릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• 선택한 항목에 리본 및 만화 스타일 적용 [2023-3]
• 주기적 경계 조건을 가로지르는 상호작용의 시각화 개선 [2023-3]
• 프로젝트 테이블의 데이터를 스프레드시트 등 외부 애플리케이션으로 원활하게 복사 및 붙여넣기하여 효율적인 데이터 전송 및 분석을 가능하게 합니다 [2023-3]
• 트래젝토리 플레이어 [2023-3]
  • 일정한 pH 워크플로우 등에서 수행된 람다 역학 계산의 궤적을 확인하세요.
  • 키보드의 화살표 키를 사용하여 궤적 시각화에서 프레임을 손쉽게 이동할 수 있습니다.
• 3D Builder [2023-3]
  • 3D Builder 팔레트에서 Builder 동작 옵션을 열기
• Workspace 에서 네이티브 뉴클레오티드를 상호작용 방식으로 변형할 수 있으며, 여기에는 DNA에서 RNA로의 변환 및 RNA에서 DNA로의 변환도 포함됩니다 [2023-3]
• Windows 전용 사용자 경험(UX) 개선 사항을 반영한 “프로젝트 다른 이름으로 저장” 기능 강화 [2023-3]
• Maestro PyMOL 연결 [2023-3]
  • WaterMaps와 다음의 연동을 간소화합니다. PyMOL
  • 더 나은 장면 관리를 위해 Maestro 장면의 “설명”을 PyMOL 메시지로 포함하세요.
• Maestro LiveDesign 연결 [2023-3]
  • 새로운 매핑 관리자(Mapping Manager)를 통해 Maestro 과 LiveDesign 을 원활하게 연동하세요. 속성 매핑의 이름을 손쉽게 변경할 수 있어, 변형 상품을 생성할 때 이름이 복잡하게 얽히는 문제를 해결할 수 있습니다. 직접 가져오기 및 내보내기 기능을 사용하여 매핑을 저장하고 공유하세요.

작업 제어

• Job Server의 스마트 배포 작업에서 이제 라이선스 가용성을 확인하므로, 라이선스 소진 위험이 사라졌습니다 [2023-3]

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• LiveDesign 연결 노드를 사용하여 SSO(Single Sign-On) 토큰을 통해 로그인 절차를 간소화하기 [2023-3]

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• 선택적으로 pfam_driver.py에서 사용자 정의 PFAM 데이터베이스를 사용할 수 있습니다 [2023-3]
• 단백질 준비 과정의 PDB 출력 결과에서 표준 잔기 이름을 사용하여 구조를 Coot로 가져옵니다. ‘ Maestro ’ 출력 결과는 양성자화 에 특화된 잔기 명명법, 즉 HIS 대신 HIP/HID/HIE를 유지합니다 [2023-3]
• 90,000개 이상의 원자로 구성된 시스템에 대한 ‘Protein Preparation’의 성능이 대폭 향상되었으며, 여기에는 ‘Interactive Optimizer’ 기능이 포함됩니다 [2023-3]

다중 서열 뷰어/편집기

• 기존 SKA 정렬기를 CEAlign 알고리즘으로 대체함으로써 단백질/핵산 구조 정렬의 속도와 정확도가 향상된 이점을 누리세요 [2023-3]
• UniProt ID를 입력하여 AlphaFold2에서 구조 모델을 직접 다운로드하기 [2023-3]

IFD-MD

• 새로운 IFD-MD 워크플로우(베타)를 사용하여 일반적인 ADMET 관련 문제를 설계 단계에서 해소하십시오. CYP2D6, CYP3A4, PXR 또는 hERG에 결합된 리간드의 복잡한 구조를 예측하십시오 [2023-3]

Hit Identification & 온라인 상영

리간드 준비

실험적 및 양자역학(QM) 기반의 pKa 예측

• Macro-pKa 훈련 데이터셋 [2023-3]에 수백 개의 데이터 포인트가 추가되어 정확도가 향상되었습니다.

액티브 러닝 응용 분야

• 액티브 러닝-FEP [2023-3]에서 평형 시뮬레이션 시간 및 복잡한 구속 조건 옵션을 조정합니다.
• 액티브 러닝-FEP 작업을 다시 시작할 때 진행 중인 GraphDB 실행에 연결하기 [2023-3]
• FEP 데이터와 해당 종점이 포함된 모든 리간드가 담긴 최종 Maestro 파일을 생성합니다 [2023-3]

Shape 상영

• 새로운 Quick Shape 리간드 기반 스크리닝 워크플로우를 통해 최대 수백억 개의 화합물을 빠르고 효율적으로 스크리닝하세요 [2023-3]

ABFEP

• FEP+ 웹 서비스를 위한 FFBuilder를 통해 실시간으로 토션 적용하기 [2023-3]

Lead Optimization

FEP+

• FEP+ 웹 서비스를 위한 FFBuilder를 통해 실시간으로 토션 적용하기 [2023-3]
• 대칭적인 R-기를 가진 화합물에 대한 링커 열거 지원 [2023-3]

일정한 pH 조건 하의 시뮬레이션

• pH 일정 시뮬레이션의 모든 기능을 갖춘 버전 출시 [2023-3]
• 단백질 pKa 계산을 위한 일정 pH 시뮬레이션 분석의 개선 [2023-3]
  • 각 pH에 특화된 일정한 pH 궤적을 자동으로 작성합니다.
  • 일정한 pH 워크플로우 등에서 수행된 람다 역학 계산의 궤적을 확인하세요.

용해도 FEP

• FEP+ 웹 서비스를 위한 FFBuilder를 통해 실시간으로 토션 적용하기 [2023-3]

양자역학

• 새로운 ‘ Jaguar ’ 분광학 제품 내의 자동화 워크플로를 활용하여 구조에 따른 IR 및 VCD/ECD 스펙트럼을 예측하기 [2023-3]
• Basis Set Exchange에서가져올 수 있는 ‘ Jaguar ’ 형식의 기저 집합 다운로드 [2023-3]
• 'Relaxed Scan' 패널에서 동적 스캔에 액세스하기 [2023-3]
• 명령줄에서 ΔSCF 방법 및 ΔSCF 입력 데이터를 준비하는 스크립트에 액세스하기 [2023-3]

반경험적 양자역학

• OpenMP를 사용하여 일괄 및 개별 xTB 계산을 병렬화하기 [2023-3]

생물학적 제제 신약 개발

• 단백질 링커 설계 패널: 사용 편의성 향상을 위해 말단 아미노산 잔기 및 해당 거리를 자동으로 감지하고 입력 [2023-3]

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

• Quantum ESPRESSO: Quantum ESPRESSO 7.2 [2023-3]로 업그레이드
• Quantum ESPRESSO: Car-Parrinello MD (cp.x) 지원 (명령줄) [2023-3]
• Quantum ESPRESSO: NEB 설정에서 원자 재배열에 대한 실행 취소 [2023-3]
• Quantum ESPRESSO: 3D-RISM(pprism.x) 데이터 분석 지원 (명령줄) [2023-3]
• Quantum ESPRESSO: NEB Energy가 프로젝트 표 [2023-3]에 보고한 바에 따르면
• Quantum ESPRESSO: 라만 스펙트럼의 계산 및 그래프 작성 [2023-3]
• Quantum ESPRESSO: 스크래치 디스크 공간 요구량을 줄이는 옵션 (명령줄) [2023-3]
• Quantum ESPRESSO: 대규모 구조물에 대한 작업 실행 속도 향상 [2023-3]
• 표면 에너지: 표면 에너지를 계산하는 워크플로 모듈 [2023-3]

재료 정보학

제품: MS Informatics

• 머신러닝 속성: 모델의 범위 밖인 분자량에 대한 경고 [2023-3]
• 머신러닝 물성: 분자 액체의 점도 예측 [2023-3]

유전 특성

제품: MS 유전체

• 복소 유전율: CPU 및 GPU 서브잡을 위한 할당 알고리즘 개선 [2023-3]

MS Maestro 빌더 및 도구

• 복합 건축업체의 정사각형 피라미드형 구조 옵션 [2023-3]
• 추출 클러스터: 큐에 추가된 작업 [2023-3]
• 클러스터 추출: 단일 분자 추출 옵션 [2023-3]
• 메타 워크플로우: QM 단계에서 암시적 용매를 설정하는 옵션 [2023-3]
• 메타 워크플로우: 워크플로우 분할 단계 지원 [2023-3]
• 메타 워크플로우: 폴리머 빌더 단계별 워크플로우 분할 지원 [2023-3]
• 메타 워크플로우: 시스템 빌더 단계의 순서 무관성을 고려한 워크플로우 분할 지원 [2023-3]
• 메타 워크플로우: 워크플로우 분할 후 워크플로우 결합 단계 지원 [2023-3]
• 메타 워크플로우: 각 단계의 모든 구조 통합 [2023-3]
• 메타 워크플로우: 클러스터 추출을 위한 내장 단계 [2023-3]
• 메타 워크플로우: 구조적 검색을 위한 내장 단계 [2023-3]
• Meta Workflows: 증발용 내장 단계 [2023-3]
• 메타 워크플로우: 단일 단계 워크플로우의 경우 MD 궤적이 기본적으로 저장됨 [2023-3]
• 메타 워크플로우: 새 단계의 부모로 기본적으로 이전 단계가 설정됨 [2023-3]
• 채권 쿼리: 기간 경계를 통해 채권을 선택적으로 표시하는 옵션 [2023-3]
• 용매화 시스템: 10만 개 이상의 원자로 구성된 용매화 시스템을 위한 고급 빌더 [2023-3]

고전 역학

• MD를 위한 장벽 전위: MD 시뮬레이션을 위한 반발 장벽을 설정하는 도구 [2023-3]
• 전해질 분석: 다원자 이온 지원 [2023-3]
• 증발: 각 MD 단계의 기본 지속 시간을 20 ps로 설정 [2023-3]
• 분자 증착: 시뮬레이션 속도 향상 [2023-3]
• 분자 증착: 반발성 잠재적 장벽에 대한 근거 [2023-3]
• 폴리머 가교: 뷰어에서 300 dpi 해상도로 이미지 내보내기 [2023-3]

양자역학

• 반응 워크플로우: MacroModel 이후 XTB 최적화 지원 [2023-3]
• 반응 워크플로우: 비최소 정적 상태 방지 확인 [2023-3]
• 전이 모멘트 질서 매개변수: 전이 쌍극자 모멘트를 기반으로 질서 매개변수를 계산하는 워크플로우 모듈 [2023-3]

교육 콘텐츠

• 새로운 튜토리얼: 분자동역학 시뮬레이션에 장벽 전위 적용하기 [2023-3]
• 새로운 튜토리얼: 용매화 시스템 구축 [2023-3]
• 새로운 튜토리얼: 동적 이완 좌표 스캔 [2023-3]
• 새로운 튜토리얼: 전이 쌍극자 모멘트(TDM), TDM 분포 및 순서 매개변수 계산 [2023-3]
• 업데이트: 분자 침착 [2023-3]
• 업데이트: 표면 모델링 [2023-3]
• 업데이트: 고분자 전해질 분석 [2023-3]

LiveDesign

2023-3 버전의 새로운 기능

• 어세이 시청자 도구 개선 사항
  • 실험 날짜별로 데이터 필터링하기
  • 어세이 뷰어의 데이터와 일치하는 LiveReport 내 셀을 강조 표시합니다.
  • 키보드의 화살표 키를 사용하여 행을 이동하세요
  • 한 번에 여러 행 선택하기
• 색상 지정 규칙:열 메뉴를 통해 색상 지정 규칙을 복사하여 붙여넣음으로써, 어떤 열에서든 다른 열로 색상 지정 규칙을 빠르게옮길 수 있습니다.
• 리간드 디자이너:매개변수가 지정된 ‘ Glide ’ 모델을 암시적 리간드 디자이너 구성으로 변환합니다. 예를 들어, 다음 위치에서 업로드된 ‘ FEP+ ’ 포즈를 사용하여 Maestro
• Maestro 내보내기 기능 개선
  • Maestro 를 LD 속성에 매핑하여 빈번한 내보내기 작업을 간소화합니다.
  • 단일 로그인으로 로그인하기
  • 한 번 로그인하면 여러 내보내기 작업에서 해당 세션을 재사용할 수 있습니다.
• UX 개선 사항
  • 3D 시각화 도구
    • Pi-pi 상호작용은 기본적으로 3D 시각화 도구 내에서 표시됩니다.
  • 실험 데이터 처리
    • 어세이 의 툴팁에 하이퍼링크를 추가하여 원하는 웹사이트로 빠르게 이동할 수 있습니다.
  • 라이브 리포트 전반에 걸친 개선 사항
    • LiveReport 하단에 있는 새로운 탐색 버튼을 사용하여 선택한 화합물로 빠르게 이동할 수 있습니다.
    • 가장 최근에 열었던 폴더를 열어주는 ‘LiveReport 선택기’를 통해 LiveReports를 더 빠르게 찾을 수 있습니다.
    • 이제 변경 사항을 적용하면 필터에 노란색 알림 표시줄이 나타납니다.
    • 알림 표시줄에 알림을 닫을 수 있는 ‘x’ 버튼이 추가되었습니다.
    • LiveReport 메뉴에 새로 추가된 “모두 닫기” 옵션을 클릭하여 열려 있는 모든 LiveReport를 닫으세요.
  • 랜딩 페이지
    • 랜딩 페이지의 하이퍼링크는 자동으로 새 탭에서 열립니다.
    • 랜딩 페이지의 “최근 댓글이 달린 화합물” 목록에 이제 해당 화합물의 상세 페이지로 빠르게 이동할 수 있는 하이퍼링크가 포함되었습니다.
  • 줄거리
    • 플롯 툴팁 내에서 복합 이미지를 이동하기
    • 박스 플롯에서 이제 각 박스가 파란색으로 채워져 표시됩니다.
    • 축이 로그 눈금으로 설정되어 있을 때 정확한 축척의 그래프 오버레이를 확인하세요
  • 검색
    • 활성 LiveReport에서 여러 ID를 한 번에 검색하고, 여러 ID를 삭제합니다.
    • 계산된 속성 임계값을 사용하여 GPU 유사성 검색 결과를 필터링하기
    • ‘ID로 검색’에서 ID 목록을 초기화할 수 있는 ‘지우기’ 버튼이 제공됩니다.
    • 이제 ‘데이터 및 열’ 트리 내의 검색 기능은 더 이상 연속된 폴더 이름이나 열 이름 내에서만 일치 항목을 찾는 것이 아니라, 폴더와 열 이름을 가로질러 일치 항목을 찾습니다.
  • 새로운 자동 완성 제안 기능을 통해 ‘일반 엔티티’ 가져오기 UI에서 ‘실험 프로토콜’을 빠르게 선택하세요.

수정된 사항

• 이제 LiveReports와 랜딩 페이지 간을 이동한 후에도 구조 검색에서 스케치된 구조를 올바르게 사용합니다.
• MPO를 입력으로 사용하는 매개변수화 모델은 이제 MPO에 점수가 없을 때 계산합니다.
• 어세이 뷰어 도구에서는 더 이상 자유 형식 열 데이터를 삭제할 수 없습니다.
• R-그룹 분해 방식을 사용하여 LiveReports에 추가된 화합물의 경우, LiveReport를 강제로 새로 고치지 않아도 분해된 R-기들이 올바르게 색상이 지정됩니다.
• 한 보고서에서 다른 보고서로 화합물을 복사하고 모델을 재계산한 후, 관리자 패널의 ‘작업’ 목록과 ‘작업 세부 정보’ 페이지에 해당 작업을 실행한 올바른 LiveReport ID가 표시됩니다.
• 이제 ‘템플릿 적용’ 대화 상자에서는 어떤 템플릿이 ‘Global’ 프로젝트에 속하는지 표시하며, 템플릿을 알파벳 순서로 나열합니다.
• 관리자 패널 내의 ‘구조 처리’ UI에서는 구조를 더 빠르게 표시합니다.
• 관리자 패널의 ‘구조 처리’ 인터페이스에서 처리 파일을 업로드할 때 로딩 표시기가 표시됩니다.
• 양식 위젯에 이제 리간드 디자이너에 빠르게 접근할 수 있는 망치와 렌치 아이콘이 표시됩니다.
• 이제 ‘Forms’ 내의 차트에서 범례를 펼치면 툴팁이 표시됩니다.
• 화면 너비를 초과하는 여러 열을 선택한 후에도 열 머리글의 드롭다운 버튼이 이제 표시됩니다.
• LiveReport에서 돋보기 아이콘을 통해 검색할 때, LiveReport의 행이 고정된 상태에서도 이제 결과로 올바르게 스크롤됩니다.
• 관리자 패널 내의 ‘모델 추가’ 및 ‘모델 변경’ 페이지에서 이제 ‘상위 프로토콜’ 드롭다운 메뉴에 프로토콜이 알파벳 순으로 나열됩니다.
• 사용자 설명서 내의 URL로 이동하면, 로그인 후 사용자 설명서 페이지로 올바르게 리디렉션됩니다.
• 제목이 긴 양식의 경우, 더 이상 양식 도구 모음의 정렬이 변경되지 않습니다.
• 플롯 툴팁에서 이제 속성 목록의 순서를 재정렬할 수 있습니다.
• 이제 Firefox 와 Chrome 에서 LiveReport 선택기 UI가 일관되게 표시되며, Shift+클릭 또는 Ctrl+클릭(Mac의 경우 Cmd+클릭)을 통해 여러 개의 LiveReport를 선택한 후 텍스트가 더 이상 강조 표시되지 않습니다.
• 타일 보기의 스크롤 막대가 스크롤하는 동안 더 이상 크기가 변하지 않습니다.
• 이제 사용자 인터페이스 왼쪽 상단에 있는 프로젝트 이름을 클릭하면 ‘프로젝트 선택’ 대화 상자가 열립니다.
• 이제 프리폼 열을 구성할 때 프리폼 열 설명을 삭제할 수 있습니다.
• ‘열 관리’ 패널에서 이제 어떤 그룹에 표시된 열과 숨겨진 열이 모두 포함되어 있는지 표시됩니다.
• 이제 “스테레오 주석 표시” 토글을 사용할 때 타일 보기에 스테레오 주석이 표시되거나 숨겨집니다.
• 이제 돋보기 아이콘을 통해 LiveReport를 검색하면 필터 조건이 제거된 후 결과가 표시됩니다.
• 비밀번호 재설정이 더 이상 실패하지 않아, 이전에는 비밀번호 재설정이나 새 사용자 추가가 불가능했던 문제가 해결되었습니다.
• 하나 이상의 Matrix 위젯이 포함된 레이아웃이 있는 LiveReport를 이제 복제할 수 있습니다.
• 도킹 대기열이 비어 있을 때, ‘Ligand Designer’ 세션에 더 이상 대기 중인 도킹 작업이 없다는 메시지가 표시되지 않습니다.
• 일반 엔티티에 대한 파일에서 업로드된 실험 결과가 이제 ‘데이터 및 열’ 트리에 표시됩니다.
• 이제 다른 프로젝트에서 ‘Global’ 프로젝트의 템플릿을 덮어쓸 수 없습니다.
• Maestro 에 업로드되었으나 게시되지 않은 컬럼과 소분자 파일 업로드 항목이 더 이상 ‘데이터 및 컬럼(Data & Columns)’ 트리에서 표시되지 않습니다.
• 이제 반응을 더블클릭하여 선택하면 반응 이미지가 표시되고 계산이 정상적으로 수행됩니다.