リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• 起動時の新しいウェルカム画面では、プロジェクトの作成や開く、構造のインポートなど、よく行うタスクにすばやくアクセスできます
• 使いやすさを向上させるため、プロジェクトテーブルを刷新・簡素化しました
  • 新しい「テーブル設定」ペインでは、ライトテーマとダークテーマをすばやく切り替えたり、ePlayer やプロパティツリーの表示/非表示を切り替えたりすることができます。
  • 新しい「ガジェット」メニューから、チャートや2Dビューアに簡単にアクセスできます
• Jaguar およびJaguar の分光結果を表示するための新しいワークフロー・アクション・メニュー（WAM）プロジェクトテーブルにおける分光計算

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• 生物学的および化学的システムのより広範な対象範囲に対応するための、最小化プロトコルの改良
• 等価なタウトマー状態リガンド の網羅範囲を拡大することで、より信頼性の高い事前構築構造を生成する
• 深刻度のしきい値で診断レポートをフィルタリングすることで、深刻な構造上の問題をより簡単に確認できます
• 「診断」パネルに新たに追加された「Missing Atom」タブでは、サイドチェーンやループのモデリングを選択できるようになりました

低温電子顕微鏡（Cryo-EM）によるモデル精緻化

• GlideEMのポーズは、DenscoreよりもRMSDの低い構造の順位付けにおいてより精緻な「GlideScore」に基づいてソートされるようになりました。

リガンド 準備

リガンド ドッキング

• 最適化されたGlide （ベータ版）による、Glide のスコアリングおよびドッキングの高速化： 最適化されたGlide を活用して、より大規模なライブラリをスクリーニングし、より優れた候補を見つけましょう。これには、強化されたアクティブラーニングGlide およびPythonAPI のサポートが含まれます。
  • 業界をリードするGlide のドッキングファンネルおよびスコアリング機能、EmodelおよびGlideScoreをそのまま搭載
  • Glide およびAutoDesignerのアクティブラーニングにおいて、同じ演算リソースで処理時間を短縮
  • API の高度なPythonサポートにより、ドッキングプロセスの自動化やファイル管理が容易になり、より幅広い実験が可能になります
  • 新しい「リガンド 」ドッキングパネルからアクセスでき、Active LearningおよびGlide の計算設定が可能になります

ABFEP

• 「エネルギー分解」のデータが、分析PDFレポートに記載されるようになりました

リードの最適化

FEP+

• 高品質なリガンド アラインメントを自動的に生成する、新しいFEP+ ポーズビルダーのワークフロー（ベータ版）：バイアスのない選択と堅牢な原子マッピングを実現するように設計された自動化ワークフローにより、FEP対応のポーズをより迅速に生成し、FEP+ を大規模に実行できます。
• FEP+ パネル上で、FEP+ プロトコルファイルを直接読み書きできる機能
• 分類マトリックスの表示スタイルの改善
• 報告された統計指標に、ケンドールのタウ統計量が追加された
• csv/xls形式でエクスポートされるFEP+ データの改善
• 「None」を新しいホットアトムルールとして追加しました

タンパク質 FEP

• FEP+ 残基 ProteinFEP+ では、リガンド の選択性パネルに対応したスキャン機能を提供しています

定pHシミュレーション

• システインのサポートを追加しました残基

FEP+ プロトコルビルダー

• 初期シミュレーション時間を0.5 nsに短縮し、延長時間を10 nsに設定することで、デフォルトのワークフローを実行するための計算リソースを大幅に削減した
• FEP+ パネルがProtocol Builderファイルの読み取り・書き込みに対応したことで、シームレスな連携が可能になりました
• パレート分析を用いて、計算効率の向上を含むプロトコルの選択に重きを置く（コマンドラインのみ）
• 共有結合したリガンドのサポートを追加しました
• プロトコルの最適化において、GLU、ASP、LYS、ARG、およびCYSの電荷状態を任意にサンプリングする機能

デ・ノボ設計

AutoDesigner – R-グループ Design

• 新機能「R-グループ 」の類似度スコア機能により、関心のある化合物を中心にアイデア創出を集中させることができます
• 「新設計根拠」機能：参照リガンドを基準としてADMEエンドポイントを改善する

代替療法

二機能性分解剤

• 新しい「Degrader Sampling Workflow（ベータ版）」によるタンパク質分解酵素モデリングのサポート拡充： 構造 を基盤としたワークフローにおいて、タンパク質間ドッキングとリンカーサンプリングを統合することで、正確な分解酵素三量体複合体を生成

生物学的製剤の創薬

• 機械学習に基づくT細胞受容体（受容体 ：TCR）構造 予測（ベータ版）による、生物製剤向けのAI/ML機能の強化：ImmuneBuilderのディープラーニングモデルとPrimeを活用し、構造 のハイスループット予測およびTCRの大規模モデリングを実行します。
• HDX-MSなどの実験データを用いて、複合体のアンサンブルからネイティブまたはネイティブに近いポーズを抽出するための、新しい「高分子ポーズフィルタリング」パネル

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

• Quantum ESPRESSO バイナリの保存場所を示す新しい環境変数

分子動力学シミュレーションを用いた輸送計算

製品名：MS Transport

• 薄板せん断：分子単位によるスラブ領域の選択

KMC チャージ・モビリティ

製品名：MS Mobility

• KMC電荷移動度の計算：Schrödingerの新しい移動度エンジンに基づく予測

材料情報学

製品名：MS Informatics

• 機械学習の特性：既存モデルの更新
• 機械学習の特性：トリプレットの再配列エネルギーの予測
• 機械学習の特性：S1からT1へのエネルギーギャップ（∆EST）の予測
• 機械学習のプロパティ：対話モードでの予測結果がプロジェクトテーブルに自動的に追加されます
• MLFF 計算（ベータ版）：Schrödingerの最新の機械学習による力場を用いた、単一点エネルギーおよび幾何構造最適化ツール

処方 ML

製品名：MS Formulation ML

• Formulation ML：カスタム成分記述子のサポート
• Formulation ML：複数のCPUを並列に使用してモデルを作成する機能のサポート
• Formulation ML：混合物を個別の成分として設定する機能
• 配合の機械学習による最適化：材料配合を最適化するためのワークフローソリューション

階層型デバイスML

製品名：MS Layered Device ML

• OLEDデバイスML：OLEDデバイスの性能を予測するためのワークフローソリューション
• 光電子デバイス設計者：ML OLEDデバイスモデルを用いて性能を予測する

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

• 自動CGマッピング：(+AUTOMAPPING_MARTINI_PROTEIN) 自動マッピングおよびパラメータ設定におけるタンパク質への対応Martini
• 自動化されたCGマッピング：炭水化物系における高精度なマッピング
• CGMDシミュレーションにおける運動量誤差の閾値の改善
• CG FF Builder：水と水との相互作用に関するパラメータは、デフォルトで固定されています

誘電特性

製品名：MS 誘電体

• 複素誘電率：反復計算を並列で実行するオプション

反応性

製品名：MS Reactivity

• 「Materials」タスクメニューの下に「Reaction Network」カテゴリが作成されました
• 「Reaction Workflow」の名称が「Reaction Network Profiler」に変更されました
• 「Auto Reaction Workflow」の名称が「Reaction Network Enumeration Profiler」に変更されました
• Reaction Network Profiler：CREST を使用した立体構造検索を実行するオプション
• Reaction Network Profiler：再起動時の構造検索（コマンドライン）
• ナノリアクター：反応物の状態に対するエネルギーに基づいて生成物を選別するオプション
• ナノリアクター：(+ELEMENTARY_REACTION_NETWORK) 基本反応ネットワークのワークフローに対応

マイクロキネティクス

製品名：MS Microkinetics

• Microkinetics 堆積解析：固体材料の堆積またはエッチングプロセスにおけるマイクロキネティックシミュレーションの事後解析を実行するためのワークフローソリューション
• マイクロキネティックモデリング：(+MATSCI_MKM_INTERACTIONS) 単純な2次吸着質間相互作用のサポート

反応性インターフェースシミュレータ

製品名：MS RIS

• 固体電解質界面：分子内反応をブロックするオプション（コマンドライン）
• 固体電解質界面：新規種に対してDFT の電荷値を使用するオプション

『クリスタル』構造 の予想

商品：クリスタル『構造 』予測

• Crystal構造 予測：指定された分子の結晶構造および多形を予測するためのインターフェースとワークフロー化合物

MS Surface

製品名：MS SurfChem

• 吸着の列挙：反応性吸着を評価するワークフローへのアクセス
• 脱着定量：複数の分子の脱着を評価するためのワークフローソリューション

MSMaestro のユーザーインターフェース

• タスクメニューから「Materials Science Panel Explorer」ページへの直接リンク

MSMaestro のビルダーとツール

• Structured Liquid：カスタム脂質の自動標準化
• Polymer：複数の最短長バックボーンに対する二面角設定の改善
• 有機金属化合物の立体配置探索：CREST を用いた立体配置探索を実行するオプション

古典力学

• 蒸発：結果をCSVファイルとしてエクスポートするオプション
• MD多段階法：粗視化系における重心運動の除去
• 熱物理特性：軌跡 のエネルギーファイルを保存するオプション
• アンブレラ・サンプリング（ベータ版）：膜のアンブレラ・サンプリングのためのワークフローソリューション

量子力学

• 吸着エネルギー：反応性吸着および脱着エネルギーのサポート
• 吸着エネルギー：吸着過程におけるエントロピー損失の評価の精度向上
• ボンドおよびリガンド の解離：形式原子電荷から生成物の電荷を設定するオプション
• ボンドとリガンド の解離：PCMおよびSMD溶媒モデルの支持
• 結合とリガンド の解離：生成物断片中の電荷およびラジカルの2次元可視化の向上
• Crest：CRESTを用いた半経験的量子力学に基づく立体構造探索のためのUI
• 光電子フィルムの特性：系間交差（ISC）率の計算における入力値として、複数の再編成エネルギーに対応
• 光電子フィルム特性ビューア：ユーザーが入力した再配列エネルギーに対応し、SEET率を即座に再評価可能
• 熱化学ビューア：反応性吸着・脱着エネルギーの表示機能
• 軌跡 密度解析：原子グループの命名規則の改善

教育コンテンツ

ライフサイエンス

• 新しいチュートリアル：混合溶媒分子動力学を用いたタンパク質結合部位の探索
• 新しいチュートリアル：BioLuminate を用いた T 細胞受容体 モデリング入門
• チュートリアルの更新：BioLuminate における抗体の可視化とモデリング
• チュートリアルの更新：BioLuminate を用いたペプチドモデリング
• 更新されたチュートリアル：SiteMapとWaterMapを用いたターゲット の分析
• 新しいQRS：構造 の信頼性レポート
• 新しいQRS：共有結合ドッキングのためのカスタム反応
• 新しいQRS：混合溶媒を用いた分子動力学シミュレーション
• 更新されたQRS：GlideWSモデルの生成
• QRSの更新：MM-GBSA残基 スキャン

材料科学

• 新チュートリアル：アンブレラ・サンプリング
• 新チュートリアル：クリスタル・構造 の予測
• 新チュートリアル：機械学習を用いた処方の最適化
• 新チュートリアル：OLEDデバイス設計のための機械学習
• 新チュートリアル：自動化されたDPDパラメータ化を用いたナノエマルジョン
• 新チュートリアル：製剤における応用機械学習
• 更新版チュートリアル：原子層堆積法
• 更新版チュートリアル：Reaction Network Enumeration Profiler（旧AutoRXNWF）を用いた非対称触媒の設計
• 更新版チュートリアル：機械学習による物件価格予測
• 新しいQRS：CREST
• 新しいQRS：マイクロキネティクス堆積分析

LiveDesign

2025-2の新機能

• SimpleSchemaから抗体薬物複合体をインポートする
• フリーフォームの列
  • 新しい「コメント」タイプ：フリーフォーム列内でスレッド形式の会話を書き込み、ユーザー名やタイムスタンプを追跡できます
  • フリーフォーム列の作成は、ウィザードを使用して行われるようになりました。このウィザードでは、まずフリーフォーム列のデータ型を選択し、その後、フリーフォーム列の詳細を指定することができます。
• 数式
  • 数式は複数の値に対応しています：数式の入力セルに複数の値を含めることができるようになりました。また、数式は「実験」、「ロット」、または「ポーズ」ごとに整列された複数の値を出力できます。複数の値を含む入力セルを処理するために、新しい数式関数（cellAggregation()、join()、any()、all()）が追加されました。
  • 正常に動作しないモデルセルを、数式入力として使用できるようになりました
  • 新しい isFailed() 関数は、失敗したモデルセルがある場合は true を返し、そうでない場合は false を返します。
• ダッシュボード（旧称：ランディングページ）
  • ランディングページで、バイオ医薬品およびジェネリック医薬品がサポートされるようになりました
  • プロジェクト管理者は、管理パネルから設定する代わりに、ランディングページ上で直接プロジェクトの説明を編集できます。
  • プロジェクト管理者は、ランディングページエンティティセクションの「期間」フィルターを使用して日付範囲を選択し、その期間内に追加されたエンティティを検索できるようになりました。
  • LRグリッドメニューに「LiveReportをブックマーク…」というオプションが追加されました。このオプションをクリックすると、新しいウィンドウで（ランディングページ内の）新しいブックマークページに直接移動します。ウィンドウのLiveReport情報セクションには、LiveReportの名前が自動的に入力されます。
• 管理パネル：CSVファイルをアップロードして、複数の新規ユーザーを一度に追加する
• シーケンスビューア
  • シーケンスビューアで複数のデータ列を表示し、配列と活性の関係解析を行う
  • アラインメントがない場合でも、参照配列を選択してください
  • 失敗したアラインメントを再実行し、実行中のアラインメントをキャンセルする
• ジェネリック医薬品およびバイオ医薬品のインポートパイプラインの統合：「ジェネリック医薬品」および「バイオ医薬品」のインポートタブが「バイオ医薬品/その他」タブに統合されました。「バイオ医薬品/その他」タブからインポートされるすべてのエンティティは仮想エンティティとなります。仮想エンティティに関するメタデータのCSVインポートが可能になりました。
• UXの改善
  • R-グループ の分解ハイライト表示では、結合の周囲にハロー状のハイライトを表示する代わりに、結合線をハイライト表示できるようになりました。
  • ユーザーは、「フィルター」パネルと同様に、詳細検索で任意のエンティティタイプまたはすべてのエンティティタイプで絞り込むためのクイックフィルターオプションを利用できるようになりました。「すべて」、「化合物 」、「R-グループ 」、「Biologic」、「GE」の各オプションから選択できます。
  • ユーザーは、化合物 構造 を「詳細検索」にドラッグして、フィルターパネルと同様に新しいサブ構造クエリを作成できるようになりました。
  • データエクスポートにおいて、データ修飾子（例：より大きい記号「>」）を別の列としてエクスポートする
  • LiveReportのエクスポート：ユーザーインターフェースまたはLDClientを介してエクスポートする際、フィルタリングによって除外された行を含めるか、除外するかを選択します。
• 構造 プロセッサ：新しい「STRICT」プロセッサ設定により、原子価違反やその他の無効な化学構造を持つ化合物を、プロセッサが許可または拒否できるようになりました。デフォルトでは、原子価違反のある化合物は許可されません。

修正された点

• データと列のツリー
  • 「データとカラム」ツリーで公開済みの限定アッセイカラムをお気に入りに追加しようとすると失敗していましたが、これらは現在、お気に入りに追加できるようになりました
• フィルター
  • LiveReportの「複合ビュー」におけるフィルターでは、LiveReportから列を削除すると、フィルター条件に余分な括弧が表示され、フィルター条件の順序が入れ替わっていました。現在では、フィルター条件の順序が正しく維持され、括弧も表示されなくなりました。
  • フィルターパネルを表示中にLiveReportから列を削除すると、フィルタービューが簡易モードから詳細モードに切り替わっていましたが、これ以降はビューが簡易モードのまま維持されるようになりました
  • 固定行を除外すると、メインのスプレッドシートの1行目に点滅する四角が表示されていましたが、現在はその行のデータが正しく表示されるようになりました
• フォーム
  • 以前は、フォームウィジェットからテキストをコピーすると、複数のウィジェットに点線が表示され、複数のウィジェットのテキストがコピーされたかのように誤って表示されていました。現在は、直前に選択された単一のウィジェット内のセルの周囲にのみ点線が表示されるようになりました。
  • フォームの注釈ウィジェットでは、スタイルの変更（フォントの色など）が反映されていませんでしたが、現在は正しく反映されるようになりました
  • Matrixウィジェットでは、値の周囲に余分な空白が生じていましたが、この余分な空白を解消するため、行の高さの最小値を縮小しました
  • Viewerのユーザーは、3D VisualizerでもFormsでも3D結果を表示できませんでしたが、現在は3D結果を表示できるようになりました
• LiveReportの管理
  • 「LiveReport」タブは、ログアウトして再度ログインすると表示されなくなっていたが、現在は再度ログインすると正しく表示されるようになった
  • LiveDesign のハイパーリンクをクリックしても、リンク先のLiveReportは開かず、代わりにユーザーが最後に開いたLiveReportが開いていました。現在では、ハイパーリンクをクリックすると、リンク先のLiveReportが正しく開くようになりました。
  • 「新しいLiveReportを作成」ダイアログで、LiveReportテンプレートのリストをフィルタリングできるようになりました
  • フィルタが設定されたLiveReportにテンプレートを適用しようとすると失敗していましたが、現在はテンプレートの適用に成功するようになりました
  • テンプレートの上書きを行うと、上書きされるのではなく新しいテンプレートが作成されていましたが、現在は正しくテンプレートが上書きされるようになりました
  • LiveReportにテンプレートを適用した場合、以前はテンプレートに含まれる「限定アッセイ列」は対象外となっていましたが、現在は正しく「限定アッセイ列」も対象に含まれるようになりました。
  • LiveReportの複製では、デフォルトではすべての列が含まれていませんでしたが、現在はデフォルトですべての列が含まれるようになりました
• Maestro アップロード
  • LiveDesign からMaestro へ構造をインポートする際、結果の URL が利用可能になる前にタスクのステータスが「FINISHED」と報告された場合、まれにインポートに失敗することがありましたが、現在は正しく構造がインポートされるようになりました。
  • LiveDesign のモデルが空のタンパク質ファイルを返した場合、LiveDesign からMaestro へ構造をインポートしようとすると失敗していましたが、これ以降は、その空のタンパク質ファイルはスキップされ、 にはインポートされなくなります。Maestro
• モデルの作成
  • 管理パネルでプロトコルを設定する際、${RDKIT-MOL} マクロを使用するように設定すると、LiveDesign のUIでパラメータ化されたモデルの作成ができなくなっていたが、現在は正しくパラメータ化されたモデルを作成できるようになった
• あらすじ
  • プロットのツールチップは、画面に固定した後はドラッグして移動できませんでしたが、固定後も新しい位置へドラッグできるようになりました
• R-グループ の分解
  • R-グループ 分解スキャフォールドの順序を変更することで、R-グループ 列に対する色付けルールと並べ替えルールが不要となり、現在ではこれらのルールが正しく維持されるようになりました。
• 検索
  • 「詳細検索」では、列のデータ型が未指定の場合、検索条件に一致しない余分なエンティティが時折検索結果に含まれていましたが、現在はそうした余分なエンティティが表示されなくなりました。
• シーケンスビューア
  • シーケンスビューアを水平方向にスクロールすると、ルーラーがリセットされ、上部に誤った残基 の数値が表示されていましたが、現在は正しい残基 の数値が表示されています。
• ユーザー管理
  • シングルサインオンを使用している場合、LiveDesign にユーザーのメールアドレスが保存されず、LiveReport の通知がユーザーにメールで送信されませんでした。現在、メールアドレスは正しく保存されるようになりました。
  • 新規ユーザー向けのウェルカムメールには、誤ったLiveDesign のURLが含まれていましたが、現在は正しいURLが記載されています