 옵션
  • CG FF Builder: 질량을 표준 MARTINI 입자 유형으로 설정하는 옵션
  • CG FF Builder: 작은 이온-물 클러스터를 단일 MARTINI 입자로 매핑하기
  • CG FF Builder: 이름이 동일한 CG 파티클 유형의 재사용 지원
  • CG FF Builder: CG 매핑 출력 결과를 입력으로 불러오는 기능 지원

복합 이중층 형성제

제품명: MS Complex 이중층 형성제

  • 복합 이중층: 단백질 기반 막을 포함한 분자 물질의 복합/다성분 이중층 모델 구축 솔루션
  • 막 분석: 막의 구조적 특징을 분석하기 위한 워크플로우 솔루션

처방 ML

제품명: MS Formulation ML

  • Formulation ML: 여러 모델의 병렬 훈련 및 예측 지원
  • 모델 학습 최적화: 모델 로딩 시 사용자 경험 개선
  • 모델 학습 최적화: 모델에 대한 무작위 최적화 선택 옵션
  • 모델 학습 최적화: 수렴 전에 최적화를 중단하는 옵션
  • 처방 ML 최적화: 비용 최적화를 위한 옵션
  • 모델 학습 최적화: 베이지안 최적화를 활용한 조성 제약 조건 지원
  • ML 모델 관리자: 성분에 대한 ‘ 표현자 ’을 내보내고 업데이트하는 옵션
  • ML 모델 관리자: 새로 로드된 모델에 대한 자동 선택
  • ML 모델 관리자: 사용자가 모델 이름을 편집할 수 있는 권한
  • ML 모델 관리자: 모델 예측값에 대한 MPO 점수 추정 옵션

계층형 디바이스 머신러닝

제품: MS 레이어드 디바이스 ML

  • OLED 장치 머신러닝: 모델 훈련을 위한 고급 옵션
  • OLED 장치 머신러닝: 훈련 데이터 세트 내보내기 옵션
  • OLED 장치 머신러닝: 여러 모델에 대한 병렬 훈련 및 예측 지원
  • OLED 소자 ML: 분자 모델 예측 결과를 다음과 같이 사용할 수 있는 옵션 표현자

MS Maestro 사용자 인터페이스

  • Maestro: Job Monitor 를 실행하면 실패한 작업의 실패 원인을 확인할 수 있습니다.
  • Maestro: 단백질 표현을 위한 workspace 에서 리본 스타일 활성화됨

MS Maestro 빌더 및 도구

  • Complex Builder: 리간드에 대한 IUPAC 명명 기능 활성화/비활성화 옵션
  • 복합체 생성기: 두 금속을 연결하는 원자를 가진 이량체 생성 지원
  • 무질서한 시스템: 기본적으로 단백질 잔기 정보의 보존
  • 무질서한 시스템: 원자 총 수에 따라 시스템 크기를 설정하는 옵션
  • 재료 과학 패널 탐색기: 관심 있는 응용 분야, 방법, 화학 분야 및 제품을 기준으로 패널을 검색하고 나열할 수 있는 GUI
  • 메타 워크플로우: 브라운니 단계와 MD 멀티스테이지의 설정 일치
  • 광전자 소자 설계 도구: 파일에서 재료 데이터를 가져오는 옵션
  • 광전자 소자 설계 도구: 재료 및 소자 데이터 내보내기 옵션
  • 광전자 소자 설계자: 데이터베이스에서 재료를 삭제하는 옵션
  • 광전자 소자 설계자: 수치적 에너지 준위 그래프 그리기
  • 광전자 소자 설계자: 수치적 층 두께에 대한 그래프
  • 솔베이트 시스템: coarse-grained 모델에 대한 입자 반지름 지정 옵션
  • 솔베이트 시스템, 구조화된 액체 GUI: (+MATSCI_PACKMOL_PBC) 구조 생성 시 주기적 경계 조건 유지

고전 역학

  • 군집 분석: (+CLUSTER_DENSITY_PROFILE) 군집의 방사형 밀도 프로파일
  • 증발: MLFF 지원
  • 증발: 질량 중심으로부터 반경 방향으로 떨어진 증발 구역의 설정
  • 고분자 가교: (+POLYMER_CROSSLINK_MODES) 고속 가교 모드를 선택하는 옵션
  • 얇은 평면 전단: MLFF 지원
  • 얇은 평면 전단: 사용자 정의 MLFF 사용 옵션
  • 엄브렐라 샘플링: 잠재 평균 힘(PMF) 계산에 대한 사용자 제어
  • 우산 표본 추출: 확률 분포 중첩 행렬의 시각화
  • 제약 조건 시각화: 여러 제약 조건의 시각화

양자역학

  • 흡착 부위 탐색기: MLFF 지원
  • 결합 및 리간드 해리: MLFF에 대한 지지
  • QM Multistage: ‘이론’ 탭에서 MLFF 선택 기능 지원
  • 광전자 필름의 특성: 각도, 거리 및 깊이에 따른 분포를 고려한 정교한 전이 쌍극자 모멘트 분석
  • 프로브 그리드 스캔: 금속 원자의 원자 반경으로 VdW 반경 사용
  • 프로브 그리드 스캔: MLFF(UMA)를 이용한 개방형 셸 시스템 스캔 지원

교육 콘텐츠

교육 콘텐츠

생명과학

재료 과학

LiveDesign

2025-4 버전의 새로운 기능

  • 양식 템플릿: 양식을 템플릿으로 저장하고, 해당 양식을 기존 LiveReport에 추가할 수 있습니다. 프로젝트 대시보드에서 양식 템플릿을 관리하고, LiveReport에 추가할 수 있습니다.
  • 자유 형식 열 감사 추적: Freeform columns 에서 변경 내역을 추적하고, 시계 아이콘 위에 마우스를 올리면 사용자 이름, 날짜 및 시간을 포함한 모든 편집 내역을 시간 순서대로 역순으로 확인할 수 있습니다.
  • 검색
    • ‘고급 검색’ 패널에서 검색 조건을 그룹화하기 위해 검색 그룹을 생성하고, 특정 검색 그룹이 상위 속성을 기준으로 할지 하위 속성을 기준으로 할지 선택합니다(해당 그룹에 대해 “속성 일치” 또는 “하위 일치” 옵션을 선택하여).
    • 고급 검색 패널의 “유형” 드롭다운 메뉴에 있던 “생물학적 제제” 및 “제네릭 의약품” 옵션이 “생물학적 제제/기타”로 통합되었습니다.
    • 구조 기반 검색 결과와 마찬가지로, ‘검색’ 패널에서 서열 기반 검색의 결과 개수를 확인할 수 있습니다.
    • 다음과 같은 빠른 추가 옵션(사용자가 ‘고급 검색’ 패널에서 “쿼리 추가”를 클릭하면 표시되는 옵션)이 검색 패널 상단으로 이동되었습니다:
      • 모든 ID
      • 화합물 구조
      • 부분열
      • 프로젝트
      • 데이터베이스/데이터셋
      • LiveReport 내 존재 여부
      • 쿼리 그룹
  • 업데이트된 수식 대화 상자:
    • 더 큰 수식 편집기
    • 열 및 함수 검색
    • 자주 사용하는 기능을 빠르게 선택하세요
    • 수식의 정확성을 보장하기 위해 색상이 일치하는 괄호를 통해 누락된 닫는 괄호를 찾아냅니다.
  • 엔티티 그룹화 관계 관리자:
    • LiveReport를 엔티티 뱅크로 활용하기: LiveReport를 직접 사용하여 기존 검색 및 필터 기능을 활용하세요.
    • 메타데이터 열: 하위 구성 요소 수와 같은 관계 정보를 지정하기 위해 열을 추가합니다.
    • 엔티티 유형 시각화: 이제 관계 테이블에 엔티티 유형이 표시되어 올바른 하위 구성 요소를 선택할 수 있습니다.
    • 현대화된 UI: UI를 전면 개편하여 도구를 더욱 직관적이고 사용자 친화적으로 만들었습니다.
  • LDClient: 제공된 법인 ID 목록을 포함하는 모든 LiveReports를 검색하는 “live_reports_compounds_search”라는 새로운 메서드가 도입되었습니다.
  • 3D 시각화 도구: 3D 시각화 도구에 나열된 도킹된 리간드 포즈의 순서는 스프레드시트의 모델 출력 셀에 나열된 결과의 순서와 동일합니다.

수정된 사항

  • 수식:
    • 수식에서 가끔 빈 셀이 표시되어 값을 확인하려면 LiveReport를 새로 고쳐야 했으나, 이제는 값이 즉시 표시됩니다.
    • 입력 모델 셀에 여러 값이 포함된 모델 입력값을 사용하는 수식의 경우, 가끔 LiveReport에 빨간색 오류 막대가 표시되곤 했으나, 이제 올바르게 계산됩니다.
    • 단일 문자열을 출력하는 수식은 텍스트 값을 줄바꿈하지 않았으나, 이제 LiveReport 셀에서 텍스트 값을 줄바꿈합니다.
    • if() 함수를 사용하여 문자열 값의 유무를 확인하던 수식은, 입력값이 문자열 열인 경우 계산에 실패했습니다. 예를 들어, if([string_column],”true”,”false”)는 계산에 실패했습니다. 이제 이러한 수식은 정상적으로 계산됩니다.
  • 스케쳐:
    • 이전에는 스케쳐 위에 마우스 커서를 올려놓으면 스케쳐에 내용을 붙여넣을 수 없었지만, 이제는 스케쳐 위에 커서를 올리면 브라우저의 포커스가 스케쳐로 이동하여 붙여넣기가 가능해졌습니다.
  • 검색:
    • ‘실험별 행’ 모드의 LiveReports는 24시간이 지나면 자동 업데이트되는 고급 검색을 다시 실행하지 않았으나, 이제 자동 업데이트되는 고급 검색이 정상적으로 실행됩니다.
  • 스프레드시트:
    • Firefox 에서는 LiveReport의 셀을 반복해서 복사하면 오류가 발생했으나, 이제는 셀 내용이 올바르게 복사됩니다.
    • 클릭 투 런(Click-to-run) 모델의 경우, ‘실행’ 버튼을 클릭한 직후 셀에 “3D 사용 불가” 메시지가 표시되던 현상이 수정되어, 이제 대기 중인 셀 아이콘이 올바르게 표시됩니다.
    • 프리폼 열의 값을 변경할 수 없는 권한이 없는 사용자는 칸반 타일을 드래그하여 프리폼 열의 값을 변경할 수 있었으며, 이 경우 오류 메시지가 표시되었습니다. 이제 사용자는 더 이상 이러한 타일을 드래그할 수 없습니다.
    • LiveReport 선택기 대화 상자는 크기를 조정하기 전까지는 비어 있는 상태로 표시되었으나, 이제는 LiveReport가 즉시 표시됩니다.
  • 시퀀스 뷰어:
    • 자식 엔티티에 대한 데이터가 시퀀스 뷰어에 표시되지 않았으나, 이제 올바르게 표시됩니다.
  • 리간드 설계자:
    • Growth space calculation for a ligand with <5 heavy atoms should now fail saying ‘Could not create growth space. Too few heavy atoms in the ligand’.
  • 3D 시각화 도구:
    • 이전에는 워터맵 구체가 ‘+’ 아이콘으로 표시되었으나, 이제는 색상이 입혀진 구체로 올바르게 표시됩니다.
    • 3D Viz에서 시퀀스 뷰어를 통해 세부 정보를 탐색할 때, 시퀀스 뷰어에서 다른 엔티티를 선택하더라도 시퀀스 뷰어와 3D Viz에 표시된 기존 잔기 선택 상태는 재설정되지 않습니다.
    • 계층 구조에서 잔기를 두 번 클릭하면 3D 캔버스에서 해당 잔기로 확대됩니다.
  • R-그룹 분해:
    • LiveReport에는 더 이상 동일한 스캐폴드를 추가할 수 없습니다. 구성은 같지만 2D 좌표와 방향이 서로 다른 스캐폴드는 서로 다른 스캐폴드로 간주됩니다.
  • 어세이 뷰어 도구는 NULL 값이 포함된 열을 기준으로 테이블을 정렬할 경우 비정상 종료되었으나, 이제 값을 올바르게 정렬합니다.
릴리스 2025-3

교육 및 자료

온라인 자격증 과정

실습 중심의 온라인 ‘ 분자모델링 ’ 과정을 통해 여러분의 역량을 한 단계 높여보세요. 이 자기 주도형 과정은 다양한 과학 주제를 다루며, ‘ Schrödinger ’ 소프트웨어 이용 권한과 지원 서비스가 포함되어 있습니다.

튜토리얼

프로젝트의 성공을 위해 ‘ Schrödinger ’ 소프트웨어의 기술과 모범 사례를 활용하는 방법을 알아보세요. 교육 자료, 튜토리얼, 빠른 시작 가이드, 동영상 등을 확인해 보세요.

기타 리소스