版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 根据数值数据创建可自定义的直方图，这些直方图会与其他图表、项目表中的选择或筛选操作自动同步，或Workspace
• 增强了对T细胞受体的支持，并在结构层次结构中显示其注释

力场

• 正式发布适用于有机原子的OPLS5极化力场，以提高FEP+ 和Desmond 模型的精度

工作流与管道 [KNIME 扩展]

在LiveDesign 中：

• 能够使用单一通用协议，而无需考虑模型输入列的具体情况
• LiveDesign 连接节点可以从会话中获取凭据，而不是将凭据存储在工作流中
• 支持将日期类型列作为LiveDesign 模型的输入

结合位点 & 结构分析

网站地图

• 对数据量超过阈值的站点启用紧凑模式
• 全新的RNA模式，旨在提升SiteScore在RNA分析中的性能

Desmond 分子动力学 (MD)

• 全新的解离动力学工作流程，用于深入了解药物在靶点 中的滞留时间，并优化其体内疗效、安全性特征以及ADMET（β）
• 在 SID Panel 中分析卤素键
• 在 SID 面板的“扭转”选项卡中查看局部应变能

混合溶剂分子动力学（MxMD）

• 改进了 prjzip 文件中输出结构和数据的组织方式

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

• 通过默认在每次分子对接 运行后输出VSDB，简化苗头化合物 分析器中比对结果的可视化
• 借助全新的 WScore 快速建模面板（测试版），简化 WScore 模型的生成流程

配体结构准备

苗头化合物 分析

• 在“苗头化合物 ”分析面板中，按SMARTS 筛选化学类型

FEP+

• 利用“组”选项卡在 ABFEP 系统上改进对pKa/tautomer/conformer 集合的管理
• Core-SMARTS 的选取不再需要显式选择氢原子
• 改进后的用户界面使列排序更加直观
• “导出到LiveDesign ”功能现已新增若干字段
• Edge分析现已涵盖卤素与蛋白质-配体之间的相互作用
• 通过工作流操作菜单（WAM）在计算完成后，引导访问打开FEP+ 面板以进行分析Maestro

FEP蛋白

• 基于新型lambda动力学（λD）增强的蛋白质残基突变FEP+ ，用于识别高质量的蛋白质变体（beta）
• 扩展了对“蛋白质FEP”和“配体选择性的蛋白质FEP”面板的OPLS5支持

FEP的溶解度

• 扩展了对OPLS5在溶解度FEP模拟中的支持

FEP 协议生成器

• 由于 FEP 协议构建器面板中默认设置的更改，计算速度最高可提升 35%

生物制剂药物研发

• 通过 mut-pred.py 在命令行上使用残基扫描功能执行 DNA/RNA 核苷酸碱基突变
• 在“蛋白质相互作用分析”面板中分析DNA/RNA与蛋白质的相互作用
• 搜索非标准残基库，并找出最接近的天然氨基酸类似物
• 使用 IMGT 或 AHo 方案自动标注和编号 T 细胞受体（TCR）结构
• 将Pose-Viewer文件用作蛋白质相互作用分析的输入

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• 从面板中查看不可约 k 点的数量
• 升级至 Quantum ESPRESSO 7.3.1
• 更快地评估电场，以加快声子计算速度
• 项目表中报告的力与应力信息
• 为 GIPAW 步骤提供更多对角化算法的选项（命令行）
• 为 NEB 计算设置独立的驱动程序和子任务主机的选项
• 固态核磁共振（NMR）查看器：改进了元素选择的用户界面

通过分子动力学模拟进行传输计算

产品：MS Transport

• 扩散：支持将非正交晶系作为输入

材料信息学 

产品：MS Informatics

• 模型构建 ML：可选使用机器学习（ML） 属性预测结果作为描述符
• 配方机器学习：可选使用 DeepAutoQSAR 预测结果作为描述符
• 机器学习（ML） 属性：对现有模型的更新
• 机器学习（ML） 性质：S1-T1能隙的预测
• 机器学习（ML） 性质：水溶性的预测
• 机器学习（ML） 属性：按每种溶剂分别输出条目

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 粗粒化力场构建器：耗散粒子动力学（DPD）的自动映射
• 粗粒化力场构建器：在workspace

反应性

产品：MS Reactivity

• 纳米反应器：分子动力学轨迹帧已添加至产品列表
• 纳米反应器：支持多态（例如单重态-三重态）反应
• 纳米反应器：查看器中报告的已加载结构数量
• 纳米反应器：在查看器中同时显示反应物（红色）和生成物（蓝色）的图表
• 纳米反应器：应将反应物结构作为标准输出包含在内
• 反应工作流：支持将 AutoTS 输出用作输入

Microkinetics

产品：MS Microkinetics

• 微动力学建模：支持重命名反应和参与物种
• 微动力学建模：气体/溶质物种分子量的自动填充
• 微观动力学建模：根据反应类型自动分配碰撞因子

MSMaestro 构建程序和工具

• 溶剂化体系：用于中和含有内生反离子的体系的选项

经典力学

• MD的势垒电位：对NPT集合方法的支持
• 弹性常数: 重置查看器面板的选项
• Meta Workflows：支持基于轨迹的自由体积分析
• 序参量：计算偏心序参量的选项
• 聚合物交联：可选使用阻隔电位
• 聚合物链分析：支持原子数少于40的分子

量子力学(QM)

• 吸附能：针对采用PBC的体系，提供约束原子位置的选项
• 光电子薄膜特性：涵盖过渡偶极矩取向和单线态激发能转移（SEET）计算的工作流程解决方案

教育内容

生命科学

• 新教程：MD轨迹分析入门（使用）Desmond
• 新教程：使用 MM-GBSA 对停靠的配体进行重新评分
• 更新版教程：理解并可视化靶点 的灵活性
• 更新版教程：在不使用……的情况下近似蛋白质柔性分子动力学 (MD)

材料科学

• 新教程：单线态激发能转移
• 新教程：FEP的溶解度
• 新教程：遗传学优化
• 新教程：利用全原子方法研究泛醇在皮肤上的吸附分子动力学 (MD)
• 更新版教程：在分子动力学 (MD) 仿真中应用势垒电位
• 更新后的教程：耗散粒子动力学（DPD）的自动化参数化
• 更新版教程：利用自动化反应工作流设计不对称催化剂
• 更新后的教程：机器学习（ML） 属性预测
• 更新后的教程：聚合物的交联

LiveDesign

2024-3 版的新功能

• 如果LiveDesign 项目中的列数超过 32,000 列，从Maestro 到LiveDesign 的上传可能会失败；现在无论列数多少，都能成功完成上传
• 包含多个值的列的 LiveReport 以前会在 LiveReport 顶部显示红色的误差条，现在不再显示这些红色的误差条了
• 此前，“LiveReport”标签页在注销并重新登录后会消失，现在重新登录后已能正常显示
• 全新的LiveDesign 学习模块，用于快速预测AI/ML分子性质: 为药物设计提供高度可扩展的自动化 AI/ML 管道
  • *LiveDesign 学习现更名为LiveDesign ML
• 借助 AutoDesigner Core Design 加速骨架 和 R 组设计：同时自动生成并优化新型内核和 R 组
• 从“数据和列”树中删除已发布的自由格式列和公式列
• 生物制品:
  • “序列查看器”中的序列-活性关系：
    • 在查看器中能够从LR添加定量列
    • 将残基的变化与活性数据与热力图相关联
  • 尝试通过 CSV 导入生物制品数据时，原本只有一个选项，但现在“将 CSV 导入为单个实体”选项已不再显示。
  • 在 3D 可视化工具中，通过层次结构面板加载结构层次结构和选择项目的性能得到了提升。
  • 双击层次结构中的某个项目，即可在 3D 可视化工具workspace 中对该选定项进行缩放。
  • 在序列查看器中设置间隙惩罚值，以生成更有用的比对结果
• 着陆页：
  • 该着陆页现已链接到一个特定的网址，并支持在浏览器中将该着陆页添加到书签
  • 从“登陆页资源”页面下载资源和文件
• 电子表格视图：
  • 在包含超过一百万个单元格的 LiveReports 中，现在会显示一条警告消息，提醒用户性能可能会下降
  • 将鼠标悬停在实体图像上时，图像不再放大；现在可以通过点击实体图像右侧出现的放大镜按钮来放大图像。
• 管理面板中的“用户详情”页面现在会显示一条警告，提示未授权的用户名将不会出现在系统各处下拉列表中LiveDesign
• 模型现已支持返回日期和日期时间
• 当单元格较小时，表单矩阵控件现在会为“自由格式”列的单元格渲染更大的编辑区域

已修复的内容

• 当电子表格中参数化模型的多个输入值同时发生变化时，LiveReports 会显示红色的错误条；现在，LiveReport 已能正确加载
• 以前，点击模型列中包含图片的单元格会打开两个浏览器标签页（一个显示图片，另一个为空白），而现在只会打开一个显示图片的标签页
• LiveReports 偶尔会出现筛选条件丢失的情况，此时筛选面板会显示为空白，但现在已不再出现筛选条件丢失的问题
• 在单点登录身份提供商中更改用户的角色后，当用户注销并重新登录时，LiveDesign 中的用户角色不会随之更新；而现在，当用户从LiveDesign 注销并重新登录后，角色更改已能正确生效。
• 在管理面板中对参数化模型所做的更改（例如“标题”或“文件夹”），此前点击“保存”按钮后无法保存，现已能正确保存并更新参数化模型
• 对“已设为固定值”的协议参数所做的更改会传递给依赖该参数的模型或参数化模型，且不会导致这些模型失效。
• “公式子结构搜索”功能此前即使存在多个匹配结果，也会错误地将子结构匹配数报告为1，现在已能正确报告子结构匹配的总数。
• 此前，若尝试为已归档的项目添加一个名称完全相同的新项目，系统会显示一条晦涩难懂的错误信息；现在则会显示一条清晰的提示，引导用户选择不同的名称
• 当同时打开多个 LiveReport 时，如果打开左侧面板，当前活动的 LiveReport 标签页会消失；现在，当前活动的 LiveReport 标签页会保持可见
• 新创建的模型原本不会继承协议中定义的“重新计算模型”选项，而是默认采用“自动”选项；现在，这些模型能够正确继承协议中定义的该选项
• 在管理面板中重命名了列名的参数化模型，在将其添加到 LiveReports 时会显示旧的原始列名，现在则会正确显示更新后的列名
• “过滤器”面板和“高级搜索”面板的用户界面已实现统一
• 在 LiveReport 选择器中调整列宽后，列标题与列内容对齐不齐，现在标题仍保持对齐状态
• 在“Global”项目中，当模板被更新并覆盖时，前缀 (Global) 会反复出现；现在，“Global”项目中的模板在更新并覆盖后，仅显示一个 (Global) 前缀
• Maestro 当 3D 列标题被重命名时，无法从LiveDesign 导入 3D 结果；现在无论列标题为何，都能正确导入所有 3D 数据
• LiveDesign 以前偶尔会因数据库锁定而卡住，现在则不会再卡住了
• 从主电子表格中打开模型附件（例如，来自Glide 模型的 LID）时，此前无法显示图像，现在已能正确显示图像
• 过滤掉冻结的行后，主电子表格的第一行会显示闪烁的方块，现在该行的数据已正确显示
• 当需要显示大量项目时，项目选择器原先会在延迟五秒后出现，而现在项目选择器会立即显示
• 序列查看器以前偶尔会为非天然氨基酸显示错误的颜色和工具提示，现在已显示正确的信息
• 在序列查看器中将鼠标悬停在残基上时，查看器原本会滚动到顶部，但现在滚动位置保持不变
• 图表工具提示在固定到屏幕后无法拖动和移动，现在固定后可以将其拖动到新位置了
• 模型结果有时会在 LiveReport 中显示为“失败”，但实际上模型已成功运行；现在，模型结果在 LiveReport 中已正确显示