リリースノート

低分子創薬

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• 「Protein Prepwizard」のコマンドラインオプションを再編成・グループ化し、分かりやすさを向上させるとともに、Maestro のインターフェースとの整合性を高めました [2022-3]
• 「診断」インターフェースにおける原子価エラーの報告機能の改善 [2022-3]
• リボソームなどの大規模な構造に対して、Protein Prepwizardでゼロ次結合を割り当て、Epikステージを実行すると、処理速度が数桁向上する [2022-3]
• 小さなクラスターが多数存在する大規模な構造体や、少数の大きなクラスターからなる構造体上で実行した場合、ProtAssignのパフォーマンスが数倍向上した [2022-3]
• コマンドラインのprepwizardおよびprotassignスクリプトに-include_ligand_statesフラグを追加し、水素結合の割り当て段階でEpikによって生成されたリガンド 状態を含めるようにした [2022-3]

タンパク質のX線結晶構造精密決定

• Phenix/OPLS：非結合エネルギー項のカットオフ値を下げることで、計算性能を大幅に向上させるオプション [2022-3]
  • Phenix側のオプション `schrodinger.flags.nonbonded_cutoff` を使用すると、カットオフ値を変更できます。デフォルトではカットオフ値は変更されません。カットオフ値を10オングストロームに設定してテストを行ったところ、精緻化統計に悪影響は見られない一方で、計算効率が数倍向上することが確認されました。

低温電子顕微鏡（Cryo-EM）によるモデル精緻化

• GlideEM に新しいモードペプチドを導入しました。コマンドライン引数 -nconformers を使用して生成するコンフォーマーの数を指定することで、ペプチドのサンプリングを強化できます [2022-3]
  • ペプチドに対してconfgenを実行し、各コンフォメーションを再ドッキングすることで、追加のコンフォメーションが生成されます。これに必要な時間と計算リソースは、-nconformers パラメータの値に比例して増加します。
• GlideEM [2022-3] では、別ファイルで提供される結合部位 ASL およびリガンド を用いて、結合ポケット／ドッキンググリッドの中心を指定できるようになりました。
  • 結合部位は、新しいコマンドライン引数 `-binding_site_asl` を使用して指定できます。この引数を使用するには、結合部位付近の残基 を指定したASLが必要です。ドッキンググリッドの中心は、ASLで指定されたすべての原子の幾何平均となります。リガンド は、コマンドライン引数 `-リガンド_struct` を使用して指定できます。

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• 選択したエントリに対してスタイリングを適用し、分子の表示形式を変更する [2022-3]
• タンパク質間ドッキング向けの新しいワークフローアクションメニューのサポート [2022-3]
• 「PyMOLに送信」パネルは、PyMOL  で表示した際、Maestroの非結合相互作用を保持する [2022-3]
• 2Dスケッチャー内でゼロ次結合を作成する [2022-3]
• 2Dスケッチャー内での原子および結合の選択精度が向上し、より確実な選択が可能に [2022-3]
• LiveDesign による認証方法（認証情報またはシングルサインオン）のユーザー設定を保存する [2022-3]
• 新しい「ヘルプ」アイコンから、関連するチュートリアルやドキュメントにアクセスできるようになりました [2022-3]

フォース・フィールド

• 大規模な FFBuilder ジョブのスケーラビリティの改善 [2022-3]

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

• Schrödinger これらの拡張機能は、KNIME 4.6 [2022-3] と互換性があります。
• 新しいDeepAutoQSARノードによるMLモデルの作成と適用 [2022-3]

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

ABFEP

• ABFEP負荷試験における性能 [2022-3]

リードの最適化

FEP+

• FEP+ の「分析」タブのインターフェースにおいて、数百のノードやエッジを含む大規模なマップでのインタラクティブなパフォーマンスが大幅に改善されました [2022-3]
• 相関プロットには、ペアごとのddGヒストグラムが表示される（以前はエッジごとのヒストグラムが表示されていた）[2022-3]
• 状態のグループ化 GUI [2022-3]
  • 互変異性体
  • プロトマー
  • コンフォーマー（結合姿勢）

タンパク質 FEP

• 残基 「Mutation Selection」のレイアウト変更 [2022-3]
  • CYMアミノ酸（脱プロトン化システイン）のサポートを追加しました

定pHシミュレーション（ベータ版）

• pHの区間は0.5単位に固定され、その結果得られたレプリカの数が表示されます [2022-3]

FEPの溶解度

• 実験によるΔGデータは、データが利用可能な場合、「分析」タブに表示されます [2022-3]

生物学的製剤の創薬

• タンパク質間相互作用解析
  • 残基 の特徴量、非結合型相互作用の種類、および相互作用距離に基づいて、タンパク質間相互作用をフィルタリングする [2022-3]
  • 結果表 [2022-3] に記載された、埋没溶媒可及表面積および界面残基 の表面相補性
  • インタラクション分析パネルで、インターフェース「残基 」のみを選択、表示、およびスタイル設定する [2022-3]
• 残基 突然変異
  • Maestro からの「残基 」スキャンのパフォーマンスが向上し、数十万もの変異を同時に解析できるようになった [2022-3]
  • 下流の分析やワークフローのスクリプト作成を容易にするため、残基 のスキャン出力（構造 ）に、変異した残基 名を「as」プロパティとして追加しました [2022-3]
• タンパク質間ドッキング：
  • PIPERドッキング後にワークフローのアクションメニューを通じて提供される、一般的な次の手順に関するガイダンス [2022-3]
• 抗体ループのモデリング
  • PRIMEループ精緻化（Chothia、Enhanced Chothia、Kabat、IMGT、AHoを含む）を実行する前に、番号付け方式、ひいてはループ定義を指定してください [2022-3]

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

• 効果的なスクリーニング媒体：GUI上で、選択したエントリに基づいて構造を配置するオプション [2022-3]
• Quantum ESPRESSO：TDDFPTを実行するためのrunner.pyのサポート [2022-3]
• Quantum ESPRESSO：第一原理分子動力学（MD）の再起動オプション（コマンドライン） [2022-3]
• Quantum ESPRESSO：カスタム次元を持つスラブモデルのサポート [2022-3]
• Quantum ESPRESSO：Quantum ESPRESSO 7.1 へのアップグレード [2022-3]

分子動力学

分子動力学シミュレーションを用いた輸送計算

• 粘度：サーモスタットおよびバロスタットの設定（コマンドライン） [2022-3]

粗視化（CG）分子動力学

• CGFF Builder：原子レベル構造を用いた粒子体積予測の精度向上 [2022-3]
• CGFF Builder：すべてのパーティクルに共通の質量を設定するオプション。[2022-3]
• CGFF Builder：FFファイルに保存され、ビューアで表示される暗黙の電荷 [2022-3]
• CGFF Builder：保存済みのSMARTS パターンをインポートするオプション [2022-3]
• CGFF Builder：カットオフ値によるデフォルトの結合長の上限・下限の調整 [2022-3]
• CGFF Builder：CGマッピングされた各分子タイプがコピーとして保存される [2022-3]
• 粘度：CGシステムにおけるサーモスタットおよびバロスタットの自動設定 [2022-3]

オプトエレクトロニクス

• AL OptoE：最適化のための特性空間の拡張 [2022-3]

誘電特性

• 複素誘電率：指定した周波数における誘電率を表示するUIを改善しました [2022-3]
• 複素誘電率：貯蔵関数と損失関数の個別可視化 [2022-3]

MSMaestro のビルダーとツール

• ナノ構造：出力構造の周期性はデフォルトで設定されています [2022-3]
• 高分子：炭水化物分野におけるキトサンおよびキサンタンガムのテンプレート [2022-3]
• ポリマー：炭水化物のデフォルトの末端基としてヒドロキシル基グループ [2022-3]
• 半結晶性ポリマー：複数のホストでの実行のサポート [2022-3]

古典力学

• 分子堆積：MD段階数のプレビュー [2022-3]
• MD多段階法：ブラウン運動段階における温度制御 [2022-3]
• MD多段階法：硬質ポリマーの緩和プロトコル [2022-3]
• Polymer Crosslink：SMARTS パターンの保存および読み込み機能 [2022-3]
• ポリマー架橋：SMARTS の検索方法のオプション（コマンドライン） [2022-3]
• 応力・ひずみ：SMARTS の検索方法のオプション（コマンドライン） [2022-3]
• 応力・ひずみ：繰返し応力・ひずみジョブの処理速度を最大2倍に高速化 [2022-3]
• 応力・ひずみ：GUIからの総シミュレーション時間のプレビュー [2022-3]
• 表面張力：長距離カットオフのサポート [2022-3]
• 界面活性剤の傾斜：界面活性剤選択のためのUIの改善 [2022-3]
• 軌跡 密度解析：軌跡 の範囲設定に関するUIの改善 [2022-3]

量子力学

• 吸着の列挙：吸着質を基質から離して配置するオプション [2022-3]
• 励起状態解析：フラグメントのカスタム定義のサポート [2022-3]
• QM Multistage：ロバスト収束を無効にするオプション [2022-3]
• リガンド 情報交換：運転者ログに関する詳細な進捗報告 [2022-3]
• QMパネル内の「Jaguar 」オプションにおいて、デフォルトで自動スピン処理が適用されるようになりました [2022-3]
• Reaction Workflow：ジオメトリの重複排除機能のサポート [2022-3]
• 反応ワークフロー：出力におけるη表現または重心表現のサポート [2022-3]
• Reaction Workflow：R-グループ 列挙サイトの指定機能のサポート [2022-3]

LiveDesign

LiveDesign 2022-3の新機能

• 機械学習：DeepAutoQSARとモデル管理ツールを構築・活用して物性を予測する
• かんばんのレイアウト：ワークフロー、プロジェクト、合成キューを可視化・管理する
• 化合物 のすべてのアッセイデータを表示する：Assay Data Viewerツールを使用して、化合物 のアッセイデータをすべて照会する
• マッチング分子ペア：事前に計算済みのデータセットを照会するか、その場で分析を生成してマッチング分子ペア解析を実行し、複数の特性を一度に分析します
• 新着 既存機能の機能強化、例えば：
  • ピックリストのオプションを使用するようにモデルを設定する
  • 1つの変数について、複数の実験値をプロットする化合物
  • プロットと重ならないよう、プロットの凡例を更新しました
  • 「フィルター」、「色付けルール」ダイアログ、および「MPO 設定」ダイアログで、LiveReport 専用のドロップダウン候補を表示する
  • キーボードのスペースキーを使って、Sketcherのモードを切り替えます
  • リガンド ライセンスのチェックアウトと返却がより迅速になったため、Designerでは同時に利用できるユーザー数を増やすことが可能になりました
  • 化合物 画像には、結合長に比例する異種原子が示されている
  • フォームウィジェットのタブを非表示にして、画面スペースを有効活用する
  • 実験値のツールチップを更新し、アッセイビューアーツールを開いて実験のメタデータを確認できるようになりました
  • カテゴリ型列について、行の選択に基づいて色付けルールを自動的に生成する
• LiveReportsにおいて、列数の多いデータでの高度な検索、並べ替え、およびスクロールの処理を高速化する新たなパフォーマンス改善が実施されました
• ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]
  • モデルをデプロイする際、適切なKNIMEプロトコルが自動的に選択され、そのプロトコルの最新バージョンがアップロードされます。
  • 計算の割り当ては、モデルの管理ページから制御されます
  • LiveDesign の管理ページで行ったモデルの変更は、既存のモデルを上書きする際にも保持されます
  • モデルの移動、アーカイブ、およびアーカイブ解除を行うための新しい管理ノード

修正された点

• ダイアログで「キャンセル」をクリックした後、再度アクセスすると、カラムのツリー検索の検索語と検索結果がリセットされるようになりました。
• 未公開の列のタイル表示ヘッダー名では、セル全体にハッシュ模様の背景が適用されるようになりました。以前は、テキスト自体にのみ適用されていました。
• タイルに3D列が含まれている場合のフォーマットの不整合が修正されました。
• スプレッドシート以外のビューで「すべての行の凍結を解除」をクリックすると、以前はメッセージが表示されたままになっていましたが、現在はクリックするとメッセージが消えるようになりました。
• グローバルテンプレートを既存のLiveReportに適用できるようになりました。
• ランディングページのブックマークにある「保存」ボタンのツールチップの表示に関する不具合が修正されました。
• LiveReportピッカーでは、新しいフォルダの作成が中止された場合でも、選択内容が保持されるようになりました。
• MPOを含むLiveReportsを、他のプロジェクトにコピーできるようになりました。
• ユーザーがURLを使用してLiveReportにアクセスした場合、プロジェクトピッカーは保存されなくなりました。
• ランディングページのブックマークの日付フィールドの値が検証されるようになりました。値が正しくない場合、警告メッセージが表示されます。
• ランディングページでのテンプレート検索は、大文字と小文字を区別しなくなりました。
• MPOのツールチップでは、現在のビューに表示されていない構成要素についても、すべての構成要素情報が正しく表示されるようになりました。
• MPOのツールチップの位置は、プロキシ値のスコアの有無によって一貫性がありませんでしたが、現在は一貫しています。
• MPOスコアは、以前に定義されていた構成要素がNULL値に変更された場合の変化を、適切に反映するようになりました。
• 「Legend」は、接続されていない場合、チャートとともにポップアップ表示されるようになりました。
• 画面解像度が変わっても、プロットの凡例が適切な位置に再配置されるようになりました。
• ボックスプロットでは、より多くのデータポイントを扱えるようになりました。
• データ量の多い系列ごとに分割された折れ線グラフを画像としてエクスポートする際、期待どおりすべてのデータポイントが含まれるようになりました。
• ヒストグラムおよび円グラフのツールチップには、サーバーの設定に従って小数点区切り記号が表示されるようになりました。
• Firefox ブラウザでは、以前は無視されていたユーザーの軸フォントサイズが、現在は考慮されるようになりました。
• プロット内で許可されている点数が上限を超えたことを示す警告メッセージが、正しく表示されるようになりました。特に、散布図でジッター機能を有効にするかどうかを尋ねるメッセージによって、この警告メッセージが隠れてしまうことはなくなりました。
• プロットを画像としてエクスポートする際、データポイントに枠線が表示されるようになり、色のないポイントが画像に表示されないのを防ぐようになりました。
• v2000 CTAB形式でインポートされた構造 の略語化された官能基に対するSgroupアノテーションが、正しく表示されるようになりました。
• 登録の対象となるSgroupフィールドを定義するプロパティ「RDKIT_STRUCTURE_PROCESSOR_SGROUP_FIELD_NAMES」が、正しく反映されるようになりました。
• R- 「グループ 」の分解処理において、「RDKIT_TAUTOMER_SEARCH」が true に設定されている場合、タウトマーが一致するようになりました。
• 「スケッチャー」を最初にクリックすると、現在は入力にフォーカスが移るようになりましたが、以前はスケッチにCH4が追加されていました。
• ブラウザウィンドウのサイズを連続して変更したり、最小化したりした後に、スケッチャーの表示に影響が出る問題を修正しました。
• アップグレード後、新しいバージョンのスケッチャーでは、ページのハードリフレッシュやブラウザのキャッシュのクリアを行う必要はありません。
• 化合物 をスケッチャーにドラッグし、リングまたは結合を追加すると、比例したサイズのリングまたは結合が表示されます。
• 「LiveReport での表示」を反転させた高度な検索で、結果が表示されるようになりました。
• LiveReport内で非表示になっていたフリーフォーム列が、カンバンウィジェットのオプションとして表示されるようになりました。
• ウィジェットの設定後、カンバンウィジェットでは編集モードのタイルが表示されるようになりました。
• スケッチャーを介して、LiveReportにRグループを追加できるようになりました。
• Maestro から未公開データをアップロードし、その後、そのデータを公開済みとして同じ LiveReport に再アップロードすると、その列が「データと列」ツリーに表示されるようになりました。
• 非表示の列は、明示的に選択された場合、ファイルのエクスポート時に表示されるようになりました。