版本说明

小分子药物研发

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 对Protein Prepwizard的命令行选项进行了重组和分组，以提高清晰度，并使其与Maestro 界面保持一致 [2022-3]
• 诊断界面中价数错误报告功能的改进 [2022-3]
• 在对大型结构（如核糖体）进行零阶键分配并在Protein Prepwizard中运行Epik阶段时，速度提升了几个数量级 [2022-3]
• 在处理包含大量小型簇的大型结构或包含少量大型簇的结构时，ProtAssign 的性能提升了数倍 [2022-3]
• 在命令行脚本 prepwizard 和 protassign 中添加了 -include_ligand_states 标志，以便在氢键分配阶段包含由 Epik 生成的配体状态 [2022-3]

蛋白质的X射线结构精修

• Phenix/OPLS：通过降低非键能项的截断值来显著提升计算性能的选项 [2022-3]
  • Phenix 中的一个选项 schrodinger.flags.nonbonded_cutoff 可用于调整截断值。默认情况下不更改截断值。经测试，当截断值设为 10 埃时，计算效率提高了数倍，且未观察到对精修统计量的负面影响。

冷冻电镜模型精修

• 为 GlideEM 引入了一种新的肽模式，通过命令行参数 -nconformers 指定要生成的构象数，从而增强肽的采样能力 [2022-3]
  • 通过对肽段运行 confgen 并重新对接每种构象，可生成更多的构象。所需的时间和计算资源与 -nconformers 呈线性关系。
• 现在可以通过结合位点 的ASL文件指定结合口袋/分子对接 网格中心，并在GlideEM [2022-3]中通过单独的文件提供配体。
  • 结合位点 可通过新的 -binding_site_asl 命令行参数进行指定，该参数需要一个 ASL 文件，其中需指定位于结合位点 附近的残基。分子对接 的网格中心将为 ASL 文件中指定所有原子的几何平均值。配体可通过 -ligand_struct 命令行参数提供

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 对选定的条目应用样式并更改分子表示形式 [2022-3]
• 新增对蛋白质-蛋白质分子对接  的工作流操作菜单支持 [2022-3]
• 在PyMOL  中查看时，“发送至PyMOL”面板保留了Maestro中非键合相互作用 [2022-3]
• 在 2D 草图工具中创建零阶键 [2022-3]
• 在 2D 草图工具中，原子和键的选取精度得到提升，选取更加可靠 [2022-3]
• 通过LiveDesign 保存用户选择的身份验证方式（凭据或单点登录）[2022-3]
• 新的“帮助”图标可帮助您访问相关教程和文档 [2022-3]

力场

• 大型 FFBuilder 作业的可扩展性改进 [2022-3]

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• Schrödinger 这些扩展与 KNIME 4.6 [2022-3] 兼容
• 使用新的 DeepAutoQSAR 节点创建和应用机器学习模型 [2022-3]

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

ABFEP

• ABFEP载荷下的性能表现 [2022-3]

先导化合物 优化

FEP+

• 在处理包含数百个节点和边的大型地图时，FEP+ “分析”选项卡界面的交互性能得到了显著提升 [2022-3]
• 相关性图将显示成对的ddG直方图（此前显示的是边缘方向的直方图）[2022-3]
• 状态分组图形用户界面 [2022-3]
  • 互变异构体
  • 原体
  • 顺应者（束缚姿势）

FEP蛋白

• 残基突变选择布局变更 [2022-3]
  • 新增对 CYM 氨基酸（脱质子化半胱氨酸）的支持

恒定pH值模拟（Beta版）

• pH区间固定为0.5个单位，并显示所得复制品的数量 [2022-3]

FEP的溶解度

• 如果数据可用，实验ΔG数据将显示在“分析”选项卡中 [2022-3]

生物制剂药物研发

• 蛋白质相互作用分析
  • 根据残基特征、非键相互作用类型和相互作用距离过滤蛋白质-蛋白质相互作用 [2022-3]
  • 结果表中报告的埋藏溶剂可及表面积及界面残基的表面互补性 [2022-3]
  • 在相互作用分析面板中仅选择、显示和设置界面残基的样式 [2022-3]
• 残基突变
  • Maestro 的残基扫描性能得到提升，从而能够同时分析数十万个突变 [2022-3]
  • 在残基扫描输出结构中添加了“突变残基名称”属性，以方便后续分析和工作流脚本编写 [2022-3]
• 蛋白质-蛋白质分子对接 ：
  • 通过工作流操作菜单提供有关 PIPER分子对接 之后常见后续步骤的指导 [2022-3]
• 抗体 循环建模
  • 在运行 PRIME 循环细化（包括 Chothia、增强型 Chothia、Kabat、IMGT 和 AHo）之前，请指定编号方案，从而确定循环定义 [2022-3]

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

• 生效时间：筛选 媒介：可在图形用户界面中根据所选条目对结构进行对齐 [2022-3]
• Quantum ESPRESSO：支持通过 runner.py 运行 TDDFPT [2022-3]
• Quantum ESPRESSO：从头算分子动力学（MD）的重启选项（命令行）[2022-3]
• Quantum ESPRESSO：支持具有自定义维度的晶面 模型 [2022-3]
• Quantum ESPRESSO：升级至 Quantum ESPRESSO 7.1 [2022-3]

分子动力学 (MD)

通过分子动力学模拟进行传输计算

• 粘度：Thermostat 和 barostat 的设置（命令行）[2022-3]

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

• CGFF Builder：利用原子级结构更准确地预测粒子体积 [2022-3]
• CGFF Builder：新增为所有粒子设置共同质量的选项。[2022-3]
• CGFF Builder：存储在FF文件中并在查看器中显示的隐式电荷 [2022-3]
• CGFF Builder：新增导入已保存的SMARTS 图案的功能 [2022-3]
• CGFF Builder：根据截断值调整了默认的键长范围 [2022-3]
• CGFF Builder：每种CG映射的分子类型均保存为一份副本 [2022-3]
• 粘度：CG 系统的恒温器和恒压器自动设置 [2022-3]

光电子学

• AL OptoE：优化 的属性空间已扩展 [2022-3]

介电性能

• 复介电常数：改进了用户界面，可显示指定频率下的介电常数 [2022-3]
• 复介电常数：储能函数与损耗函数的独立可视化 [2022-3]

MSMaestro 构建程序和工具

• 纳米结构：默认设置的输出结构周期性 [2022-3]
• 聚合物：碳水化合物分类下的壳聚糖和黄原胶模板 [2022-3]
• 聚合物：羟基作为碳水化合物的默认端基 [2022-3]
• 半结晶聚合物：支持在多个主机上运行 [2022-3]

经典力学

• 分子沉积：MD阶段数量预览 [2022-3]
• MD 多阶段：布朗运动阶段的温度控制 [2022-3]
• MD 多阶段：刚性聚合物的松弛协议 [2022-3]
• 聚合物交联：可存储和调用SMARTS 模式 [2022-3]
• 聚合物交联：SMARTS 搜索方法的选项（命令行）[2022-3]
• 应力应变：SMARTS 搜索方法的选项（命令行）[2022-3]
• 应力应变：加快（最高可达2倍）循环应力应变任务的执行速度 [2022-3]
• 应力应变：通过图形用户界面预览模拟 的总时间 [2022-3]
• 表面张力：支持长程截断 [2022-3]
• 表面活性剂倾斜：优化了表面活性剂选择的用户界面 [2022-3]
• 轨迹密度分析：优化了轨迹范围设置的用户界面 [2022-3]

量子力学(QM)

• 吸附枚举：将吸附质定位在距基底一定距离处的选项 [2022-3]
• 激发态分析：支持自定义片段定义 [2022-3]
• QM 多阶段：关闭稳健收敛的选项 [2022-3]
• 配体交换：驾驶员日志中的详细进展报告 [2022-3]
• 在QM面板中，将Jaguar 选项的默认设置设为自动自旋处理 [2022-3]
• Reaction Workflow：支持几何体去重 [2022-3]
• 反应工作流：支持输出采用 η- 或质心表示法 [2022-3]
• 反应工作流：支持指定 R 基团编号位置 [2022-3]

LiveDesign

LiveDesign 2022-3 的新功能

• 机器学习（ML）:通过构建和使用 DeepAutoQSAR 以及模型管理工具来预测性质
• 看板布局：可视化并管理工作流、项目和合成队列
• 查看某化合物的所有检测数据：使用“检测数据查看器”工具查询某化合物的所有检测数据
• 配对分子对：通过查询预先计算的数据集或实时生成分析结果，执行配对分子对分析，并同时分析多项性质
• 新 对现有功能的改进，例如：
  • 配置模型以使用下拉列表中的选项
  • 绘制单一化合物的多个实验值
  • 更新了图例，使其不再覆盖在图上
  • 在“筛选器”、“着色规则”和“MPO 配置”对话框中查看针对 LiveReport 的下拉建议
  • 使用键盘上的空格键在 Sketcher 中切换模式
  • 由于许可证的借出和归还速度更快，Ligand Designer 能够支持更多同时在线用户
  • 复合图像显示了与键长成正比的杂原子
  • 隐藏表单小部件中的选项卡，以优化屏幕空间利用率
  • 更新了实验值的工具提示，点击后可打开“实验查看器”工具以查看实验元数据
  • 根据行选择，为分类型列自动生成着色规则
• 新的性能优化，可加快 LiveReports 中多列数据的高级搜索、排序和滚动速度
• 工作流与管道 [KNIME 扩展]
  • 在部署模型时，系统会自动选择合适的 KNIME 协议，并上传该协议的最新版本
  • 计算的分配由模型管理页面控制
  • 在覆盖现有模型时，可通过LiveDesign 管理页面所做的模型更改可以被保留
  • 一个用于移动、归档和解压模型的新管理节点

已修复的内容

• 现在，在对话框中点击“取消”并再次访问时，列树的搜索词和搜索结果会重置。
• 未发布的列的“磁贴视图”标题名称，其整个单元格均采用哈希图案背景，而此前该背景仅应用于文本本身。
• 已修复当一个 Tile 包含 3D 列时出现的格式不一致问题。
• 现在，在电子表格以外的其他视图中点击“解冻所有行”后，该提示信息会立即消失，而之前该提示信息会一直显示。
• 现在可以将全局模板应用到现有的 LiveReport 上。
• 已修复着陆页书签中“保存”按钮的工具提示显示问题。
• 在 LiveReport 选择器中，如果取消创建新文件夹的操作，当前的选定项现在会保留。
• 包括 MPO 在内的 LiveReports 现可复制到其他项目中。
• 如果用户通过 URL 访问 LiveReport，项目选择器将不再保留。
• 现在会对着陆页书签的日期字段值进行验证。如果值不正确，系统会触发一条警告消息。
• 着陆页上的模板搜索现已支持不区分大小写。
• MPO 工具提示现在能够正确显示所有组成部分的信息，即使这些组成部分未出现在当前视图中也是如此。
• MPO 工具提示的位置此前会因是否存在代理值评分而有所不同。现在已保持一致。
• MPO 得分现在能够准确反映先前已定义的某个组成部分从非空值变为空值时的变化情况。
• 当图例未与图表关联时，现在会弹出图例并显示图表。
• 现在，当屏幕分辨率发生变化时，图例会自动调整到合适的位置。
• 箱线图现已支持更多数据点。
• 将按系列拆分的折线图导出为图像时，即使数据量较大，现在也能如预期般包含所有数据点。
• 直方图和饼图的工具提示现在会根据服务器设置显示小数分隔符。
• 在Firefox 浏览器中，现在会考虑用户轴的字体大小，而此前该设置会被忽略。
• 现在，提示图中允许的点数已超出限额的警告信息会正确显示。特别是，该信息不再被散点图中提示启用“抖动”功能的提示信息遮盖。
• 将图表导出为图像时，数据点现在会显示边框，从而避免无颜色的数据点在图像中无法显示。
• 对于以 v2000 CTAB 格式导入的结构，其缩写官能团的 Sgroup 注释现已能正确显示。
• 属性 RDKIT_STRUCTURE_PROCESSOR_SGROUP_FIELD_NAMES 用于定义哪些 Sgroup 字段应被视为注册的一部分，现在该属性已被正确考虑在内。
• 当“RDKIT_TAUTOMER_SEARCH”设置为 true 时，R 基团分解功能现在可以匹配互变异构体。
• 现在，首次点击“Sketcher”会将焦点移至输入框，而之前则是向草图中添加一个 CH4。
• 修复了一个问题：在连续更改浏览器窗口大小和/或将其最小化后，会影响草图工具的显示。
• 升级后，新版 Sketcher 无需强制刷新页面或清除浏览器缓存。
• 将化合物拖拽到草图编辑器中，然后添加环或键，系统会显示一个按比例缩放的环或键。
• 使用反向“LiveReport 中是否存在”条件进行的高级搜索现在可以返回结果了。
• 此前在 LiveReport 中被隐藏的自由格式列，现在已作为看板小部件的选项显示出来。
• 配置完看板小部件后，该小部件现在会在编辑模式下显示磁贴。
• 现在可以通过草图工具将 R 组添加到 LiveReport 中。
• 从Maestro 上传未发布的数据，然后将该数据作为已发布数据重新上传到同一份 LiveReport 中，现在这些列会在“数据与列”树中显示出来。
• 现在，当显式选中隐藏列时，这些列会在文件导出中显示出来。