版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• Bunsen–Maestro 集成：在各自的界面中启动Maestro 和Bunsen，并连接活动会话
• Bunsen-Maestro 集成：全新的自动化模态对话框处理程序可确保在Maestro 中执行的代理工作流不会因弹出对话框而被阻塞
• 大规模Maestro 到LiveDesign 导出性能：针对大型数据集，Maestro 到LiveDesign 的导出性能得到显著提升；对于约7.5万个化合物，处理时间从约1小时缩短至不到4分钟
• 结构层次中的聚合物感知残基分组：聚合物链中的非标准残基和修饰残基现按序列顺序被分组到其父级生物聚合物链（蛋白质、DNA 或 RNA）中
• 在欢迎屏幕上固定收藏的项目和结构：在欢迎屏幕上为最近的项目添加星标，以便在不同会话中将收藏的项目和结构始终固定在顶部
• 将用户界面重置为默认设置：在“首选项”→“常规”中新增了“重置首选项”部分，其中包含“将用户界面重置为默认设置”操作，可恢复窗口布局、工具栏、颜色、字体和预设，同时不会更改项目文件或科学选项
• 粗粒化系统中禁用原子部分电荷：在Maestro 中，针对原子电荷无关的粗粒化（CG）模型，禁用原子部分电荷选项
• 将 2D 查看器设置与氢原子控制功能分离：在 2D 查看器的齿轮菜单中新增了独立于全局首选项的专用“2D 设置…”选项（该设置在不同会话间保持），并新增了“显示所有氢原子”开关
• 明确了 2D 结构首选项的适用范围：在“首选项”→“2D 结构”中，明确指定了其在“项目表”和“2D 叠加层”中的适用范围，提供了通往“配体检测”设置的快捷方式，并确保“2D 叠加层”遵循这些首选项

基础设施

• 原生 Apple Silicon 支持（macOS ARM64）：在 macOS 上的整个套件中，用原生 ARM64 二进制文件取代了 x86_64 转换，从而使Maestro 和集成式 后端无需 Rosetta 2 即可在 Apple Silicon 上原生运行

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 更轻松地自定义氢原子/键序分配设置
• 在蛋白质制备过程中允许对末端进行交互式封端
• 如果输入结构中缺少末端氧原子，现在可以重建该氧原子

预测性毒理学检测项目

• 已新增三个靶点，包括一个核激素受体（孕酮）、一个G蛋白偶联受体（CB1）和一个蛋白酶（MALT1）

结合位点 & 结构分析

Desmond 分子动力学 (MD)

• 在模拟 相互作用图（SID）中增加了对核苷酸受体（DNA/RNA）的支持
• 用于 POPE-POPG（3:1）的新型膜双层模板

Desmond 分子动力学 (MD)

• 通过支持调整氢质量再分配（HMR），将模拟速度提升高达约66%
• “系统构建器”现已支持七种新的混合脂质双层

配体结构准备

配体结构准备 以及构象生成

• 在LigPrep 中添加了环状矛检测功能，以确保不会返回具有键穿过环的巨环构型

基于实验数据和量子力学的pKa 预测

• 现在，在完成宏计算后，可在pKa 页面末尾查看改进版的 HTML 报告

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

Glide

• 利用生成式Glide ，结合生成式AI与基于物理理论 （分子对接 ），在比传统筛选 短得多的时间内筛选数十亿个分子，从而快速发现多样且得分较高的候选化合物

大环化合物

• Macrocycle分子对接 脚本现已支持将分子对接 数据转换为冷冻电子显微镜（cryo-EM）密度图
• Macrocycle 的“分子对接 ”面板现已支持通过新增的密度图输入字段，将配体对接至冷冻电镜密度图中
• “大环”分子对接 任务的输出构象现在会保留原始输入配体的名称

ABFEP

• 借助高通量 ABFEP 扫描模式，可将结构各异的化学类型和新型骨架的筛选效率提高多达 5 倍
• 目前已获得来自溶剂支路的代表性结构
• 可选地应用其他水文模型

先导化合物 优化

配体比对

• Tug Align 2 现已成为“Maestro ”中“配体对齐”面板的默认大环配体对齐算法
• “配体对齐”面板现提供高级对齐选项，以便更精细地控制以下内容的对齐：大环化合物

RetroSynth

• RetroSynth 报告已更新，内容包括：
• 封面页，包含概览和矢量图
• 生成结果更快，文件大小更小
• 所有已通关的路线，而不仅仅是排名前30的
• 在启动 RetroSynth 之前，请从自定义供应商中进行选择
• 新的立体化学评分机制考虑了定制库存中立体化学变体的差异

FEP+

• 目前已获得来自溶剂支路的代表性结构
• 新增了对核苷酸受体（DNA/RNA）的支持

FEP蛋白

• 目前已获得来自溶剂支链的一个代表性结构
• 新增界面支持，用于设置和分析基于pH值的亲和力 预测结果
• FEP+ “残基扫描”功能现已支持大规模分析蛋白质突变，包括非标准氨基酸

FEP的溶解度

• 目前已获得水合支路的代表性结构

FEP+ 协议生成器

• 新增了对核苷酸受体（DNA/RNA）的支持

量子力学(QM)

• DFT 可以在GPU上，基于“分辨率-身份”近似法进行单点能量计算和几何优化
• 作为波长函数的光学旋光率是Jaguar 面板的一项新特性

大环化合物

• Tug Align 2 已发布公开测试版，这是一种改进的柔性配体对齐算法，可快速对齐大环化合物 以及其他不符合“五规则”的化合物——在这些情况下，标准的柔性对齐方法并不适用。
• 利用 Prime-MCS 提高类天然大环构象异构体的富集效率
• Prime Macrocycle Sampling 面板的默认隐式溶剂模型现为表面广义博恩模型
• 在运行QM评分任务时，优化了大环分子评分脚本的内存利用率

教育内容

• 新教程：使用 AutoTS 探索水线效应对反应能垒的影响
• 新教程：亲和力 大环化合物 的优化 ，其中FEP+
• 新教程：蛋白质-蛋白质复合物的体外多参数优化
• 新教程：基于冷冻电镜模型优化配体构象，以实现FEP+
• 更新后的学习路径：基于计算的靶点 分析

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• 升级至 Quantum ESPRESSO 7.6
• 使用 POSCAR 文件作为输入时保留 VASP 约束条件（命令行）
• 在 NEB 计算中支持 Broyden优化 （命令行）
• (+MATSCI_QE_SOLVATION) 支持 3D-RISM
• 表面能：可选择晶面 表面官能团

缺陷特性

产品：MS DefectPro

• 缺陷修正：在所有操作系统上支持弗雷索尔特校正

Microkinetics

产品：MS Microkinetics

• 电催化多阶段工作流程

主动学习光电子学

产品：主动学习光电子学

• 主动学习光电子学：几何学的MLFF选项优化

反应性

产品：MS Reactivity

• 反应网络查看器：扩展的能量相关属性列表

KMC Charge Mobility

产品：MS Mobility

• 计算KMC载流子迁移率：改进零场迁移率的预测

反应性界面模拟器

产品：MS RIS

• 固态电解质界面：通过改进算法将计算速度提升（最高可达4倍）

力场的高级应用

产品：MS FF 应用程序

• MLFF 计算：沿优化 路径返回的输出结构
• MLFF 微调：支持使用多个数据集进行训练
• MLFF 微调：提供从自定义 MPNICE 模型开始微调的选项
• MLFF 微调：自定义验证集比例的选项
• MLFF 微调：可选使用其他 MLFF 模拟生成的数据进行训练

通过分子动力学模拟进行传输计算

产品：MS Transport

• 离子电导率：支持将固态结构作为输入

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 反向映射：保留蛋白质结构中的二级结构
• 反向映射：记录中间结构和轨迹的选项
• 反向映射：对抗体的支持
• Coarse-Grained Sketcher：支持加载 CG 结构以便进行编辑
• CG FF Builder：默认设置为 NPT 集合
• CG FF Builder：优化了 RDF 计算的速度和内存利用率
• CG FF Builder：控制全原子轨迹与CG轨迹在训练中的权重比例
• 粗粒度映射：支持通过命令行进行映射

材料信息学

产品：MS Informatics

• 机器学习（ML） 性质：无机晶体性质的5种新模型
• MPNICE 嵌入：从文件系统加载结果的选项
• MPNICE 嵌入模型：六款可供选择的全新机器学习（ML） 模型
• MLFF 计算：对并行模拟的支持
• Solubility ML：非水溶剂中分子溶解度的预测

配方 ML

产品：MS Formulation ML

• 配方 ML优化 ：返回 CSV 输出
• 配方 ML：报告了各配方的特征重要性

Denovo ML

产品：MS Denovo ML

• REINVENT：获取预训练的机器学习模型
• 逆向分子设计：基于人工智能的工作流程，用于生成具有靶点 特性的有机分子

MSMaestro 构建程序和工具

• Agentic Workflow：用于构建元工作流的人工智能代理
• 分配空间群：用于设置耐受力 以实现对称性的选项
• 无序系统：将组分名称保留为原子级属性
• 导入板：为半导体 应用程序新增（49）个晶面 表面模型
• 基础设施：输入SMARTS 模式的可视化
• 界面构建器：构建非基本晶面 曲面的选项（命令行）
• 元工作流：(+META_WORKFLOW_QE) 支持 Quantum ESPRESSO
• Meta Workflows：支持热导率
• 部分浓度：在原始条目标题后标注的混合物组分
• 周期性枚举：用于设置埃瓦尔德排序氧化态的选项
• 周期性枚举：限制输出结构数量的选项
• 周期性枚举：可选择关闭空间群分配以提高速度
• 周期性枚举：可选择关闭原子连接以提高速度
• 反应路径查看器：支持 MLFF
• 半结晶聚合物：用于在重复单元上分配头/尾位点的用户界面
• 半结晶聚合物：非晶区中存在多种单体类型
• 半结晶聚合物：改进的算法，运算速度最高可提升20倍
• 溶剂化体系：对MLFF的支持
• 溶剂化体系：将组分名称保留为原子级属性
• 结构化液体：将组分名称作为原子级属性保留
• 结构化流体：对MLFF的支持
• Sugar Builder：支持根据糖基化模式进行构建的选项

经典力学

• Droplet：支持 MLFF
• 混合焓：(+MATSCI_MIXING_ENERGY) 支持在多张GPU上进行并行计算
• 混合焓：(+MATSCI_MIXING_ENERGY) 用于计算多组分体系混合焓及弗洛里-哈金斯 χ 参数的工作流解决方案聚合物材料
• 聚合物交联：用于提高运行速度的改进型结构扫描算法
• 伞式采样：对作业重启/延期的支持
• 用于修改RNA三维分子结构的脚本（命令行）

量子力学(QM)

• QM 多阶段：支持基于 GPU 的单点能量和几何计算优化
• QM 多级法：可选功能，用于计算作为波长函数的光学旋光度
• 吸附能：支持施加低于 0.01 atm 的压力
• 吸附能：PBC中气体分子所处的真空度增加phase
• 吸附能：可选是否包含偶极子修正项
• 键与配体的解离：指定要解离的键的选项
• CREST：可在 MSMaestro 许可证下运行
• 光电子薄膜性质：可对所有输入分子计算偶极矩
• 光电子薄膜特性：巨表面电位（GSP）
• 光电子薄膜特性：自发取向极化（SOP）
• 光电子薄膜的性质：电偶极矩的序参量
• 光电子学：通过 MLFF 支持几何优化
• Phase 示意图：用户对显示单位的控制
• 探针网格扫描：支持对笼状分子的内部进行探测

教育内容

• 新教程：使用代理式 AI 模型设计工作流
• 新教程：薄膜的自发取向极化与巨表面电位
• 新教程：电催化反应的微观动力学建模
• 新教程：蛋白质表征：第3部分
• 新教程：基于路径引导扩散模型的新型化合物从头设计
• 新教程：使用“糖链构建器”构建糖链
• 新教程：机器学习（ML） 溶解度预测
• 新教程：无机晶体的机器学习（ML） 性质预测
• 更新后的教程：动能蒙特卡洛（KMC）电荷迁移率

教育内容

生命科学

• 新教程：使用 AutoTS 探索水线效应对反应能垒的影响
• 新教程：亲和力 大环化合物 的优化 ，其中FEP+
• 新教程：蛋白质-蛋白质复合物的体外多参数优化
• 新教程：基于冷冻电镜模型优化配体构象，以实现FEP+
• 更新后的学习路径：基于计算的靶点 分析

材料科学

• 新教程：使用代理式 AI 模型设计工作流
• 新教程：薄膜的自发取向极化与巨表面电位
• 新教程：电催化反应的微观动力学建模
• 新教程：蛋白质表征：第3部分
• 新教程：基于路径引导扩散模型的新型化合物从头设计
• 新教程：使用“糖链构建器”构建糖链
• 新教程：机器学习（ML） 溶解度预测
• 新教程：无机晶体的机器学习（ML） 性质预测
• 更新后的教程：动能蒙特卡洛（KMC）电荷迁移率

LiveDesign

2026-4 即将推出什么

• 生物制品

  • 在“残基替换”工具中，使用“粘贴多个单体…”功能一次性粘贴多个单体；单体数据库中未找到的符号将被标记为无效，以便您进行更正或删除；要生成列表，请点击“单体数据库”中“符号”列标题处的“复制”按钮，将列出的单体符号逐行复制到剪贴板中

  • 在生成的虚拟生物制品的“实体注册科学家”和“实体注册日期”列中，记录谁在何时进行了残基替换。

  • 选择残留物替换结果的存储位置，可以是新的LiveReport，也可以是现有的LiveReport；此外，还提供了一项选项，可在添加结果时打开靶点 LiveReport

  • 在提示框中查看残基替换失败的具体原因，而非泛泛的错误信息：系统会检查每个选定的单体是否具备连接到序列所需的连接点，并报告未能通过此检查或身份未知的单体

  • 更轻松地比较残基替换结果：每个单元格内的链、位置、源残基和目标残基值均已对齐，因此每行替换结果在各列中保持对齐；升级时，现有结果列会自动转换，因此早期运行中整数的“突变位置”值将不再显示尾随小数（例如 5.0）

  • 在“实体构建器”中使用四个新模板创建肽类药物偶联物：PDC（肽 | 有效载荷）、PDC（肽 | 间隔基 | 有效载荷）、PDC（肽 | 连接子 | 有效载荷）和 PDC（肽 | 间隔基 | 连接子 | 有效载荷）

  • 注册抗体 ——基于灵活模板的药物偶联物：新型ADC（抗体 | 连接子-有效载荷）灵活模板与ADC（抗体 | 连接子 | 有效载荷）灵活模板可兼容单特异性或双特异性抗体，以及一个或多个连接子-有效载荷，并可在每个组件上选填偶联元数据

  • 在“两部分”和“三部分”ADC模板中，可使用单特异性或双特异性抗体，每个子组件所允许的实体类型均已列出

  • 使用“添加”按钮添加可重复使用的组件（如连接器-有效载荷），并使用删除图标移除多余的实例，同时始终保留至少一个实例

  • 请按照“实体构建器”顶部的内置说明，选择模板类型，并使用“从选择中获取”功能添加子组件；模板由管理员在服务器端进行管理，如果尚未设置任何模板，系统会提示您联系管理员

  • 在“单体数据库”表格和单体详细信息视图中查看单体的 R 基团，以及单体的总数和符合当前筛选条件的单体数量

  • 在单体绘图器中使用您的自定义单体数据库，其中自定义单体将根据其天然类似物进行着色，且当您在单体选择器中长按某个单体时，会显示其天然类似物

  • 在“序列查看器”的徽标图中，当选中该残基显示格式时，非标准单体将通过其“单体数据库符号”（最多 6 个字符）单独显示，并配以淡雅的背景，以便将徽标高度与单体频率建立关联

  • 在“序列查看器”中，可按字母顺序或根据一个或多个比对位置的残基相似性对序列进行排序，以便快速将相关变异分组；您的排序条件会在重新打开该工具时被保存并恢复（若排序是之前版本中通过 LiveReport 列保存的，则需重新应用），排序进行时会显示一条横幅提示

  • 使用新的“环肽比对”选项对环肽 进行比对，该选项会在比对前旋转每个序列，使其与参考序列最佳匹配，从而确保结果不受各环线性化位置的影响；该方法最适用于phase 之外、具有合理同源性的序列。环肽

  • 要设置对齐结果环肽 的起始残基，请在标尺上右键单击一个残基，然后选择“设为第一个残基”，此时会弹出一个一次性对话框，说明当前的对齐结果将被保留

  • 在“序列查看器”的工具提示中查看更多详细信息，包括非标准残基的完整单体数据库符号，以及根据残基属性进行着色时各残基的属性值。

  • 在更名为“比对与评分设置”的章节中查找相似性矩阵设置，该处的提示信息说明该矩阵用于成对比对、环状肽比对以及残基相似性排序。

  • 了解在哪些情况下实体无法通过可关闭的横幅在序列查看器中显示，例如没有序列或 HELM 无效的实体

  • 在“序列查看器”的CDR过滤功能中，在重链和轻链之间切换时保持域选择不变

  • 序列查看器的工具提示和徽标图更易于阅读：工具提示标签间距均匀，自定义矩阵工具提示不再遮挡下方的选项，且参考序列上方增加了填充空间。

  • 以任意用户身份导入生物制品/其他实体：所有用户均可通过“生物制品/其他”导入选项卡导入实体和数据；任意用户均可向现有实体追加数据；仅该实体的创建者或管理员可覆盖其元数据

  • 在从通知栏打开的详细导入收据中查看生物制品/其他实体的导入失败情况，并将其下载为 CSV 文件

• 小分子

  • 从文件导入已发布的分析数据：当管理员启用此功能后，通过LiveDesign 用户界面导入小分子文件（SDF、CSV、Maestro 、Excel）时，将包含“发布上传的数据”选项，因此导入的数据可在所有无限制访问的项目中使用，而不仅限于源LiveReport项目。

  • 以管理员身份在“项目仪表盘”的“项目管理”选项卡中重新排列项目框架；确认后，新的排序将设置“骨架 ”在“R-组分解”面板中的优先级，并可能在使用项目框架的LiveReports中重新运行R-组分解

  • 在大型服务器上更快地加载“项目仪表板”的“实体”页面，具体措施包括：为每个部分配备部分加载器；将“最近的实体”筛选器默认设置为“上个月”；以及确保实体数量清晰易读地显示

  • 将LiveReport 中的小分子通用实体结构拖放到“过滤器”面板、高级搜索结构查询以及“设计”和“搜索”选项卡中的结构绘制器中

  • 复制以通用实体形式导入的、符合常规化合物标准的小分子（MDL SD（Mol V3000）格式）

• SAR 分析仪表盘

  • 在全新的SAR分析仪表盘中分析SAR：从“工具”面板的“结构活性关系”类别中打开该仪表盘，将R基团分解结果映射到2D热力图上，并根据任意数值属性进行颜色编码，同时配有关联的“匹配骨架 ”和R基团过滤面板，从而帮助您发现活性陡降点和未探索的取代基组合。

  • 首次打开时即可查看数据，对于包含R基团分解且骨架 中至少有两个R基团的LiveReports：仪表盘会选择第一个匹配的骨架 ，将R1和R2放置在坐标轴上，根据第一个数值列进行颜色标注，并将剩余的R基团作为（已定义的）过滤器添加，并以“AND”条件进行组合。

  • 通过下拉菜单按匹配的骨架 和R基团进行筛选，这些下拉菜单会显示结构图，并仅列出经过LiveReport筛选后仍可见行中的值；所选内容仅适用于您的仪表盘视图，不影响LiveReport本身

  • 可直接在仪表盘上更改坐标轴和“按列着色”设置：R-group 筛选器会自动切换，因此某列绝不会同时作为坐标轴和筛选器；更改“匹配”骨架 会将 R-group 筛选器重置为 (定义)，而选择“按列着色”列会打开“编辑着色规则”对话框

  • 在“每行一个实体”级别上，在热力图、电子表格以及其他图表和表单之间同步选定内容

  • 从上次中断处继续：在同一浏览器标签页中重新打开同一份 LiveReport 仪表盘，将恢复您上次设置的坐标轴、按颜色分类、筛选条件和热力图设置；刷新页面、关闭标签页或切换 LiveReport 时，这些设置将被重置

  • 清除加载、错误和无数据提示，包括在过滤条件未匹配任何化合物时提示更新过滤条件

• 情节

  • 深入了解 2D 热图矩阵图：此类图表将任意数值型或分类型属性放置在 X 轴和 Y 轴上，并根据数据密度或第三个属性对网格进行着色，现已支持缩放、平移以及切换单元格中的数值标签

  • 在左侧窗格和“表单”视图中，选择坐标轴选择器旁边的“按列选择颜色”，并通过“编辑着色规则”选项自定义 2D 热图的颜色

  • 在 2D 热图矩阵图中，使用新的“仅选定实体”选项，仅绘制选定的实体

  • 可在2D 热力图的工具提示中查看聚合详细信息，其中显示聚合模式、数据点数量和聚合值；当按非数值列进行着色时，聚合下拉菜单将被禁用，且新建的热力图默认命名为“2D 热力图”

  • 了解二维热图中的灰色单元格和单元格限制：“按颜色分类”图例下方的注释说明，超出着色范围的值将显示为灰色；当图表超过单元格限制时（默认限制为 2,500 个单元格，管理员可进行配置），系统会提示您对数据集进行筛选。

  • 通过“数据”选项卡上的新选项“对分类数据进行排序”（默认启用），可使图表与 LiveReport 的排序顺序保持独立；该选项会在散点图、折线图、箱线图、直方图、饼图和 2D 热力图矩阵中按自然顺序排列类别；若将其关闭，则采用 LiveReport 的行顺序；此外，饼图和直方图中的自定义分档将保留您定义的顺序。

  • 您可以随时使用 1D 热力图，因为它们现在始终可用

  • 在散点图的“按大小排序”（Size By）选项中查找列，该选项与“按颜色排序”（Color By）和“按Shape 排序”（ By）保持一致

  • 散点图上的误差带会叠加在数据点后方显示，且不会改变数据点的颜色，同时不再显示 bandHighError 和 bandLowError 标签

  • 图表轴列选择器中的列名工具提示不再会停留在屏幕上，也不会干扰列的选择操作

• 系统健康工具

  • 一目了然地查看系统健康状况：“系统健康”工具在“工具”面板中默认启用，并通过独立的紧凑型磁贴显示各项指标的状态，同时采用对色盲用户友好的状态颜色。

  • 在新的“数据集成”部分中监控数据集成情况，其中“DI 状态”磁贴会显示同步状态（已同步、正在进行、暂停或失败）以及上次完成同步的时间；“待处理 DI 事件”磁贴则显示仍有多少事件待处理；如果无法获取数据集成状态，这些磁贴会显示错误提示，而工具的其他部分仍会继续运行

  • 跟踪任务队列负载：队列中的图块反映了每个可用工作进程的待处理任务数量，运行中的图块反映了容量利用率，这些图块显示了负载系数和容量利用率数值

  • 查看每个方块上的状态阈值，并查看解释当前状态和阈值的工具提示

  • 在“队列深度随时间变化”图表中查看每个任务队列的队列深度历史数据，显示峰值和平均深度，并配有与时钟对齐的“记忆”时间范围选择器（过去 1、2 或 4 小时），确保所有用户看到的时间间隔一致

  • 以管理员身份自定义该工具，为内存使用量和每个任务队列设置“警告”和“严重”阈值，并选择显示哪些部分以及显示顺序

  • 当工具本身不可用时，系统会显示相应提示：LiveDesign 状态磁贴显示“未知”而非“不可用”，其他磁贴呈灰色，并会显示一条消息，提示您如果问题仍然存在，请联系管理员

  • 通过工具标题旁边的新“？”图标，或工具菜单中的“帮助”选项，打开文档

• 3D 可视化

  • 根据残基电荷对残基和原子进行着色，其中带正电荷的残基显示为蓝色，中性残基显示为黄色，带负电荷的残基显示为红色；该着色方案适用于氨基酸残基，且不会保存在“已保存场景”中

  • 工具栏图标经过重新设计，尺寸统一，间距更紧凑

  • “内容”面板中长名称的工具提示会保留在窗口内，对长文本进行换行，并采用高对比度的背景色

• 搜索和筛选条件

  • 创建筛选查询组以组合相关的筛选查询，将每个组设置为按属性、父项或子项进行匹配，并在同一个 LiveReport 筛选器中将这些组与单独的筛选查询混合使用

  • 在 GPUSimilarity 工具（测试版；如需在您的服务器上启用该功能，请联系Schrödinger 技术支持）中按子结构搜索：打开“子结构”选项卡，从 LiveReport 中获取查询条件或在草图工具中绘制查询条件，然后点击“搜索”以查找匹配的供应商化合物；结果页面会显示堆叠的“导出结果”和“显示结果行”选项、一个以 LiveReport 命名的导出选项，以及带下划线的最大可能结果数量

  • 在“数据与列”树的“LiveReport”选项卡中，使用多个关键词搜索列，仅显示同时匹配所有关键词的列

  • 在“高级搜索”的“复杂查询”视图中，使用新的“全部清除”按钮一次性清除所有条件

• Maestro 集成：将从Maestro 导出的3D姿态保存至LiveDesign ，为新结构注册一个新实体，或将该姿态作为现有实体的新姿态添加

• 用户体验改进

  • 通过行菜单一次性展开或折叠LiveReport 中的所有复合行

  • 通过在浏览器标签页中显示当前项目名称，区分LiveDesign 中的标签页

  • 可靠地复制大型 LiveReports，因为现在在同一项目内复制 LiveReport 时，该操作会在后台运行且不会超时

  • 在“新建 LiveReport”对话框中，您可以更轻松地找到嵌套文件夹——这些文件夹默认处于展开状态，其完整文件夹名称会显示在父文件夹下方

  • 在“矩阵”和“多实体矩阵”控件中，使用键盘导航矩阵配置网格：按 Tab 键和方向键可在单元格之间移动，按 Esc 键取消编辑，选择一列后，焦点将移至下一行单元格

  • 您可以在新的“实体注释”列中查看现有实体的注释，该列可通过“数据与列”树添加；注释列现在默认会替换旧版注释

  • 当未选中任何行时，“剂量反应曲线”工具会提示您选择一行或多行，而不是显示一个空的图表

  • 当配体设计器中出现键序、化合价或电荷无效的结构时，“配体最小化”功能会显示一条错误提示

  • 在升级LiveDesign 后，无需清除浏览器缓存，Assay Viewer等工具即可正常加载

• LDClientAPI

  • 使用新方法管理 Entity Builder 模板，包括创建、列出、查看和删除模板（例如 list_entity_templates、get_entity_template_by_name、create_entity_template 和 delete_entity_template）；当模板定义发生变化时，create_entity_template_version 会创建一个新版本，而 update_entity_template 仅编辑其描述和文件夹路径

  • 通过 LDClient读取和管理注释类型的自由格式列值

  • 当用同名的新输出替换模型输出时，update_model 操作将成功完成

已修复的内容

高级搜索

• 在“高级搜索”中，如果在查询表达式无效时添加的查询组及其条件，现在会在表达式更正后被保存，而不是在刷新 LiveReport 时丢失。

• 在“高级搜索”的“复合视图”中，即使在查询之间尚未定义“AND”/“OR”逻辑之前，也可以展开一个空的查询组。

• 高级搜索：在“复杂”视图中添加括号时，面板会切换回“简单”视图，并将所有查询以“AND”条件组合起来；而现在，“复杂”视图以及您设置的“AND/OR”组合都会被保留。

• 如果按“过去X天内的注册日期”进行搜索，会遗漏当天较早时间注册的化合物；现在则会返回该日期范围内的所有化合物。

• 在“高级搜索”面板的“复杂视图”中，删除一个查询条件并添加新条件后，该组中的查询现可正常进行编辑和删除；此前，这些更改无法被保留。

• 在“自由格式注释”列中，高级搜索查询的自动更新功能此前在从“每批一行”模式切换回“每实验一行”模式时，无法更新 LiveReport；现在，每次切换模式时，结果都能正确刷新。

• 当结构查询仅限于真实（或虚拟）化合物时，如果该结构也与另一种类型的许多化合物匹配，高级搜索返回的结果可能会少于预期；现在，该功能会返回所有匹配的化合物。

• 在“高级搜索”面板中，当面板内包含的查询数量多到需要滚动时，上一条查询的齿轮菜单现在会完全显示出来。

• 在某些服务器配置下，对“日期”自由格式字段进行高级搜索时原本不会返回任何实体，而现在会返回所有值在搜索范围内的实体。

• 在“高级搜索（复杂视图）”中，点击空查询组上的“+”图标原本无法打开列选项，而现在，空组上会显示一个“+”按钮，点击后可展开列树。

• 在“高级搜索”的“复杂视图”中，查询组内各条件之间设置的“且/或”逻辑，此前在切换 LiveReports 后会消失，现已改为在切换 LiveReports 或刷新浏览器后仍能保留。

• 在配备 ENABLE_ASYNC_AUTO_UPDATE_ADVANCED_SEARCH 启用此功能后，当复制带有自动更新高级搜索功能的 LiveReport 时，即使搜索在实验执行之前就已完成，也不会再丢失高级搜索行；复制后的报告现在会继承已持久化的高级搜索行（对于受实体限制的复制，这些搜索行会过滤为仅包含被复制的实体）。已禁用此功能的服务器 ENABLE_ASYNC_AUTO_UPDATE_ADVANCED_SEARCH 作为一种临时解决方案，可以重新启用该功能。

筛选条件

• 当查询中同时包含“AND”和“OR”逻辑时，在复杂的“筛选器”视图中，光标原本会在每次编辑后消失，而现在编辑时光标会保持在原位。

• 在复杂筛选器编辑器中，若在查询输入区域之外输入数字，将不再将现有的查询条件添加到表达式中；该编辑器现在仅接受字母（A-Z、a-z）和圆括号。

• 在关闭“过滤器”开关的同时移除复合结构过滤器，可能会导致 LiveReport 中多出一个被高亮显示的子结构列；现在，在保存过滤器更改时，“过滤器”开关将被禁用。

• 复制一个使用了“按子项匹配”条件的 LiveReport 后，几秒钟内页脚处的实体计数会显示为 0，而现在，该复制的 LiveReport 显示的过滤后实体计数已恢复正常。

• 当子结构计数公式列作为范围查询进行筛选时，现在可以移动该列的滑块；在所有行值计算完成后，该列的范围将重新计算一次。

Sketchers

• 在“基本搜索”、“高级搜索”或“筛选条件”中，无法再通过绘图工具提交单体结构——这些结构原本会被默认转换为小分子；当绘制单体时，“搜索”和“添加”按钮将被禁用。

• 现在，在导航至项目仪表盘并返回后，无需刷新浏览器，即可将实体从 LiveReport 拖拽到草图编辑器中。在此导航过程中，当草图编辑器的框架被重新加载时，它会自动重新同步。

• 在“设计”和“搜索”面板之间切换时，原先绘制的结构会被清除；而现在，绘图工具会同时保留小分子和单体结构。

• 右键单击一个肽并选择“在设计草图器中使用”原本会失败，现在则会在设计草图器中打开该肽。

• 使用“设计草图工具”添加一个化合物时，虽然会选中新行，但滚动条只会滚动到倒数第二行，而现在新行已被滚动到可见范围内。

现场报道

• 将包含SAR列的模板应用到已筛选的LiveReport时，系统会卡在“应用模板”步骤，且SAR列始终未被添加；而现在，该模板及其SAR列可立即应用。

• 在“实体”列中按住 Shift 键点击原本只会选中最后点击的结构，现在则会选中所有结构。

• 行右键菜单底部的选项（如“复制到”和“另存为”），在某些行中可能会被截断，现在已可完整显示整个菜单。

• 那些无法通过原子级渲染显示的生物实体，在关闭原子级渲染后仍会显示文件图标占位符，现在已恢复为正常图像。

• 此前，当切换回处于非活动状态的 LiveReport 标签页时，如果其他地方进行了更改（例如编辑了公式值或添加了列），该标签页会显示过时的数据；而现在，它会显示最新数据。

• 在某些窗口宽度下（尤其是在 Edge 浏览器中），LiveReport 选择器会出现显示不完整或显示异常的情况，而现在无论窗口大小如何，都能完整显示所有列和按钮。

• 在磁贴视图中，3D 自由形式柱的“3D 视图”图标此前被裁剪，无法打开 3D 可视化器；现在该图标已完整显示，并能打开该结构。

• 在 LiveReport 中搜索长列标题中的文本时，原会将标题换行显示在多行上；现在，在显示搜索结果时，标题将保持在一行内。

• 修复了字符串中分隔符（“$”）的解析问题，使其不再引发错误并阻止公式保存。

• 具有“用户”或“查看者”角色的用户此前无法在只读的 LiveReport 中编辑自由格式列的值，现在可以进行编辑，除非该自由格式列本身被设置为只读。

• 在实体列上设置自定义结构对齐方式不会改变结构的朝向，现在结构会根据指定的核心进行对齐。

• 对于具有多个批次的生物制剂，在“每批次一行”模式下，检测方法的工具提示原本不会显示；现在，在所有“每行”模式下，所有实体类型都会显示这些工具提示。

• 在“检测柱”的“列详细信息”对话框中，此前缺失了“配置字段”的工具提示链接和协议说明，现在这两项内容均已恢复显示。

• 检测细胞的工具提示此前不会显示观测浓度值和单位，现在，当这些信息被包含在检测工具提示配置中时，无论是在网格视图还是平铺视图中，都会再次显示。

MPO

• 删除MPO列后，LiveReport 中新添加的成分的“吸引力”列原本会保留下来，现在则会随MPO列一同被删除。

• 向现有的MPO中添加一个组成部分时，此前首次“保存”会显示错误，而现在首次尝试即可成功保存。

• 将一个构成部分添加到现有的MPO中，会将其新的“可取性”列放置在 LiveReport 的最右侧，并将其与该 MPO 的其他“可取性”列归为一组。

• 当 LiveReport 包含由未发布列构建的 MPO 时，若对其进行复制、复制或将其保存为模板，可能会跳过对未发布输入的检查，从而生成没有评分的MPO和可取性列；现在，LiveDesign 会提示用户发布未发布的自由格式或公式输入列，或警告称在移除这些 MPO 之前无法复制该 LiveReport。

表单布局

• 多实体矩阵小部件：SAR列的结构渲染后会过小而难以辨认，现已调整为按单元格大小进行缩放。

• 在表单布局中，当实体图像小部件从电子表格中进行钻取时，设置为从该实体图像小部件进行钻取的其他小部件此前不会显示任何数据，而现在会显示所选实体的数据。

• 在多实体矩阵控件中拖动行或列分隔线时，原本会误选实体图片，现在则会调整行或列的大小，且在调整大小和滚动时，标签和内容仍能保持对齐。

项目仪表盘

• 在项目仪表板的“活动”选项卡中，按“自由格式评论”列名进行搜索时原本不会返回任何结果，现在则会将活动筛选为该列中的评论。

• 在未受严格限制的非全局项目的“活动”选项卡中筛选评论时，全局评论栏目现已显示在栏目名称下拉菜单中。

• 项目仪表盘中的“实体”部分此前可能会遗漏与另一个已注册化合物结构相同的真实化合物（例如仅在立体分类或注释上有所不同的化合物），而现在会统计并列出所有此类化合物。

• 已发布的自由格式评论列即使被删除，仍会显示在“项目仪表板”的活动列选择器和评论流中，现已从这两处移除。

进出口

• 从 .maegz 文件导入已注册的通用实体的Maestro 数据时（例如使用 LDClient 的 import_maestro_generic_entity 方法），此前仅会添加 3D 列；现在，非 3D 属性列也会被添加到 LiveReport 中。

• 使用通过 Data Integrator 加载的 TYPE 声明文件（例如 ADC）的用户定义类的通用实体，现在能够成功注册，并在 LiveReports 中显示其类图标。当处理后的结构没有序列化结构时，注册操作将不再写入 ld_generic_entity_structure 行；类图标通过 ld_generic_entity_type 进行渲染。

• 当 LiveReports 导出为 PDF 时，如果单元格中包含较长的文本（例如，单个“自由格式注释”列单元格中包含多条注释），原本会出现文本重叠并超出单元格边界、甚至超出页面范围的情况；现在，文本会在单元格边缘被截断，从而确保其完全位于单元格内。

• 通用实体导入错误提示“该行中的实体无文件可处理”时，此前显示的行号比“条目”列的行号小1，现在则显示相同的以1为起点的行号。

残基取代与单体

• 残基替换功能现将“突变位置”值以文本形式存储，因此单个替换的整数位置将不再以小数值显示。

• 在“残基替换”工具中，当您切换到另一个 LiveReport 并重新加载实体后，“链”下拉菜单会变为灰色；现在，当您切换 LiveReport 时，该工具会重置，从而可以选定链。

• 当批次中的任何替换无效时，残基替换会导致整个任务失败；现在，系统会将有效的突变体纳入结果，并将每个被拒绝的替换作为该实体的失败记录报告。

• 当残基替换操作被赋予的单体 ID 不在单体数据库中时，任务错误现在会标明该未知单体的名称，而不再仅仅报告任务失败；LDClient 还会在 AsyncServiceTaskFailedError 中包含该消息。

• 在包含多个突变的残基替换结果中，“亲本”列现已在单元格内与“突变链”、“突变位置”、“突变起始位置”和“突变结束位置”值对齐，因此每行突变都会显示其源自的亲本。

• 具有“普通用户”角色的用户此前可以打开“残基替换”工具并查看错误信息，而现在，“残基替换”和“单体数据库”工具对“普通用户”已隐藏，且“查看者”无法使用这些工具。

• 在“残基替换”工具中，如果选择与待替换残基相同的单体，会导致任务失败；现在，该单体在替换列表中已被禁用。

• 当“残留物替换”操作生成单个实体时，通知内容现已更改为“已向 LiveReport 添加 1 个实体”，而非“已添加 1 个实体”。

反应计数

• “反应枚举”面板中的反应预览此前会显示文字重叠、难以辨认的情况，现在已显示清晰。

• “反应枚举”功能通过并行批量预处理结构（而非逐个处理）来加快产物注册速度；在内部测试中，针对包含 1000 种产物的运行，速度提升了约 18%；注册行为（别名、去重、错误报告）保持不变。

• 在“反应枚举”中使用“新草图”绘制的反应物此前不会与生成物一同显示在 LiveReport 中，现已添加至 LiveReport 中。

R基团分解

• 将骨架 添加到LiveReport中时，许多R基团分解单元格会一直处于待处理状态，直到刷新浏览器才会显示；而现在，无需刷新即可显示分解结果，包括在新添加的R基团列中。

• 在“R-组分解”工具中，当“LiveReport”的“Scaffolds”部分被折叠时，“使用于 >SAR分析”选项无法打开骨架 草图工具，且将实体拖拽到该工具上时也没有“靶点 ”提示；现在，无论“Scaffolds”部分是否折叠，草图工具都会正常打开，且当您开始拖拽实体时，该部分会自动展开。

• 为新骨架 添加的R组列现在按以下顺序显示：匹配的骨架 、骨架 名称，然后是按升序排列的R组。

• 启用“使用项目骨架”功能时，新添加的R基团列有时会一直处于“待处理”状态，直到刷新浏览器后才会显示；现在，这些列会立即显示相应的R基团图片。

• 在某个 LiveReport 中对已发布的项目框架所做的更改，此前不会自动更新其他已打开的 LiveReport 中的网格，直到刷新浏览器才会生效；而现在，这些更改会自动更新。

• 将 LiveReport 中的小分子通用实体拖拽到 R 基团分解面板中时，不会创建或编辑“骨架 ”，而是会像处理化合物一样，打开草图编辑器以进行“骨架 ”编辑。

• 对于新添加到 LiveReport 中的化合物，其 R 基团分解单元格此前可能一直处于待处理状态，直到刷新浏览器后才会显示结果；现在无需刷新即可显示结果。

• 当管理员更改了立体化学、互变异构体或芳香性的子结构搜索设置后，R基团分解功能可能会继续显示旧的骨架 匹配结果，例如与错误的立体异构体匹配的化合物；现在，当这些设置发生变化时，系统会清除缓存的匹配结果并重新计算。

• 在“R-组分解”面板中重新排列支架时，可以编辑和添加支架，也可以在不将其显示在列表中的情况下保存它们；此外，现在在重新排列过程中已禁用编辑功能。

情节

• 将鼠标悬停在坐标轴上时，坐标轴上的图像原本会显示为被截断或断开，现在在所有图表类型中均可正常显示。

• 在坐标轴上使用 R-group 或实体图像的图表，此前会在坐标轴周围留下大量空白区域，而现在图像和图表会填满可用空间。

• 将光标移离数据点后，图表工具提示原本可能会留在屏幕上，现在则会如预期般消失。

• 更改箱线图中的 Y 轴列会重置自定义的 X 轴范围；现在，除非各自的列发生变化，否则每个轴都会保留其自定义范围。

• 导出的 PNG 和 SVG 图表中，固定工具提示连接线会指向错误的位置，现在这些线已指向正确的数据点。

• 在“表单”视图中，图表快速选项中的长列名原本会溢出并导致第二个列选择器超出视图范围，现在已改为截断显示，以便两个选择器都能保持可见。

• 使用来自另一个 LiveReport 的数据系列绘制的箱线图、直方图和散点图，此前仅会显示当前活动的 LiveReport 的数据，直到您切换标签页为止；现在，无论是在切换标签页时还是刷新后，都会立即显示两个 LiveReport 的数据。

• 在图表选项中，较长的“按颜色分类”列名的工具提示原本会遮挡“编辑着色规则”按钮，现在则显示在该按钮下方。

• “剂量反应曲线”工具中的“叠加列”下拉菜单此前会忽略管理员配置的检测列过滤器，仅列出名称中包含“Curve)”的列；现已采用配置的过滤器；默认情况下仍仅显示“Curve)”列，且现在不区分大小写。

• 在“表单”视图中，热力图中列下拉菜单中的搜索框此前使用的配色方案与其他图表类型不同，现已与它们保持一致。

• 2D 热力图的聚合模式（如“求和”和“中位数”）此前会显示小数点后超过 10 位的数值，现在则显示四舍五入后的数值。

• 将鼠标悬停在包含多个实体的 2D 热力图单元格上时，以前只会显示第一个实体的工具提示，而现在，当按数值列进行着色时，会显示汇总值。

配体设计工具

• 配体设计器：此前，在取消选中两个已选原子中的一个后，若再添加一个原子或片段，会导致会话中断，且重新打开时配体会丢失；现在，配体编辑功能已按预期正常工作。

• 在“配体设计器”和“配体最小化”中，配体名称中的化合物 ID 原本显示为“未定义”，现在则显示为化合物 ID 后跟参考配体或构象名称。

• Ligand Designer：在预测完构象后以弹出窗口模式打开会话时，画布和叠加层有时会持续闪烁，现在弹出窗口已能正常显示。

• Ligand Designer：在切换到最小化工作流后立即对配体进行最小化处理，可能会导致配体移出结合口袋；而现在，最小化后的构象会保持在结合口袋内。

3D 可视化工具

• 对于那些3D附件文件内容相同的模型输出（例如空文件），此前在3D可视化器中可能会加载该模型自身的附件，也可能加载其他实体的附件；而现在，每个结构都会加载其自身的附件。

• 在 3D 可视化工具的层次结构中，来自 3D 自由形式柱和通用实体的结构现已归类到“实体 ID”标题下，这与模型输出保持一致。

• 当一个实体的多个姿势共享同一个 3D 附件时，3D 可视化工具以前会为所有姿势显示一个通用名称，现在则会显示每个姿势的自定义名称。

序列查看器

• 在某个序列查看器中更改编号方案，以前只会清除该查看器中选中的残基，而现在会清除所有已同步的序列查看器和3D可视化器实例中的选中内容。

• 大小略微超过 SEQUENCE_VIEWER_CUSTOM_MATRIX_FILE_UPLOAD_LIMIT 所设限制的自定义矩阵文件，此前仍可上传至序列查看器；现在，该限制与其他文件上传一样，以十进制兆字节为单位（1 MB = 1,000,000 字节）进行计算，因此超过限制的文件将被拒绝。

• 序列查看器：浮动残基工具提示此前会隐藏在打开的下拉菜单后面，现在仅在下拉菜单未打开时才会显示。

• 在加载所选实体时，“序列查看器”有时会在处理状态栏旁边显示许可证错误，而现在会显示“正在检查套件许可证”的消息，并在加载实体前等待许可证验证完成。

• 在“序列查看器”中，被冻结的参考序列原本会滚动到处理状态栏上方，现在则停留在状态栏后面。

• 在“侧链化学”、“螺旋”、“链”、“转角倾向”、“暴露倾向”和“空间位阻基团”等配色方案中，序列查看器的图例现已采用描述性标签标注默认颜色（例如“无倾向”），而非显示单独的“默认”条目。

• 如果使用包含无效文件或非JSON文件的列，根据残基属性对序列查看器进行着色，此前会无限期显示加载转圈图标，而现在则会显示一个错误图标，其工具提示中列出了文件无效的实体。

• 在“序列查看器”徽标图中的保守性工具提示中，核苷酸残基显示为 UNK，现在则显示其残基代码，但尿嘧啶除外，它仍然显示为 X。

LDClient &API

• LDClient：当省略 input_format 时，bbchem_convert 会因 400 错误而失败，现在已按文档所述自动检测输入格式。

• 在 LDClient 的API 参考文档中，侧边栏中较长的方法名称现在会自动换行，而不是溢出到主内容区域。

• 仅使用 LDClient 的 update_monomer 方法更新自定义单元的别名时，该单元的 UPDATED_AT 时间戳并未发生变化；现在，UPDATED_AT 会反映别名的变更。

• 此前，通过实体表示API 请求小分子通用实体的 MOL 或 MOL V3000 格式时，会返回空响应；现在，该请求会返回 MOL V3000 格式的结构。

身份验证

• 注销并重新登录后，系统会打开任何浏览器标签页中最后一次刷新过的 LiveReport；现在，系统会将您带回该标签页中原本打开的 LiveReport。

• 在Firefox 打开刷新令牌生成页面时，此前会重定向到项目页面或显示语法错误，现在则能正确显示该令牌。

管理面板

• 在管理面板中将项目从协议或模型中移除时，该项目原本不会从子模型和参数化模型中移除，导致这些模型处于不一致状态；现已修改为：项目也会从子模型和参数化模型中移除；此外，管理员在从模型中移除项目时还会看到一条警告提示。

系统健康工具

• 此前，当调整工具窗口大小时，“系统健康”工具的工具提示会被截断，现在则能完整显示。