版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 启动时出现的新欢迎界面可快速访问常见任务，例如创建和打开项目以及导入结构
• 对项目表进行了现代化改造和简化，以提升易用性
  • 新的“表格配置”窗格支持在浅色和深色主题之间快速切换，并可控制 ePlayer 和属性树的显示状态。
  • “新小工具”菜单可方便地访问图表和 2D 查看器
• 新的工作流操作菜单（WAM），用于查看来自Jaguar 和Jaguar 的光谱结果；项目表中的光谱计算

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 改进的最小化协议，以支持更广泛的生物和化学系统
• 通过扩大等效互变异构配体状态的覆盖范围，合成出更可靠的预制结构
• 通过设置严重程度阈值对诊断报告进行筛选，更轻松地查明严重的结构性问题
• “诊断”面板中新增的“缺失原子”选项卡可启用侧链和循环建模功能

冷冻电镜模型精修

• GlideEM 构象现按 GlideScore 排序，该指标在对低 RMSD 构象进行排名时比 Denscore 更具区分度。

配体结构准备

配体分子对接

• 借助经过优化的Glide （测试版），Glide 的评分速度更快，且分子对接 功能更完善： 借助经过优化的Glide ，筛选更庞大的库并找到更优质的候选方案，其中包括增强的 Active LearningGlide 以及对 PythonAPI 的支持
  • 同样具备业界领先的Glide 分子对接 销售漏斗和评分功能，包括Emodel和GlideScore
  • 在计算资源不变的情况下，Active LearningGlide 和 AutoDesigner 的处理速度更快
  • 先进的 PythonAPI 支持可轻松实现自动化，并能对分子对接 流程进行文件控制，从而为实验提供更大空间
  • 可通过新的Ligand分子对接 面板访问，该面板支持设置“主动学习”（Active Learning）和“分子间相互作用”（Glide ）计算

ABFEP

• 能量分解数据现已纳入《分析》PDF报告中

先导化合物 优化

FEP+

• FEP+ Pose Builder 的新工作流，可自动生成高质量的配体对齐结果（Beta版）：借助专为无偏选择和稳健原子映射而设计的自动化工作流，更快地生成适用于FEP的构象，并大规模运行FEP+ 。
• 可在FEP+ 面板中直接读写FEP+ 协议文件
• 改进了分类矩阵的样式
• 报告中新增了肯德尔的τ统计量
• 对以csv/xls格式导出的FEP+ 数据的改进
• 将“None”添加为一条新的Hot Atom规则

FEP蛋白

• FEP+ ProteinFEP+ 支持对“选择性 ”配体面板进行残基扫描

恒定pH值模拟

• 新增了对半胱氨酸残基的支持

FEP+ 协议生成器

• 通过将初始模拟 时间缩短至0.5纳秒、延迟时间延长至10纳秒，大幅减少了运行默认工作流所需的计算资源
• 无缝互联：FEP+ 面板现可读写Protocol Builder文件
• 通过帕累托分析（仅限命令行）对协议的选择进行偏置，以提升计算效率
• 新增对共价结合配体的支持
• 可在协议中选择性地对GLU、ASP、LYS、ARG和CYS的电荷状态进行采样优化

从头设计

AutoDesigner – R-group Design

• 新增的 R 基团相似度评分功能，可将构思重点集中在感兴趣的化合物上
• “新设计依据”功能，用于针对参考配体优化ADME终点指标

替代疗法

双功能降解剂

• 借助全新的降解剂 采样工作流（测试版），扩展了对蛋白质降解剂 建模的支持：通过在基于结构的工作流中整合蛋白质-蛋白质分子对接 和连接子采样，生成精确的降解剂 三元复合物

生物制剂药物研发

• 利用基于机器学习（ML） 的T细胞受体（TCR）结构预测 （Beta）增强生物制剂的AI/ML能力：借助ImmuneBuilder深度学习模型和Prime，对TCR进行高通量结构预测 和大规模建模
• 全新的“大分子构象过滤”面板，可利用HDX-MS等实验数据，从一组复合物中筛选出天然或接近天然的构象

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• 用于指定 Quantum ESPRESSO 二进制文件位置的新环境变量

通过分子动力学模拟进行传输计算

产品：MS Transport

• 薄平面剪切：按分子单元选择晶面 区域

KMC Charge Mobility

产品：MS Mobility

• 计算KMC电荷迁移率：基于Schrödinger全新迁移率引擎的预测

材料信息学

产品：MS Informatics

• 机器学习（ML） 属性：对现有模型的更新
• 机器学习（ML） 性质：三线态重排能的预测
• 机器学习（ML） 属性：S1至T1能隙（∆EST）的预测
• 机器学习（ML） 属性：交互模式下的预测结果会自动添加到“项目表”中
• MLFF 计算（测试版）：基于Schrödinger最新机器学习力场的单点能量与几何优化 工具

配方 ML

产品：MS Formulation ML

• 配方 ML：支持自定义成分描述符
• Formulation ML：支持利用多核CPU并行构建模型
• 配方 ML：支持将混合物设为单独的组分
• 配方 ML优化 ：用于优化材料配方的流程解决方案

分层设备机器学习

产品：MS 分层设备 ML

• OLED器件机器学习：用于预测OLED器件性能的工作流解决方案
• 光电子器件设计工程师：利用机器学习（ML）OLED器件模型预测性能

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 自动CG映射：(+AUTOMAPPING_MARTINI_PROTEIN) 在自动映射和参数化过程中支持蛋白质，用于Martini
• 自动CG映射：碳水化合物系统的精确映射
• CGMD模拟中动量误差阈值的改进
• CG FF Builder：水-水相互作用的参数默认已固定

介电性能

产品：MS 介电材料

• 复介电常数：并行运行重复实验的选项

反应性

产品：MS Reactivity

• 在“材料”任务菜单下创建了“反应网络”类别
• “反应工作流”更名为“反应网络分析器”
• “自动反应工作流”更名为“反应网络枚举分析器”
• Reaction Network Profiler：使用 CREST 运行“构象 ”搜索的选项
• Reaction Network Profiler：构象 搜索已包含在重启操作中（命令行）
• 纳米反应器：可根据产物与反应物状态的能量关系对产物进行筛选
• 纳米反应器：(+ELEMENTARY_REACTION_NETWORK) 支持“基本反应网络”工作流

Microkinetics

产品：MS Microkinetics

• Microkinetics 沉积分析：用于对固体材料沉积或刻蚀工艺中的微动力学模拟进行后处理分析的工作流解决方案
• 微动力学建模：(+MATSCI_MKM_INTERACTIONS) 支持简单的二次吸附质-吸附质相互作用

反应性界面模拟器

产品：MS RIS

• 固态电解质界面：阻止分子内反应的选项（命令行）
• 固态电解质界面：可选使用DFT 电荷来描述新物种

水晶结构预测

产品：水晶结构预测

• Crystal结构预测 ：用于预测给定分子化合物的晶体结构和多晶型的界面及工作流程

MS Surface

产品：MS SurfChem

• 吸附计数：访问用于评估反应性吸附的工作流程
• 脱附计数：用于评估多种分子脱附情况的工作流程解决方案

MSMaestro 用户界面

• 从任务菜单直接链接到“材料科学面板资源管理器”页面

MSMaestro 构建程序和工具

• Structured Liquid：定制脂质的自动标准化
• Polymer：针对多条最短长度主链的改进二面角设置
• 有机金属构象 搜索：使用CREST运行构象 搜索的选项

经典力学

• 蒸发：可将结果导出为 CSV 文件
• MD 多阶段模拟：粗粒化系统中质心运动的去除
• 热物理性质：可选保存轨迹能量文件
• 伞式采样（Beta）：用于膜结构伞式采样的工作流解决方案

量子力学(QM)

• 吸附能：对反应性吸附能和脱附能的支持
• 吸附能：对吸附过程中熵损失的改进评估
• 键与配体的解离：根据原子形式电荷设置生成物电荷的选项
• 键与配体的解离：支持 PCM 和 SMD 溶剂模型
• 键与配体的解离：对产物片段中电荷和自由基的二维可视化效果得到改进
• Crest：基于CREST的半经验量子力学构象 搜索的用户界面
• 光电子薄膜性质：支持将多种重排能作为计算系间交叉（ISC）速率的输入参数
• 光电子薄膜性质查看器：支持用户输入重排能，以即时重新评估SEET速率
• 热化学查看器：支持查看反应性吸附和脱附能
• 轨迹密度分析：原子组的改进命名方案

教育内容

生命科学

• 新教程：利用混合溶剂探索蛋白质结合位点分子动力学 (MD)
• 新教程：使用 BioLuminate 进行 T 细胞受体建模入门
• 更新后的教程：抗体 BioLuminate 中的可视化和建模
• 更新后的教程：使用 BioLuminate 进行肽建模
• 更新后的教程：使用 SiteMap 和 WaterMap 分析靶点
• 新版 QRS：结构可靠性报告
• 新 QRS：共价键的自定义反应分子对接
• 新QRS：混合溶剂分子动力学 (MD)
• 更新的 QRS：GlideWS 模型生成
• 更新的QRS：MM-GBSA残基扫描

材料科学

• 新教程：伞式采样
• 新教程：水晶结构预测
• 新教程：使用优化 进行配方设计机器学习（ML）
• 新教程：用于 OLED 器件设计的机器学习（ML）
• 新教程：采用自动化DPD参数化方法的纳米乳液
• 新教程：适用于配方设计的机器学习（ML） 应用
• 更新版教程：原子层沉积
• 更新版教程：使用反应网络枚举分析器（原名 AutoRXNWF）设计不对称催化剂
• 更新后的教程：机器学习（ML） 属性预测
• 新QRS：CREST
• 新QRS：Microkinetics沉积分析

LiveDesign

2025-2 版的新功能

• 从 SimpleSchema导入“抗体-药物偶联物”
• 自由形式专栏
  • 新增“评论”类型：可在“自由格式”列中撰写分线程对话，并记录用户名和时间戳
  • 现在，创建自由格式列是通过向导来完成的，该向导允许先选择自由格式列的数据类型，然后指定自由格式列的详细信息。
• 公式
  • 公式支持多个值：公式的输入单元格现在可以包含多个值；公式可以输出多个值，并按“实验”、“批次”或“姿势”进行对齐。为处理包含多个值的输入单元格，新增了以下公式函数：cellAggregation()、join()、any() 和 all()
  • 现在可以将失败的模型单元格用作公式输入
  • 新增的 isFailed() 函数在存在任何失败的模型单元时返回 true，否则返回 false
• 仪表盘（原称“着陆页”）
  • 着陆页现已支持生物制剂和仿制药
  • 项目管理员可以直接在着陆页上编辑项目描述，而无需通过管理面板进行配置
  • 项目管理员现在可以通过“时间范围”筛选器（位于“着陆页实体”部分）选择日期范围，以查找在指定天数范围内添加的实体。
  • LR 网格菜单中已添加“将 LiveReport 添加到书签…”选项，点击该选项后，系统会直接在新窗口中将用户重定向至“着陆页”中的新“书签”页面。该窗口的 LiveReport 信息区域中会自动填入该 LiveReport 的名称。
• 管理面板：通过上传 CSV 文件一次性添加多个新用户
• 序列查看器
  • 在序列查看器中查看多个数据列，以进行序列-活性关系分析
  • 即使没有比对结果，也要选择一个参考序列
  • 重试失败的比对并取消正在进行的比对
• 通用实体与生物制品导入流程的整合：“通用实体”和“生物制品”导入选项卡已合并为“生物制品/其他”选项卡。从“生物制品/其他”选项卡导入的所有实体均为虚拟实体。支持通过 CSV 文件导入虚拟实体的元数据。
• 用户体验改进
  • R基团分解高亮显示功能现可突出显示键线，而非在键周围显示光环式高亮效果
  • 现在，用户可以在“高级搜索”中使用快速筛选选项，按任何/所有类型的实体进行筛选，这与“筛选”面板中的操作方式相同。他们可以从“全部”、“复合”、“R基团”、“生物制剂”和“GE”等选项中进行选择。
  • 用户现在可以将复合结构拖放到“高级搜索”中，以创建新的子结构查询，就像在“筛选”面板中一样
  • 在数据导出中，将数据限定符（例如大于号“>”）作为单独的一列导出
  • 导出 LiveReport：在通过用户界面或 LDClient 导出时，选择是否包含被过滤掉的行，还是将其排除在外
• 结构处理器：新增的“STRICT”处理器设置允许处理器接受或拒绝存在化合价违规及其他无效化学结构的化合物。默认情况下，不允许存在化合价违规的化合物

已修复的内容

• 数据和列树
  • 此前在“数据与列”树中尝试将已发布的“有限分析列”添加到收藏夹会失败，现在这些列可以添加到收藏夹了
• 筛选条件
  • 在“复杂视图”中，当从 LiveReports 中删除列时，筛选条件会显示额外的括号，且筛选条件的顺序也会发生变化。现在，筛选条件的排列顺序已得到正确保留，且不再出现括号。
  • 在查看“筛选器”面板时，从 LiveReport 中删除一列会将“筛选器”视图从简单模式切换为复杂模式，现在则会保持该视图处于简单模式
  • 过滤掉冻结的行后，主电子表格的第一行会显示闪烁的方块，现在该行的数据已正确显示
• 表单
  • 此前，从“表单”控件中复制文本时，多个控件中都会显示虚线，并错误地提示已复制了多个控件中的文本。现在，虚线仅会显示在单个控件中最近被选中的单元格周围
  • 表单注释控件此前无法保留样式更改（例如字体颜色），现在已能正确保留这些更改
  • Matrix 控件在数值周围存在多余的空白；已将最小行高降低，以消除多余的空白
  • Viewer用户此前无法在3D可视化工具和Forms中查看3D结果，现在可以查看3D结果了
• LiveReport 管理
  • 此前，“LiveReport”标签页在注销并重新登录后会消失，现在重新登录后已能正常显示
  • 点击LiveDesign 超链接时，无法打开链接的LiveReport，而是会打开用户上次打开的LiveReport；现在，点击超链接可以正确打开链接的LiveReport
  • “创建新 LiveReport”对话框现支持对 LiveReport 模板列表进行筛选
  • 此前，尝试将模板应用于包含筛选条件的 LiveReport 时会失败，而现在应用模板已能成功
  • 覆盖模板原本会创建一个新模板，而不是覆盖原有模板，现在已能正确地覆盖该模板
  • 将模板应用于 LiveReport 时，原本不会包含模板中包含的“受限检测列”，现在则能正确包含“受限检测列”
  • 默认情况下，复制 LiveReport 时不会包含所有列，而现在默认会包含所有列
• Maestro 上传
  • 当结果 URL 尚未可用时，若任务状态被报告为“已完成”，从LiveDesign 向Maestro 导入结构偶尔会失败；现在已能正确导入结构
  • 如果LiveDesign 模型返回了一个空的蛋白质文件，则从LiveDesign 将结构导入Maestro 会失败；现在，该空的蛋白质文件将被跳过，不会被导入到Maestro
• 模型创建
  • 在管理面板中配置协议以使用 ${RDKIT-MOL} 宏，此前会导致无法在LiveDesign 用户界面中创建参数化模型，而现在已能正确创建参数化模型
• 情节
  • 图表工具提示在固定到屏幕后无法拖动和移动，现在固定后可以将其拖动到新位置了
• R基团分解
  • 重新排序 R 基团分解骨架将消除针对 R 基团列的着色规则和排序规则，现在能够正确维护着色规则和排序规则
• 搜索
  • 当某些列的数据类型未确定时，高级搜索偶尔会返回不符合列搜索条件的额外实体，而现在已不再返回这些额外实体
• 序列查看器
  • 水平滚动序列查看器会重置标尺，并在顶部显示错误的残基编号，现在则显示正确的残基编号
• 用户管理
  • 在使用单点登录时，用户的电子邮件地址无法保存在LiveDesign 中，且 LiveReport 通知无法通过电子邮件发送给用户。现在，电子邮件地址已能正确保存
  • 面向新用户的欢迎邮件中原先包含了一个错误的LiveDesign 链接，现已更正为正确的链接