リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• 選択した複数のヌクレオチドを同時に置換する [2023-1]
• 「カスタムセット」エディタダイアログで「核酸」サブ構造をすばやく選択する [2023-1]
• 新しいカスタムプリセット機能 [2023-1]
  • 選択したプリセットのみを抽出してエクスポートするオプション
  • 「元素別色分け（鎖名の炭素）」オプションによる制御機能の拡張
• 「Maestro 」から「PyMOL」への変換機能の改善 [2023-1]
  • 「PyMOLに送信」オプションを「ファイル」メニューに移動することで、その見つけやすさを向上させました
  • 「PyMOLに送信」に軌跡 のデータを含めるオプション
• 「平行移動中に回転中心を固定する」設定が、デフォルトで有効になりました [2023-1]
• プロジェクト一覧／エントリーリストの改善 [2023-1]
  • ダブルクリックすると、ショートカット行エントリの元となる行に自動的にスクロールする
  • 「」に含まれるエントリのいずれかについて、行内でアトムが選択されている行を選択します。Workspace
• 「注釈」トグルでファーマコフォアの特徴ラベルを表示／非表示にする [2023-1]
• BioLuminate [2023-1]
  • あらかじめ定義された選択セットを使用して、CDR、Fab、Fvなどの抗体関連セグメントを素早く選択できます
• 新しい「振動」パネルで、分子の振動情報を表示、分析、共有できます [2023-1]
  • 使いやすい再生コントロールと、Workspace
  • 振動周波数のアニメーションからフレームを3D構造体として保存する
  • 選択したモードのエクスポートされた動画を通じて、同僚とコミュニケーションをとる

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

• KNIME（v4.7）のサポートを追加 [2023-1]
• 「プロパティの抽出」ノードの堅牢性が向上し、新しいプロパティを含めたり除外したりできるようになりました [2023-1]
• LigPrep ノードは、Maestro  からエクスポートされた設定ファイルを読み込むようになりました [2023-1]
• 新しい「Protein Preparation Workflow 」ノード設定パネルは、Maestroの [2023-1] と同一です。
• LiveDesign のインポートおよびエクスポートノードの改善 [2023-1]
  • リガンドやタンパク質にとどまらず、任意の2D/3D構造 を汎用エンティティとしてLiveDesign にインポートする
  • LiveReports全体をKNIMEにインポートして分析を行う

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• Small peptides (< 200 atoms) can now also optionally be capped [2023-1]

複数配列ビューア／エディタ

• 「タンパク質ファミリーアラインメント」機能を使用して、すべてのタンパク質ファミリーについて、ユーザーが指定した参照セットに対して新しい配列のアラインメントおよびアノテーションを行う（ベータ版） [2023-1]
• 核酸鎖の相補配列および逆相補配列を生成する [2023-1]

Desmond 分子動力学

• NVIDIAとの協業により、スループット（ns/日）において最大1.17倍（17％）の性能向上が実現した。小規模から中規模のシステムにおいて、最新のGPU上で実行することで最大の速度向上が得られた [2023-1]

QM/MM（Qsite）

• デフォルトの最小化アルゴリズムを「切り捨てニュートン法」から「共役勾配法」に変更することで、より堅牢で信頼性の高い最小化を実現 [2023-1]
• DFT-B3LYP-D3、DFT-M06-2X-D3、DFT-B3LYP-D3(BJ)、DFT-M06-2X-D3(BJ)、DFT-wB97X-D、およびDFT-B97-D3 を含む、分散補正関数に対するサポートを追加しました [2023-1]

AutoQSAR

AutoQSAR および DeepAutoQSAR

• 数値型の追加特徴量を正規化し、値が極端に大きかったり小さかったりする場合に生じるネットワーク学習の不安定性を解消する [2023-1]

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

Shape 上映

• コマンドラインからShape のGPU計算を簡単に再開する [2023-1]

リードの最適化

FEP+

• NVIDIAとの協業により、FEP+ における1日あたりの摂動数において、最大1.4倍という大幅な性能向上が実現されました。特に、コア数の多いGPUを搭載し、小規模から中規模のシステムにおいて、最も顕著な速度向上が確認されています [2023-1]
• グループの操作時のインターフェースの使いやすさを改善しました。これには、マップへの値の適用方法も含まれます [2023-1]
• fep_groups.py スクリプトを使用して Epik7 でプロトマー／タウテマー／コンフォーマーの分布を自動的に計算する [2023-1]

量子力学

• 「スペクトルプロット」インターフェースで、スペクトルを簡単に非表示にしたり再表示したりできるようになりました [2023-1]
• rSCAN、r2SCAN、および r2SCAN-D3(BJ)DFT 関数に対するサポートを追加しました [2023-1]
• 34種類のD4分散補正関数に対するサポートを追加しました [2023-1]

半経験的量子力学

• 半経験的界面モデルにおける計算エンジンをMOPAC7.1からMOPAC2016へ変更 [2023-1]

医薬品化学の設計

リガンド デザイナー

• 2つの受容体のうち1つのみにアクセス可能な結合部位の体積を可視化し、2つの受容体のうち1つ（β）にのみ適切にドッキングするリガンドを特定することで、リガンド の選択性を高める設計 [2023-1]

生物学的製剤の創薬

• CDRグラフト法ワークフローを用いた抗体ヒト化において、複数の残基 に対する同時バックミューテーションを実行する [2023-1]
• あらかじめ定義された選択セットを使用して、CDR、Fab、Fvなどの抗体関連セグメントを素早く選択できます [2023-1]
• 残基 のスキャン機能において、データを構造 に接続する際、Workspace で「残基 」を選択すると、残基 のスキャンテーブルにある「残基 」も同時に選択されるようになりました [2023-1]
• 「Crosslink Protein」インターフェースは、その目的をより正確に反映させるため、「Protein Linker Design」に名称が変更されました。また、ドメイン内リンカーの構築用とドメイン間リンカーの構築用の2つのループライブラリ データベースから選択できるようになりました [2023-1]

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

• Quantum ESPRESSO：NEBワークフローのスケーラビリティと汎用性の向上 [2023-1]
• Quantum ESPRESSO：RISM-3D のサポート（コマンドライン） [2023-1]
• Quantum ESPRESSO：遷移状態を特定するためのダイマー法（コマンドライン） [2023-1]
• Quantum ESPRESSO：Niggli縮約を適用するオプション（コマンドライン） [2023-1]

材料情報学

製品名：MS Informatics

• 機械学習の特性：圧力範囲における沸点の予測 [2023-1]
• 機械学習の特性：選択した最大10件のエントリに対する対話型予測 [2023-1]

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

• 軌跡 ビューアにおけるCGシステムの読み込み速度の改善 [2023-1]
• CG FF Builder：密度低減における不一致に関する *.log ファイルからの警告 [2023-1]
• CG FF Builder：角度がゼロの力定数のサポート [2023-1]
• CG FF 課題：密度低減およびカットオフ距離の設定に関するUIの改善 [2023-1]
• CG FF 課題：FF ファイルからの低密度データの読み込み機能 [2023-1]
• CG FF 課題：半径の差が大きいCGパーティクルに関する警告 [2023-1]

分子動力学

製品：Desmond

• NVIDIAとの協業により、スループット（ns/日）において最大1.17倍（17％）の性能向上が実現した。小規模から中規模のシステムにおいて、最新のGPU上で実行することで最大の速度向上が得られた [2023-1]

MSMaestro のユーザーインターフェース

• ASLの「範囲内／範囲外」を評価するために考慮された周期的境界条件 [2023-1]

MSMaestro のビルダーとツール

• セルの操作：原点を移動するオプション [2023-1]
• Meta Workflows：複数の連携ワークフローを構築・実行するためのモジュール [2023-1]
• Polymer：Mark Head and Tail でマークされたモノマーのサポート（コマンドライン） [2023-1]
• 債券の照会：パネルから行で選択した債券を拡大表示する [2023-1]
• 構造化液体：組み込み脂質のリストの拡充 [2023-1]

古典力学

• Droplet：所定の基板上の水滴の接触角を予測するモジュール [2023-1]
• 蒸発：分子動力学を用いて蒸発をシミュレートするワークフローモジュール [2023-1]
• 分子堆積：1回の反復につき1つのMDのみをリクエストできるようにする [2023-1]
• MDの準備：力場に基づいてDPDシステムをスケーリングするオプション [2023-1]
• MDの準備：Martini 2.x 向けの追加の後処理（コマンドライン） [2023-1]

量子力学

• 複素数列挙：複素安定性解析における非金属中心のサポート [2023-1]
• マクロ「pKa 」：タウトマー生成の過程で活性原子を指定するオプション [2023-1]

教育コンテンツ

• 新チュートリアル：メタワークフロー [2023-1]
• 新チュートリアル：水滴の接触解析 [2023-1]
• 新チュートリアル：液体電解質の性質：第1部 [2023-1]
• 新チュートリアル：液体電解質の性質：第2部 [2023-1]

LiveDesign

2023-1の新機能

• プロジェクト概要のランディングページ：ランディングページの概要情報を表示する
• 縦型のみのカンバン：単一のピックリスト形式のフリーフォーム列を使用してカンバンビューを作成する
• フォーム
  • 「化合物 」画像ウィジェットでキーボード操作を使用し、化合物 間を移動します
  • 各ウィジェットの列幅を個別に設定する
• 汎用エンティティ：化学物質、生物学的物質、または物質に関するあらゆるデータ（ロットデータおよび実験データ）を、いかなる形式であれ保存する
• 新着 既存機能の機能強化、例えば：
  • 散布図上で回帰式を確認する
  • 管理者は、ユーザーに割り当てられたロールを削除するか、特定のユーザー名を指定することで、そのユーザーをログアウトさせることができます。
  • 構造 プロセッサを使用して、単一の強化された立体化学的グループ を削除すると、その立体中心は「未定義」と定義されるようになりました。以前は、それが絶対立体中心として定義されていました。
  • 部分構造フィルタリングで高度なAtomクエリ機能を使用する
• パフォーマンスの向上
  • SAR解析タスクは非同期で実行され、完了までの時間が短縮されます
  • 大きなタンパク質を表示する場合、3Dビジュアライザーの反応がよりスムーズになります

修正された点

• 以前は単一の値を返していたモデルについて、他の列と揃えられていない状態で結果全体が表示されるようになりました
• この3Dビジュアライザーは、クライアントコンピュータに搭載された高性能GPUを活用することで、クラッシュを防ぐようになっています
• ID検索欄に複数の値を貼り付けると、区切り文字を自動的に同定 しようとするか、値を区切る区切り文字を選択するオプションが表示されます。
• 「Limited Assay Columns」が、Matched Molecular Pairs解析に追加されました
• 「フィルター」に複数の値を貼り付けると、区切り文字を自動的に同定 しようとするか、値を区切る区切り文字を選択するオプションが表示されます。
• ファイルのインポート結果には、SDファイルの解析エラーを示すスクロールバーが表示されます
• フォームで固定されたプロットのツールチップは、ビューのサイズが変更されると接続線が更新されます
• ファイルのインポート確認画面に、SDファイルのタイトル行にあるIDが表示されるようになりました
• プロット内のオーバーレイ線は、プロットの全幅にわたって表示されるようになりました
• プロットインターフェースを通じて作成されたRグループ、スキャフォールド、および文字列列に対して自動的に生成された色付けルールが、プロットに表示されるようになりました
• 固定されたツールチップが、箱ひげ図内の正しいデータポイントを指すようになりました
• レーダーチャートの凡例では、プロットの凡例にある「範囲外」という項目にカーソルを合わせると、どの化合物 IDが範囲外であるかが表示されるようになりました。
• 「多変数最適化」の列ダイアログでは、権限のないユーザーが定義を編集できる状態になっていましたが、送信された編集内容は保存されませんでした。現在、このダイアログでは、権限のないユーザーに対してすべてのフィールドが無効化されて表示されるようになっています。
• 「LiveReports」を読み取り専用に設定すると、ユーザーはタイル表示の設定ができなくなります
• 折れ線グラフでは、プロットの凡例にRグループが「SMILES 」という文字列として表示されなくなり、代わりに画像が表示されるようになりました。
• 狭いウィジェットが多数配置されたフォームでは、編集時にエラーが表示されなくなりました
• ドラッグして複数のヒストグラムの棒を選択すると、そのビンに含まれるすべての化合物が選択されます