版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 改进散点图和直方图的易用性：
  • 通过简化的菜单，点击“条目操作”和“同步选项”菜单图标，在多个图表和直方图中查看数据间的关联性
  • 新增了对字符串和布尔值直方图的支持
• 在直方图面板中，可轻松在设置视图和数据表视图之间切换
• 指定列数和行数，以精细控制Workspace 的图块布局
• 从Jaguar 的频率计算结果中保存振动运动的动画GIF
• 增强的冷冻电镜表面性能：
  • 冷冻电镜表面文件的加载速度最高可提升2倍
  • 等值面轮廓的创建和调整速度最高可提升5倍
• 经过优化的工具栏设计，兼顾简洁性与现代美学，并支持优化 的深色模式
• 已将Maestro 项目格式更新至第5版：
  • 支持超过传统26个字符的多字母链名称
  • 专为通过电子邮件轻松共享而设计的压缩 .prjzip 文件
  • 打开项目时自动将第 4 版项目转换为第 5 版
  • 默认情况下，Maestro 项目将以第5版格式保存，同时提供以第4版格式保存的选项，以确保向后兼容性。
• 新增了对两种 CIF 文件格式的支持：“PDBx/mmCIF (*.cif)” 和 “小分子 CIF (.cif)”
• 现在，macOS、Linux 和 Windows 系统均支持通过LiveDesign 在本地打开Maestro
• 焕然一新的启动画面与图标设计：采用现代视觉风格，呈现全新的外观与体验

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• LiveDesign 管理员节点可从LiveDesign 连接节点获取用户凭据，从而实现单点登录（SSO）配置

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 蛋白质Protein Preparation Workflow 现在默认会考虑配体在氢键网络优化 阶段的 Epik 状态

蛋白质的X射线结构精修

• 新的 sf2map.py 脚本可根据输入结构和包含结构因子的 cif 文件，快速生成对齐的 X 射线图谱

IFD-MD

• 更新了IFD-MD算法，用于组氨酸互变异构态（HID、HIE）的自动采样：同时考虑诱导契合效应，以解析受体互变异构态并预测受体和配体的构象

结合位点 & 结构分析

网站地图

• 自动应用“组合模式”，该模式会将大于 800 Å 的晶体结构进行分解3

混合溶剂分子动力学（MxMD）

• 借助全新混合溶剂分子动力学 (MD) （MxMD）界面（含可自定义可视化功能，Beta版），提升隐蔽结合口袋的识别能力：通过全新界面设置和分析MxMD模拟，更清晰地了解蛋白质表面上的候选结合口袋

苗头化合物 发现

主动学习的应用

• 在AL-Glide 和Glide 中，通过在机器学习（ML） 评估阶段和Glide 分子对接 阶段使用ZeroMQ模式，可更快获得结果

Shape 筛选

• 现在为 QuickShape 和 1D筛选 命令提供了额外的相似性归一化方案。除了默认的 max{O(A,A), O(B,B)} 之外，还可以应用 min{O(A,A), O(B,B)}、O(A,A) 和 O(B,B)，其中 O(A,B) 表示配体 A 和 B 之间的重叠度。
• 以Phase 的药理基团假说作为查询，运行QuickShape 和1D Screens
• 通过 -limit 和 -NJOBS1D 选项提高 QuickShape 的计算速度，从而更高效地利用计算资源

Glide

• Glide （WS模式，原名WScore）正式发布，该模式可对配体进行优先排序，从而提高苗头化合物 的富集效率及构象预测准确率
  • 利用显式水能力学模型提高蛋白质-配体构象的准确性，并减少高分虚拟候选物中实验上无活性的化合物

先导化合物 优化

FEP+

• 借助 FEP Edge 分析中全新的“按残基能量分解”功能，更深入地洞悉受体-配体相互作用
• 在“相关性图”（FEP+ ）界面中，使用分类矩阵进行分类分析，其中包括准确率（Accuracy）、分类精度（特异性 ）、召回率（Recall）、精确率（Precision）、F1分数（F1 Score）、科恩系数（Cohen’s K）和肯德尔系数（Kendall’s T）等常用指标。
• 在“FEP+ ”面板中查看ABFEP计算中跳过化合物的原因

蛋白质FEP+

• 蛋白质FEP+ 残基扫描功能（含λ动力学）正式发布
  • 工作流现在会生成一个 FMP 归档文件，以便在“FEP+ ”面板中加载
  • Web 服务支持

FEP+ 协议生成器

• 支持使用 OPLS4 或 OPLS5 力场进行运行
• 增加了对更多残基质子化状态采样的支持
• 新增选项，可跳过主动学习，并对协议参数空间进行穷举探索

量子力学(QM)

• 隐式溶剂计算中的回程溶剂化熵
  用于数值频率计算的 distributed_frequencies.py 工作流
• 在核磁共振（NMR）计算中增加了对同位素 11B 的支持
• 隐式溶剂模型 SMD 现已支持梯度和频率
• E-sol 现已支持 CPCM-X 隐式溶剂化方法，用于快速计算溶剂化能（仅限命令行）

半经验的量子力学(QM)

• 将 xTB 更新至 6.7.1 版，该版本采用了 CPCM-X 高级溶剂模型

大环化合物

• 在 macrocycle.py 中，用于小分子环化的预定义连接子列表已从 5 个扩展至 22 个。
• 文献中报道最频繁的肽环化侧链桥接方式扩展列表（从4种扩展至21种）
• 通过包含SMILES 字符串的CSV文件控制macrocyclize.py中的间隔符
• tug_align 脚本和“配体比对”面板中大环比对的可重复性和性能改进
• 大环采样脚本可选地仅输出大环的构象
• 使用 peptide_cyclize.py 脚本，可在命令行上轻松根据序列生成环肽

从头设计

AutoDesigner – R-group Design

• 借助全新的 AutoDesigner 相似性功能，该功能会根据与用户提供的化合物集的相似程度对生成的方案进行评分，从而加速对类似配体的探索
• 添加了针对起始配体所有路径的全面 PathFinder 枚举，其中使用了这些路径中所有可用的构建模块
• 添加了对最终输出集的递归修剪，以生成更多输出
• 改进了日志记录功能，包括对工作流各阶段生成的化合物数量的概览

AutoDesigner – 核心设计

• 改进了日志记录功能，包括对工作流各阶段生成的化合物数量的概览

生物制剂药物研发

• 利用蛋白质描述符通过自动机器学习（ML） 模型构建预测蛋白质性质：利用AutoQSAR分析来训练、验证和应用AI/ML模型，以预测生物制剂的性质
• 预定义的选择集，可快速访问 TCR 区域，例如 CDR、α/β 链等

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• 在“声子密度图”查看器中报告的声子依赖介电特性
• 用于核磁共振（NMR）计算的工作流操作菜单（WAM）
• 支持使用DFT-D3进行声子计算
• 改进的细胞松弛方案
• Schrödinger- 可在 GitHub 上获取兼容 Quantum ESPRESSO 的版本
• 对分布式声子计算的支持
• 通过配置文件（命令行）控制失败后的最大重试次数
• QM收敛监测器中保留的初始参数和约束条件

KMC Charge Mobility

产品：MS Mobility

• 计算 KMC 电荷迁移率：速度更快，且具有稳健的量子力学收敛性（命令行）

材料信息学

产品：MS Informatics

• 公式 ML：超参数调优中可用步骤数量增加
• 公式化机器学习：可选方案：用训练时间替代超参数调优步骤
• 配方机器学习：基于特征重要性分析的原子贡献可视化
• 机器学习（ML） 属性：对现有模型的更新
• 机器学习（ML） 性质：分子固体的熔点预测
• 机器学习（ML） 性质：分子非水溶解度的预测

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 自动CG映射：加快大分子映射速度
• 自动CG映射：粒子类型及报告的出现次数

渗透剂加载模拟

产品：渗透剂装载（PL）

• 渗透剂的加入：区分原有水分与添加水分

反应性

产品：MS Reactivity

• 纳米反应器：可设置偏置电位的宽度
• 反应工作流：将非谐零点能（ZPE）添加到项目表中
• 反应工作流：支持对环形结构中的站点进行枚举
• 反应工作流：通过枚举实现片段自动交换的选项
• 反应工作流：在设置阶段预览反应图

Microkinetics

产品：MS Microkinetics

• 微动力学建模：支持多级MKM分析
• 微动力学建模：支持在查看器面板中放大图表
• 微动力学建模：最大积分时间步长的默认值已增加

MSMaestro 构建程序和工具

• 吸附枚举：支持通过原子索引选择反应性原子
• Disordered System：优化了用户界面，并对标签页和对话框的选项进行了重新配置
• 无序系统：支持通过“缠结链”选项保持选定分子的刚性
• Meta Workflows：支持径向分布函数分析
• 纳米粒子：可选择仅包含质心位于粒子内部的分子

经典力学

• MD的势垒电位：可选功能，用于从输入结构中移除势垒
• Droplet：支持在构建 Droplet 时输入随机种子
• Droplet：支持随机初始速度
• Evaporation：支持完全控制要绘制的配置文件
• 蒸发：对施加阻挡电势的支持
• 蒸发：可根据基板距COM的距离设置蒸发区域
• Evaporation：提高了大型输入结构的加载速度
• MD 多级模拟：针对梯形聚合物的改进弛豫协议
• 优化了DPD粒子的默认时间步长
• 针对原子级和粗粒化系统的热力学常数和压强常数设置将自动完成
• 应力应变：绘制法向平均应力的选项
• 热物理性质：可选返回 *.ene 文件（命令行）
• 轨迹密度分析：输出 *.csv 文件

量子力学(QM)

• 吸附能：可选择以 kcal/mol 或 kJ/mol 为能量单位
• 吸附能：所有输出项均作为子组纳入项目表中
• 吸附能：针对有效输入吸附质的鲁棒检测算法
• 吸附能：支持从 Quantum ESPRESSO 配置文件中加载选项
• 光电子薄膜的性质：分子折射率的预测
• 光电子薄膜性质：系统间交叉率与反向系统间交叉率的预测
• 光电子薄膜特性：适用于大型输入结构的改进装载方案

教育内容

生命科学

• 新教程：在恒定pH条件下预测蛋白质pKa 分子动力学 (MD)
• 更新版教程：Glide HSP90配体的WS评估

材料科学

• 新教程：单重态-三重态系统间交叉速率
• 新教程：模拟亚硝胺的形成与分解
• 新教程：原子层沉积
• 新教程：元素枚举
• 新版快速参考表：折射率
• 更新版教程：多阶段量子力学工作流入门

文档内容

• 全新文档页面，旨在探索材料科学应用领域的解决方案，并帮助用户找到最符合其兴趣的内容
• 各面板的帮助主题中显示的面板图片

LiveDesign

2024-4 版本的新功能

• 生物制剂SAR可视化：在“序列查看器”工具中查看、突出显示并分析属性及其与序列差异
• 配体设计工具
  • 通过管理面板在“配体设计器配置”中上传多个叠加层，并在设计过程中启用或禁用这些叠加层
  • 在编辑后重命名配体，并使用“预测构象”功能来跟踪和管理迭代设计变更
• R基团编号：根据计算属性筛选输出产物
• LiveDesign 学习： 在“着陆页”中查看LiveDesign 学习仪表盘

  • *LiveDesign 学习现更名为LiveDesign ML

• LiveReport 管理
  • 在 LiveReport 选择器中查看 LiveReports 的行数、列数和单元格数
  • 在更新后的“创建 LiveReport”对话框中，创建 LiveReport 时将其设置为只读或隐藏
  • 以下菜单项已合并到“编辑 LiveReport…”菜单中：重命名、移至文件夹、设为只读和设为可编辑、设为隐藏和设为可见
  • 管理员可以更新只读的 LiveReports，使其可编辑
  • 通过点击 LiveReport 页脚中的链接，并在对话框中选择化合物 ID，可显示部分化合物
• 文档
  • LiveDesign 中的“？”按钮现将用户引导至在线文档，这与Schrödinger 平台的其他部分一致。系统将引导用户登录其Schrödinger 网页账户，并通过发送至其邮箱的验证码进行验证；如果用户没有网页账户，则需要注册一个。
• 将“表单”电子表格、表格和 ID 控件中的值复制到剪贴板
• 在从 LiveReport 添加组成列时，在“创建 MPO”对话框中搜索和筛选列名
• 点击3D单元格中的链接，即可通过3D通用实体和显式配体设计器查看3D结构，具体位置在Maestro
• 在完成反应枚举、R-组枚举、文件上传、Maestro 上传以及LDClient上传后，实体会在LiveReport中更快地显示出来
• LDClient用于检索FFC列的API 方法“get_freefrom_column_by_id”现将包含一个“updated_at”字段，该字段包含一个长整型值，对应FFC的最后更新时间戳。
• 着陆页：在“化合物”页面查看最近发布的实验数据

已修复的内容

• 在“高级搜索”中通过搜索 ID 添加实体时，此前会显示一个无响应的对话框，现在则会显示一个可输入 ID 的对话框。
• 复杂过滤器以前无法接受粘贴的生物序列，也无法根据该序列进行过滤，但现在可以接受粘贴的生物序列了。
• 在“着陆页”中根据模板创建 LiveReport 时，此前不会打开新创建的 LiveReport，现在则会在新的浏览器标签页中打开该 LiveReport。
• 如果某个实体被导入到多个项目中，从其中一个项目中清除该实体，它只会从该项目中消失。现在，通过 CSV、ZIP 和 FASTA 导入多个实体时，“管理文件”对话框中只会显示一个文件条目。
• 在 DI 中，通过为关系及其元数据添加 DI 映射，支持实体关系元数据的字符串类型。
• 在“数据与列”树中，“结构类”列已更名为“实体类型”
• 将芳香族结构粘贴到绘图器中时，原本会翻转含吡咯结构的手性，而现在手性得以保留。
• 通过 LDClient 输入 FFC 日期值时，用户现在必须使用 YYYY-MM-DD 格式。如果日期格式不正确，系统将返回 400 错误，并显示以下提示：“日期必须采用 YYYY-MM-DD 格式。”
• 表单看板小部件原本会在看板磁贴旁边显示一个固定图标，但现在该固定图标在看板小部件中不再显示。
• 取消固定行现在已按预期工作。
• 如果复制 LiveReport，模型结果中单元格内包含多个值的顺序会发生变化；现在，复制的 LiveReport 中这些值的顺序与原始 LiveReport 保持一致。
• 在3D可视化工具中，精氨酸中的胍基原本错误地显示了一个具有五个键的碳原子，现在已准确反映了其化学结构，正确展示了精氨酸残基的键合结构。
• 在SAR分析（R基团分解）中，重新排列R基团骨架后，新添加或删除的骨架 无需刷新页面即可生效。
• 已删除的对接姿势将不再重新出现，从而确保workspace 文件保持整洁有序。点击“预测姿势”后生成的每个新姿势都将按顺序命名，便于追踪（例如，在删除“docked_ligand_3”后，新姿势将命名为“docked_ligand_4”）。
• 通过管理面板更改模型名称后，该更改将在配体设计器中正确反映出来。
• 此前，即使取消选中“显示”复选框并选择其他实体后，目标在3D可视化器中仍会保持可见；而现在，“靶点 ”的“显示”复选框保持未选中状态，且“靶点 ”不再可见。
• 将一个项目的 LiveReport 复制到另一个项目时，目标项目将获得该 LiveReport 中所有模型的访问控制列表（ACL）权限，即使该模型的协议未授予目标项目访问权限也是如此。现在，如果协议未授予目标项目访问权限，则该模型的列将被“禁用”，并在目标项目中不可见。
• 包含从属参数化模型的模型在归档时不会显示错误，且其所有从属参数化模型也将一并归档。此时将弹出一个对话框，显示即将被归档的从属参数化模型的数量。