릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• 시작 시 표시되는 새로운 시작 화면에서는 프로젝트 생성 및 열기, 구조체 가져오기 등 자주 사용하는 작업에 빠르게 접근할 수 있습니다.
• 사용 편의성을 높이기 위해 현대화되고 간소화된 프로젝트 표
  • 새로운 ‘테이블 구성’ 패널을 통해 라이트 테마와 다크 테마를 빠르게 전환할 수 있으며, ePlayer 및 속성 트리의 표시 여부를 설정할 수 있습니다.
  • 새로운 ‘가젯’ 메뉴를 통해 차트와 2D 뷰어를 편리하게 이용할 수 있습니다.
• Jaguar 및 Jaguar 의 분광학 결과를 확인할 수 있는 새로운 워크플로우 액션 메뉴(WAM) 프로젝트 테이블의 분광학 계산

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• 생물학적 및 화학적 시스템에 대한 더 광범위한 적용을 지원하기 위해 개선된 최소화 프로토콜
• 토토머 의 동등한 리간드 상태에 대한 적용 범위를 확대하여 더욱 신뢰할 수 있는 사전 설계된 구조를 생성한다
• 중요도 임계값을 적용해 진단 보고서를 필터링함으로써 심각한 구조적 문제를 더 쉽게 파악할 수 있습니다.
• ‘진단’ 패널에 새로 추가된 ‘Missing Atom’ 탭을 통해 사이드체인 및 루프 모델링을 선택할 수 있습니다.

저온 전자현미경 모델 정제

• GlideEM 포즈는 이제 GlideScore에 따라 정렬되는데, 이는 Denscore보다 RMSD가 낮은 구조물을 순위 매길 때 더 정교한 기준을 적용합니다.

리간드 준비

리간드 도킹

• 최적화된 Glide (베타)를 통한 더 빠른 Glide 스코어링 및 도킹: 최적화된 Glide 를 통해 더 방대한 라이브러리를 검토하고 더 우수한 후보를 찾아보세요. 여기에는 향상된 액티브 러닝 ,Glide 및 Python API 지원이 포함됩니다.
  • 업계 최고의 ‘ Glide ’ 도킹 퍼널 및 스코어링 기능, Emodel 및 GlideScore를 그대로 제공합니다.
  • 액티브 러닝 ,Glide 및 AutoDesigner에서 동일한 컴퓨팅 리소스를 사용하면서도 처리 시간을 단축
  • API 의 고급 Python 지원 기능을 통해 도킹 프로세스를 손쉽게 자동화하고 파일을 제어함으로써 더 폭넓은 실험이 가능합니다.
  • 액티브 러닝 및 Glide 계산 설정이 가능한 새로운 ‘리간드 도킹(Ligand Docking)’ 패널을 통해 이용할 수 있습니다.

ABFEP

• 이제 에너지 분해 데이터가 분석 PDF 보고서에 포함됩니다.

Lead Optimization

FEP+

• 고품질 리간드 정렬을 자동으로 생성하는 새로운 ‘ FEP+ ’ 포즈 빌더 워크플로우 (베타): 편향 없는 선택과 견고한 원자 매핑을 위해 설계된 자동화 워크플로우를 통해 FEP에 바로 사용할 수 있는 포즈를 더 빠르게 생성하고, 대규모로 ‘ FEP+ ’를 실행할 수 있습니다.
• FEP+ 패널에서 FEP+ 프로토콜 파일을 직접 읽고 쓸 수 있는 기능
• 분류 행렬의 표시 방식 개선
• 보고된 통계 지표에 켄달의 타우 통계량이 추가됨
• CSV/XLS 형식으로 내보낸 ‘ FEP+ ’ 데이터의 개선 사항
• ‘None’을 새로운 Hot Atom 규칙으로 추가했습니다.

단백질 FEP

• FEP+ Protein FEP+ 의 ‘리간드 선택성’ 패널에서 잔기 스캔 기능 지원

일정한 pH 조건 하의 시뮬레이션

• 시스테인 잔기 지원 추가

FEP+ 프로토콜 빌더

• 초기 시뮬레이션 시간을 0.5 ns로, 연장 시뮬레이션 시간을 10 ns로 줄임으로써 기본 워크플로우를 실행하는 데 필요한 컴퓨팅 리소스를 대폭 절감했습니다.
• FEP+ 패널이 이제 Protocol Builder 파일을 읽고 쓸 수 있게 되어 원활한 연동이 가능해졌습니다.
• 파레토 분석을 통해 계산 효율성을 포함한 프로토콜 선택 범위를 확장하도록 설정 (명령줄 전용)
• 공유결합된 리간드에 대한 지원 추가
• 프로토콜 최적화 과정에서 GLU, ASP, LYS, ARG 및 CYS의 전하 상태를 선택적으로 분석할 수 있는 기능

데 노보 디자인

AutoDesigner – R-그룹 Design

• 관심 화합물을 중심으로 아이디어 구상을 돕기 위한 새로운 ‘ R-그룹 ’ 유사도 점수 기능
• 참조 리간드를 기준으로 ADME 평가 지표를 개선하기 위한 새로운 ‘설계 근거’ 기능

대체 치료법

이중 기능 분해제

• 새로운 ‘Degrader Sampling Workflow(베타)’를 통한 단백질 분해효소 모델링 지원 확대: 구조 기반 워크플로우 내에서 단백질-단백질 도킹 및 링커 샘플링을 통합하여 정확한 분해효소 삼원 복합체를 생성합니다.

생물학적 제제 신약 개발

• 머신러닝 를 기반으로 한 T세포 수용체(TCR) 구조 예측(베타)을 통해 생물학적 제제의 AI/ML 기능 강화: ImmuneBuilder 딥러닝 모델과 Prime을 활용하여 TCR에 대한 고처리량 구조 예측 및 대규모 모델링을 수행합니다.
• HDX-MS와 같은 실험 데이터를 활용하여 복합체 앙상블에서 네이티브 또는 준네이티브 포즈를 선별하는 새로운 ‘고분자 포즈 필터링’ 패널

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

• Quantum ESPRESSO 바이너리의 위치를 지정하는 새로운 환경 변수

분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 통한 수송 계산

제품: MS Transport

• 얇은 평면 전단: 분자 단위를 이용한 슬래브 영역 선정

KMC 차지 모빌리티

제품: MS Mobility

• KMC 전하 이동도 계산: Schrödinger의 새로운 이동도 엔진을 기반으로 한 예측

재료 정보학

제품: MS Informatics

• 머신러닝 속성: 기존 모델에 대한 업데이트
• 머신러닝 속성: 삼중체 재편성 에너지 예측
• 머신러닝 특성: S1-T1 에너지 갭(∆EST) 예측
• 머신러닝 속성: 대화형 모드에서 생성된 예측 결과가 프로젝트 테이블에 자동으로 추가됩니다.
• MLFF 계산 (베타): Schrödinger의 최신 기계 학습 기반 힘장을 활용한 단일 점 에너지 및 기하학적 구조 최적화 도구

처방 ML

제품명: MS Formulation ML

• 제형 ML: 사용자 정의 성분 지원 표현자
• Formulation ML: 여러 CPU를 병렬로 사용하여 모델을 생성하는 기능 지원
• Formulation ML: 혼합물을 개별 성분으로 설정하는 기능 지원
• 제형 ML 최적화: 재료 제형을 최적화하기 위한 워크플로우 솔루션

계층형 디바이스 머신러닝

제품: MS 레이어드 디바이스 ML

• OLED 소자 ML: OLED 소자 성능 예측을 위한 워크플로우 솔루션
• 광전자 소자 설계자: ML OLED 소자 모델을 활용하여 성능을 예측합니다

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

제품: MS CG

• 자동화된 CG 매핑: (+AUTOMAPPING_MARTINI_PROTEIN) 단백질에 대한 자동 매핑 및 매개변수화 지원 Martini
• 자동화된 CG 매핑: 탄수화물 시스템에 대한 정확한 매핑
• CGMD 시뮬레이션에서 운동량 오차에 대한 개선된 임계값
• CG FF Builder: 물-물 상호작용에 대한 매개변수가 기본적으로 고정되어 있음

유전 특성

제품: MS 유전체

• 복소 유전율: 반복 측정을 병렬로 실행하는 옵션

반응성

제품: MS 반응성

• '재료' 작업 메뉴 아래에 'Reaction Network' 카테고리가 생성되었습니다.
• ‘Reaction Workflow’의 이름이 ‘Reaction Network Profiler’로 변경되었습니다.
• '자동 반응 워크플로'의 이름이 '반응 네트워크 열거 프로파일러'로 변경되었습니다.
• Reaction Network Profiler: CREST를 사용하여 구조적 검색을 실행하는 옵션
• 반응 네트워크 프로파일러: 재개 시 구조 검색 포함 (명령줄)
• 나노반응기: 반응물의 상태에 따른 에너지 비율을 기준으로 생성물을 선별하는 옵션
• 나노반응기: (+ELEMENTARY_REACTION_NETWORK) 기본 반응 네트워크 워크플로우 지원

마이크로키네틱스

제품: MS Microkinetics

• Microkinetics 증착 분석: 고체 물질의 증착 또는 식각 공정에서 마이크로키네틱 시뮬레이션의 사후 분석을 수행하기 위한 워크플로우 솔루션
• 미세동역학 모델링: (+MATSCI_MKM_INTERACTIONS) 간단한 2차 흡착질-흡착질 상호작용 지원

반응형 인터페이스 시뮬레이터

제품: MS RIS

• 고체 전해질 계면: 분자 내 반응을 차단하는 옵션 (명령줄)
• 고체 전해질 계면: 새로운 종에 대해 DFT 의 전하 값을 사용할 수 있는 옵션

결정 구조 예측

제품: 결정 구조 예측

• 결정 구조 예측: 주어진 분자 화합물의 결정 구조 및 다형체를 예측하기 위한 인터페이스 및 워크플로우

MS 서피스

제품: MS SurfChem

• 흡착 계수: 반응성 흡착을 평가하는 워크플로우 이용
• 탈착 계수: 다중 분자의 탈착을 평가하기 위한 워크플로우 솔루션

MS Maestro 사용자 인터페이스

• 작업 메뉴에서 ‘재료 과학 패널 탐색기’ 페이지로 바로 연결되는 링크

MS Maestro 빌더 및 도구

• 구조화 액체: 맞춤형 지질의 자동 표준화
• Polymer: 여러 최단 길이 백본을 위한 개선된 이면각 설정
• 유기금속 구조 탐색: CREST를 사용하여 구조 탐색을 실행하는 옵션

고전 역학

• 증발: 결과를 CSV 파일로 내보낼 수 있는 옵션
• MD 다단계: coarse-grained 시스템에서 질량 중심 운동 제거
• 열물리적 특성: 궤적 에너지 파일 저장 옵션
• 엄브렐라 샘플링 (베타): 막의 엄브렐라 샘플링을 위한 워크플로 솔루션

양자역학

• 흡착 에너지: 반응성 흡착 및 탈착 에너지 지원
• 흡착 에너지: 흡착 과정 중 엔트로피 손실에 대한 평가 개선
• 결합 및 리간드 해리: 형식 원자 전하를 기반으로 생성물의 전하를 설정하는 옵션
• 결합 및 리간드 해리: PCM 및 SMD 용매 모델 지원
• 결합 및 리간드 해리: 생성물 단편 내 전하 및 라디칼의 2차원 시각화 개선
• Crest: CREST를 활용한 준경험적 양자역학 기반 구조 탐색을 위한 사용자 인터페이스
• 광전자 필름의 특성: 시스템 간 교차(ISC) 속도 계산에 필요한 입력값으로서 다양한 재구성 에너지를 지원
• 광전자 필름 특성 뷰어: 사용자가 입력한 재구성 에너지를 지원하여 SEET 속도를 즉시 재평가할 수 있음
• 열화학 뷰어: 반응성 흡착 및 탈착 에너지 보기 기능 지원
• 궤적 밀도 분석: 원자 그룹에 대한 개선된 명명 체계

교육 콘텐츠

생명과학

• 새로운 튜토리얼: 혼합 용매를 이용한 단백질 결합 부위 탐구 분자동역학
• 새로운 튜토리얼: BioLuminate를 활용한 T세포 수용체 모델링 입문
• 업데이트된 튜토리얼: BioLuminate를 이용한 항체 시각화 및 모델링
• 업데이트된 튜토리얼: BioLuminate를 이용한 펩타이드 모델링
• 업데이트된 튜토리얼: SiteMap 및 WaterMap을 활용한 타겟 분석
• 새로운 QRS: 구조 신뢰성 보고서
• 새로운 QRS: 공유 결합 도킹을 위한 사용자 정의 반응
• 새로운 QRS: 혼합 용매 분자동역학
• 업데이트된 QRS: GlideWS 모델 생성
• 업데이트된 QRS: MM-GBSA 잔기 스캐닝

재료 과학

• 새로운 튜토리얼: 우산 샘플링
• 새로운 튜토리얼: 결정 구조 예측
• 새로운 튜토리얼: 다음을 활용한 제형 최적화 머신러닝
• 새로운 튜토리얼: OLED 소자 설계를 위한 ‘ 머신러닝 ’
• 새로운 튜토리얼: 자동화된 DPD 매개변수화를 활용한 나노에멀젼
• 새로운 튜토리얼: 제형 개발을 위한 응용 머신러닝
• 업데이트된 튜토리얼: 원자층 증착
• 업데이트된 튜토리얼: 반응 네트워크 열거 프로파일러(이전 명칭: AutoRXNWF)를 활용한 비대칭 촉매 설계
• 업데이트된 튜토리얼: 머신러닝 속성 예측
• 새로운 QRS: CREST
• 새로운 QRS: 마이크로키네틱스 증착 분석

LiveDesign

2025-2의 새로운 기능

• SimpleSchema에서 항체-약물 접합체 가져오기
• Freeform Columns
  • 새로운 “댓글” 유형: 자유 형식 열 내에서 스레드 형식의 대화를 작성하고, 사용자 이름과 타임스탬프를 추적할 수 있습니다.
  • 이제 프리폼 열을 생성할 때는 마법사를 통해 먼저 프리폼 열의 데이터 유형을 선택한 다음, 프리폼 열의 세부 사항을 지정할 수 있습니다.
• 공식
  • 수식은 여러 값을 지원합니다: 이제 수식의 입력 셀에 여러 값을 포함할 수 있습니다. 수식은 실험, 로트 또는 포즈별로 정렬된 여러 값을 출력할 수 있습니다. 여러 값이 포함된 입력 셀을 처리하기 위해 cellAggregation(), join(), any(), all()과 같은 새로운 수식 함수가 추가되었습니다.
  • 이제 오류가 발생한 모델 셀을 수식 입력으로 사용할 수 있습니다.
  • 새로운 isFailed() 함수는 실패한 모델 셀이 있을 경우 true를 반환하고, 그렇지 않은 경우 false를 반환합니다.
• 대시보드 (이전 명칭: 랜딩 페이지)
  • 랜딩 페이지에서 생물학적 제제 및 제네릭 의약품이 이제 지원됩니다.
  • 프로젝트 관리자는 관리자 패널에서 설정하는 대신 랜딩 페이지에서 직접 프로젝트 설명을 편집할 수 있습니다.
  • 이제 프로젝트 관리자는 랜딩 페이지 엔티티 섹션의 ‘기간’ 필터를 통해 날짜 범위를 선택하여, 해당 기간 내에 추가된 엔티티를 검색할 수 있습니다.
  • LR 그리드 메뉴에 ‘LiveReport 북마크…’ 옵션이 추가되었으며, 이 옵션을 클릭하면 새 창에서 (랜딩 페이지 내의) 새로운 북마크 페이지로 바로 이동합니다. 해당 창의 LiveReport 정보 섹션에는 LiveReport 이름이 자동으로 입력됩니다.
• 관리자 패널: CSV 파일을 업로드하여 여러 명의 새 사용자를 한 번에 추가하기
• 시퀀스 뷰어
  • 서열 뷰어에서 여러 데이터 열을 확인하여 서열-활성도 상관관계 분석을 수행합니다.
  • 정렬 결과가 없더라도 참조 서열을 선택하십시오.
  • 정렬에 실패한 작업을 다시 시도하고 진행 중인 정렬 작업을 취소합니다.
• 제네릭 의약품 및 바이오의약품 가져오기 파이프라인 통합: ‘제네릭 의약품’ 및 ‘바이오의약품’ 가져오기 탭이 ‘바이오의약품/기타’ 탭으로 통합되었습니다. ‘바이오의약품/기타’ 탭에서 가져온 모든 항목은 가상 항목입니다. 가상 항목에 대한 메타데이터를 CSV 파일로 가져올 수 있습니다.
• UX 개선 사항
  • R-그룹 이제 분해 강조 표시 기능으로 결합 주위에 후광 형태의 강조 표시를 나타내는 대신, 결합 선 자체를 강조 표시할 수 있습니다.
  • 이제 사용자는 ‘필터’ 패널과 마찬가지로 ‘고급 검색’에서 모든 엔티티 유형을 기준으로 필터링할 수 있는 빠른 필터 옵션을 이용할 수 있습니다. 사용자는 ‘전체(All)’, ‘복합(Compound)’, ‘유사체( R-그룹)’, ‘생물학적(Biologic)’, ‘GE’ 옵션 중에서 선택할 수 있습니다.
  • 이제 사용자는 ‘필터’ 패널에서와 마찬가지로, 복합 구조를 ‘고급 검색’으로 드래그하여 새로운 하위 구조 쿼리를 생성할 수 있습니다.
  • 데이터 내보내기 시 데이터 구분자(예: ‘>’ 기호)를 별도의 열로 내보내기
  • LiveReport 내보내기: 사용자 인터페이스 또는 LDClient를 통해 내보낼 때 필터링된 행을 포함할지, 아니면 제외할지 선택합니다.
• 구조 프로세서: 새로운 “STRICT” 프로세서 설정을 통해, 원자가 위반이나 기타 유효하지 않은 화학적 구조를 가진 화합물을 프로세서에서 허용하거나 거부할 수 있습니다. 기본적으로, 원자가 위반이 있는 화합물은 허용되지 않습니다.

수정된 사항

• 데이터 및 열 트리
  • 이전에는 ‘데이터 및 열’ 트리에서 게시된 ‘ 어세이 ’ 열을 즐겨찾기에 추가하려고 하면 실패했지만, 이제 해당 열을 즐겨찾기에 추가할 수 있습니다.
• 필터
  • LiveReport의 ‘복합 보기’에서 필터를 적용할 때, LiveReport에서 열을 제거하면 필터 조건에 추가 괄호가 표시되고 필터 조건의 순서가 바뀌곤 했습니다. 이제 필터 조건의 순서가 올바르게 유지되며 괄호도 표시되지 않습니다.
  • 필터 패널을 보고 있는 상태에서 LiveReport에서 열을 제거하면 필터 보기가 단순 모드에서 복합 모드로 변경되었으나, 이제 보기가 단순 모드로 유지됩니다.
  • 고정된 행을 필터링하면 메인 스프레드시트의 첫 번째 행에 깜빡이는 사각형이 표시되던 현상이 사라졌으며, 이제 해당 행의 데이터가 올바르게 표시됩니다.
• 양식
  • 이전에는 폼 위젯에서 텍스트를 복사하면 여러 위젯에 점선이 표시되어, 여러 위젯의 텍스트가 복사된 것처럼 잘못 표시되곤 했습니다. 이제 점선은 단일 위젯 내에서 가장 최근에 선택된 셀 주위에만 표시됩니다.
  • 양식 주석 위젯은 스타일 변경 사항(예: 글꼴 색상)을 반영하지 못했으나, 이제 변경 사항을 올바르게 반영합니다.
  • 매트릭스 위젯에서 값 주변에 불필요한 공백이 포함되어 있었으나, 불필요한 공백을 제거하기 위해 최소 행 높이가 축소되었습니다.
  • Viewer 사용자들은 3D Visualizer나 Forms에서 3D 결과를 볼 수 없었으나, 이제 3D 결과를 볼 수 있게 되었습니다.
• 라이브 리포트 관리
  • 로그아웃 후 다시 로그인하면 ‘LiveReport’ 탭이 사라지곤 했으나, 이제는 다시 로그인하면 정상적으로 표시됩니다.
  • LiveDesign 하이퍼링크를 클릭하면 연결된 LiveReport가 열리지 않고, 대신 사용자가 마지막으로 열었던 LiveReport가 열리곤 했습니다. 이제 하이퍼링크를 클릭하면 연결된 LiveReport가 정상적으로 열립니다.
  • 이제 ‘새 LiveReport 만들기’ 대화 상자에서 LiveReport 템플릿 목록을 필터링할 수 있습니다.
  • 필터가 적용된 LiveReport에 템플릿을 적용하려고 하면 오류가 발생했으나, 이제는 템플릿 적용이 정상적으로 이루어집니다.
  • 템플릿을 덮어쓰면 기존 템플릿을 덮어쓰는 대신 새로운 템플릿이 생성되었으나, 이제 템플릿이 올바르게 덮어쓰어집니다.
  • LiveReport에 템플릿을 적용할 때, 템플릿 내에 포함된 ‘제한됨(Limited)’ 어세이 열은 제외되지만, 이제 ‘제한됨(Limited)’ 어세이 열은 올바르게 포함됩니다.
  • LiveReport를 복제할 때 기본적으로 모든 열이 포함되지 않았으나, 이제는 기본적으로 모든 열이 포함됩니다.
• Maestro 업로드
  • LiveDesign 에서 Maestro 로 구조를 가져올 때, 결과 URL이 사용 가능해지기 전에 작업 상태가 “FINISHED”로 보고되는 경우 가끔 실패하곤 했으나, 이제는 구조가 정상적으로 가져와집니다.
  • LiveDesign 모델이 빈 단백질 파일을 반환할 경우, LiveDesign 에서 Maestro 로 구조를 가져오는 작업이 실패했으나, 이제 빈 단백질 파일은 건너뛰어지며 Maestro
• 모델 생성
  • 관리자 패널에서 ${RDKIT-MOL} 매크로를 사용하도록 프로토콜을 구성하면 LiveDesign UI에서 매개변수화 모델이 생성되지 않았으나, 이제 매개변수화 모델을 올바르게 생성할 수 있게 되었습니다.
• 줄거리
  • 플롯 툴팁은 화면에 고정된 후에는 드래그하여 이동할 수 없었으나, 이제 고정 후에도 새로운 위치로 드래그할 수 있습니다.
• R-그룹 분해
  • R-그룹 의 분해 스캐폴드를 재정렬하면 R-그룹 열에 대한 색상 지정 규칙과 정렬 규칙이 제거되지만, 이제 색상 지정 규칙과 정렬 규칙이 올바르게 유지됩니다.
• 검색
  • 이전에는 특정 열의 데이터 유형이 지정되지 않은 경우, ‘고급 검색’에서 해당 열의 검색 조건과 일치하지 않는 불필요한 엔티티가 가끔 반환되곤 했으나, 이제는 더 이상 불필요한 엔티티가 반환되지 않습니다.
• 시퀀스 뷰어
  • 서열 뷰어를 가로로 스크롤하면 눈금이 초기화되고 상단에 잘못된 잔기 번호가 표시되었으나, 이제는 올바른 잔기 번호가 표시됩니다.
• 사용자 관리
  • 단일 로그인(SSO)을 사용할 때 LiveDesign 에 사용자 이메일 주소가 저장되지 않았고, LiveReport 알림이 사용자에게 이메일로 전송되지 않았습니다. 이제 이메일 주소가 올바르게 저장됩니다.
  • 신규 사용자를 위한 환영 이메일에는 잘못된 LiveDesign URL이 포함되어 있었으나, 이제 올바른 URL이 포함되어 있습니다.