版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 根据状态栏中选定的原子动态显示测量值
• 在 3DWorkspace 中复制现有分子的片段，并将它们粘贴到另一个分子中选定的原子上
• 以Workspace 分辨率从轨迹查看器中导出视频
• 在条目列表中使用正则表达式进行搜索，以获得更高的精确度。同时搜索多个结构
• 根据Maestro 字体偏好设置，调整了药效团标签的字体对齐方式
• 在结构层次结构中显示T细胞受体注释
• 将散点图中的数据点选择与“项目表”中的选择和/或“Workspace ”的包含情况自动同步
• 在单个散点图中显示不同组的数据

力场

• 新版 OPLS5 力场（测试版）：通过在相对结合中引入有限极化率，显著提高了阳离子-π键和离子基团相互作用的精度——FEP+ 和Desmond 。作为新选项提供，与默认的 OPLS4 并存。

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• 支持最新版本的 KNIME（v5.2）
• “Chemistry”外部工具节点支持一种新的FEP+ 列类型，该类型指向由“FEP+ ”读取器节点读取的fmp文件

结合位点 & 结构分析

网站地图

• RNA结合位点的识别精度进一步提高：HARIBOSS数据集中的RNA位点中，目前有89%被SiteMap识别为排名第一的结合位点 ，高于之前的69%（测试版）
• 新的SiteMap参数，用于分离相互重叠或延伸至蛋白质表面的较大区域，并识别较小且独立的位点（仅限命令行）

混合溶剂分子动力学（MxMD）

• 膜系统支持

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

配体结构准备

主动学习的应用

• 通过水平扩展多样性筛选，使AL-Glide 中的多样性筛选能力得到增强，所考虑的化合物数量最多可增加3倍
• 通过使用 ZMQ（仅限命令行）（测试版），显著提升了 AL-Glide 中 LigandML 的预测吞吐量
• 在 AL-Glide 中向 DriverNode 上传文件的速度大幅提升（仅限命令行）（测试版）

配体分子对接

• 利用Glide （beta）将分子对接 小分子整合到RNA受体中时，改善了构象预测和结构丰富度

先导化合物 优化

FEP+

• 支持通过“FEP+ ”面板在 RB-FEP 中设置位置约束
• 能够 u利用OPLS5提高RB-FEP的准确性
• 改进的轨迹管理功能，支持PT中来自多个边缘的轨迹

FEP蛋白

• 支持多位点突变以预测热稳定性

恒定pH值模拟

• 支持 LyspKa 计算，并提供面板支持

FEP的溶解度

• 改进的轨迹可视化
• 最佳实践文档链接
• Web 服务对力场构建器的支持

FEP 协议生成器

• 使用 FEP Protocol Builder，通过基于机器学习（ML） 的自动化工作流，快速识别可优化FEP+ 准确度的FEP+ 模型参数
  • 通过让 FEP 协议构建器探索参数空间，从而识别并可视化可优化FEP+ 模型性能的最佳参数，从而为研究人员节省时间
  • 通过对参数空间的高效探索，为具有挑战性的系统寻找FEP模型
  • 请放心地在您的项目中前瞻性地使用FEP+
  • 用于配置 FEP 协议优化 计算的界面，支持将配体自动分配到测试集和训练集中
  • 用于分析参数对FEP模型性能影响，并通过FEP+ 相关性图比较协议性能的界面

量子力学(QM)

• 在以下环境中进行波函数稳定性分析：Jaguar
• 使用Jaguar 光谱学生成19F同位素的核磁共振（NMR）化学位移和光谱
• 如果在中发现奇数个电子，则自动设置多重性（multip=2）Jaguar
• 使用新的 rotation_barriers.py 脚本搜索阿托异构体（仅限命令行）
• 更稳定、性能更强的 E-sol 工作流，适用于LiveDesign 以及命令行执行 
• 右键单击可修改多个条目的理论层次和基组

医药化学设计

配体设计工具

• 全新的环置换工作流，通过探索替代环骨架来优化先导化合物 类化合物（测试版）

生物制剂药物研发

• 向库中新增了430种非天然氨基酸，用于肽的设计
• 通过改进界面来加快基于残基扫描生成的蛋白质突变结果的分析速度
• 使用“蛋白质-蛋白质相互作用分析”面板（公开测试版）分析结构集合，例如 PIPER分子对接 的结果和分子动力学轨迹
• 在使用 align_antibody.py 脚本执行抗体 结构比对时，新增了一个选项，可指定五种编号方案之一：Chothia、Kabat、IMGT、增强型 Chothia 或 AHo。

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• 从结构数据中获取磁化强度（命令行）
• 固态核磁共振光谱结果查看器
• NEB 收敛监测器：相对能/活化能的显示
• 通过自动调整K点网格位置来提高收敛性
• 在workspace
• 声子态密度查看器：支持介电常数
• 通过波函数数据的智能管理加快NEB计算速度

KMC Charge Mobility

产品：MS Mobility

• 计算 KMC 电荷迁移率：基于质心距离计算的电荷转移

材料信息学 

产品：MS Informatics

• 配方机器学习：支持包含缺失成分名称的输入数据 /SMILES
• Formulation ML：新增对 Set2Set 以及基于图的模型和描述子的支持
• ML 建模：移除高度相关描述符的选项（命令行）
• ML 配方：控制训练集大小的选项
• Formulation ML：对分类模式的支持
• 机器学习模型：基于夏普利加性解释（SHAP）的特征重要性分析
• 机器学习（ML） 属性：可下载的预测模型已得到改进
• 机器学习（ML） 性质：氧化电位和还原电位的预测
• MD 描述符：对以配方为重点的描述符的支持

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 粗粒化力场构建器：将原子级系统自动映射到Martini 粒子（命令行）
• 粗粒化力场构建器：拟合Martini 参数（命令行）

反应性

产品：MS Reactivity

• 纳米反应器：优化了默认设置
• 纳米反应堆：加速xTB频率计算
• Nanoreactor：针对产品的改进型重复数据删除算法
• 纳米反应器：改进的并行化算法
• 纳米反应器：去除高能产物的选项
• 纳米反应器：利用xTB自由能对产物进行排序
• 自动反应工作流：防止因排列组合导致过多的平衡常数计算

Microkinetics

产品：MS Microkinetics

• 微观动力学建模：支持使用解析雅可比矩阵
• 微观动力学建模：指定碰撞因子的选项
• 微动力学建模：针对未达到稳态的情况返回的结果
• 微动力学建模：从输入反应网络中列出化学方程式的选项

反应性界面模拟器

产品：MS RIS

• 固态电解质界面：基于反应模板的电池电极附近材料系统动态模拟解决方案

MSMaestro 构建程序和工具

• 密度分布：密度等值面的可视化
• Complex Builders：使用 xTB 清理几何体的选项
• 半结晶聚合物：聚乙烯醇（PVA）的载体
• 溶剂化体系：管理超过200万个原子的输出结果的协议
• Structured Liquid：用于管理超过200万个原子的输出的协议
• 结构化液体：改进并扩充的内置脂质库

经典力学

• 热导率：用于预测固体热导率的解法

量子力学(QM)

• 吸附计数：用于定义表面原子的改进算法
• 吸附计数：用于活性原子的重原子过滤器
• 非晶态核磁共振：来自量子力学计算的等值面数据

教育内容

生命科学

• 新教程： 利用核心约束的分子对接 预测FEP+ 的配体 结合构象（新）
• 新教程：基于配体的 虚拟筛选 ，使用Phase （从头开始的大规模重构）

材料科学

• 新教程：核磁共振光谱预测
• 新教程：热导率
• 新教程：固态电解质界面计算
• 新教程：制备半结晶聚合物
• 更新后的教程：用于配方设计的机器学习（ML）
• 更新教程：更新教程以切换至 RDKit（涉及多个教程）

LiveDesign

2024-2 版更新内容

• 生物制品支持
  • 上传肽、单克隆抗体、双特异性抗体、Fab、Fab2、Fv、DNA 和 RNA
  • 生物制剂会自动分解为其组成链，并可在复合行中进行可视化展示
  • 在序列查看器中查看和对齐序列
  • 上传实验数据和元数据
  • 查看3D模型结果并应用样式
  • 在 3D 可视化工具中查看抗体 的结构层次，并在生物水平、域（例如：VH、CH1）、子域（例如：HCDR3）或残基级别进行选择和样式设置
  • 在“模型”、“多维规划对象”、“公式”、“自由格式列”、“表单”、“平铺视图”、“筛选器”和“搜索”中均提供全面支持
  • 根据生物制剂链的性质进行搜索和筛选
• 管理面板中用户管理的更新
  • 在单个页面上查看并更新所有用户的访问控制列表（ACL）和详细信息
  • 快速一次性添加或移除多个用户
  • 批量更新用户角色、项目和许可证状态
  • 在单个页面上创建项目，并将用户、群组和管理员添加到该项目中
  • “项目”和“组”详情页面提供了关于用户和访问控制流的更清晰的统计数据
  • 选择在更新时发送或重新发送欢迎邮件
  • 在LiveDesign 与外部托管的只读LDAP之间同步用户，以便在用户首次登录前预先填充用户信息
• 在Maestro 中一键查看3D模型结果：点击3D模型单元格中的链接，即可自动打开Maestro 并查看结果。请注意，此功能仅在Windows系统上有效，需使用Maestro 的24-2版本；Mac和Linux系统的支持将在Maestro的24-3版本中推出。
• 3D 可视化工具的结构分组
  • 将任意数量的3D输出结果归入一个结构组中，不再局限于传统的配体+蛋白质组合
  • 添加自定义组标题以更改显示的列标题
  • 在 3D 可视化工具的内容面板中查看多个配体构象或蛋白质构象
• 在Ligand Designer中控制显示样式
  • 在Ligand Designer的3D画布中，通过新工具栏对选定的原子、残基和链进行样式设置
  • 在“配体设计器”会话中为蛋白质和配体应用自定义样式
  • 使用Ligand Designer中的3D工具，例如导出、缩放和截图
• 复杂筛选条件：使用“AND”或“OR”逻辑运算符组合筛选条件
• 已发布的有限测定柱：发布有限测定柱，使其显示在“数据与柱”树中，并可在已发布的“柱作为参数”模型、MPO 和已发布的公式中使用
• 固定行：点击行或磁贴上的按钮，可将该复合项“固定”在 LiveReport 的顶部
• 用户体验改进
  • 表单
    • 在看板小部件中切换每行显示的卡片数量
    • 当单元格较小时，自由格式列单元格现在会在“矩阵控件”中显示更大的编辑区域
  • 情节
    • 在只读的LR中无法创建或编辑图表
    • 无需先打开图表，即可直接从可视化面板中删除图表
    • 在图表轴选择下拉菜单中搜索列
  • 电子表格交互
    • 通过列菜单一次性冻结多列
    • 双击“自由格式”列中的单元格以编辑其值
    • “点击运行”模型的“运行”按钮现在显示为纯色
    • 右键单击“LiveReport”选项卡，以显示“LiveReport”菜单
  • 3D 可视化工具
    • 从 3D 可视化工具下载的文件现在在 DesktopPyMOL 中显示相同的标签，而不是哈希值
    • 结合位点 打开“配体设计器”会话时，“相互作用图”默认处于关闭状态
  • 杂项
    • 登录页面现在支持提交单点登录凭据或用户名+密码凭据
    • 使用 LDClient 将“磁贴视图”配置导出为 PPTX 文件
    • 在不修复模型设置中的错误的情况下将模型归档
    • “任务管理器”小部件的表格现在会随着工具大小的调整而自动调整大小
    • 在“创建自由格式列”对话框、“创建公式列”对话框以及“定义新”对话框中，单击“帮助”图标
    • 优化 的多参数对话框，可直接跳转至用户手册
    • 单击“数据和列树”中的“LiveReport”选项卡内的图标，即可在 LiveReport 中滚动至该列
    • 将多个骨架拖放至 R 基团枚举工具骨架 中
• 当提交的作业数量增加时，TaskEngine 工作进程会相应地进行扩展
• Schrodinger Suite 中的 Python 方法“from schrodinger.structure import SDReader”已被废弃，脚本应改用“from schrodinger.structure import StructureReader”

已修复的内容

• “着陆页概览”偶尔无法显示最新添加的化合物，现在已能正确显示
• 通过数据集成器添加到LiveDesign 中的列现在已设置为正确的数据类型
• 通过 ACAS 上传实验数据后，LiveReports 不再显示“真实”和“虚拟”的重复行
• LiveDesign 现在登录后，系统会正确打开最近打开的项目和 LiveReport
• 启用单点登录后，用户现在可以从LiveDesign 注销
• 以前，自由格式列的下拉列表选项顺序会发生变化，现在则会根据“编辑自由格式列”对话框中的配置进行保持
• 复制包含大量未发布检测数据点的 LiveReport 现在速度提高了 6 倍（而复制包含较少未发布检测数据点的 LiveReport，速度提升幅度会较小）
• 将特定的 LiveReport URL 粘贴到浏览器中时，以前偶尔会重定向到“项目选择器”，现在则能正确打开 LiveReport
• 安全
  • CVE-2023-44487 已修复
  • 会话cookie现已标记为“安全”
• 管理面板
  • 当文件名与要替换的文件完全相同时，现在在管理面板中上传文件已能正常工作
  • 现在，管理面板中的“协议”页面和“协议列表”页面所显示的“最后修改日期”会针对协议的所有更改正确更新。
  • 管理面板“用户”页面中的“最后登录”日期字段现已能正确更新
  • 参数化模型在创建后原本无法在管理面板中进行修改，现在可以进行修改了（例如，更改标题或文件夹）
• 文件导出
  • 增强型立体标签现在会在 PowerPoint 导出的所有图片中显示
  • 当尝试在每张幻灯片中显示超过 8 个化合物时，将“磁贴视图”导出到 PowerPoint 功能现在会正确地向用户发出警告
  • 如果 LiveReport 中包含“点击运行”模型列，将 LiveReports 导出为 SDF 时有时会失败，现在已不再出现此问题
• 表单
  • 当“磁贴视图”小部件与另一个小部件位于同一容器中时，磁贴现在可在“磁贴视图”小部件中正确显示
  • 此前，在“平铺视图”中，显示 R-组分解结果后，工具提示会卡住，且无法正确显示每个单元格的数据
  • 在鼠标悬停于 R-组分解单元格上时，平铺视图中的工具提示现在会以正确大小显示 R-组
  • “表单”实体图片小部件现在能正确显示实体的 ID 了
  • 从“每复合动作一行”小部件到“每姿势一行”小部件的表单钻取操作，现在能够正确地仅显示所选复合动作的姿势
  • “表单矩阵”小部件现在会显示通用实体的实体图片
• LDClient
  • 已在 LiveReportResultsMetadata 中的 LDClient RowInfo 对象中添加了“parent_row_key”字段，用于标识 LiveReport 中哪些行是子复合行。
  • LDClient 的 ldclient.LDClient.refresh_db_constants 方法以及 AboutInfo 的 remaining_read_only_licenses_count 字段已被废弃并移除
  • 当过滤器包含子结构查询时，LDClient 现可正确返回 LiveReport 的过滤器
  • LDClient 的 ModelTemplateVarType 枚举现已包含 LIST_INPUT 和 RDKIT_MOL
  • 调用 LDClient 的脚本有时需要执行 LiveReport，并包含一个手动编写的等待代码以获取结果。LDClient 现在提供了一个名为 mutate_then_wait 的方法，该方法允许代码在继续执行之前等待操作完成（例如向 LiveReport 添加行）。
• 配体设计工具
  • 当 LiveReport 处于“每种姿势一行”模式时，配体名称在 Ligand Designer 中显示正确
  • 现在可以在“管理面板”中修改现有“配体设计器”配置的网格文件了
• Maestro 导出
  • 当两个“真实”化合物与同一个“虚拟”化合物相关联时，从LiveDesign 导出到Maestro 的 LiveReport 功能现已正常工作
  • Maestro 将已发布的数据导出到LiveDesign 的速度现在更快了
• 配对分子对
  • 由于 Python 库升级导致向后不兼容，先前计算的“匹配分子对”分析结果已被删除，必须重新运行
  • 当大型 LiveReports 无法完成配对计算时，“配对分子对”工具现在会显示一条错误信息
• 电子表格交互
  • 在当前的 LiveReport 中按子结构进行搜索时，系统将取消对现有行选中的选择，并选中匹配的子结构
  • 现在，在将化合物添加到 LiveReport、在 R 基团分解中使用骨架 、使用骨架 进行化合物对齐以及在枚举中使用化合物时，绘图器中的化合物取向会被保存下来。
  • 当可视化面板打开时，“按模型分行”切换按钮不再被遮挡
  • 现在，通过放大镜图标搜索 LiveReport 时，系统会正确跳转到第一个匹配的字符串
  • 现在，显示在草图工具下方的计算属性会截断过长的列名，以避免与计算值重叠
  • 尝试重新计算已归档的模型时，单元格会闪烁，仿佛计算已开始（尽管实际上并未开始计算），随后会显示一条错误信息
  • 在“检测列”的“编辑工具提示内容”中搜索元数据时，现在可以正确过滤掉与查询不匹配的内容
  • 复制并粘贴 R 组分解列的着色规则
  • 现在，通过行菜单中的“在…中使用 → 设计/搜索草图工具”选项将复合体复制到草图工具中时，将能正确覆盖草图工具中的任何复合体
  • 现在，使用其 ID 将复合体多次导入草图器时，将正确显示该复合体的结构
• 情节
  • 箱线图现在会在选中的异常数据点周围显示边框，以便使其更加醒目
  • 散点图的工具提示现在会显示检测数据点的运算符，例如“大于”和“小于”