릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• Workspace 의 컨텍스트 메뉴를 통해 대화형 비표준 단백질 잔기 돌연변이 기능을 지원하도록 추가되었습니다 [2023-2]
• 최대 5K 해상도의 GIF 파일 저장 (Workspace -> Animate) [2023-2]
• 원자 레이블 수를 제한하는 새로운 환경 설정으로 예상치 못한 시각적 혼잡을 줄이세요 [2023-2]
• Maestro PyMOL 연결 [2023-2]
  • Maestro 의 장면들로 간단한 ‘ PyMOL ’ 동영상을 만들기
• Maestro LiveDesign 연결 [2023-2]
  • 새로운 액세스 포인트 및 연결 상태 표시기를 통해 LiveDesign 서버에 연결하세요
  • 단일 로그인(SSO) 토큰을 보관하고 재사용하여 로그인 절차를 간소화합니다.
  • ‘내보내기’ 패널을 통해 Maestro 데이터를 LiveDesign 로 전송하는 간소화된 프로세스의 이점을 누려보세요.
• 구조 내보내기 – MD 호환 구조/궤적을 CMS 파일로 내보내는 새로운 옵션 [2023-2]
• 새로운 “원자 속성 표시 (베타)” 패널 [2023-2]
  • 선택한 원자에 대한 여러 원자 속성을 나열합니다.
  • 마우스를 올린 원자의 ‘ SMARTS ’ 인덱스를 포함하여, 연속적으로 선택된 원자들에 대한 ‘ SMARTS ’ / ‘SMILES ’ 패턴을 표시합니다.

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• KNIME의 최신 버전 [2023-2]가 포함되어 있습니다.
• '속성 추출' 노드 구성 패널의 사용 편의성 개선 [2023-2]
• LiveDesign 노드 및 프로토콜 업데이트: [2023-2]
  • LiveDesign 입력 노드의 유연한 입력 열 검사
  • 추가 KNIME 확장 기능을 설치하는 KNIME 프로토콜 섹션이 더 안정적입니다.

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• 이제 결합 차수는 재할당하거나, 결합 차수가 누락된 리간드 및 잔기에게만 추가할 수 있습니다 [2023-2]

단백질 X선 구조 정밀화

• Phenix/OPLS 실행 시 안정성 향상 [2023-2]
• Phenix/OPLS 가중치 스캔 결과에서 최적의 정제 통계를 검토하기 위한 새로운 그래프 [2023-2]
• Phenix/OPLS 가중치 스캔은 정밀도 매개변수의 거의 최적의 조합을 자동으로 선택합니다 [2023-2]

AlphaFold 다운로드 / 처리 과정

• 다운로드한 AlphaFold 구조체에는 PAE 행렬의 자동 생성 히트맵이 함께 제공됩니다 [2023-2]
• 이제 처리된 AlphaFold 구조에 선택적으로 캡을 추가하거나 pLDDT 임계값을 변경할 수 있습니다 [2023-2]

다중 서열 뷰어/편집기

• 항체 내 버니어 영역 잔기의 탐지 및 주석 달기를 위한 새로운 기술 [2023-2]

IFD-MD

• 대상 리간드에 비틀림 매개변수가 누락된 경우 시각적 표시기를 추가했습니다 [2023-2]

Desmond 분자동역학

궤적 플롯의 그리기 기능 개선 [2023-2]

Hit Identification & 온라인 상영

리간드 준비 및 형상 생성

• LigPrep 인터페이스 및 명령줄 호출을 통해 Epik 7 pKa 예측 기능을 완벽하게 지원 [2023-2]

실험적 및 양자역학(QM) 기반의 pKa 예측

• Epik 7 로그 파일에 이제 공액 산/염기 라벨이 포함됩니다 [2023-2]

타구 분석

• 분자 특성, 리간드 특징 위치 및 형상 정렬을 기반으로 한 가상 스크리닝 캠페인에서 히트의 상호작용 분석 및 선별 과정을 간소화하기 위한 새로운 히트 분석 인터페이스 출시 [2023-2]

액티브 러닝 응용 분야

• 기존 FEP 데이터를 활용하여 상대적 및 절대적 AL-FEP를 학습할 수 있는 기능이 추가되었습니다 [2023-2]
• 머신러닝 를 통해 상대적 및 절대적 AL-FEP 기준으로 우선순위가 지정된 화합물의 히스토그램을 추가했습니다 [2023-2]
• 상대적 및 절대적 AL-FEP의 기본 성능을 향상시키기 위해 머신러닝 의 기본 설정을 수정했습니다 [2023-2]

ABFEP

• 비활성 리간드를 신속하게 걸러내어 ABFEP 처리량을 획기적으로 향상시키는 새로운 기능 [2023-2]

Lead Optimization

거대고리 화합물

• FEP+ 맵에서 거대고리의 원자 매핑 개선 [2023-2]

FEP+

• FEP+ 인터페이스에서 주별 인구 수치를 자동으로 채우는 새로운 기능 [2023-2]
• FEP+ 인터페이스의 ‘개요’ 탭에서 결과를 단일 열(값 ± 오차)로 표시하는 기능이 개선되었습니다 [2023-2]
• FEP+ 작업 중에 생성된 힘장 매개변수를 Maestro 환경 설정에 정의된 매개변수와 자동으로 병합하는 옵션 [2023-2]
• 고급 설정을 통해 ‘상대 결합력(Relative Binding)’ FEP+ 에 대한 대체 물 모델을 선택할 수 있는 옵션 [2023-2]
• 비활성 리간드를 신속하게 걸러내어 ABFEP 처리량을 획기적으로 향상 [2023-2]
• FEP+ 맵에서 거대고리의 원자 매핑 개선 [2023-2]

단백질 FEP

• 모든 단백질/리간드 선택성 시뮬레이션과 함께 단백질 열안정성을 동시에 예측할 수 있는 기능 [2023-2]
• FEP+ 인터페이스에서 단백질 잔기 돌연변이에 대한 섭동 토폴로지를 대화형으로 편집할 수 있는 기능 [2023-2]

일정한 pH 시뮬레이션 (베타)

• FEP+  에서 산-염기 반응이 가능한 잔기 측쇄의 물리적 최종 상태에 대한 샘플링 개선을 통해 단백질 pKa 예측 정확도가 크게 향상됨 [2023-2]

양자역학

• 강체 및 이완 좌표 스캔에서 여기 상태 에너지를 그래프로 표시하는 새로운 기능 [2023-2]
• VCD/IR spectrum_align 유틸리티에서 균일한 스케일링을 기반으로 한 정렬 지원 [2023-2]

반경험적 양자역학

• Jaguar 내에서 및 Jaguar 기반 워크플로우에서 GFN2-xTB를 사용할 수 있는 기능 [2023-2]

생물학적 제제 신약 개발

• 여러 CPU에서 병렬로 실행할 수 있는 기능을 통해 단백질 설명자 계산 처리량 향상 [2023-2]
• 단백질 표면 계산 속도 최대 5배 향상 [2023-2]
• 단일 사슬 Fv의 모델링 기능이 이제 항체 구조 예측 인터페이스에 통합되었습니다 [2023-2]
• F(ab)2 형식의 모델링 기능이 이제 항체 구조 예측 인터페이스에 통합되었습니다 [2023-2]
• 이제 단백질-단백질 도킹 인터페이스에서 MSV에 직접 접근할 수 있습니다 [2023-2]
• 항체 데이터베이스 관리 인터페이스에서 선택한 항목을 이제 MSV 및 Maestro  로 내보낼 수 있습니다 [2023-2]

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

• Quantum ESPRESSO: 하이브리드 함수를 활용한 디스크 사용량 절감 [2023-2]
• Quantum ESPRESSO: QE 가져오기 GUI에서 최종 구조만 가져올 수 있는 옵션 [2023-2]
• Quantum ESPRESSO: 하이브리드 함수를 이용한 자동 q-점 메쉬 설정 [2023-2]

분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 통한 수송 계산

제품: MS Transport

• 확산 계수 뷰어: 확산 추적을 위해 선택된 원자의 시각화 [2023-2]
• 점도: 분석에 활용할 수 있는 전단 응력 범위가 확대되었습니다 [2023-2]

재료 정보학

제품: MS Informatics

• 머신러닝 속성: 예측에 실패한 항목이 있는 경우 해당 항목에 대한 보고서 [2023-2]
• 머신러닝 물성: 분자 액체의 밀도 예측 [2023-2]
• 머신러닝 속성: 예측된 속성으로부터 불확실성을 측정하기 위한 모델 [2023-2]

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

제품: MS CG

• CG FF Builder: 수렴을 위한 개선된 기본 설정 [2023-2]
• CG FF Builder: 초기값 설정 옵션 [2023-2]
• CG FF Builder: 뷰어에서 포스 필드 파일을 저장하는 옵션 [2023-2]

유전 특성

제품: MS 유전체

• 복소 유전율: 소스 궤적에서 추출된 쌍극자 모멘트 샘플의 길이를 조정하는 옵션 (명령줄) [2023-2]

MS Maestro 빌더 및 도구

• Crystal: 격자 매개변수가 포함되지 않은 PDB 파일을 가져올 때 격자 매개변수 편집 옵션 [2023-2]
• 셀 조작: 선택한 작업에 대해 여러 항목을 입력으로 받을 수 있는 옵션 [2023-2]
• 메타 워크플로우: 분자 양자역학(QM) 시뮬레이션 단계 지원 [2023-2]
• 메타 워크플로우: 후속 단계에 대한 ESP 요금 산정 옵션 [2023-2]
• 반결정성 고분자: 반결정 인터페이스 구축을 위한 안정성 및 속도 향상 [2023-2]

고전 역학

• 결정 형태: 적절한 입력 셀 크기를 설정하기 위한 팝업 안내문 개선 [2023-2]
• MD 기반 워크플로 패널에서 기질 제약 조건을 위한 원자 선택을 위한 UI 개선 [2023-2]
• Droplet: 기존 MD 시뮬레이션 궤적을 입력으로 사용할 수 있는 옵션 [2023-2]
• Droplet: 접촉각 예측을 위한 내장 및 사용자 정의 용매 지원 [2023-2]
• 전기천공법: 막 전기천공을 시뮬레이션하고 평가하기 위한 워크플로우 모듈 [2023-2]
• Evaporation: 워크플로 설정 패널의 UI 재설계 [2023-2]
• 증발: 여러 용매의 증발 지원 [2023-2]
• 증발: 증발 구역 정의에 유연성이 추가되었습니다 [2023-2]
• 증발 결과: 하나 이상의 반복 계산에서 도출된 하중 구조를 프로젝트 테이블에 불러오기 [2023-2]
• MD 다단계: 음의 외부 전기장 지원 [2023-2]
• MD 다단계: 질량중심 속도 제거 옵션 [2023-2]
• 응력-변형률: 사인파 하중 지원 (명령줄) [2023-2]

양자역학

• 흡착 열거: 흡착을 위한 가교 결합 부위 및 중공 부위 설정 옵션 [2023-2]
• 복합체 열거: 프로젝트 테이블 [2023-2] 내 리간드 교환 안정성 에 대한 보고서
• 싱글렛 여기 에너지 전달 속도(SEET) 예측 (명령줄) [2023-2]

교육 콘텐츠

• 새로운 튜토리얼: 스피넬 삽입 화합물의 전압 곡선 계산 [2023-2]
• 새로운 튜토리얼: 이온 전도도를 위한 머신러닝 [2023-2]
• 새로운 튜토리얼: 전기천공법 [2023-2]
• 업데이트: 증발 [2023-2]
• 업데이트: 비말 접촉 분석 [2023-2]
• 업데이트: 점도 [2023-2]
• 업데이트: ‘ 머신러닝 ’ 자산 전망 [2023-2]

LiveDesign

2023-2 버전의 새로운 기능

LiveDesign 의 쿠버네티스 버전은 다음과 같습니다:

• 복합 행
  • 엔티티 간의 관계를 설정하여 복잡한 혼합물의 구성을 더 잘 파악할 수 있도록 하고, 이를 하위 구성 요소로 연결하여 들여쓰기된 행으로 표시합니다.
  • 혼합물을 구성하는 성분들을 살펴봄으로써 의약품 제형에 대해 더 잘 이해해 보세요
  • 입체이성질체 혼합물의 구성을 더 명확히 정의해야 한다
  • 서로 다른 배터리 전해액 조성 간의 차이점을 분석한다

LiveDesign 의 모든 버전에는 다음이 포함되어 있습니다:

• 양식
  • Matrix 위젯을 사용하여 데이터를 사용자 정의된 밀집 배열로 표시하기
  • ‘Compound Image’ 위젯에서 화합물 ID를 직접 검색하세요
  • 업데이트된 열 이동 기능을 통해 양식을 더 빠르게 설정하고, 위젯에 추가할 열을 더 빠르게 식별할 수 있습니다.
  • 메뉴 옵션을 사용하여 칸반 위젯의 모든 수영레인을 접거나 펼치기
  • 창 내에 위젯이 하나만 있을 경우, 양식 위젯 제목이 자동으로 확장되어 긴 위젯 제목이 표시됩니다.
• 사용자 지정 항목을 확인하세요 실험 메타데이터 어세이 의 툴팁에서
  • 데이터 통합기(Data Integrator)를 통해 기업의 어세이 캡처 시스템에서 LiveDesign 에 모든 메타데이터를 추가할 수 있습니다.
• 일반 엔티티 – 모든 종류의 모달리티를 저장, 모델링 및 분석할 수 있습니다. LiveDesign
  • 실험 데이터 삭제 및 덮어쓰기
  • 로트에 새로운 데이터를 추가하기
• 3D 시각화 도구
  • 할로겐 결합 및 염교 상호작용 보기
  • 잔류물 라벨에 체인 ID 표시
• Maestro 세션과 LiveDesign 서버 간의 통합을 간소화하는 데 상당한 개선이 이루어졌습니다.
  • Maestro 에서 연결된 LiveDesign 서버에 대한 시각적 알림, 사용자 계정 조회, 유효한 싱글 사인온(SSO)을 통한 LiveDesign 에 대한 자동 연결 기능을 활용하세요.
• UI 및 UX 개선
  • LiveReport 스프레드시트 보기에서 열 그룹과 열 머리글의 크기를 개별적으로 조정하기
  • 스프레드시트에서 열 제목 위에 마우스를 올리면 툴팁에 표시되는 열 메타데이터를 확인하세요.
  • 데이터 포인트를 선택한 후 플롯에서 실제 데이터 포인트 색상을 확인하세요
  • 데이터 포인트가 가려지지 않도록 그래프 범례의 표시/숨기기를 조절하세요
  • 플롯 툴팁에서 복합 이미지 제거
  • 어세이 데이터 뷰어 도구에서 열 크기 조정하기
  • 행별 모드 간 전환을 더 쉽게 할 수 있습니다
  • split() 함수와 같이 문자열을 조작하는 수식에서는 각괄호와 앰퍼샌드 문자를 사용하십시오.
  • 파일을 통해 화합물을 가져와 ID로 일치시키는 과정에서, 일치하는 항목이 없는 행은 건너뛰고, 가져오기에 실패한 ID를 보고합니다.

수정된 사항

• 셀 채우기 규칙이 더 이상 타일 가장자리를 넘어 적용되지 않습니다.
• 데이터 및 열 트리 툴팁에는 각 사용자에게 할당된 권한에 따라 열에 대한 올바른 “보기” 버튼 또는 “편집” 버튼이 표시됩니다.
• 관리자 패널에서 설정된 날짜 및 날짜/시간 표시 형식이 이제 역할이 ‘사용자’로 설정된 모든 사용자에게 적용됩니다.
• 칸반 위젯에서 픽리스트 자유 형식 열의 값을 편집하면 칸반 위젯 내 타일의 위치가 즉시 업데이트됩니다.
• 하위 구조 이미지가 포함된 수식 열에 대한 필터 조건이 하위 구조 이미지를 올바르게 표시합니다.
• 파일 첨부물이 있는 열을 기준으로 필터링할 때, 제안 드롭다운 메뉴에 더 이상 파일 ID가 표시되지 않습니다.
• 폼을 볼 때, 폼은 그랩 커서 대신 포인터 커서를 올바르게 표시합니다.
• 이제 양식에서 칸반 위젯을 통해 스프레드시트 및 테이블 위젯으로 드릴다운할 수 있습니다.
• 이제 양식에서 동일한 사용자 지정 도구의 여러 인스턴스를 지원합니다.
• 히스토그램과 파이 차트는 미리 정해진 수의 균등하게 분포된 구간을 생성할 수 있게 해줍니다.
• Forms 내의 히스토그램 그래프에서 이제 사용자 정의 구간을 정의할 수 있습니다.
• LiveDesign 전처리기 구성에 지원되지 않는 필드가 포함되어 있더라도 시작됩니다
• MPO 바람직성 셀의 테두리는 색상이 프록시 값으로 정의된 경우 더 이상 색상이 표시되지 않습니다.
• 드릴다운 선택 기능이 있는 양식 위젯에 MPO 툴팁이 표시됩니다.
• Freeform columns 의 픽리스트에서 이제 어세이 열의 날짜를 일괄 복사할 수 있습니다.
• 이제 ‘강조 표시된 하위 구조’ 열을 사용하는 차트에서는 히스토그램 및 파이 차트에서 사용자 정의 구간을 정의할 때 복합 이미지가 표시됩니다.
• 회귀선이 포함된 그래프는 축이 로그 눈금으로 변환될 때 올바르게 크기가 조정됩니다.
• 로그 축을 사용하는 그래프에는 더 이상 음수 값이 표시되지 않습니다.
• 숫자 ID가 지정된 시약은 ‘반응 번호 매기기’ 기능 내에서 사용될 때 해당 데이터가 올바르게 반영됩니다.
• 3개의 축과 많은 데이터 포인트가 포함된 산점도에서 더 이상 빈 데이터가 내보내지지 않습니다.
• 이제 칸반 위젯에서 키보드의 Shift 키를 누른 상태로 타일 범위를 선택하면, 수직 방향 내에서 보이는 타일만 선택됩니다.
• 관리자 패널에서 설정된 그래프 내 허용되는 최대 데이터 포인트 수가 이제 역할이 ‘사용자’로 설정된 모든 사용자에게 적용됩니다.
• 이제 Forms에서 다른 플롯 탭으로 전환할 때 올바른 데이터 포인트 툴팁이 표시됩니다.
• 필터 조건 입력란에 입력했으나 저장되지 않은 텍스트는 이제 드롭다운 목록에서 옵션을 선택하면 삭제됩니다.