作为公司范围内的休整与充电计划的一部分,Schrödinger 全球所有办事处将于8月17日至21日当周暂停办公。在此期间,我们的响应将有所限制,敬请谅解。Scientific和技术支持 团队成员仅会处理紧急支持问题。

图书馆概况

版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

  • 新增了对非标准核苷酸的支持:右键单击任何 DNA 或 RNA 残基,即可通过带二维结构预览的可搜索面板将其突变为非标准核苷酸
  • 用于可视化已注释G蛋白偶联受体的全新GPCRWorkspace 预设
  • 重新设计的曲面管理功能,包括在“曲面切换”中对多个曲面进行比较:选择多个曲面,即可在“信息”选项卡中查看可排序的并排比较结果,包括面积、等值、西格玛等指标。该面板现可解绑并自由浮动
  • 简化生物制品的Maestro 至LiveDesign 导出流程:重新设计了通用实体导出面板(“生物制品/其他”),提供两个清晰的工作流程:注册新实体(支持基于HELM的去重)或向现有实体追加3D数据
  • 优化了Workspace 交互中的“加载选定项”功能:在Workspace 中选中原子,点击“交互”下拉菜单中的“加载选定项”,即可立即显示这些原子的交互情况,无需手动配置“其他”定义
  • Get PDB 中的独立地图导入:衍射数据和电子显微镜图谱现可作为独立条目导入,并在“项目表”中与其对应的结构分组显示
  • 新增“其他模式”任务工具类别,下设“Degraders”和“大环化合物”子类别,将相关专业面板进行分组,以便用户更轻松地查找
  • 更直观的剪切平面缩放控制:剪切平面视图现在默认会随Workspace 同步缩放,并且新的右键菜单选项可让您无需进入“首选项”即可切换剪切平面的行为
  • 重新设计的“首选项目录”页面:布局更简洁,新增“浏览”按钮,术语更清晰,可自动检测对 SCHRODINGER_TEMP_PROJECT 的覆盖设置,并且在 Mac/Linux 系统上隐藏了仅适用于 Windows 的部分
  • “检查更新”选项已添加到“帮助”菜单中
  • MSV成对序列比对的显著改进

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

  • 在结构准备过程中自动标注GPCR
  • 在制备过程中,硒代蛋氨酸现在默认会被转化为蛋氨酸
  • 对命令行选项进行了全面调整,以实现更简洁的操作,并使其与Maestro 接口的默认设置保持一致
  • 在 Academic 中禁用/隐藏无法使用的选项Maestro
  • 根据 impref 最小化方案已弃用的情况,从 CLI 中移除了 -noimpref 标志
  • 如果无法使用新的侧链重建方法重建侧链原子,则向用户发出警告

协同折叠

  • Maestro 该面板会自动评估并修正已构建模型中配体的键级
  • 在后处理中移除了基于置信度的残基修剪
  • 用于构建可在MSV中查看的同源模型的完整多重序列比对

预测性毒理学检测项目

  • 在检测面板中新增了十三种GPCR靶点:5HT1B、5HT2B、5HT2C、ACM4、ADA2A、ADRB1、ADRB2、APJ、DRD3、OX2R、DRD2、ADORA1和CNR2
  • 在检测面板中新增了五个溴结构域靶点:BRD2 BD1、BRD2 BD2、BRD4 BD1、BRD4 BD2 和 CBP
  • 在检测面板中新增了三个核受体靶点:RXRa、AR、ER Beta
  • “Predictive Tox”和“Predictive Tox SAR Panels”均支持所有面板靶点

结合位点 & 结构分析

结合位点 特征描述

  • Rapid结合位点 Similarity (RBSS) 的首个版本发布
    • 只需几秒钟,即可计算出某蛋白与PDB中所有结合位点之间的结合位点 相似度
    • 针对用户提供的结合位点库,计算蛋白质与结合位点 的相似性
    • 利用在网格上计算得到的粗化分子相互作用场(MIF),来表示不同官能团(包括芳香基团、疏水基团、氢键受体、氢键供体以及正电荷和负电荷)占据网格上特定位置的偏好性。

Desmond 分子动力学 (MD)

  • 通过支持调整氢质量再分配(HMR),将模拟速度提升高达约66%
  • “系统构建器”现已支持七种新的混合脂质双层

混合溶剂分子动力学(MxMD)

  • 在模拟的输入中指定探针靶点 的浓度(仅限命令行)

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

主动学习的应用

  • 在纳入所选配体的所有质子化状态后,自动生成多态原体基团的dG预测值
  • 请分别指定带电配体和不带电配体在 ABFEP 步骤以及最终重新评分 ABFEP 步骤中的 lambda 窗口数量
  • 在 AL-ABFEP 模拟中应用位置约束
  • 报告文件中经过AL-FEP+ 处理的子结构现已将通用核心排除在外
  • 当在GraphDB上运行ABFEP时,AL-ABFEP会扩展最终重新评分配体,而不是从头开始计算,从而节省计算时间。

分子对接

  • Glide 默认使用 ZMQ 任务分发(-mq 选项),通过优化子任务调度,从而加快包含多个子任务的分子对接 任务的实际处理时间

先导化合物 优化

RetroSynth

  • 全新的Maestro RetroSynth组合设置与分析面板:在Maestro 中执行并分析由RetroSynth生成的逆合成路径,或LiveDesign

FEP+

  • ABFEP的新扫描模式:通过使用半波长窗口、2 ns的模拟 时间以及截断受体,可在精度略有损失的情况下将计算速度提升至5倍
  • 新增的“相互作用能”图谱片段分解功能:更深入地了解特定化合物片段与受体的相互作用机制
  • 新增了对七种混合脂质双分子层的支持
  • 通过Maestro 接口向Web服务创建“写入”提交命令
  • FEP+ PoseBuilder 现在可以生成蛋白质-配体共价复合物的构象,这些构象可直接用于通过命令行或在LiveDesign

FEP蛋白

  • 直接通过Maestro 界面计算pH依赖性亲和力
  • 大规模执行FEP残基扫描(FRS):一种新的工作流程,将突变拆分为多个批次,自动并行运行,然后将结果合并到一个out.fmp文件中

E-sol

  • 若存在实验性外排比数据,将新增一个面板用于设置、执行和分析预测结果

FEP+ 协议生成器

  • 可用于配置和分析“FEP+ Protocol Builder”任务的统一面板
  • 将不同类型的膜作为新参数进行探索
  • 命令行“-prepare”模式,用于生成协议但不会提交

量子力学(QM)

  • 利用全新的Maestro 分析面板预测化合物的阿托品异构现象并分析关键旋转能垒
  • 在自动生成的 HTML 报告中,以一目了然的方式展示 AutoTS 计算的模拟 设置和结果

光谱学

  • 现已支持 C-F 键的 13C NMR 重原子校正

半经验的量子力学(QM)

  • 用户安装完成后,可通过Jaguar 调用 g-xTB(必须启用 XTB_GXTB 功能标志)

大环化合物

  • 用于启动 MacroDock 任务的新宏循环分子对接 面板
  • “Prime”大环采样面板中的新采样选项
  • 针对含有特定氮化学结构的环系,改进了Glide 和IFD-MD分子对接 中大环构象体的生成方法
  • 在“Prime大环类化合物采样法”(Prime-MCS)中,对万古霉素等复杂大环类化合物进行更全面的采样
  • Prime 大环采样(Prime-MCS)构象现在均已自动对齐到单一参考系
  • 分子对接 大环化合物工作流程(MacroDock)的速度比原始文献中报道的快约2.5倍,在保持约80%成功率的同时,将每个化合物的CPU运行时间中位数缩短至1小时以内。
  • 大环化合物分子对接 工作流(MacroDock)现已支持分子对接 ,并提供实验性密度图
  • 用于将分子对接 批量对接至同一配体位点的新脚本(macrocycle_batch_docking.py)

药物制剂

水晶结构预测

  • 完整发布 Crystal结构预测 支持盐、溶剂化物和共晶,助力固态开发中自信地选择晶型: 在投入实验之前,通过大规模计算筛选来确定最稳定且可生产的晶体形态,从而确保您的配方策略

文档内容

  • “学习路径”已进行全面重新设计,以提升易用性

教育内容

  • 新学习路径: 环肽建模
  • 新教程:处理非标准氨基酸
  • 新教程:使用 E-sol 模拟血脑屏障穿透
  • 重新设计的教程:化学家的指南Maestro
  • 更新版教程:利用主动学习评估大型配体库Glide
  • 更新版教程:使用……进行元动力学模拟入门Desmond
  • 新的交互式迷你教程: 快速结合位点 相似度搜索 (嵌入在面板帮助中)

生物制剂药物研发

  • 一种用于Maestro 中DNA/RNA/寡核苷酸设计的非标准核苷酸文库的简便、高通量构建方法
  • PIPER 生成的全新输出文件可简化对接姿态的分析,从而减少后处理工作量

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品:Quantum ESPRESSO (QE) 接口

  • 支持通过输入 *.cfg 文件(命令行)配置偶极子校正设置
  • 可将反应曲线以NEB相邻图像间距为自变量进行可视化显示
  • 用于NEB计算的多线程MLFF计算(命令行)
  • 使用 MLFF 进行 NEB 计算时的 GPU 支持(命令行)

Microkinetics

产品:MS Microkinetics

  • (+MKM_ELECTROCATALYSIS) 支持电催化多阶段工作流

主动学习光电子学

产品:主动学习光电子学

  • 《主动学习光电子学:机器学习物性预测模型入门》
  • 主动学习光电子学:AutoQSAR/DeepAutoQSAR 模型的使用指南

反应性

产品:MS Reactivity

  • 纳米反应器:可调节偏压的选项
  • Nanoreactor:简化的用户界面,提升用户体验
  • 纳米反应器:优化设置以提升反应发现效率
  • 纳米反应器:输出中报告了AutoTS过渡态频率
  • 反应网络分析器:在输入准备过程中防止原子碰撞

反应性界面模拟器

产品:MS RIS

  • 固态电解质界面:对具有零阶键的离子的支持得到改进

力场的高级应用

产品:MS FF 应用程序

  • MLFF 微调:用于微调 MPNICE MLFF 模型并在Schrödinger 套件中使用这些模型的解决方案
  • MLFF 计算:对振动和声子计算的支持

通过分子动力学模拟进行传输计算

产品:MS Transport

  • 离子电导率:可选择应用线性响应理论进行预测
  • 薄层剪切:对剪切平面定义的改进

粗粒化(CG)分子动力学 (MD)

产品:MS CG

  • 反映射:将粗粒度系统映射到原子表示形式的工具
  • CG FF 任务:对加密力场文件的支持
  • CG FF Builder:改进了在查看器中绘图的数据选择功能
  • CG FF Builder:改进价数项的拟合
  • 粗粒度映射:为选定的结构生成Martini FF文件
  • 在……中将CG蛋白质主链可视化为管状结构workspace

材料信息学

产品:MS Informatics

  • MPNICE 嵌入:机器学习(ML) ,其中 MPNICE 嵌入用作描述符

分层设备机器学习

产品:MS 分层设备 ML

  • OLED 器件机器学习:可选方案:将预训练机器学习模型的输出用作新模型的描述符
  • OLED 器件 ML:支持串联 OLED 器件
  • OLED 器件机器学习:从显示面板可视化特征重要性

Denovo ML

产品:MS Denovo ML

  • REINVENT:更新了作业提交协议,以提升速度

MSMaestro 构建程序和工具

  • 代理工作流:(+MATSCI_AGENTIC_WF) 基于语言模型的解决方案,用于创建自定义元工作流
  • Crystal结构预测 :对盐类和溶剂的支持
  • 免费体积分析:分析时内存占用更少
  • 导入模板:新增25个预制晶面 模型
  • 界面构建器:用于构建块状界面和晶界模型的工具
  • Structured Liquid:重新设计用户界面,提升用户体验
  • Sugar Builder:(+NEW_SUGAR_BUILDER_PANEL) 支持使用糖基化模式进行构建的选项

经典力学

  • 液滴接触角:支持 MLFF
  • 电解质分析:可选择将相邻的离子簇合并进行分析
  • 蒸发:粗粒化系统的计算速度最高可提高一个数量级
  • 支持基于OPLS_2005的TIP4P水文模型
  • MD 多阶段:(+MULTISTAGE_MD_CONCATENATE) 将Brownie阶段与其他阶段拼接的选项
  • 聚合物交联:降低自由体积分析的内存占用
  • 热物理性质:减少磁盘空间占用

量子力学(QM)

  • 光电子薄膜性质:可选择通过DFT 或TDDFT设置T1几何结构
  • 光电子薄膜特性:加快ISC/RISC重组织能量计算的速度
  • 反应网络查看器:多个反应网络的单一输出(命令行)
  • 反应网络查看器:可选择在workspace
  • 反应网络查看器:保存反应网络图像的选项

教育内容

  • 新教程:MLFF 微调
  • 新教程:构建外延界面
  • 新教程:蛋白质表征:第2部分
  • 新教程:机器学习(ML) 配合 MPNICE 嵌入式应用
  • 新教程:Crystal结构预测 :第 2 部分
  • 更新版教程:光电子学主动学习
  • 更新后的教程:离子电导率
  • 更新版教程:液体电解质的性质:第2部分
  • 更新后的教程:耗散粒子动力学(DPD)的自动化参数化
  • 更新版教程:采用自动化DPD参数化方法的纳米乳液
  • 新版快速参考指南:粗粒度反向映射

教育内容

生命科学

  • 新学习路径: 环肽建模
  • 新教程:处理非标准氨基酸
  • 新教程:使用 E-sol 模拟血脑屏障穿透
  • 重新设计的教程:化学家的指南Maestro
  • 更新版教程:利用主动学习评估大型配体库Glide
  • 更新版教程:使用……进行元动力学模拟入门Desmond
  • 新的交互式迷你教程: 快速结合位点 相似度搜索 (嵌入在面板帮助中)

材料科学

  • 新教程:MLFF 微调
  • 新教程:构建外延界面
  • 新教程:蛋白质表征:第2部分
  • 新教程:机器学习(ML) 配合 MPNICE 嵌入式应用
  • 新教程:Crystal结构预测 :第 2 部分
  • 更新版教程:光电子学主动学习
  • 更新后的教程:离子电导率
  • 更新版教程:液体电解质的性质:第2部分
  • 更新后的教程:耗散粒子动力学(DPD)的自动化参数化
  • 更新版教程:采用自动化DPD参数化方法的纳米乳液
  • 新版快速参考指南:粗粒度反向映射

LiveDesign

2026-3 版的新功能

  • 生物制品

    • 设计新的抗体-药物偶联物:在“实体构建器”中使用四个新模板创建ADC实体,这些模板支持单特异性和双特异性抗体,且连接子与有效载荷组件可分别设置或组合使用。

    • 多点和组合残基替换:选择“单点”、“多点”或“组合”突变类型,可在单次运行中枚举多个位点上的所有组合,每次请求最多支持 10,000 种唯一组合;进度通知会直接链接到新插入的行。

    • 单体数据库查看器:在专用的查看器中浏览、按名称、符号及其他字段进行搜索、排序、筛选和管理单体;该查看器支持包含30,000个或更多单体的库,并支持HELM字符串的别名以及批量上传时的有效性验证。

    • 在相邻的注释区域中进行子序列搜索:搜索跨越区域边界的序列——例如一个 CDR3 与FR4的连接处——请在“高级搜索”中选择多个结构注释,并启用“跨边界搜索”功能。

    • 从Maestro 导入3D结构数据:将Maestro 中的3D数据直接导出到通用实体和生物制剂中,并提供创建新3D列、追加到现有列或覆盖现有数据的选项。

    • 序列查看器:过滤为常数域和铰链区:仅显示 CH1、CH2、 CH3、 CL或铰链区残基,以便更快地进行抗体 可开发性与可制造性检查;对于抗体 实体,现在默认显示CDR区域。

    • 序列查看器:使用标准和自定义替换矩阵进行比对:可选择 BLOSUM62、 PAM250、BLOSUM45、BLOSUM80 或 GONNET 进行比对,上传自定义 CSV 矩阵,或使用Kabat或其他抗体 编号方案按残基编号进行比对。

  • 项目脚手架

    • 在“R基团分解”面板中,将项目级框架与LiveReport专用的框架结合使用,其中项目框架在化合物匹配时具有优先权;发布更新的骨架 列表会自动同步更改,并重新计算所有打开的LiveReport中的R基团分解结果。

    • 在“项目仪表盘”中的新“项目管理”选项卡中管理项目框架;重命名“骨架 ”后,所有已打开的LiveReports中的R-组分解结果将立即更新。

  • 表单:多实体矩阵控件:以转置表格的形式并排查看复合结构和数据,其中结构作为列,属性作为行,并可为每一行添加自定义标签。

  • 项目仪表盘:可按特定的已发布评论列或项目中的用户对活动流进行筛选;点击LiveDesign 页眉中的LiveDesign 徽标,即可直接访问仪表盘。

  • 情节

    • 2D 热力图( 测试版):通过聚合模式(均值、中位数、最小值、最大值或计数)可视化两个分类维度上的数据,并支持 MPO 及其他高级着色规则。

    • 箱线图、散点图和折线图中的基于日期的分组:可按“天”、“周”、“月”、“季度”或“年”对日期类型的X轴进行分组,以查看随时间变化的趋势,并可选择按时间区间显示汇总或未汇总的数据。

  • SAR分析:移除实体结构着色的选项:在化合物列菜单中关闭“显示结构着色”开关,即可移除 R 基团分解的颜色叠加层,同时保留骨架 的对齐方式;该开关设置仅针对每个 LiveReport 且仅在当前会话中有效,所有用户的默认状态由服务器属性控制。

  • 系统健康状况工具(测试版):通过集中式仪表板监控LiveDesign 的系统健康状况,该仪表板显示模型任务队列深度、LiveReport执行队列指标、按队列类型(同步、异步、快速和实时)划分的任务引擎状态,以及JVM堆内存使用情况,每个指标磁贴上均配有图标和工具提示。

  • 用户体验改进

    • 仅重新计算失败的单元格:模型列菜单中现已新增“仅重新计算失败的单元格”选项,可仅对计算结果失败的单元格重新运行计算,而无需先对 LiveReport 进行筛选。

    • 现在,通过设计草图工具添加化合物时,会选中新添加的行,这与“按 ID 搜索”和“高级搜索”的功能保持一致。

    • 管理员用户可以配置一项服务器属性,允许普通用户将模板应用到他们不拥有或已包含数据的 LiveReports 上。

    • “可视化”面板选项卡现新增了“全部关闭”选项,用于关闭所有已打开的图表和工具;右键单击图表选项卡可显示上下文菜单选项,无需先切换到该选项卡即可打开、弹出或关闭该图表。

    • 现在重命名图表时,会打开应用内对话框,而不是浏览器弹出窗口;将鼠标悬停在图表标签上时,工具提示中会显示完整的图表名称。

    • 从默认位置重新定位的图例,现在在导出的 PNG 和 SVG 文件中。

    • “序列查看器”与“3D 可视化器”之间的残基级同步选择现已默认启用。

    • “通用实体”导入对话框中的“属性”列下拉菜单现已包含一个搜索框,可用于按名称快速查找列。

已修复的内容

高级搜索

  • 高级搜索:在复杂视图中更改“AND”/“OR”逻辑运算符后,此前搜索结果会忽略这些更改,而现在能正确反映更新后的逻辑。

  • 高级搜索:在子序列查询中输入无效序列时,系统此前会默认使用之前输入的有效序列进行搜索;现在,当序列格式无效时,系统会正确地禁用搜索按钮。

  • 包含子实体查询的高级搜索此前会返回那些唯一匹配的子实体已被归档的父实体,现在则能正确地将已归档的子实体从搜索匹配结果中排除。

  • 将结构拖放至过滤器面板时,虽然该结构会在草图编辑器中加载,但“添加”按钮会处于禁用状态,需要手动编辑后才能应用过滤器;现在,结构一经加载,“添加”按钮即刻启用。

  • 在“高级搜索”中进行子结构搜索时,无论选择哪个数据集,返回的实体都相同;现在,搜索结果会根据所选数据集进行正确过滤。

  • “高级搜索”中的“结构注释”和“编号方案”下拉菜单在“复杂视图”中曾出现对齐不齐且大小不正确的情况,现已修复,无论在“简单视图”还是“复杂视图”中均能保持一致的对齐效果。

  • 在“高级搜索”中删除包含子查询的查询组会引发错误,并导致后续查询失败;现在,包含子查询的查询组可以被删除,且不会引发错误。

  • 按 ID 进行高级搜索原本会返回与“所有 ID”列匹配的实体,而现在能正确地仅返回 ID 与“ID”列匹配的实体。

  • 当发生并发修改时,高级搜索查询会陷入永久性错误状态,迫使用户在新的 LiveReport 中重新开始;现在,系统已能处理并发更新而不会陷入卡死状态。

  • “LiveReport 中存在”这一高级搜索条件原本会通过“与我共享”选项,向“超严格限制项目”中的用户显示全局项目的 LiveReport;而现在,该条件仅显示受限项目内的 LiveReport。

筛选条件

  • 当过滤器表达式包含验证错误时,复杂过滤器面板中已删除的条件在刷新浏览器后会重新出现;现在,已删除的条件能够正确保存。此外,无效的过滤器表达式现在会显示友好的错误提示,而不是反复显示加载状态。

身份验证

  • 在 SSO 登录过程中,用户会被重定向回登录页面,并需要再次点击“通过SSO登录”按钮才能成功登录;而现在,首次尝试即可登录。

  • 在启用了刷新令牌过滤器的服务器上,用户此前在登录时会收到 401 错误或频繁被强制注销,现在则可以稳定地登录并保持会话。

  • 此前,多个用户同时建立会话时会出现 502 错误,而现在即使在高并发负载下,也能可靠地建立会话。

  • 当LiveDesign 尝试刷新用户访问令牌时,若认证服务暂时不可用,系统会将超时视为认证失败并注销用户;现在,LiveDesign 会在短时间内重试令牌刷新请求,之后才会将此中断视为失败,因此认证服务短暂不可用不再导致会话意外终止。

生物制品

  • 在 Entity Builder 中,对 LiveReport 中的单物种抗体 使用“从选择项获取”功能时,此前会显示实体类型不匹配的错误,现在则能正确填充所选内容。

  • 在单体数据库查看器中,应用过滤条件后点击某行单体,原本会显示另一单体的详细信息;现在,点击经过过滤的行时,将显示正确的单体详细信息。

  • 从“单体数据库”工具提示中复制单体SMILES 时,会包含额外的空格,导致在SMILES 进行过滤搜索时无法返回任何结果;现在,从工具提示中复制SMILES 后,将其用作过滤条件时,可正确返回匹配的单体。

  • 在“反应枚举”草图工具中编辑反应物时,会将“增强型立体标记”更改为“绝对(R 或 S)标记”;现在,当在草图工具中编辑结构并重新打开时,“增强型立体标记”将被保留。

  • 在整个界面中,单体存储工具现统一命名为“单体数据库”。

自由形式专栏

  • 将值批量复制到“自由格式”列中时,此前会导致 LiveReport 显示空白页面,直到刷新浏览器后才恢复正常;现在,即使不重新加载页面,也能正确应用复制的值。

  • 当发生网络错误时,Freeform 列审计跟踪的工具提示会显示之前鼠标悬停过的单元格中的值;现在,审计跟踪始终显示当前鼠标悬停单元格的正确内容。

  • 在“自由格式评论”列中保存评论时,双击“确定”会生成两条重复的评论条目,现在则会正确地仅生成一条。

  • 已删除的“自由格式评论”列在列菜单中仍会显示“编辑列”选项,并允许编辑列详细信息;此外,已删除的列现在已正确设置为只读状态。

  • 当选中了实体,但 LiveReport 中没有“自由格式注释”列时,注释面板会显示“未选中任何实体”;现在,它会正确地提示未选中任何注释单元格。

表单视图

  • 在“表单视图”中,点击父控件中的某个实体时,此前需要再次点击,子控件才会更新为该下钻后的实体;现在,子控件会在首次点击时立即更新。

  • 表单矩阵控件的标签现在能够正确保存所有富文本格式,包括字体大小、字体颜色、斜体、下划线、删除线和水平对齐方式。

  • 在大型 LiveReports 中,在电子表格视图和表单视图之间切换的速度现在更快了。

  • 当垂直列未在看板卡片上显示时,看板卡片原本不会显示用于将卡片拖动到新垂直列或泳道的拖放区域;现在,无论看板卡片上显示哪些列,拖放功能均可正常使用。

  • 在“表单视图”中,看板卡片现在能正确显示生物实体图像,而不会显示空白单元格。

  • 全局表单布局模板此前可在非全局项目中被覆盖、重命名或删除,而现在,全局模板已受到保护,无法在全局项目之外进行修改。

现场报道

  • 包含大量空单元格的日期列的 LiveReports 由于日期解析速度较慢,加载时间会异常长;现在,此类 LiveReports 的加载性能已显著提升。

  • 包含多个共享同一虚拟实体的真实通用实体的 LiveReports 此前无法加载,现已能正确计算。

  • 复制一个包含数百列以及未发布的自由格式列的 LiveReport 原本需要超过一分钟,现在只需几秒钟即可完成。

  • 受限的分析柱原本会失去对其父级分析柱的引用,从而无法发布;现在则能正确保留该引用。

  • 批次组中数量有限的检测柱此前无法通过“取消分组”选项或“数据与检测柱”树中的“取消分组”选项进行取消分组,现在可通过这两种方法正确地取消分组。

  • 如果在包含子实体的父实体上运行模型,子实体会在 LiveReport 中显示为单独的行;而现在,只有父实体会受到影响。

  • 从带有冻结行的 LiveReport 中复制单元格值时,剪贴板中会额外添加与冻结行数量相等的空白行;现在复制单元格值时不会再添加额外的空白行。

  • 在 LiveReport 电子表格中,当快速拖动时,垂直滚动条的滚动控点会滞后于光标,导致用户无法滚动到大型 LiveReport 的底部;现在,滚动操作已变得流畅且响应迅速。

  • 当存在多个 ID 列别名时,“显示隐藏行”对话框会显示错误的实体别名,现在已显示正确的 ID 列别名。

  • 此前,在项目选择器中按名称搜索项目后点击“确定”,无法切换到该项目;现在已能正确跳转至所选项目。

  • 此前,点击检测数据工具提示中的“检测查看器”链接时,该工具无法打开,且可能导致该工具在页面刷新前始终无法访问;现在,从工具提示中点击“检测查看器”链接即可正常打开该工具。

  • 文件名中包含下划线的文件此前在“管理文件”对话框中无法被搜索到,现在已能正确显示在搜索结果中。

  • 将 Sketcher 中的设计添加到 LiveReport 中原本可能需要超过 20 秒,有时甚至会完全失败,而现在可以立即完成添加。

模型

  • 在协议命令中使用 {ORIG-SDF-FILE} 宏的模型,在处理通用实体行时无法生成所需的输入文件,现已能为所有实体类型正确生成输入文件。

  • 即使模型已成功处理完数据,模型结果单元格仍会偶尔显示为“失败”,需要手动重新运行模型才能显示结果;现在,单元格可正确显示模型结果,无需重新运行。

  • 当依赖模型同时被触发时,“点击运行”模型原本无法提交任务,现在已能正确提交任务。

  • 传递给参数化模型的空输入单元格,此前在模型的CSV输入中会不一致地显示为“[]”而非空字符串,现已统一显示为空字符串。

管理面板

  • 在包含大量参数化模型的管理面板部署中,模型列表页面会水平拉伸,以便将所有分页页码显示在同一行中,导致布局难以使用;现在,分页控件会显示一组精简的链接,无论模型数量多少,都能保持表格的紧凑性。

  • 具有“LiveDesign ”用户角色的用户在包含大量无限制项目(约250个或更多)的部署环境中无法打开“任务”对话框;现已将请求行大小限制提高,以便在包含400个及以上无限制项目的部署环境中加载任务页面。

  • 具有 UserAdmin 角色的用户此前无法保存对项目属性的编辑,包括项目描述、治疗领域和组权限;现在,UserAdmin 用户可以如预期般编辑并保存项目设置。

  • 当同一用户同时通过多个浏览器或标签页对“项目”和“组”页面进行编辑时,管理面板中的操作会返回 403 CSRF 令牌错误;此问题现已解决。

  • 当浏览器窗口宽度缩小后,管理面板页眉中的LiveDesign 徽标会出现变形;现在,无论视口大小如何,该徽标均能正常显示。

项目仪表盘

  • 将图表添加到“项目仪表板”时,坐标轴上的实体和R基团结构图不可见;现在,“项目仪表板”上的图表已能在坐标轴上正确显示结构图。

  • 如果坐标轴上包含实体或R基团图像的图表被添加到项目仪表盘中,原本会将所有复合图像合并为一个显示;现在,仪表盘坐标轴上的复合图像会被分组并单独显示。

  • 在“项目仪表盘”的图表控件上,固定工具提示原本会在点击其他数据点时消失,现在则会保持可见。

  • 雷达图现已从项目仪表盘中移除,因为这些图表依赖于用户选择,因此无法在仪表盘上显示数据;系统会显示一条提示信息,说明仪表盘不支持雷达图。

情节

  • 在升级库后,3D 散点图无法渲染;现在,无论采用何种列类型、聚合模式和视图,3D 散点图均可正确显示。

  • 在启用聚合模式的散点图或折线图上将鼠标悬停在数据点上时,此前不会显示工具提示,现在悬停时会正确显示聚合值信息。

  • 将包含实体或R基团列坐标轴的图表导出为SVG或PNG格式时,生成的文件中原本缺少结构图;现在,导出的图表文件能够正确显示实体和R基团的结构图。

  • 将图表导出为SVG或 PNG 格式时,图例原本会被截断,现在在导出的文件中已能完整显示。

  • 在1D热图中,按住并拖动鼠标选择化合物时,此前无法选中拖动区域内的实体,现在则能正确选中选区内的所有实体。

  • 以前,沿坐标轴显示的复合图像会向下延伸并被停靠的工具提示框截断,现在则会正确地显示在工具提示框上方。

  • 在某些浏览器或操作系统缩放设置下,或者当选中较长的列名时,图表选项中的“更多”按钮会显示不完整;现在,无论在何种配置下,该按钮均可完整显示。

  • 图的“重命名”对话框现在会在新名称输入框旁边显示当前图的名称,且对话框标题已更新为使用标准大小写格式。

  • 1D 热力图此前会不一致地显示实体标识符而非配置的企业 ID,现在则始终显示正确的 ID 列标识符。

  • 对于具有“查看者访问权限”的用户,此前在点击任何图表或3D可视化工具上的下拉菜单时,可视化面板会变空白且无响应;现已修复,下拉菜单选项可正常显示。

  • “绘图选项”模态窗口以前可以被拖动到屏幕顶部,以至于其标题栏和关闭按钮会被浏览器的地址栏遮挡;现在,该模态窗口会始终保持在可见视口内。

序列查看器

  • 在表单视图中,从 LiveReport 网格中选择实体时,该实体原本不会被加载到序列查看器中,现在已能正确加载所选实体。

  • 在序列查看器中,当在以下两种残基显示格式之间切换时,工具提示中显示的残基保守性值会发生变化: FASTA 和 Monomer-DB 之间切换时,工具提示中显示的残基保守性值会发生变化,而现在无论选择哪种显示格式,保守性值均保持一致。

  • “序列查看器”中的比对下拉选项此前被错误地标记为“按残基编号”,现已更正为“按残基编号”。

  • 当水平滚动超出序列画布范围时,序列查看器中的数据列值原本会隐藏,现在在水平滚动过程中始终保持可见。

  • 序列查看器:Logo 图中非天然单体 (X) 原本会采用当前活动配色方案进行着色,现在则会正确地使用其分配的天然类似物颜色或中性灰色。

  • 在Firefox 中应用“不同残基”着色时,序列查看器中的序列单体字体原本会发生变化,但现在无论采用何种着色模式或处于何种选择状态,字体均保持一致。

  • 序列查看器中的“正在处理 X 个序列”通知此前会统计所有已加载的序列,而非仅统计可见的序列;现已修正,仅正确显示可见序列的数量。

  • 在“序列查看器”中点击诸如 CDR1、CDR2 和CDR3等注释下拉菜单标签时,此前无法打开下拉菜单,现在已能正常打开。

  • “序列查看器”中的CDR过滤功能此前仅适用于多链抗体 的前两条链,现已能正确处理重链和轻链数量任意的抗体。

  • 应用CDR过滤后,与参考序列匹配的残基原本不再显示为点,而现在无论是否进行过滤,均会一致地显示为点。

3D 可视化工具

  • 在 3D 可视化工具中,加载已保存的场景时,结构不会重新调整为与捕获视图一致的方向,且随后保存新场景也会失败;现在,已保存的场景能够正确恢复保存时的方向。

  • 3D 可视化工具中的“残基类型”配色方案现已能够正确地将未知和非天然氨基酸残基标记为一种独特的默认颜色。

  • 3D 可视化工具:此前在画布上逐个选择多个残基时,层次结构面板中只会显示第一个选中的残基;现在,所有选中的残基都能正确地被高亮显示。

  • 3D 可视化工具:当同一附件被加载到多个单元格中时,内容面板中的实体复选框现在可独立工作。

  • 3D 可视化工具:向配体添加非极性氢原子原本会导致原子标签变色,而现在标签能保持正确的颜色。

  • 在 3D 可视化器中,当结构对齐处于活动状态时进入测量模式会导致所有选择类型失效;现在,当结构对齐正在进行时,测量工具会自动禁用。

  • 在 3D 可视化工具中,切换背景颜色时残留标签原本会消失,现在即使背景颜色发生变化,这些标签仍会保持可见。

  • 3D 可视化工具:将结构导出为 .mae 或 .maegz 文件时,此前已删除的原子标签原本会被包含在内,而现在导出文件中仅显示当前可见的标签。

  • 在 3D 可视化工具的“层级”选项卡中,“编号方案”下拉菜单此前会截断“增强型乔西亚”的显示,无法显示完整名称,现已能正确显示所有编号方案的完整名称。

  • 在 3D 可视化器中,当关闭并重新开启配体显示时,应用于结合位点 残基的标签会被移除;现在,在切换显示后,所有残基上的标签都能正确恢复。

  • 在黑色背景上切换样式预设时,3D 可视化工具中的残留物标签原本会变为白色,现在则能保持正确的颜色。

  • 3D 可视化工具现在通过从服务器请求压缩的附件数据,并在整个浏览器会话期间缓存结构,从而加快了结构的加载速度。

  • 在 3D Visualizer 的结构对齐面板中,自定义原子选择模式下点击“返回”按钮原本会清除画布上的参考选择,现在则能正确恢复之前的选中状态。

  • 3D 可视化工具画布覆盖颜色面板中的“仅碳”复选框此前显示为放大状态且内边距缺失,现已恢复为正确大小。

配体设计工具

  • Ligand Designer:叠加结构此前可编辑,允许选择和修改原子,现在已按预期设置为不可编辑。

  • 对于键序无效的结构,配体最小化操作此前会默默成功,而现在对于无法处理的结构,系统会正确地报告失败。

MMP

  • 在MMP分析面板中,某个候选化合物的“查看”按钮此前无法在LiveReport中滚动至该化合物并将其高亮显示;现在,该按钮已能正确地将焦点移至该化合物上。

  • MMP差值图的 X 轴原先从 0 开始,而不是从第一个转换 ID 开始,现在已正确地从 1 开始。

SAR分析

  • 在R基团分解后将R基团保存到新的LiveReport中,原本在生成芳香化结构时会生成一个空的LiveReport,现在已能正确保存所有R基团。

枚举

  • 反应计数偶尔会失败,此时靶点 的LiveReport中不会显示任何产物,也无法得知问题出在哪里;现在,失败时会显示一条描述性错误信息。

导出

  • 导出包含有限检测列的 LiveReport 时,SDF 文件中的列名将省略“(有限)”后缀, PPTX和 XLS 导出文件中,列名中的“(有限)”后缀会被省略,现在已正确包含该后缀,以与 LiveReport 网格中的显示保持一致。

  • 以前,在“每帧一行”模式下将包含通用实体的 LiveReport 导出为 XLS 或 XLS Aligned 格式时会出现错误,而现在已可成功导出。

版本 2026-2

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