版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 对选定的条目应用“缎带”和“卡通”样式 [2023-3]
• 改进跨越周期性边界条件的相互作用可视化 [2023-3]
• 可将数据从“项目表”无缝复制并粘贴到电子表格等外部应用程序中，从而实现高效的数据传输和分析 [2023-3]
• 轨迹播放器 [2023-3]
  • 查看来自λ动力学计算的轨迹，例如来自“恒定pH”工作流的轨迹
  • 使用键盘方向键轻松在轨迹可视化中浏览帧
• 3D Builder [2023-3]
  • 从“3D Builder”调色板中访问“Builder 行为”选项
• 在Workspace 中交互式地替换原生核苷酸，包括DNA与RNA之间以及RNA与DNA之间的核苷酸替换 [2023-3]
• 增强了“另存为”功能，并对 Windows 版的用户体验进行了优化 [2023-3]
• Maestro 链接至PyMOL [2023-3]
  • 简化 WaterMaps 与PyMOL
  • 将Maestro 场景的“描述”作为PyMOL 消息包含进来，以便更好地管理场景
• Maestro 链接至LiveDesign [2023-3]
  • 借助全新的“映射管理器”，可实现Maestro 与LiveDesign 之间的无缝集成。轻松重命名属性映射，从而在创建变体时避免名称杂乱无章的问题。利用直接导入和导出功能，保存并共享映射设置。

作业控制

• Job Server 中的智能分发任务现可检查许可证可用性，从而消除了许可证用尽的风险 [2023-3]

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• 使用LiveDesign 连接节点和单点登录（SSO）令牌简化登录流程 [2023-3]

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 可选地在 pfam_driver.py 中使用自定义 PFAM 数据库 [2023-3]
• 将结构从蛋白质预处理的PDB输出文件中导入Coot，并保留标准残基名称。Maestro 的输出结果保留了基于质子化状态的残基命名方式，即使用HIP/HID/HIE而非HIS [2023-3]
• “蛋白质制备”功能的性能得到显著提升，包括针对90,000个原子及以上系统的交互式优化器 [2023-3]

多序列查看器/编辑器

• 通过用 CEAlign 算法取代之前的 SKA 对齐器，在蛋白质/核酸结构对齐方面获得速度和精度的提升 [2023-3]
• 通过提供 UniProt ID 直接从 AlphaFold2 下载结构模型 [2023-3]

IFD-MD

• 利用全新的 IFD-MD 工作流（测试版）消除常见的 ADMET 风险。预测配体与 CYP2D6、CYP3A4、PXR 或 hERG 结合时的复杂结构 [2023-3]

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

配体结构准备

基于实验数据和量子力学的pKa 预测

• 随着 Macro-pKa 训练集 [2023-3] 中新增了数百个数据点，模型的准确率得到了提升

主动学习的应用

• 在 Active Learning-FEP 中调整平衡模拟 次以及复合约束选项 [2023-3]
• 在重启 Active Learning-FEP 作业时连接到正在运行的 GraphDB 进程 [2023-3]
• 生成一个最终的Maestro 文件，其中包含所有带有FEP数据及相应终点的配体 [2023-3]

Shape 筛选

• 借助全新的基于配体的“QuickShape ”筛选 工作流程，快速高效地筛选多达数百亿种化合物 [2023-3]

ABFEP

• 通过 FFBuilder 为FEP+ Web 服务实时拟合扭转 [2023-3]

先导化合物 优化

FEP+

• 通过 FFBuilder 为FEP+ Web 服务实时拟合扭转 [2023-3]
• 支持对具有对称R基团的化合物进行链接器枚举 [2023-3]

恒定pH值模拟

• 恒定pH模拟功能齐全的版本 [2023-3]
• 针对蛋白质pKa 计算的恒定pH模拟分析的改进 [2023-3]
  • 自动生成针对每个pH值特有的恒定pH值轨迹
  • 查看来自λ动力学计算的轨迹，例如来自“恒定pH”工作流的轨迹

FEP的溶解度

• 通过 FFBuilder 为FEP+ Web 服务实时拟合扭转 [2023-3]

量子力学(QM)

• 利用Jaguar 光谱学新产品中的自动化工作流，预测构象依赖的IR和VCD/ECD光谱 [2023-3]
• 从“基函数集交换平台”下载可导入的Jaguar 格式基函数集[2023-3]
• 从“轻松扫描”面板访问动态扫描 [2023-3]
• 访问 ΔSCF 方法以及用于在命令行上准备 ΔSCF 输入的脚本 [2023-3]

半经验的量子力学(QM)

• 使用 OpenMP 对批量和单次 xTB 计算进行并行化 [2023-3]

生物制剂药物研发

• 蛋白质连接子设计面板：自动检测并填充末端残基及相应距离，以提升易用性 [2023-3]

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• Quantum ESPRESSO：升级至 Quantum ESPRESSO 7.2 [2023-3]
• Quantum ESPRESSO：支持 Car-Parrinello 分子动力学 (cp.x)（命令行）[2023-3]
• Quantum ESPRESSO：NEB设置中原子重新排序的撤销功能 [2023-3]
• Quantum ESPRESSO：支持 3D-RISM（pprism.x）的数据分析（命令行）[2023-3]
• Quantum ESPRESSO：项目表[2023-3]中报告的NEB能量
• Quantum ESPRESSO：拉曼光谱的计算与绘制 [2023-3]
• Quantum ESPRESSO：减少临时磁盘空间需求的选项（命令行）[2023-3]
• Quantum ESPRESSO：大型结构的任务启动速度更快 [2023-3]
• 表面能：用于计算表面能的工作流模块 [2023-3]

材料信息学

产品：MS Informatics

• 机器学习（ML） 属性：分子量超出模型范围的警告 [2023-3]
• 机器学习（ML） 物理性质：分子液体的粘度预测 [2023-3]

介电性能

产品：MS 介电材料

• 复介电常数：针对 CPU 和 GPU 子任务的改进分配算法 [2023-3]

MSMaestro 构建器与工具

• 来自Complex Builders的方形金字塔几何形状选项 [2023-3]
• 提取集群：已将作业加入队列 [2023-3]
• 提取簇：提取单分子的选项 [2023-3]
• Meta Workflows：在QM阶段设置隐式溶剂的选项 [2023-3]
• Meta Workflows：支持工作流拆分阶段 [2023-3]
• Meta 工作流：支持按 Polymer Builder 阶段拆分工作流 [2023-3]
• Meta Workflows：支持按无序系统构建器阶段拆分工作流 [2023-3]
• Meta Workflows：支持在工作流拆分后执行工作流合并阶段 [2023-3]
• 元工作流：整合各阶段的所有结构 [2023-3]
• Meta Workflows：用于“提取集群”的内置阶段 [2023-3]
• Meta Workflows：构象 搜索的内置阶段 [2023-3]
• Meta Workflows：蒸发功能的内置阶段 [2023-3]
• Meta Workflows：单阶段工作流默认保存 MD 轨迹 [2023-3]
• Meta 工作流：新建阶段默认将前一阶段设为父阶段 [2023-3]
• 债券查询：通过周期边界有选择地显示债券的选项 [2023-3]
• 溶剂化体系：用于构建含10万余个原子的溶剂化体系的高级构建器 [2023-3]

经典力学

• 分子动力学（MD）中的势垒电位：用于在分子动力学模拟中设置排斥势垒的工具 [2023-3]
• 电解质分析：多原子离子的支持 [2023-3]
• 蒸发：每个分子动力学阶段的默认持续时间设为 20 ps [2023-3]
• 分子沉积：模拟 速度提升 [2023-3]
• 分子沉积：对排斥势垒的支持 [2023-3]
• 聚合物交联：以 300 dpi 分辨率从查看器导出图像 [2023-3]

量子力学(QM)

• 反应工作流：支持 MacroModel 之后的 XTB优化 [2023-3]
• 反应工作流：检查以避免非最小稳态 [2023-3]
• 相变偶极矩序参量：基于相变偶极矩计算序参量的流程模块 [2023-3]

教育内容

• 新教程：在分子动力学 (MD) 模拟中应用势垒电位 [2023-3]
• 新教程：构建溶剂化体系 [2023-3]
• 新教程：动态松弛坐标扫描 [2023-3]
• 新教程：计算相变偶极矩（TDM）、TDM分布及序参量 [2023-3]
• 更新：《分子沉积》[2023-3]
• 更新：曲面建模 [2023-3]
• 更新：聚合物电解质分析 [2023-3]

LiveDesign

2023-3 版更新内容

• “分析结果查看器”工具的增强功能
  • 按实验日期筛选数据
  • 在 LiveReport 中突出显示与 Assay Viewer 中的数据匹配的单元格
  • 使用键盘上的方向键在行之间导航
  • 一次选择多行
• 着色规则：通过列菜单复制并粘贴着色规则，可快速将任意一列的着色规则转移到另一列
• 配体设计器：将带参数的Glide 模型转换为隐式配体设计器配置，例如使用从以下位置上传的FEP+ 姿态：Maestro
• Maestro 导出功能增强
  • 将Maestro 映射到LD属性，以简化频繁的导出操作
  • 使用单点登录登录
  • 只需登录一次，即可在多次导出操作中重复使用该会话
• 用户体验改进
  • 3D 可视化工具
    • 默认情况下，Pi-pi 相互作用会在 3D 可视化工具中显示出来
  • 实验数据处理
    • 在“检测”工具提示中添加超链接，以便快速跳转至任何网站
  • LiveReport 的总体改进
    • 使用 LiveReport 页脚中的新导航按钮，快速跳转至选定的化合物
    • 通过“LiveReport 选择器”可以更快地找到 LiveReports，该工具会打开最近访问过的文件夹
    • 现在，在进行任何更改后，筛选器会显示一条黄色通知栏
    • 通知栏现在增加了“x”按钮，用于关闭通知
    • 点击 LiveReport 菜单中新增的“全部关闭”选项，关闭所有已打开的 LiveReports
  • 着陆页
    • 着陆页中的超链接会自动在新标签页中打开
    • 着陆页上的“最近评论的化合物”列表现在包含了一个超链接，可快速跳转至该化合物的详情页
  • 情节
    • 在“绘图”工具提示中移动复合图像
    • 箱线图中，每个箱体现在都显示为实心蓝色
    • 当坐标轴设置为对数刻度时，显示比例准确的图层叠加
  • 搜索
    • 在当前的 LiveReport 中同时搜索多个 ID，并删除多个 ID
    • 使用计算属性的阈值过滤 GPU 相似性搜索结果
    • “按 ID 搜索”功能中提供了一个“清除”按钮，用于重置 ID 列表
    • 现在，在“数据与列”树中的搜索会跨文件夹和列名查找匹配项，而不再仅在连续的文件夹名或列名内查找匹配项
  • 在“通用实体”导入界面中，通过新的联想建议快速选择“实验方案”

已修复的内容

• 在 LiveReports 和 Landing Pages 之间切换后，结构搜索现可正确使用已绘制的结构
• 使用 MPO 作为输入的参数化模型现在会在 MPO 没有评分时进行计算
• “检测结果查看器”工具无法再删除“自由格式”列中的数据
• 添加到 LiveReports 中并带有 R 基团分解的化合物，其分解后的 R 基团现在能够正确着色，且无需强制刷新 LiveReport
• 将化合物从一个报告复制到另一个报告并重新计算模型后，管理面板中的“任务”列表和“任务详情”页面现在会显示触发该任务的正确 LiveReport ID。
• “应用模板”对话框现在会标明哪些模板属于“全局”项目，并按字母顺序列出这些模板
• 管理面板中的“结构处理”界面能更快地显示结构
• 管理面板中的“结构处理”界面现在在上传处理文件时会显示加载指示器
• 表单小部件现在会显示一个锤子和扳手图标，用于快速访问“配体设计器”
• 在“Forms”中的图表现在展开图例时会显示工具提示
• 在选中多列且这些列超出屏幕宽度后，列标题的下拉按钮现在会显示出来
• 当 LiveReport 处于冻结行状态时，通过放大镜图标搜索 LiveReport 现可正确滚动至搜索结果
• 管理面板中的“添加”和“修改”模型页面现在会在“父协议”下拉菜单中按字母顺序列出协议
• 在用户手册中点击某个 URL 后，登录后将正确重定向至用户手册页面
• 标题较长的表单不再改变“表单工具栏”的对齐方式
• 图表工具提示现支持对属性列表进行重新排序
• LiveReport 选择器界面在Firefox 和Chrome 之间的显示效果现已保持一致，且在通过 Shift+点击或 Ctrl+点击（Mac 上为 Cmd+点击）选择多个 LiveReport 后，不再高亮显示文本。
• 在滚动时，“磁贴”视图的滚动条不再改变大小
• 现在，点击用户界面左上角的项目名称将打开“项目选择”对话框
• 在配置自由格式列时，现在可以删除自由格式列的描述了
• “列管理”面板现在会显示哪些组同时包含可见列和隐藏列
• 在使用“显示立体声注释”切换按钮时，图块视图现在会显示或隐藏立体声注释
• 现在，通过放大镜图标搜索 LiveReport 时，在移除筛选条件后将显示搜索结果
• 密码重置不再失败，此前该问题曾导致无法重置密码和添加新用户
• 包含一个或多个 Matrix 控件的布局的 LiveReports 现可进行复制
• 当“分子对接 ”队列为空时，“Ligand Designer”会话中不再显示“队列中没有分子对接 任务”的提示信息
• 从“通用实体”文件中上传的实验结果现在会显示在“数据与列”树中
• 无法再从其他项目覆盖“Global”项目中的模板
• 来自未发布的Maestro 上传以及小分子文件上传的色谱柱不再显示在“数据与色谱柱”树中
• 双击选中反应后，反应界面将显示该反应的图片，并成功完成计算。