リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• Apple M1 対応 [2022-1]
• 新しい 2D スケッチャー (ベータ版) [2022-1]
• 新しいワークフローアクションメニュー [2022-1]
  • 抗体のモデリング
• ホモロジーモデリング [2022-1]

フォース・フィールド

• ヒスチジンパラメータの精度向上、特にFEP+ によるヒスチジンのpKa予測において [2022-1]
• B-N結合を含む化合物の幾何構造の改善 [2022-1]
• ジョブの分散処理を強化することで、数百のリガンドをパラメータ化する際のFFBuilderの実行速度が最大10倍向上 [2022-1]

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

• 新しい「2D Sketcher」ノード [2022-1]
• LiveDesign [2022-1] からの抜粋：
  • 「LiveDesign 」ノードへのエクスポートでは、すべての構造をエクスポートできるため、モデル結果を新しいLiveReportに保存することができます。
  • モデルの出力列には、ファイル（例：PDFなど）を含めることができます。
  • 実行済みのワークフローをLiveReportの列に保存する

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• システムサイズに応じてo(n)となる高速水素原子割り当て法 [2022-1]

タンパク質のX線結晶構造精密決定

• PHENIX/OPLS は PHENIX 1.20 [2022-1] をサポートしています

複数配列ビューア／エディタ

• MSVプロジェクトの自動保存 [2022-1]
• 参照配列に対するユーザー定義の同一性または類似性の割合に基づいて、配列のサブセットを迅速に選択する [2022-1]
• 「右クリック」してエクスポートすることで、1つ以上のシーケンスを保存する機能が改善されました [2022-1]

タンパク質のホモロジーモデリング

• 局所的ホモロジーモデリングのために、NR BLAST データベースのうち PDB BLAST サブセットのみを選択的にダウンロードする [2022-1]
• ホモロジーモデリング用の新しいワークフローアクションメニューにより、構造 の品質評価、信頼性レポート、追加のループ精緻化、サイドチェーンの精緻化、および局所最小化にワンクリックでアクセスできるようになりました [2022-1]

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

ファーマコフォア・モデリング

• 複数の分離コアを持つ参照分子リガンド に対して3Dリガンドをアラインメントするための新しいスクリプト「align_multi_cores.py」 [2022-1]

リガンド ドッキング

• MCS を使用してコア制約ドッキングを実行する際に使用されるコアのSMARTS を返す [2022-1]
• Glide グリッドを生成した入力ファイルは、変更を加えやすくするためにグリッドアーカイブに保存されます [2022-1]

リードの最適化

FEP+

• FEP+ 相関プロット [2022-1]：
  • 最良近似直線とその方程式を表示する
  • 標準偏差の代わりに信頼区間を表示するように報告方法を変更した
• Webサービス [2022-1]：
  • 地図の状態を表示する際のパフォーマンスが向上しました

FEP（ベータ）の溶解度

• 軌跡 へのアクセス、代表構造、分析タブ内の FEP 分類器 [2022-1]
• Webサービスでは、分析用にmae/csvファイルの代わりにfmp/fmpdbファイルを返すようになります [2022-1]

AutoQSAR

• DeepChemAutoQSARがWindowsおよびMacプラットフォームに対応しました [2022-1]

FPsim-GPU

• 類似性検索結果に「新しいベンダー」欄が追加されました [2022-1]

医薬品化学

リガンド デザイナー

• 列挙される化合物の最大数を指定する機能 [2022-1]
• 購入可能な化合物のプロジェクトテーブルに「ベンダーID」の詳細情報を表示するようにしました [2022-1]

生物学的製剤の創薬

• 抗体構造 の予測バックエンドが、大規模かつ高スループットなワークフローを可能にする分散処理に対応しました [2022-1]

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

• フォノン計算への原子レベルの制約の伝播 [2022-1]
• 原子の部分集合に対するフォノンの計算 [2022-1]
• NEB向けIDPP（画像依存ペアポテンシャル）アルゴリズム [2022-1]
• SCA および R2SCAN 関数への対応 [2022-1]

材料情報学

•  分子記述子：並列化によるフィンガープリント計算の高速化 [2022-1]
•  分子記述子：金属を含まない化合物に対する有機金属記述子 [2022-1]

粗視化（CG）分子動力学

•  CGフォースフィールド・ビルダー：フォースフィールドの自動構築用GUI [2022-1]

オプトエレクトロニクス

•  アクティブ・ラーニング：オプトエレクトロニクス：学習曲線のグラフ [2022-1]
•  オプトエレクトロニクス遺伝的アルゴリズム：AutoQSARおよびDeepChemモデルの使用オプション [2022-1]

誘電特性

• 非晶質誘電体の特性：ビューアからのデータエクスポート機能 [2022-1]

MSMaestro ビルダーおよびツール

•  Crystal Builder：対称的に等価な原子を選択するオプション [2022-1]
•  セルの操作：3軸のうち2軸について、最初の単位セルへ平行移動するオプション [2022-1]
•  セルの操作：周期セル内でサーフェスモデルの巻き戻しを行うオプション [2022-1]
• 構造化リキッドビルダー：ワークフローアクションメニュー（WAM） [2022-1]

古典力学

• クラスター分析：ビューアーにおける平均クラスターサイズとクラスター数 [2022-1]
• クラスター分析：個々のクラスターを可視化するオプション [2022-1]
• 結晶形態：スラブを溶媒和させる水分子数の推定（コマンドライン） [2022-1]
• 膜解析：二重層の表面粗さの予測 [2022-1]
• 分子堆積：デフォルトの力定数は 500 kcal/mol/A [2022-1]
• 高分子の架橋：最適化されたシミュレーションワークフローによる処理速度の2倍化 [2022-1]
• 分子の削除：粗視化系への対応 [2022-1]
• Stress Strain：ジョブホストのユーザーによる制御とライセンス管理 [2022-1]
• 表面張力：単一成分系の表面張力を計算するためのワークフローモジュール [2022-1]
• 熱化学的特性：ジョブホストのユーザーによる制御およびライセンス管理 [2022-1]
• 熱化学的特性：エネルギー記録間隔の選択オプション [2022-1]
• ねじり解析：初期状態に対する相対ねじりをプロットするオプション [2022-1]
• ねじり解析：時間の経過に伴うねじり分布をプロットするオプション [2022-1]
• ねじり解析：メモリ消費を抑えながら読み込みを高速化 [2022-1]
• ねじり解析：粗視化構造のサポート [2022-1]
• 軌跡 密度解析：入力ASLの長さに制限なし [2022-1]
• 軌跡 静電ポテンシャル：軌跡 における半径方向の電荷分布および静電ポテンシャルの可視化モジュール [2022-1]

量子力学

• 吸着エネルギー：CSVファイルに保存された熱化学的性質 [2022-1]
• 電子結合：量子力学計算の並列化 [2022-1]
• 励起状態解析：ホール／電子相関の最小値によるクラスタリングのオプション [2022-1]
• 励起状態解析：複数の構造を入力として使用するためのサポート [2022-1]
• リガンド 安定性解析：異なる配位子を有する有機金属錯体の安定性評価ツール [2022-1]
• 反応ワークフロー：CSVファイルとして保存された埋没体積のデータポイント [2022-1]

分子動力学

分子動力学シミュレーションを用いた輸送計算

• 拡散：拡散する分子の3D軌跡 トレースの可視化 [2022-1]
• 粘度：アインシュタイン・ヘルファンド粘度のサポート [2022-1]
• 粘度：拡散計算を追加するオプション [2022-1]

LiveDesign

LiveDesign 2022-1の新機能

• Schrodinger社が設計・開発した、新しい化合物 用スケッチャーが発表されました。
• 化合物 をスケッチャーに追加し、そのIDを検索して、今後のデザインのベースとして活用しましょう
• ガジェットは、左側のパネルという新しい場所に表示されるようになり、カテゴリごとにグループ化することで、適切なガジェットをより素早く見つけられるようになりました。
• 計算モデリングの結果は、関連する予測値を同定 するために、ポーズごとに列単位で整列させることができます。
• 列ヘッダーにカーソルを合わせると、ツールチップがスクロールして長い列の説明が表示される

修正された点

• フリーフォーム列入力を備えたMPOは、あるプロジェクトから別のプロジェクトへコピーした際、編集できませんでしたが、現在は編集可能になりました
• 未公開のクラスタリングモデルでは、LiveReportをコピーした際に値が重複していましたが、現在は予測値が1つだけ表示されるようになりました
• Maestro からアップロードされた 3D データは、LiveDesign インスタンスが「濃度順にグループ の実験アッセイ」に設定されていた場合、「データと列」ツリーに表示されませんでしたが、現在は常に表示されるようになりました
• 「数式列」と「フリーフォーム列」は、複製したLiveReportに表示されるまでに数分かかることがありましたが、現在は即座に表示されるようになりました
• 未公開モデルの列メニューにある「公開」ボタンは、以前はクリックすると消えていましたが、今後は表示されたままになります
• パラメータが「オプション」に設定されていたプロトコルでは、そのパラメータを「必須」に変更することはできませんでしたが、現在は「必須」に設定できるようになりました。
• 「LiveReport」タブはドラッグして並べ替えることができませんでしたが、現在はドラッグして並べ替えることができるようになりました
• プロジェクト内でアクセス可能にされた後、そのプロジェクトでアクセス不可にされたプロトコルについては、そのプロトコルに基づくすべてのモデルが非表示になります。ただし、これらのモデルは引き続き管理パネルに表示されます。
• パラメータ化されたモデルでは、入力パラメータとしてフリーフォーム列が使用された場合、管理パネルに列名が表示されませんでしたが、現在は列名が表示されるようになりました。
• 8日というタイムアウト期間を超えて完了しなかった非同期タスクは、以前はキャンセルされませんでしたが、現在は8日経過後に自動的にキャンセルされるようになりました
• オプションのパラメータを持つモデルの作成において、ユーザーインターフェースが改善されました