版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 同时对多个选定的核苷酸进行突变 [2023-1]
• 在“自定义集”编辑器对话框中快速选择“核酸”子结构 [2023-1]
• 新的自定义预设功能 [2023-1]
  • 仅导出所选预设子集的选项
  • 通过“按元素着色（链名碳原子）”选项实现更全面的控制
• 改进了“Maestro 到PyMOL”的功能 [2023-1]
  • 将“发送至PyMOL”选项移至“文件”菜单，使其更易于发现
  • 在“发送至PyMOL”中添加轨迹数据的选项
• “平移时保持旋转中心固定”选项现默认启用 [2023-1]
• 项目表/条目列表的改进 [2023-1]
  • 双击即可自动滚动到“快捷行”条目对应的原始行
  • 选择那些包含的条目中任意一个在Workspace
• 使用“注释”切换按钮显示/隐藏药理基团特征标签 [2023-1]
• BioLuminate [2023-1]
  • 使用预定义的选择集，快速选择与抗体 相关的分段，例如CDR、Fab、Fv等
• 使用全新的“振动”面板查看、分析和共享分子振动信息 [2023-1]
  • 易于使用的播放控制功能，以及与Workspace
  • 将振动频率动画中的帧保存为3D结构
  • 通过导出所选模式的视频与同事进行沟通

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• 新增对 KNIME（v4.7）的支持 [2023-1]
• 增强了“提取属性”节点的鲁棒性，现在可以添加或排除新属性 [2023-1]
• LigPrep 节点现可读取从Maestro  导出的配置文件 [2023-1]
• 新的Protein Preparation Workflow 节点配置面板与Maestro[2023-1] 完全相同
• 对LiveDesign 导入和导出节点的改进 [2023-1]
  • 不仅限于配体和蛋白质，还可以将任何2D/3D结构作为通用实体导入LiveDesign
  • 将整个 LiveReports 导入 KNIME 进行分析

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• Small peptides (< 200 atoms) can now also optionally be capped [2023-1]

多序列查看器/编辑器

• 使用“蛋白质家族比对”功能，将新序列与用户提供的所有蛋白质家族参考集进行比对和注释（测试版）[2023-1]
• 生成核酸链的互补序列和反向互补序列 [2023-1]

Desmond 分子动力学 (MD)

• 通过与英伟达（NVIDIA）的合作，吞吐量（以纳秒/天为单位）的性能提升最高达1.17倍（17%）。在小型至中型系统上运行时，借助现代GPU可实现最大的速度提升 [2023-1]

QM/MM（Qsite）

• 将默认最小化算法从截断牛顿法切换为共轭梯度法，可获得更稳健、更可靠的最小化结果 [2023-1]
• 新增了对以下色散校正泛函的支持：DFT-B3LYP-D3、DFT-M06-2X-D3、DFT-B3LYP-D3(BJ)、DFT-M06-2X-D3(BJ)、DFT-wB97X-D 以及DFT-B97-D3 [2023-1]

自动QSAR

AutoQSAR 与 DeepAutoQSAR

• 对数值型附加特征进行归一化处理，以消除因数值过大或过小而在网络训练过程中产生的不稳定性 [2023-1]

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

Shape 筛选

• 通过命令行轻松重启Shape 的GPU计算 [2023-1]

先导化合物 优化

FEP+

• 通过与NVIDIA的合作，FEP+ 的每日扰动次数实现了高达1.4倍的显著性能提升。在核心数较多且系统规模较小到中等的情况下，性能提升最为显著 [2023-1]
• 改进了处理组时的界面易用性，包括值如何应用于映射 [2023-1]
• 使用 Epik7 配合 fep_groups.py 脚本自动计算原体/互变异构体/构象分布 [2023-1]

量子力学(QM)

• 在“光谱图”界面中轻松隐藏和重新显示光谱 [2023-1]
• 新增对 rSCAN、r2SCAN 和 r2SCAN-D3(BJ)DFT 泛函的支持 [2023-1]
• 新增对三十四种D4色散校正泛函的支持 [2023-1]

半经验的量子力学(QM)

• 将半经验接口的计算引擎从 MOPAC7.1 切换为 MOPAC2016 [2023-1]

药物化学设计

配体设计工具

• 通过可视化仅对两个受体中其中一个可及的结合位点 体积，并识别仅能与其中一个受体（β）良好结合的配体，从而设计配体选择性 [2023-1]

生物制剂药物研发

• 利用CDR嫁接工作流，在抗体 人源化过程中对多个残基进行同步反向突变 [2023-1]
• 使用预定义的选择集快速选择与抗体 相关的分段，例如CDR、Fab、Fv等 [2023-1]
• 在“残基扫描”中将数据与结构关联，现在在“Workspace ”中选择残基时，也会在“残基扫描”表中选中相应的残基 [2023-1]
• “交联蛋白”界面已更名为“蛋白质连接子设计”，以更准确地反映其用途。现在该界面还提供了两个环结构库数据库供用户选择，一个用于构建域内连接子，另一个用于构建域间连接子 [2023-1]

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• Quantum ESPRESSO：NEB工作流的可扩展性和通用性得到提升 [2023-1]
• Quantum ESPRESSO：支持 RISM-3D（命令行）[2023-1]
• Quantum ESPRESSO：用于寻找过渡态的二聚体法（命令行）[2023-1]
• Quantum ESPRESSO：应用Niggli缩减的选项（命令行）[2023-1]

材料信息学

产品：MS Informatics

• 机器学习（ML） 物理性质：特定压力范围内的沸点预测 [2023-1]
• 机器学习（ML） 属性：针对最多10个选定条目的交互式预测 [2023-1]

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 改进了轨迹查看器中CG系统的加载速度 [2023-1]
• CG FF Builder：*.log 文件中关于密度降低不一致的警告 [2023-1]
• CG FF Builder：支持角度为零的力常数 [2023-1]
• CG FF 作业：改进用于设置密度降低和截止距离的用户界面 [2023-1]
• CG FF 作业：支持从 FF 文件中填充降采样数据 [2023-1]
• CG FF 作业：关于半径差异较大的 CG 粒子的警告 [2023-1]

分子动力学 (MD)

产品：Desmond

• 通过与英伟达（NVIDIA）的合作，吞吐量（以纳秒/天为单位）的性能提升最高达1.17倍（17%）。在小型至中型系统上运行时，借助现代GPU可实现最大的速度提升 [2023-1]

MSMaestro 用户界面

• 为评估“在/超出”ASL而考虑的周期性边界条件 [2023-1]

MSMaestro 构建程序和工具

• “操作单元格”：移动原点的选项 [2023-1]
• Meta Workflows：用于构建和运行多个相互关联的工作流的模块 [2023-1]
• Polymer：支持通过“Mark Head and Tail”（命令行）标记的单体 [2023-1]
• 查询债券：将视图放大至面板中某一行所选的债券 [2023-1]
• 结构化液体：内置脂质扩展列表 [2023-1]

经典力学

• Droplet：用于预测水滴在给定基底上的接触角的模块 [2023-1]
• 蒸发：用于在分子动力学 (MD)  中模拟蒸发的流程模块 [2023-1]
• 分子沉积：允许每轮迭代仅请求一次 MD [2023-1]
• 为MD做准备：根据力场调整DPD系统尺度的选项 [2023-1]
• 为 MD 做好准备：Martini 2.x 的额外后处理（命令行）[2023-1]

量子力学(QM)

• 复杂枚举：在复杂稳定性分析中对非金属中心的支持 [2023-1]
• 宏pKa ：在生成互变异构体时指定活性原子的选项 [2023-1]

教育内容

• 新教程：元工作流 [2023-1]
• 新教程：水滴接触分析 [2023-1]
• 新教程：液体电解质的性质：第1部分 [2023-1]
• 新教程：液体电解质的性质：第2部分 [2023-1]

LiveDesign

2023-1 版更新内容

• 项目概述着陆页：查看着陆页摘要信息
• 仅垂直式看板：使用单个下拉列表自由格式列创建看板视图
• 表单
  • 使用键盘快捷键配合“复合图像”控件，在不同的复合图像之间进行切换
  • 为每个控件设置独立的列宽
• 通用实体：以任何形式存储有关任何化学、生物或物质的批次和实验数据
• 新 对现有功能的改进，例如：
  • 在散点图上查看回归方程
  • 管理员可以通过撤销用户被分配的角色，或指定特定的用户名来注销用户。
  • 使用结构处理器删除单个增强型立体化学 AND 基团后，该立体中心现被定义为“未定义”，而此前则会被定义为绝对立体中心。
  • 在子结构过滤中使用高级原子查询功能
• 性能改进
  • SAR 分析任务以异步方式执行，完成所需时间更短
  • 在查看大型蛋白质时，3D可视化工具的响应速度更快

已修复的内容

• 返回单一值的模型现在会显示完整的结果，且该结果与其他列未对齐
• 该 3D 可视化工具利用客户端计算机上的高性能 GPU 来避免崩溃
• 将多个值粘贴到 ID 搜索框中时，系统会尝试自动识别分隔符，或提供一个选项供用户选择用于分隔值的分隔符
• “限定检测柱”现已纳入“配对分子”分析中
• 将多个值粘贴到“筛选器”中时，系统会尝试自动识别分隔符，或提供一个选项供用户选择用于分隔值的分隔符
• 文件导入收据中显示了用于解析 SD 文件时出现的错误的滚动条
• 在表单中，当视图大小发生变化时，固定的图表工具提示会更新连接线
• 文件导入确认信息现会显示 SD 文件标题行中的 ID
• 图中的叠加线现在将延伸至整个图的边界
• 通过绘图界面创建的 R 组、骨架和字符串列的自动生成的着色规则，现在将显示在图表中
• 固定工具提示现在会指向箱线图中的正确数据点
• 现在，将鼠标悬停在雷达图图例中的“超出范围”条目上，即可查看哪些化合物 ID 超出了范围。
• 优化 的多参数列对话框似乎允许未经授权的用户编辑定义，但提交的任何编辑内容均不会被保存。现在，该对话框对未经授权的用户显示所有字段均为禁用状态。
• 将 LiveReports 设置为只读后，用户将无法再配置“磁贴视图”
• 折线图在图例中不再将R基团显示为SMILES 字符串，而是显示图片
• 包含许多窄小控件的表单在编辑时不再显示错误
• 通过拖动选择多个直方图柱，将选中该区间内的所有化合物