版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 通过“Workspace ”右键菜单，新增了对交互式非标准蛋白质残基突变的支持 [2023-2]
• 保存分辨率高达5K的GIF文件（Workspace -> Animate）[2023-2]
• 通过新增的“限制原子标签数量”首选项，减少意外的视觉杂乱 [2023-2]
• Maestro 前往PyMOL 链接 [2023-2]
  • 从Maestro 场景中创建一个简单的PyMOL 影片
• Maestro 前往LiveDesign 链接 [2023-2]
  • 通过新的接入点和连接状态指示器连接到LiveDesign 服务器
  • 保留并重复使用单点登录（SSO）令牌，以简化登录流程
  • 通过“导出”面板，将Maestro 数据推送到LiveDesign ，享受这一简化的流程带来的便利
• 结构导出——新增将适用于MD的结构/轨迹导出为CMS文件的功能 [2023-2]
• 新的“显示原子属性（测试版）”面板 [2023-2]
  • 列出所选原子的多个原子属性
  • 为连续选中的原子显示SMARTS/SMILES 图案，并包含鼠标悬停原子所在的SMARTS 索引

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• 包含最新版本的 KNIME [2023-2]
• 改进了“提取属性”节点的配置面板的易用性 [2023-2]
• LiveDesign 节点和协议更新：[2023-2]
  • LiveDesign 输入节点的可适应输入列检查
  • 用于安装额外 KNIME 扩展的 KNIME 协议部分更加稳定

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 现在，键阶数和电荷既可以重新分配，也可以仅添加到键阶数缺失的配体和残基上 [2023-2]

蛋白质的X射线结构精修

• 运行 Phenix/OPLS 时的鲁棒性得到提升 [2023-2]
• 用于分析Phenix/OPLS权重扫描中最佳精修统计量的全新图表 [2023-2]
• Phenix/OPLS 权重扫描会自动选择一组接近最优的精细化参数组合 [2023-2]

AlphaFold 下载 / 操作流程

• 下载的AlphaFold结构会随附一张自动生成的PAE矩阵热力图 [2023-2]
• 现在可以对处理后的 AlphaFold 结构进行可选的封端处理，并修改 pLDDT 阈值 [2023-2]

多序列查看器/编辑器

• 一种用于检测和标注抗体中维尼尔区残基的新方法 [2023-2]

IFD-MD

• 当靶点 配体缺少扭转参数时，新增了视觉提示 [2023-2]

Desmond 分子动力学 (MD)

改进了轨迹图的绘制功能 [2023-2]

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

配体结构准备 以及构象生成

• 在LigPrep 界面和命令行调用中全面支持 Epik 7pKa 预测功能 [2023-2]

基于实验数据和量子力学的pKa 预测

• Epik 7 日志文件中现已包含共轭酸/碱标记 [2023-2]

苗头化合物 分析

• 全新苗头化合物 分析界面正式发布，旨在优化基于分子性质、配体特征位置及形状对齐的虚拟筛选 筛选项目中，对筛选结果的交互式分析和筛选流程 [2023-2]

主动学习的应用

• 新增了基于现有FEP数据对相对和绝对AL-FEP进行训练的功能 [2023-2]
• 添加了由机器学习（ML） 根据相对和绝对AL-FEP排序的化合物直方图 [2023-2]
• 修改了机器学习（ML） 的默认设置，以提升相对和绝对AL-FEP的开箱即用性能 [2023-2]

ABFEP

• 新增快速筛选无活性配体功能，可显著提高ABFEP的通量 [2023-2]

先导化合物 优化

大环化合物

• 改进了FEP+ 地图中针对大环化合物  的原子映射 [2023-2]

FEP+

• FEP+ 接口中新增了自动填充各州人口数据的功能 [2023-2]
• 在FEP+ 界面的“概览”选项卡中，改进了结果的显示方式，采用单列格式（值 ± 误差）[2023-2]
• 新增选项，可将FEP+ 任务执行过程中生成的力场参数与Maestro 首选项中定义的参数自动合并 [2023-2]
• 可通过“高级设置”为相对结合FEP+ 选择替代水模型 [2023-2]
• 快速筛选无活性配体，以显著提高ABFEP的通量 [2023-2]
• 改进了FEP+ 地图中针对大环化合物  的原子映射 [2023-2]

FEP蛋白

• 能够同时预测每种蛋白质/配体的热稳定性选择性 模拟  [2023-2]
• 在FEP+ 界面中，可交互式编辑蛋白质残基突变的扰动拓扑结构 [2023-2]

恒定pH值模拟（Beta版）

• 通过改进FEP+  中可滴定残基侧链物理终态的采样方法，显著提高了蛋白质pKa 预测的准确性 [2023-2]

量子力学(QM)

• 新增了在刚性坐标和松弛坐标扫描中绘制激发态能量的功能 [2023-2]
• VCD/IR spectrum_align 工具中对基于均匀缩放的对齐功能的支持 [2023-2]

半经验的量子力学(QM)

• 在Jaguar 内部以及基于Jaguar 的工作流中使用GFN2-xTB的功能 [2023-2]

生物制剂药物研发

• 提高了蛋白质描述符的计算吞吐量，并支持在多个CPU上并行运行 [2023-2]
• 蛋白质表面计算速度最高可提升5倍 [2023-2]
• 单链Fv的建模功能现已整合到抗体 结构预测界面中 [2023-2]
• F(ab)2 格式的建模功能现已集成式 整合到抗体 结构预测接口中 [2023-2]
• 现在可以直接通过蛋白质-蛋白质分子对接 界面访问MSV [2023-2]
• 现在可以将抗体 数据库管理界面中的选定条目导出到MSV和Maestro [2023-2]

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• Quantum ESPRESSO：采用混合泛函减少磁盘占用 [2023-2]
• Quantum ESPRESSO：在 QE 导入图形用户界面中新增仅导入最终结构的选项 [2023-2]
• Quantum ESPRESSO：基于混合泛函的q点网格自动设置 [2023-2]

通过分子动力学模拟进行传输计算

产品：MS Transport

• 扩散系数查看器：对用于扩散追踪的选定原子的可视化展示 [2023-2]
• 粘度：可用于分析的剪切应力范围已扩大 [2023-2]

材料信息学

产品：MS Informatics

• 机器学习（ML） 属性：报告预测失败的条目（如有）[2023-2]
• 机器学习（ML） 物理性质：分子液体的密度预测 [2023-2]
• 机器学习（ML） 属性：用于根据预测属性衡量不确定性的模型 [2023-2]

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• CG FF Builder：优化收敛的默认设置 [2023-2]
• CG FF Builder：设置初始值的选项 [2023-2]
• CG FF Builder：在查看器中保存力场文件的选项 [2023-2]

介电性能

产品：MS 介电材料

• 复介电常数：可调整从源轨迹中提取的偶极矩样本的长度（命令行）[2023-2]

MSMaestro 构建程序和工具

• Crystal：在导入未包含晶格参数的PDB文件时，提供晶格参数编辑选项 [2023-2]
• “操作单元格”：为选定的操作提供接受多个输入项的选项 [2023-2]
• Meta Workflows：支持分子量子力学（QM）模拟 阶段 [2023-2]
• Meta Workflows：计算后续阶段 ESP 费用的选项 [2023-2]
• 半结晶聚合物：构建半结晶界面的鲁棒性和速度得到提升 [2023-2]

经典力学

• 晶体形态：改进的弹出式指南，用于设置合适的输入单元格大小 [2023-2]
• 改进了基于分子动力学（MD）的工作流面板中用于选择底物约束原子的用户界面 [2023-2]
• Droplet：新增将现有MD模拟 轨迹作为输入的选项 [2023-2]
• Droplet：支持用于接触角预测的内置和自定义溶剂 [2023-2]
• 电穿孔：用于模拟和评估膜电穿孔的工作流模块 [2023-2]
• Evaporation：重新设计了工作流设置面板的用户界面 [2023-2]
• 蒸发：支持多种溶剂的蒸发 [2023-2]
• 蒸发：增加了蒸发区定义的灵活性 [2023-2]
• 蒸发结果：将一次或多次迭代的载荷结构导入项目表 [2023-2]
• MD 多阶段：对负外部电场的支持 [2023-2]
• MD 多阶段：移除质心速度的选项 [2023-2]
• 应力应变：支持正弦载荷（命令行）[2023-2]

量子力学(QM)

• 吸附计数：可选设置吸附的桥接位点和中空位点 [2023-2]
• 复杂枚举：关于“Project Table”中配体交换稳定性的报告 [2023-2]
• 单重态激发能转移速率（SEET）的预测（命令行）[2023-2]

教育内容

• 新教程：计算尖晶石型插层化合物的电压曲线 [2023-2]
• 新教程：机器学习（ML） 用于 Ionic 导电率 [2023-2]
• 新教程：电穿孔法 [2023-2]
• 更新：蒸发 [2023-2]
• 更新：飞沫接触分析 [2023-2]
• 更新：粘度 [2023-2]
• 更新：机器学习（ML） 属性预测 [2023-2]

LiveDesign

2023-2 版更新内容

LiveDesign 的 Kubernetes 版本包括：

• 复合行
  • 在实体之间建立关联，以便更好地查看复杂混合物的组成，将它们作为子成分进行关联，并以缩进行的方式显示。
  • 通过查看混合物中的各组分，更好地了解药物制剂
  • 更好地确定立体异构体混合物的组成
  • 分析不同电池之间的差异电解液配方

LiveDesign 的所有版本均包含：

• 表单
  • 使用 Matrix 控件以自定义的密集布局显示数据
  • 直接在“化合物图像”小部件中搜索化合物ID
  • 借助更新后的列切换功能，更快地设置表单，并更快地确定要添加到小部件中的列
  • 使用菜单选项折叠或展开看板小部件中的所有泳道
  • 当窗口内仅包含一个小部件时，表单小部件的标题会自动展开以显示较长的小部件标题
• 查看任何自定义 实验元数据 在测试提示中
  • 可以通过 Data Integrator 将企业检测数据采集系统中的任何元数据添加到LiveDesign 中
• 通用实体 – 在……中存储、建模和分析任何类型的模态信息LiveDesign
  • 清除并覆盖实验数据
  • 向批次追加新数据
• 3D 可视化工具
  • 查看卤素键和盐桥作用
  • 在残基标签中显示链ID
• 在简化Maestro 会话与LiveDesign 服务器的集成方面取得了显著改进
  • 利用Maestro 中对已连接的LiveDesign 服务器的可视化提示、用户账户召回功能，以及通过有效的单点登录自动连接到LiveDesign
• 用户界面（UI）和用户体验（UX）的改进
  • 在 LiveReport 电子表格视图中独立调整列组和列标题的大小
  • 将鼠标悬停在电子表格中的列标题上，即可在工具提示中查看该列的元数据
  • 在“图表”中选中数据点后，查看数据点的真实颜色
  • 展开或折叠图例，以免遮挡数据点
  • 从“绘图”工具提示中删除复合图像
  • 在“检测数据查看器”工具中调整列宽
  • 更轻松地在“每行”模式之间切换
  • 在用于操作字符串的公式中使用尖括号和“&”符号，例如 split() 公式
  • 通过文件导入化合物并按 ID 进行匹配时，系统现在会跳过没有匹配项的行，并报告哪些 ID 导入失败

已修复的内容

• 单元格着色规则不再超出磁贴边缘
• “数据与列”树结构中的工具提示会根据每位用户被分配的权限，为各列显示正确的“查看”按钮或“编辑”按钮。
• 在管理面板中设置的日期和日期时间显示格式，现适用于所有角色设置为“用户”的用户。
• 在看板小部件中编辑下拉列表自由格式列的值后，该磁贴在看板小部件中的位置将立即更新
• 包含子结构图像的公式列的筛选条件将正确显示子结构图像
• 在包含文件附件的列上进行筛选时，建议下拉菜单中不再显示文件 ID
• 在查看表单时，表单会正确显示指针光标，而不是拖拽光标
• 表单现已支持从看板小部件向电子表格和小表小部件进行钻取
• 表单现支持同一自定义工具的多个实例
• 直方图和饼图允许创建数量固定且均匀分布的区间
• Forms 中的直方图图表现支持定义自定义区间
• LiveDesign 即使预处理器配置中包含不受支持的字段，程序仍会启动
• 当颜色由代理值定义时，MPO 宜选单元格边框不再显示颜色
• 现在，在带有钻取选择功能的表单控件中会显示 MPO 工具提示
• “下拉列表”和“自由格式”列现支持从“检测”列批量复制日期
• 在直方图和饼图中定义自定义分箱时，使用“突出显示的子结构”列的图表现在将显示复合图像
• 当坐标轴转换为对数刻度时，带有回归线的图表将正确缩放
• 使用对数坐标轴的图表不再显示负值
• 在“反应编号”功能中使用具有数字 ID 的试剂时，其数据将正确继承
• 具有三个坐标轴和大量数据点的散点图在导出时不再出现空白
• 在看板小部件中，按住键盘上的 Shift 键选择一组磁贴时，现在只会选中垂直方向上可见的磁贴
• 在管理面板中设置的单个图表内允许的数据点最大数量，现适用于所有角色设置为“用户”的用户。
• 在 Forms 中切换到不同的图表选项卡时，现在会显示正确的数据点工具提示
• 在筛选条件中输入但尚未保存的文本，现在在从下拉列表中选择一个选项后将被清除