릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• 새로운 내장형 ‘ Workspace ’ 시퀀스 뷰어의 기능 개선 및 사용 편의성 향상 [2023-4]
• 개선된 산점도 기능: 업데이트된 차트 도구는 보다 직관적인 인터페이스, 데이터 탐색을 위한 상호작용 기능, 그리고 산점도 생성을 위한 다양한 사용자 지정 옵션을 제공합니다 [2023-4]
• 새로운 ‘ 올가미 선택 ’ 기능: ‘Marquee Selection’에 비해 특정 원자나 영역 주위를 훨씬 더 정밀하게 자유 형상의 선택 경로를 그릴 수 있습니다 [2023-4]
• 새로 추가된 프래그먼트를 자동으로 최소화하는 새로운 3D Builder 동작 설정 [2023-4]
• 새롭게 디자인된 ‘Find Toolbar’는 시퀀스 검색 및 Sketcher에 접근할 수 있는 기능이 강화된 “ SMARTS로 검색”과 같은 새로운 기능을 통해 개선된 사용자 인터페이스를 자랑합니다 [2023-4]
• 3D 빌더에 비표준 아미노산 지원 기능 추가 [2023-4]
• 여러 프로젝트 테이블 대화 상자의 사용자 인터페이스 개선 [2023-4]:
  • 속성 결합
  • 속성 복사
  • 속성 삭제
  • 명확한 가치
• 선택한 항목을 현재 그룹의 맨 위나 맨 끝으로 이동시키는 메뉴 옵션이 추가되었습니다 [2023-4]
• 텍스처 매핑을 통해 표면 시각 효과를 향상시키고, 버텍스별 텍스처 좌표를 활용하여 디테일과 색상의 생동감을 높임 [2023-4]
• Maestro 로 가져올 때 mmCIF 파일(.cif)은 이제 PDB 파일(.pdb)과 동일하게 처리되며, 시각화 효과를 높이기 위해 원자가 원소별로 자동으로 색상이 지정됩니다 [2023-4]

힘장

• FFBuilder는 이제 QRNN-TB 신경망 잠재력을 기본 참조 방법으로 사용합니다. 일반적인 FFBuilder 작업은 3~5배 더 빠르게 실행됩니다 [2023-4]

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• LiveDesign 연결 노드는 싱글 사인온(SSO)을 지원하며, 서로 다른 버전의 LiveDesign 을 실행 중인 호스트에 대한 재연결을 지원합니다 [2023-4]
• LiveDesign 연결 노드는 ‘ LiveDesign ’ 노드를 통해 업로드에 연결될 수 있습니다 [2023-4]
• LiveDesign 여러 호스트에 대한 설정이 KNIME 환경 설정 패널에 프로필로 저장됩니다 [2023-4]

표적 검증 및 구조 구현

AlphaFold 다운로드 / 처리 과정

• AlphaFold2 모델 및 ColabFold를 통해 생성된 PAE 파일 처리 기능을 추가했습니다 [2023-4]

다중 서열 뷰어/편집기

• ‘Align by Family’ 패널 정식 출시 (베타 표기 제거) [2023-4]
• T세포 수용체를, 서열 특징을 바탕으로 식별되고 속성이 주석 처리된 최신 단백질 군으로 추가함 [2023-4]
• 상동성 모델링과 같은 후속 응용을 가능하게 하기 위한 T세포 수용체 서열의 패밀리 기반 정렬 지원 [2023-4]

결합 부위 및 구조 분석

Desmond 분자동역학

• 반경 분포 함수 (RDF) 패널에서 이제 단량체별로 사이트를 ‘그룹화’할 수 있습니다 [2023-4]

혼합 용매 MD (MxMD)

• 프래그먼트 크기 프로브 지원 추가 [2023-4]

Hit Identification & 온라인 상영

리간드 준비

실험적 및 양자역학(QM) 기반의 pKa 예측

• Epik에서 개선된 루이스 구조 정규화 [2023-4]

Lead Optimization

리간드 정렬

시스(cis) 및 트랜스(trans) 결합을 포함하는 거대고리 구조의 정렬 성능 향상 [2023-4]

FEP+

• FEP+ 패널의 여러 물리적 특성에 대한 분석 개선 [2023-4]
  • 소분자 FEP
    • 상대적 용매화
    • 상대적 결합
  • 용해도 FEP:
    • 수분 공급
    • 해산
  • 단백질 FEP:
    • 선택성
    • 열안정성
• ‘고급 옵션’ 패널의 추가 설정 [2023-4]
  • 평형 시간
  • 시뮬레이션 시간은 용매/복합체/진공으로 나뉩니다.
• 웹 서비스에 작업을 제출하는 기능의 접근성 개선 [2023-4]

일정한 pH 조건 하의 시뮬레이션

• Trajectory Player: Lambda Dynamics 개선 사항 [2023-4]

FEP+ 프로토콜 빌더

• 사용자 정의 하위 맵에서 ‘ FEP+ ’ 프로토콜 빌더를 실행할 수 있는 기능 [2023-4]

거대고리 화합물

• macrocyclize.py에 매개변수를 개별적으로 지정할 수 있도록 -parameter 명령줄 인수를 도입했습니다 [2023-4]
  • The -parameter argument expects a <key>=<value> argument, where <key> is one of several runtime parameters that can be inspected through the -write_param_file option.

생물학적 제제 신약 개발

• 단백질 내 메티오닌 잔기의 산화 위험을 예측하는 새로운 방법 (명령줄) [2023-4]
• CDR 이식 방법을 통한 항체 인간화 향상은 비인간 종의 골격에 대한 이식(예: 생쥐화)을 지원합니다 (명령줄) [2023-4]
• 항체 휴머니제이션을 위한 기본 인간 생식세포 데이터베이스 업데이트 및 확장 [2023-4]
• 체인 간 및 체인 내 디설파이드 결합의 필터링 및 표시 간소화 [2023-4]

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

• RMM-DIIS 대각화 알고리즘 지원 [2023-4]
• 유효 전하 계산 옵션 (명령줄) [2023-4]
• 여러 ab initio 분자 동역학(MD) 작업의 궤적을 병합하는 옵션 (명령줄) [2023-4]
• 표면 에너지: 원자 위치에 제약 조건 추가 옵션 [2023-4]
• 표면 에너지: 격자 매개변수 최적화 옵션 [2023-4]

광전자공학

제품: 유전적 최적화(GA)

• Windows 및 Mac에서 DeepAutoQSAR 지원 [2023-4]

KMC 차지 모빌리티

제품: MS Mobility

• KMC 전하 이동도 그래프: 평균 계산에서 제외할 그래프를 선택할 수 있는 옵션 [2023-4]

재료 정보학

제품: MS Informatics

• ML 속성: 다운로드 가능한 사용자 정의 속성 예측 모델 지원 [2023-4]
• ML Property: 다운로드 가능한 맞춤형 모델을 통한 광전자적 특성 [2023-4]
• MD 표현자: 표현자 를 계산하기 위한 MD 워크플로우 [2023-4]

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

제품: MS CG

• 단백질에 대해 정교화된 ‘ Martini ’ 힘장 지원 [2023-4]
• Martini 에서 3.2 Å 시그마를 갖는 ‘tiny’(T) 유형 비드 지원 [2023-4]
• Martini 사이클로덱스트린 입자에 대한 지원 [2023-4]

유전 특성

제품: MS 유전체

• 출력 정보가 체계적으로 정리된 뷰어의 ‘요약’ 탭 [2023-4]
• 주어진 밀도 및 분극률에 대한 뷰어 내 결과 추정 도구 [2023-4]

반응성

제품: MS 반응성

• 자동 반응 워크플로우: 포괄적인 자동 반응 분석을 위한 모듈 [2023-4]

MS Maestro 빌더 및 도구

• 원소 열거: 주기율표에서 여러 원소를 선택할 수 있는 옵션 [2023-4]
• 메타 워크플로우: 양자역학 단계에서 TDDFT 및 상대론적 해밀토니안 지원 [2023-4]
• 메타 워크플로우: 개별 단계에서 다중 CPU/GPU 구성 지원 [2023-4]
• 메타 워크플로우: 스테이지로 전달될 추가 입력 파일 설정 지원 [2023-4]
• 메타 워크플로우: 사용자 정의 단계에 대한 표준 출력이 파일 시스템에 저장됨 [2023-4]
• 솔베이트 시스템: Workspace 액션 메뉴 (WAM) [2023-4]
• 구조화된 액체: 원자 속성으로 지정된 친수성/소수성 기 [2023-4]
• 구조화된 액체: 친수성 기에서 소수성 기로 향하는 화살표의 시각화 [2023-4]

고전 역학

• 증발: 궤적 기록 간격에 대한 사용자 제어 [2023-4]
• MD 다단계 시뮬레이션: 평균 셀 단계 이전 단계에 대해 저장된 궤적 (CMS) [2023-4]
• 반경 분포 함수: 단량체별로 그룹화하기 옵션 [2023-4]

양자역학

• 광전자공학: 산화환원 전위 예측을 위한 PCM 용매 설정 지원 [2023-4]
• 반응 에너지학 열거: 다중 CPU 서브잡 지원 [2023-4]
• 반응 워크플로우: 구조 탐색 후 xTB 최적화를 실행하는 옵션 [2023-4]
• 반응 워크플로우: 에너지 스팬 모델에 기반한 이직 빈도 [2023-4]
• 전이 모멘트 차수 매개변수: 더 높은 여기 상태 지원 [2023-4]
• 전이 모멘트 차수 매개변수: 여기 상태 설정에 대한 추가 옵션 [2023-4]

교육 콘텐츠

• 새로운 튜토리얼: 분자동역학 표현자 ( 머신러닝 용) [2023-4]
• 새로운 튜토리얼: 자동화된 반응 워크플로우를 활용한 비대칭 촉매 설계 [2023-4]
• 업데이트: 유전 특성 [2023-4]
• 업데이트: 액체 전해질의 특성: 제1부 [2023-4]

LiveDesign

2023-4년 새로운 소식

• 랜딩 페이지 개선
  • 화합물을 ‘즐겨찾기’로 표시하면 화합물 페이지 상단에 고정됩니다.
  • 즐겨찾기에 추가된 LiveReports는 새 브라우저 탭에서 열립니다.
  • 프로젝트 내 화합물의 총 개수, 가상 화합물의 개수 및 실제 화합물의 개수를 확인합니다.
  • 최근 추가된 실제 또는 가상 화합물을 확인하고, 날짜 범위로 필터링하세요.
• SAR 스캐폴드를 재정렬하여 우선순위를 변경하고, 어떤 스캐폴드 화합물이 일치할지 제어합니다.
• ‘수식’ 및 ‘자유 형식’ 열의 열 머리글 아이콘을 확인하여 열 유형을 파악하세요.
• LiveReport에서 열 머리글 위에 마우스를 올리면 툴팁에 ‘ 어세이’에 대한 설명을 볼 수 있습니다.
• 검색 후 LiveReport에 추가된 행은 자동으로 선택됩니다.
• 모델/프로토콜 메타데이터 사용자 경험(UX) 개선
  • 프로토콜/모델 상세 정보 페이지에“작성자”필드가 추가되었습니다.
  • 각 프로토콜의 종속 모델 수는 프로토콜 목록 페이지에 표시됩니다.
  • 모델 상세 페이지에는 해당 프로토콜로 바로 연결되는 링크가 제공됩니다.
  • 프로토콜/모델 목록 페이지에 ‘생성 날짜’와 ‘최종 수정 날짜’가 새로운 열로 추가되었습니다.
  • “모델 결과 지우기” 옵션에 더 쉽게 접근할 수 있습니다
• LiveReport 필터 및 R-그룹 분해 속도가 빨라졌으며, 규모가 큰 LiveReport의 경우 성능이 더욱 향상되었습니다.

수정된 사항

• 하나 이상의 Matrix 위젯이 포함된 레이아웃이 있는 LiveReport를 이제 복제할 수 있습니다.
• 픽리스트 매개변수가 포함된, 아직 게시되지 않은 매개변수화 모델이 포함된 LiveReport를 이제 복제할 수 있습니다.
• 고급 검색
  • ‘여러 종단점 제한’ 기능을 사용한 고급 검색에서는 역방향 검색 조건과 일반 검색 조건을 동일하게 처리했으나, 이제 이 둘을 올바르게 구분합니다.
  • 제한 조건이 적용된 실험 결과에 대한 역방향 고급 검색은 이전에는 결과가 없는 화합물을 반환했으나, 이제는 정의된 결과가 있는 화합물만 반환합니다.
  • ‘다중 종점 제한’ 기능을 사용하여 조건을 설정한 실험 결과에 대한 고급 검색에서, 이전에는 ‘다중 종점 제한’ 검색 기준과 일치하지 않는 결과가 잘못 표시되었으나, 이제는 모든 기준에 부합하는 결과가 표시됩니다.
• 일반 엔티티에 대한 파일에서 업로드된 실험 결과가 이제 ‘데이터 및 열’ 트리에 표시됩니다.
• 관리자 패널에 나열된 작업 중 일부는 실제로 ‘제출됨’이나 ‘실행 중’ 상태가 아닌데도 가끔 해당 상태로 표시되곤 했으나, 이제는 상태가 올바르게 표시됩니다.
• 이제 파워포인트 내보내기 시 헤더 열의 배경색이 회색으로 표시되며, 복합 이미지 행의 경우 ‘결과(Result)’ 대신 ‘엔티티(Entity)’라는 용어가 사용됩니다.
• 동일한 복합체를 스케쳐로 여러 번 연속해서 드래그하면 복합체가 올바르게 표시됩니다.
• 다중 선택 픽리스트 자유 형식 열을 통해 색상 지정 규칙이 정의된 경우, 이제 차트에서 색상 지정 규칙이 올바르게 작동합니다.
• LiveReport 바닥글의 선택 탐색 기능이 이제 타일 보기 내에서 올바르게 스크롤됩니다.
• 이전에는 리간드 디자이너에서 새로 추가된 단편을 녹색으로 표시했으나, 이제는 기본 색상 체계에 따라 원자를 표시합니다.
• 3D 시각화 도구에서 저장된 장면을 불러오면, 장면을 저장할 당시 적용된 스타일에 따라 리간드의 스타일이 이제 올바르게 적용됩니다.
• 플롯 내 사용자 지정 비닝이 이제 ‘양식’ 보기에 올바르게 저장됩니다.
• '뷰어' 역할을 가진 사용자는 로그인 후 더 이상 일시적인 빨간색 인증 오류 표시줄이 나타나지 않습니다.
• 이전에는 사용자가 라이브 리포트를 닫은 지 꽤 오랜 시간이 지난 후에야 “다른 1명이 이 라이브 리포트를 보고 있습니다”라는 알림이 표시되었으나, 이제는 다른 사용자가 라이브 리포트를 보고 있을 때 바로 알림이 표시됩니다.