版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 在“Workspace ”中将光标悬停在某个原子上时，系统会同时高亮显示“Project Table”中对应的行，并在状态栏中显示该行的行号
• 将默认设置改进为“显示 PDB 对话框”，以自动显示 2Fo-Fc 衍射数据，并在 EM 图中将等值线自动设置为作者推荐的值
• 重新设计的 2D 查看器导出功能，配备专用选项对话框以控制图像尺寸，并支持单个结构和 HTML 网格的高质量 SVG 格式
• 全新Maestro 助手（测试版）——一款由人工智能驱动的对话式界面，通过Schrödinger 知识机器人提供基于上下文的帮助，并支持在3Dworkspace （文档）中执行自然语言样式命令

力场

• 将 FFBuilder 的默认参考方法更新为 MPNICE 势能
  • 对于典型的化学体系，速度大约快5倍
  • 对含硼、溴、碘和硅的化合物，速度提升20倍

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• “蛋白质制备向导”的交互式作业现在会将临时文件保存在Maestro 工作目录下的指定文件夹中

蛋白质的X射线结构精修

• 将默认设置改进为“显示 PDB 对话框”，以自动显示 2Fo-Fc 衍射数据，并在 EM 图中将等值线自动设置为作者推荐的值
• 重新设计了 GlideMap 面板，用于将配体锚定到由 GlideXtal 根据 X 射线数据生成的晶体结构图中

冷冻电镜模型精修

• 重新设计的 GlideMap 面板取代了 GlideEM 面板，为将小分子配体拟合到冷冻电镜密度图提供了更精细的选项

IFD-MD

• 用于配体结合模式预测和隐性结合位点 识别的新型模板配体查找器（Beta版）：基于蛋白质和配体的相似性，快速识别并可视化同源蛋白，从而发现潜在的模板配体，作为IFD-MD的参考

结合位点 & 结构分析

混合溶剂分子动力学（MxMD）

• 借助更新的 计算机模拟工作流程（Beta版）提升隐性结合位点 的识别能力：该新工作流程将混合溶剂分子动力学 (MD) （MxMD）与SiteMap相结合，可可靠地揭示和检测隐性结合位点

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

分子对接

• 已优化Glide 方法，其运行速度比Glide 快近2倍，现已成为默认方法
• Glide 网站改版：MMGBSA 更正

配体结构准备

大环化合物

• 在使用 tug_align.py 进行比对时，添加命令行选项以限制顺式/反式异构现象
• 在 tug_align.py 中添加一个命令行选项，用于控制 MCS 搜索算法的超时时间
• PrimeMCS 的性能略有提升

ABFEP

• AB-FEP 模拟中的自动膜放置

先导化合物 优化

FEP+

• 全新的“设置”界面取代了“高级选项”界面，使模拟 的设置更加直观、简便
• 关于RB-FEP边界的明确预测
• “相似度得分”列显示在“分析”选项卡中
• 借助“Web 服务作业表”面板增强的易用性，批量删除和下载多个作业
• 将原子映射扩展到匹配的R基团

恒定pH值模拟

• 改进了面板的易用性和布局
• 新增了通过 Web 服务运行恒定 pH 值模拟的功能

FEP 协议生成器

• 通过优化默认设置，工作流速度提升约2倍
• 通过利用Louvian聚类对子地图进行探索和评分，提高了生成的FEP+ 地图的准确性。此外，用户还可以输入所需的子地图
• 一种利用FEP-PB模型的帕累托选择生成最佳价值方案的新型成本最优方案
• 通过支持FEP+ 分组功能，提高了生成的地图的预测精度，该功能会将具有不同质子化、互变异构和构象 构象的配体进行分组，从而能够应用FEP分组校正

量子力学(QM)

• 根据 Leach 等（2009）的研究，通过基于量子力学（QM）的工作流程预测艾姆斯毒性
• 现已支持X射线发射光谱（XES）预测功能（仅限命令行）
• 在 RI-MP2 框架下实现了九种新的双重混合泛函：B2-PLYP、B2GP-PLYP、DSD-BLYP、DSD-PBEP86、PWPB95、B2K-PLYP、B2T-PLYP、DSD-PBEB95、MPW2-PLYP
• 波函数稳定性分析可自动纠正SCF不稳定性，从而获得更稳定的波函数
• 利用新工作流程预测核独立化学位移（NICS）
• 随波长变化的旋光度
• 通过设置“理论层次”选项来应用 MLFF（机器学习（ML） 力场）
• 所有支持使用 QRNN 的Jaguar 工作流现已支持 MPNICE

生命科学教育内容

• 新教程：核酸结构的制备
• 新教程：核酸的结构可视化与相互作用分析
• 新教程：使用 SiteMap 分析核酸的结合位点
• 新教程：小分子——寡核苷酸分子对接 附带Glide
• 新教程：使用 Ligand Designer 构建 RNA 与配体的相互作用
• 新教程：利用 RB-FEP 预测 RNA 结合小分子的亲和力
• 新教程：基于解离动力学模拟预测药物滞留时间
• 新学习路径：寡核苷酸建模
• 快速参考表：GlideMap

生物制剂药物研发

• 通过上传输入 FASTA 文件，可轻松指定要在 MMGBSA 残基扫描中建模的突变变体
• 利用新推出的变异导出功能，将变异导出为 FASTA 文件，并在 MSV 中加载、分析和可视化 MMGBSA 残基扫描面板中指定的目标突变
• “大分子构象过滤”功能在基于氢-氘交换（HDX）实验数据进行过滤时，支持多链配体。
• 在“TCR 区域”菜单下新增了 Vα-Vβ 界面预定义选项，以便一键选择该关键结合区域
• 新的T细胞受体（TCR）特异性预设

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• 缺陷修正：(+DEFECT_FORMATION_ENERGY) 该面板中计算出的形成能
• 声子的有限位移法（命令行）
• 默认设置下的迭代次数和循环次数增加
• 默认支持 GBRV 伪势

MS Surface

产品：MS SurfChem

• 脱附计数：(+ASSOCIATIVE_DESORPTION) 关联脱附选项

Microkinetics

产品：MS Microkinetics

• 通过催化反应分析计算选择性 （命令行）

反应性

产品：MS Reactivity

• 反应网络分析器：支持 Garza 溶剂化熵配分函数（命令行）
• 纳米反应器：对基本反应网络算法的改进

KMC Charge Mobility

产品：MS Mobility

• 基于电荷扩散计算场依赖迁移率的选项（命令行）

介电性能

产品：MS 介电材料

• 复介电常数：可选自定义拟合参数
• 复介电常数：显示来自多次拟合的预测结果
• 复介电常数：输入预平衡结构的选项
• 复介电常数：通过KWW参数计算提高计算速度

反应性界面模拟器

产品：MS RIS

• 固态电解质界面：支持通过命令行修改键阶的自定义反应
• 固态电解质界面：改进的未配对电子追踪算法

水晶结构预测

产品：水晶结构预测

• Crystal结构预测 ：简化用户界面，提升用户体验
• Crystal结构预测 ：在“高级设置”中显示的所有空间群

力场的高级应用

产品：MS FF 应用程序

• 机器学习（ML） QM 和 MD 面板中的力场支持

通过分子动力学模拟进行传输计算

产品：MS Transport

• 扩散：在驱动程序主机上支持 GPU 计算
• 离子电导率：(+IONIC_CONDUCTIVITY) 用于预测液体中离子电导率的工作流解决方案
• 薄层剪切：(+PLANE_SHEAR_VELOCITY_PROFILE) 降低了速度分布中的噪声
• 薄板剪切：(+PLANE_SHEAR_VELOCITY_PROFILE) 直接计算粘度-速度分布
• 薄层剪切：改进剪切区域的控制，以避免板件发生偏移

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 加快大型系统粗粒化力场的分配速度
• 粗粒化映射：用于CG结构自动映射的GUI面板
• CG FF Builder：为MARTINI 映射自动添加防冻液
• CG FF Builder：(+CGFF_BUILDER_MARTINI_NPT) 在拟合MARTINI 力场参数时支持NPT集合方法
• CG FF Builder：支持加密的力场参数
• CG FF Builder：支持将 CG Mapping 的输出作为输入加载

材料信息学

产品：MS Informatics

• 机器学习（ML） 属性：用于可视化训练集的工具提示化学空间
• MD 描述符：根据输入的 CSV 文件自动设置标签和组件数量

配方 ML

产品：MS Formulation ML

• 支持在不使用SMILES 字符串的情况下描述配料
• Formulation ML：通过图形用户界面（GUI）可视化模型性能
• Formulation ML：将特征重要性导出为 CSV 的选项
• Formulation ML：在训练过程中计算特征重要性的选项
• ML 模型管理器：用于管理模型和版本信息的图形用户界面

分层设备机器学习

产品：MS 分层设备 ML

• OLED 设备机器学习：对分类模型的支持

MSMaestro 构建程序和工具

• 吸附计数：针对空间位阻原子的改进吸附算法
• 吸附计数：分子吸附的去重处理
• Complex Builder：基于IUPAC名称为草图中的配体提供名称建议
• 配体构建器：构建二聚有机金属配合物
• 无序系统：对“对齐网格”和“非晶态”模式的加速
• 无序系统：对MLFF的支持
• 元工作流：对 MLFF 的支持
• 聚合物：粗粒化聚合物模型中角度的设置

经典力学

• 复杂双层膜：(+COMPLEX_BILAYER_BUILDER) 用于复杂蛋白质膜系统的模型构建解决方案
• Diffusion：对 MLFF 的支持
• 聚合物交联：借助改进的交联算法加快速度
• 电解质分析：绘制密度分布等值面的选项
• MD 多阶段：针对刚性聚合物的预设松弛协议
• MD 多阶段：用于辅助 OPLS5 收敛的预设松弛方案
• MD 多级：可选择电场单位
• MD 多阶段：可查看预设松弛协议中的步骤
• MD 多阶段：支持 MLFF
• 分子沉积：对MLFF的支持
• 聚合物链分析：提高主链原子搜索速度
• 为MD做准备：支持MLFF
• 已恢复“径向分布函数”面板，供用户使用
• 约束可视化：用于在分子动力学模拟系统中显示约束关系的工具

量子力学(QM)

• 吸附能：对MLFF的支持
• β消除：对MLFF的支持
• 键与配体的解离：片段的分子式已标注
• 纳米反应器：对MLFF的支持
• 光电子薄膜性质：可选功能，用于计算 ISC/RISC 的重排能
• 光电子薄膜性质：可在查看器面板中绘制ISC/RISC的单重态-三重态分裂分布图
• 探针栅极扫描：支持 MLFF
• 反应热力学枚举：对MLFF的支持
• Reaction Network Profiler：支持 MLFF

材料科学教育内容

• 新教程：机器学习（ML） 力场
• 更新后的教程：纳米反应器
• 更新版教程：有机金属配合物
• 快速参考表：MLFF 计算
• 快速参考指南：ML 模型管理器
• 快速参考表：粗粒度映射
• 快速参考表：约束可视化
• 快速参考表：欢迎屏幕
• 面板帮助文档中显示的许可信息（示例）
• 材料科学面板浏览器：筛选支持 MLFF 的面板（进入“面板浏览器”，在“方法论”下选择“机器学习（ML） 力场”）

教育内容

生命科学

• 新教程：核酸结构的制备
• 新教程：核酸的结构可视化与相互作用分析
• 新教程：使用 SiteMap 分析核酸的结合位点
• 新教程：小分子——寡核苷酸分子对接 附带Glide
• 新教程：使用 Ligand Designer 构建 RNA 与配体的相互作用
• 新教程：利用 RB-FEP 预测 RNA 结合小分子的亲和力
• 新教程：基于解离动力学模拟预测药物滞留时间
• 新学习路径：寡核苷酸建模
• 快速参考表：GlideMap

材料科学

• 新教程：机器学习（ML） 力场
• 更新后的教程：纳米反应器
• 更新版教程：有机金属配合物
• 快速参考表：MLFF 计算
• 快速参考指南：ML 模型管理器
• 快速参考表：粗粒度映射
• 快速参考表：约束可视化
• 快速参考表：欢迎屏幕
• 面板帮助文档中显示的许可信息（示例）
• 材料科学面板浏览器：筛选支持 MLFF 的面板（进入“面板浏览器”，在“方法论”下选择“机器学习（ML） 力场”）

LiveDesign

2025-3 版的新功能

• 自由形式专栏
  • 用于定义下拉列表值的“自由格式”列用户界面已重新设计，以便更快地创建下拉列表值
  • 将 3D 附件上传至 Freeform 列（“pse”、“mae”、“maegz”、“mmtf”、“pdb”、“pdbgz”、“sdf”），并在 3D 可视化工具中查看
• 情节
  • 固定工具提示将包含在图表导出中
  • 箱线图现在支持水平和垂直叠加
• 高级搜索
  • “不区分大小写”和“匹配任意内容”选项现已作为高级搜索查询中的齿轮图标选项提供
  • “真实”和“虚拟”快速筛选选项现已在“高级搜索”面板中对所有实体类型开放
  • 在运行“自动更新高级搜索”时，现已启用滚动功能。针对单个搜索条件以及抽屉顶部的指针操作已被禁用。
• 序列查看器
  • 查看非天然残基的化学结构，并显示对接工具提示
  • 与相应参考残基相匹配的残基可以用点(.)代替字母来表示，以便更轻松地识别差异
  • 现在，在点击并拖动时，拖动选择范围会一直延伸到画布的末端
  • 如果在折叠状态下切换“数据列”复选框，序列查看器中的“数据列”部分现在会自动展开。
• 数据与列树
  • 已发布的有限分析柱现可通过在D&C树中输入前缀[LIM]进行检索；输入完整的柱名可搜索并高亮显示相应的柱。
• 导入
  • 管理员用户可以使用 LDClient 将任何现有用户指定为某个实体的“批次科学家”，但须满足以下要求：1) 用户名必须与LiveDesign 中现有的用户名完全一致；不能创建新用户名，也不能使用其他字符串；2) 仅在注册新实体时才能指定“批次科学家”，且无法对现有实体进行更新。
• 管理面板
  • 管理员用户可以更新 ENABLE_TECHNICAL_USERS 属性，以便在用户列表中显示技术用户
  • 在任务引擎中批量删除多达 40,000 个任务
• 用户体验改进
  • “一键‘在Maestro中查看’链接”已重新设计，以便更清晰地区分“在3D中查看”和“在Maestro中查看”这两个选项
  • 列标题上的排序图标已更新
  • 在 LiveReport 中经过筛选的列，其列标题上现在会显示一个筛选图标
  • 已移除了将化合物从一个 LiveReport 复制到另一个 LiveReport 时的确认对话框
  • 管理员用户可以通过定义 MAX_LOADED_3D_STRUCTURES 属性，来配置在 3D 可视化器中可同时查看的实体数量
  • 在“立体异构体”工具中滚动时，列标题仍保持可见

已修复的内容

• 管理面板
  • 许可证文件以前在管理面板界面中偶尔会无法上传，现在已能正常上传
  • 模型会将“超限制”项目显示为可选项目（用户可选择将模型添加至该项目），尽管该协议并未包含该“超限制”项目。现在，“模型”页面仅显示协议中包含的项目
• 自由形态柱
  • 如果选中的下拉列表值中包含换行符，下拉列表自由格式列会显示错误的颜色规则，现在已显示正确的颜色
  • 如果列名与任何其他 LiveReport 中任何其他列的标题相同，则创建“自由格式”评论列会失败；而现在，除非列名与现有已发布的“自由格式”列标题相同，否则该操作会成功。
• 筛选条件
  • 在 LiveReport 上关闭筛选器时，单元格会闪烁，直到刷新浏览器后，才会显示正确的单元格值。
• 表单
  • 如果某个小部件被配置为钻取小部件，则无法从 Forms 中的该小部件复制文本；现在，可以从钻取小部件中复制文本了
  • 在“表单”注释控件中输入时，字符偶尔会被删除，但现在不会被删除了
• 公式
  • 当使用 if() 函数时，返回多个值的公式原本不会显示这些值，现在已能正确显示多个值
• 配体设计工具
  • Ligand Designer：以前使用 .maegz 格式的参考配体无法在 3D 可视化器中显示，现在已能正确显示在 3D 可视化器中
• 限量检测柱
  • 将字符串粘贴到“创建有限测定柱”对话框中时，字符串会短暂显示，随后消失，但现在仍显示在对话框中
• 实时报道
  • 点击LiveDesign 超链接时，无法打开链接的LiveReport，而是会打开用户上次打开的LiveReport；现在，点击超链接可以正确打开链接的LiveReport
  • 当 LiveReport 包含“LiveReport 中的存在”高级搜索条件时，将 LiveReport 从一个项目复制到另一个项目会失败，而现在可以成功复制了。
• 模板
  • 将模板应用到 LiveReport 时，除非刷新浏览器页面，否则不会显示已应用的筛选条件；现在已能正确显示已应用的筛选条件
• “提交反馈”按钮已被禁用