릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• 항목 포함/제외 성능의 가속도가 크게 향상되었습니다(약 5배 빨라짐) [2022-2]
• GPU에서 뎁스 필링 기법을 활용하여 그래픽 성능을 향상시켰다 [2022-2]
  • GPU 가속 투명 렌더링 (베타)
  • 리본/만화 투명도 (베타)
• “바인딩 포즈 비교”를 용이하게 해주는 새로운 프리셋 보기 [2022-2]
• 핵산 잔기 번호 재지정에 대한 지원 개선 [2022-2]
• 구조 계층  에서 항체 주석을 확인하는 데 있어 추가적인 유연성 [2022-2]
• 항목 제목을 기준으로 한 간편한 중복 제거 기능 및 광범위한 그룹 지원을 포함하는 새로운 “제목별 첫 번째 항목” 선택 기능 [2022-2]
• 압축된 SMILES (*.csvgz) 파일 가져오기 지원 [2022-2]
• 시각화 향상을 위한 2D 오버레이 색상의 새로운 고대비 적용 [2022-2]

힘장

• OPLS4에 과염소산 이온 지원 기능 추가 [2022-2]

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• 최신 버전의 KNIME(v4.5.1)이 포함되어 있습니다 [2022-2]
• LiveDesign 노드 기능의 새로운 입력 옵션을 통해 LiveDesign 에서 입력 열을 가져와 KNIME 모델을 더 쉽게 생성하고 테스트 시나리오를 저장할 수 있게 되었습니다 [2022-2]
• LiveDesign 컬럼 입력 프로토콜을 기반으로 하는 모델은 이제 3D 컬럼을 입력으로 받을 수 있습니다 [2022-2]
• ‘ LiveDesign 에서 가져오기’ 노드가 이제 LiveReport의 열 순서를 유지합니다 [2022-2]
• 효율적인 관리를 위해 폴더 간에 모델을 일괄 이동할 수 있는 기능 [2022-2]

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• 리간드와 단백질 타우토머/pka를 동시에 최적화 – 명령줄 전용 [2022-2]

다중 서열 뷰어/편집기

• 잔류물 및 표현자 를 쉼표로 구분된 텍스트 파일로 내보낼 수 있는 기능 [2022-2]
• 덴드로그램에 “선택한 부분으로 확대” 및 “보기 초기화” 기능 추가 [2022-2]
• 프로젝트 자동 저장 기능을 켜거나 끄는 새로운 옵션이 추가되었습니다 [2022-2]

IFD-MD

• 개선된 IFD-MD GUI 디자인 [2022-2]
• IFD-MD가 공유결합 도킹 및 막 단백질을 새롭게 지원함으로써, 적용 범위가 더 광범위한 표적 및 리간드로 확대되었습니다 [2022-2]

Hit Identification & 온라인 상영

약리활성기 모델링

• Maestro 에서 약리활성 구조(pharmacophore) 특징 레이블을 숨길 수 있는 기능workspace [2022-2]

리간드 도킹

• SMILES Glide  의 CSV 출력에 리간드 표현이 추가되었습니다 [2022-2]
• 액티브 러닝 (Glide [2022-2])에서 유지할 리간드의 비율 또는 개수를 지정하고 재평가할 수 있는 기능

Lead Optimization

리간드 정렬

• 최대 공통 부분 구조 (MCS)에 대한 정렬 제약 조건이 요청될 때의 개선된 정렬 방법 [2022-2]

FEP+

• ‘고급 옵션’의 새로운 ‘이면각 스케일링’ 기능을 통해 상대적 결합 FEP의 용매 구간에서 리간드가 더 많은 상태를 반영할 수 있게 되었습니다 [2022-2]
• [2022-2] ‘고급 옵션’에서 지정된 농도의 NaCl 염을 추가하여 핵산의 성능 모델링 개선
• GraphDB 작업과 연동하기 위한 새로운 `jws` 명령줄 인터페이스 [2022-2]

용해도 FEP

• 모든 기능을 갖춘 섭동 보고서 패널을 사용하여 용해도 FEP 시뮬레이션 결과를 분석하기 [2022-2]

양자역학

• 분석적 또는 의사스펙트럴 RI-MP2 에너지, 기울기 및 2차 도함수를 추가했습니다 [2022-2]
• PCM 암시적 용매 방법이 이제 ‘ Jaguar ’ 키워드인 nofail, nops_opt_switch, check_min과 호환됩니다 [2022-2]
• VCD/ECD 워크플로우에서 qRNN을 사용하여 지오메트리를 선택적으로 최적화할 수 있는 기능 [2022-2]
• 장거리 보정(LRC) 함수식에 대한 SCF 수렴도 개선 [2022-2]
• Spectrum Plot에서 IR/라만 스펙트럼을 투과형 또는 흡수형으로 표시하는 기능 [2022-2]

반경험적 양자역학

• NDDO 및 MOPAC2016 패널이 새로운 오픈 소스 MOPAC 패널로 대체되었습니다 [2022-2]

의약 화학

리간드 설계 도구

• Growth Space 선별 과정에서 리간드 성장에 대한 정밀 제어 기능 개선 [2022-2]

생물학적 제제 신약 개발

• 항체 탐지, 정렬 및 프레임워크 검색 프로토콜이 개선된 새로운 항체 구조 예측 인터페이스입니다. 이 인터페이스는 이중특이성 항체와 같은 비전통적인 항체 형식을 지원하며, 일괄 모델링 기능을 갖춘 직관적인 워크플로를 제공합니다 [2022-2]
• 생물학적 제제의 위험성 예측에 활용하기 위해 고안된, 160개의 핵심 서열, 구조 및 표면 특징으로 구성된 단백질 특이적 위험성 지수( 표현자 )를 계산하는 새로운 인터페이스 [2022-2]
• 단 한 번의 마우스 클릭으로 ‘단백질 상호작용 분석’ 패널의 구조를 ‘잔기 스캐닝’으로 내보낼 수 있는 기능 [2022-2]
• 일괄 항체 모델링을 위해 여러 항체 서열이 포함된 CSV 파일을 가져올 수 있는 기능을 추가했습니다 [2022-2]

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

• Quantum ESPRESSO: 포논 계산에 대한 수렴 매개변수의 사용자 제어 [2022-2]
• Quantum ESPRESSO: 의사포텐셜로부터 에너지 컷오프를 불러오는 옵션 [2022-2]
• Quantum ESPRESSO: 스핀 분극, k-점 격자 및 허바드 U 설정값을 프로젝트 테이블 [2022-2]에 보고함

분자동역학

분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 통한 수송 계산

• 확산: 온사거 계수 계산 (명령줄) [2022-2]
• 확산: GUI에서 저장된 확산 트레이스 (최대 10개) [2022-2]
• 확산: 저장된 트레이스 수에 대한 사용자 제어 (명령줄) [2022-2]
• 점도: 뷰어에서 표시된 아인슈타인-헬판드 점도 그래프 [2022-2]

KMC 차지 모빌리티

• KMC Charge Mobility: 사이트 에너지 차트에서의 점유율 오버레이 시각화 [2022-2]

재료 정보학

• 분자 표현자: 모든 리간드에 대한 매몰 부피 계산 [2022-2]

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

• Coarse-Grained 에 ‘Force Field: beta-cyclodextrin’을 내장형 Martini 힘장으로서 적용 [2022-2]
• Coarse-Grained 구조 가져오기: 베타-사이클로덱스트린 지원 [2022-2]
• Coarse-Grained 포스 필드 빌더: 결과 뷰어 [2022-2]
• Coarse-Grained Force Field Builder: CG 사이트 부피 추정 [2022-2]
• Coarse-Grained 포스 필드 빌더: SMARTS [2022-2]에 따라 지정된 그룹 중첩
• Coarse-Grained Force Field Builder: 여러 개의 ‘ SMARTS ’ 패턴을 사용하여 비드를 정의하는 옵션 [2022-2]
• Coarse-Grained Force Field Builder: 입자 부피의 사용자 지정 [2022-2]
• Coarse-Grained 힘장 생성기: 결합 및 각도에 대한 피팅 제어 분리 [2022-2]
• Coarse-Grained 포스 필드 빌더: FF 생성 속도 향상 (최대 5배) [2022-2]
• Coarse-Grained Force Field Builder: 작업 호스트 및 라이선스 관리에 대한 사용자 제어 [2022-2]
• Coarse-Grained 포스 필드 빌더: 사용자의 입자 부피 제어 [2022-2]

광전자공학

• 광전자공학 액티브 러닝: 역 목표 특성을 이용한 최적화 [2022-2]
• 광전자공학 액티브 러닝: 반복별 특성 그래프 [2022-2]
• 광전자공학 액티브 러닝: S1 에너지, S1-T1 에너지 갭을 목표로 [2022-2]

침투제 주입 시뮬레이션

• Penetrant Loading: 작업 호스트 사용자 제어 및 라이선스 관리 [2022-2]

형태학적 예측

• 모폴로지: 작업 호스트 및 라이선스 관리에 대한 사용자 제어 [2022-2]

MS Maestro 빌더 및 도구

• Crystal Builder: P 2c 2n 공간군 지원 [2022-2]
• 곡선 디지털화: x축 값이 동일한 점에 대해서는 평균을 산출하지 않는 옵션 [2022-2]
• 무질서 시스템 빌더: 두 개의 무한히 뻗어 있는 축을 가진 주기적 구조를 지닌 기판에 대한 ‘몰입(Immersed)’ 옵션 [2022-2]
• 원소 열거: 여러 원소로 변환하는 옵션 [2022-2]
• Polymer Builder: 사다리형 중합체 지원 [2022-2]
• 구조화된 액체 빌더: 항이온 및 용매로 동시에 항목을 추가하는 기능 지원 [2022-2]
• 구조화된 리퀴드 빌더: 부분 밀도 표시 옵션 [2022-2]

고전 역학

• 군집 분석: 분석 작업의 병렬 실행 지원 [2022-2]
• 군집 분석: 분석에서 단일 분자 군집 제외 [2022-2]
• 군집 분석: 평균 Rg 및 편심률에 대한 지지 [2022-2]
• SMARTS 를 이용한 그룹 정의: 고분자에서 원자와 그룹 간의 매핑 개선 [2022-2]
• Elastic Constants: 작업 호스트에 대한 사용자 제어 및 라이선스 관리 [2022-2]
• MD 다단계 워크플로우: Martini CGMD [2022-2] 단계
• MD 다단계 워크플로우: 유연한 각도 바로스타트 시뮬레이션 후 평균 셀 단계 활성화 [2022-2]
• Molecular Deposition: 작업 호스트 및 라이선스 관리에 대한 사용자 제어 [2022-2]
• Polymer Crosslink: 작업 호스트 및 라이선스 관리에 대한 사용자 제어 [2022-2]
• MD 준비: 시스템에 대한 빠른 용매화 (명령줄) [2022-2]
• MD 준비: 1,000개 이상의 분자로 구성된 시스템에서 모델 준비 시간 대폭 단축 [2022-2]
• MD 준비: 더 긴 시간 단계로 시뮬레이션을 수행할 수 있도록 수소 질량을 재분배하는 옵션 [2022-2]
• 스트레스 및 변형: 디스크 공간 사용량 감소 [2022-2]
• 응력-변형률: 잔류 변형률을 위한 일정한 횡압 모드 [2022-2]
• Stress Strain: 조건부 결합 끊기 지원 (명령줄) [2022-2]
• 응력-변형률: 주기적 응력-변형률 해석 적용 옵션 [2022-2]
• 비틀림 프로파일 분석: 입체화학이 없는 시스템에 대한 계산 속도 향상 [2022-2]
• Tg: 등방성 및 이방성 바로스타트 중 선택할 수 있는 옵션 [2022-2]
• 다중 패널: ASL 패턴 저장 및 재사용 지원 [2022-2]

양자역학

• 흡착 에너지: 재시작 지원 [2022-2]
• 흡착 에너지: 기하 구조를 미리 보고 수동으로 수정할 수 있는 옵션 [2022-2]
• 베타 제거: 중간체 생성을 억제하는 옵션 [2022-2]
• 결합 해리 에너지: workspace [2022-2]에서 제공하는 ‘ SMARTS ’ 결합 선택 기능 지원
• 반응 워크플로: eta 로토머 생성을 건너뛸 수 있는 옵션 [2022-2]
• 반응 워크플로: 사용자 정의 반응 속도 상수 방정식 사용 옵션 [2022-2]
• 반응 워크플로우: 볼츠만 평균 특성을 계산하기 전에 중복된 구조 제거 [2022-2]

LiveDesign

LiveDesign 2022-2의 새로운 기능

• 분해 결과로 반환된 R-그룹은 필터 및 플롯에서 SAR 분석을 용이하게 하는 데 사용할 수 있습니다.
  • LiveReport 및 차트 내의 R-그룹에 색상 지정 규칙을 적용합니다.
  • R-그룹의 일부만 표시하도록 필터를 생성합니다.
  • 그래프 내 데이터 포인트의 모양을 다음 기준에 따라 변경합니다. R-그룹
• 더 많은 데이터를 그래프에 동시에 시각화하기
  • 수만 개의 데이터 포인트를 동시에 그래프로 표시하기
  • 데이터 포인트에 지터를 적용하여 겹치는 포인트를 더 쉽게 구별할 수 있도록 합니다.
• 단일 로그인(SSO)을 활성화하여 액세스 및 권한을 보다 손쉽게 관리하세요
  • 이제 IdP 관리자는 IdP 그룹 속성을 LiveDesign 사용자를 위한 LiveDesign 역할에 매핑할 수 있습니다.
  • 선택적으로 사용자별 IdP 속성을 사용하여 그룹 매핑을 보완함으로써, 특정 사용자에게 추가적인 LiveDesign 역할을 부여할 수 있습니다.
• 누락된 데이터가 있는 MPO 입력 열에 대한 대리값을 정의하여, 누락 값이 서로 다른 화합물들을 더 쉽게 비교할 수 있도록 합니다.
• 문자열이 포함된 열에 대한 색상 지정 규칙을 자동으로 생성합니다.
• 사용성 개선
  • ‘데이터 및 열’ 트리 내의 툴팁이 더 많은 정보를 표시하도록 재설계되었습니다.
  • 프로젝트 관리자가 자신이 작성하지 않은 템플릿이 덮어쓰기될 때 경고 메시지가 표시됩니다.

수정된 사항

• 복합 이미지에서 스테레오 주석을 표시/숨기기 기능을 전환해도 아무런 효과가 없었고, 주석이 항상 표시되었습니다. 이제 스테레오 주석을 표시/숨기기 기능을 전환하면 정상적으로 작동합니다.
• 실행되지 않은 ‘클릭하여 실행’ 모델의 재계산을 시도하면, 셀에 깜빡이는 사각형이 나타나며, 모델을 실행할 때까지 이 사각형이 사라지지 않았습니다. 이제 실행되지 않은 ‘클릭하여 실행’ 셀의 재계산을 시도하면 해당 셀에 “실행” 버튼이 표시됩니다.
• PPT, PDF 및 Excel 파일로 내보낼 때 합성 이미지에 향상된 스테레오 라벨이 표시되지 않았으나, 이제 해당 이미지에 향상된 스테레오 라벨이 표시됩니다.
• 새로 생성된 모델들은 프로토콜의 명령 유형을 상속받지 않았으나, 이제는 명령 유형을 상속받게 되었습니다.
• 반응 열거를 통해 생성된 열거된 생성물 중 원자 수가 많은 경우, 이전에는 열거 미리보기 화면에 표시되지 않았으나, 이제는 표시됩니다.
• 삭제되거나 지워진 프리폼 열의 값은 그래프에 계속 표시되곤 했으나, 이제 해당 데이터 포인트가 제거됩니다.
• R-그룹 의 분해 결과에서 R-그룹을 LiveReport로 저장하면 불필요한 열이 표시되었으나, 이제는 R-그룹만 표시됩니다.
• 게시된 Freeform columns 에서 프리폼 열 편집이 가끔 실패하곤 했으나, 이제는 실패하지 않습니다.
• 실험용 ‘ 어세이 ’ 열에서 ‘ 응결 ’ 모드를 “Latest”로 설정하면 값에 잘못된 한정자가 표시되었으나, 이제는 올바른 한정자가 표시됩니다.
• 수식을 편집하면 열 이름 뒤에 문자가 추가되는데, 이제 해당 문자가 열 이름과 별개의 것으로 처리됩니다.
• 값의 수가 많은 용량-반응 곡선은 이전에는 LiveReport에 표시되지 않았으나, 이제는 표시됩니다.
• 실험 데이터 포인트와 일치하지 않는 조건이 포함된 제한된 ‘ 어세이 ’ 열을 생성하면, 향후 해당 조건을 수정하더라도 데이터 포인트와 일치하지 않게 되지만, 이제 수정 시 데이터 포인트와 올바르게 일치하게 됩니다.
• 그래프 상의 수직 및 수평 오버레이가 이전에는 그래프 전체를 가로지르지 않았으나, 이제는 그래프의 전체 높이와 너비에 걸쳐 표시됩니다.
• MPO가 포함된 LiveReport의 하위 집합을 복제할 때 입력 열도 함께 선택되지 않으면 오류 메시지가 표시되었으나, 이제 LiveReport의 하위 집합을 복제할 때 MPO의 입력 열을 선택할 필요가 없습니다.
• LiveReport에 Ligand Designer 열이 포함되어 있을 경우 CSV 형식으로 내보내기가 실패했으나, 이제 내보내기가 정상적으로 수행됩니다.
• Date 데이터 유형을 가진 열에는 색상 지정 규칙을 적용할 수 없었으나, 이제 색상 지정 규칙을 적용할 수 있게 되었습니다.