Schrödinger の全世界のオフィスは、社員全員が休息を取り、リフレッシュするための全社的な取り組みの一環として、8月17日から21日までの1週間、休業いたします。この期間中は、お問い合わせへの対応が制限される場合がございますので、あらかじめご了承ください。科学・技術サポートチームのメンバーは、緊急のサポート案件への対応のみ行います。

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ライブラリ 背景

リリースノート

今回のリリースでは：

リリース 2025-3

リリース：
リリース 2025-3
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低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

  • Workspace で原子にカーソルを合わせると、プロジェクトテーブル内の対応する行がハイライト表示されると同時に、ステータスバーに行番号が表示されるようになりました
  • デフォルト設定を「PDBダイアログを表示」に変更し、2Fo-Fc回折データを自動的に表示するとともに、EMマップの等値線を著者の推奨値に自動的に設定するように改善しました。
  • 2Dビューアのエクスポート機能を再設計し、画像サイズを制御するための専用のオプションダイアログを追加するとともに、単一構造およびHTMLグリッドの両方において、高品質なSVG形式に対応しました。
  • 新しいMaestro アシスタント（ベータ版） – AIを搭載した対話型インターフェースで、Schrödinger ナレッジボットを通じて文脈に応じたヘルプを提供し、3Dworkspace （ドキュメント）内で自然言語によるスタイリングコマンドの実行を可能にします。

フォース・フィールド

  • FFBuilderのデフォルト参照法をMPNICEポテンシャルに更新しました
    • 一般的な化学反応において、約5倍高速
    • ホウ素、臭素、ヨウ素、およびケイ素を含む化合物については、20倍高速化

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

  • 「Protein Preparation Wizard」の対話型ジョブでは、一時ファイルがMaestro の作業ディレクトリ内の指定されたフォルダに保存されるようになりました

タンパク質のX線結晶構造精密決定

  • デフォルト設定を「PDBダイアログを表示」に変更し、2Fo-Fc回折データを自動的に表示するとともに、EMマップの等値線を著者の推奨値に自動的に設定するように改善しました。
  • GlideMapパネルを再設計し、GlideXtalによってX線データから生成されたマップにリガンドをドッキングできるようにした

低温電子顕微鏡（Cryo-EM）によるモデル精緻化

  • 再設計されたGlideMapパネルは、GlideEMパネルに取って代わり、低分子リガンドをクライオ電子顕微鏡密度マップにフィッティングするための、よりきめ細かなオプションを提供します。

IFD-MD

  • リガンド 向けの新テンプレート「リガンド Finder」 - 結合モードの予測および隠れた結合部位の同定（ベータ版）：タンパク質およびリガンド の類似性に基づいて、同族タンパク質を迅速に同定 し、可視化することで、IFD-MDの参照として活用できる潜在的なテンプレートリガンドを特定します。

結合部位および構造 解析

混合溶媒MD（MxMD）

  • 更新された インシリコ・ワークフロー（ベータ版）による隠れた結合部位の同定能力の向上：混合溶媒分子動力学（MxMD）とSiteMapを組み合わせた新しいワークフローにより、隠れた結合部位を確実に特定・検出

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

ドッキング

  • Glide よりも約 2 倍高速化された最適化版の `Glide ` が、デフォルトのメソッドとなりました
  • Glide の刷新 WS MMGBSAの修正

リガンド 準備

マクロサイクル

  • tug_align.py によるアラインメント時に、シス／トランス異性化を抑制するためのコマンドラインオプションを追加する
  • tug_align.py に、MCS 検索アルゴリズムのタイムアウトを制御するためのコマンドラインオプションを追加する
  • PrimeMCSのパフォーマンスがわずかに向上しました

ABFEP

  • AB-FEPシミュレーションのための膜の自動配置

リードの最適化

FEP+

  • 「詳細オプション」インターフェースに代わる新しい設定インターフェースにより、シミュレーションの設定がより直感的かつ簡単に行えるようになりました
  • RB-FEPエッジに関する明確な予測
  • 「分析」タブに表示される「類似度スコア」列
  • 「Webサービスジョブテーブル」パネルの使い勝手を向上させ、複数のジョブを一括削除および一括ダウンロードできるようになりました
  • Atomマッピングを一致するR基に拡張する

定pHシミュレーション

  • パネルの使いやすさとレイアウトの改善
  • Webサービス経由で定常pHシミュレーションを実行する機能を追加しました

FEP プロトコルビルダー

  • デフォルト設定の改善により、ワークフローの処理速度が約2倍に向上
  • Louvianクラスタリングを用いたサブマップの探索と評価により、生成されるFEP+ マップの精度が向上しました。また、ユーザーは希望するサブマップを入力することも可能です。
  • FEP-PBモデルのパレート選択を用いた、コスト最適の新たな手法による最良価値プロトコルの生成
  • FEP+ のグループ機能のサポートにより、生成されたマップの予測精度が向上しました。これにより、異なるプロトン化状態、タウトマー、および立体配置を持つリガンドがグループ化され、FEP（グループ ）補正を適用できるようになります。

量子力学

  • Leachら（2009）の報告に基づく量子力学（QM）を用いたワークフローによるエイムズ毒性の予測
  • X線発光分光法（XES）の予測機能が利用可能になりました（コマンドラインのみ）
  • RI-MP2 を用いて、9つの新しいダブルハイブリッド関数を実装しました：B2-PLYP、B2GP-PLYP、DSD-BLYP、DSD-PBEP86、PWPB95、B2K-PLYP、B2T-PLYP、DSD-PBEB95、MPW2-PLYP
  • 波動関数の安定性解析により、SCFの不安定性が自動的に補正され、より安定した波動関数が得られる
  • 新しいワークフローによる核非依存化学シフト（NICS）の予測
  • 波長に対する光学回転
  • 「理論レベル」オプションを設定して、MLFF（機械学習力場）を採用する
  • QRNNの使用に対応していたすべてのJaguar ワークフローにおいて、MPNICEがサポートされるようになりました

ライフサイエンス教育コンテンツ

生物学的製剤の創薬

  • MMGBSA残基 Scanning で、入力 FASTA ファイルをアップロードするだけで、モデリング対象の変異を簡単に指定できます。
  • MMGBSAの「残基 スキャンパネル」で指定された、MSVで解析・可視化したい変異を、新たに利用可能になったFASTAファイルへのバリアントエクスポート機能を使用して読み込み、解析、可視化します。
  • 高分子姿勢フィルタリングは、水素・重水素交換（HDX）実験から得られたデータに基づいてフィルタリングを行う際、マルチチェーンリガンドに対応しています。
  • この重要な結合領域をワンクリックで選択できるようにするため、「TCR Regions」メニューの下に、Vα-Vβインターフェース用の事前定義済み選択項目を追加しました。
  • T細胞受容体（受容体 ：TCR）特異的な新規プリセット

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

  • 欠陥の補正：(+DEFECT_FORMATION_ENERGY) パネルで計算された形成エネルギー
  • フォノンに対する有限変位法（コマンドライン）
  • デフォルト設定における反復回数およびサイクルの増加
  • デフォルトでの GBRV 擬ポテンシャルのサポート

MS Surface

製品名：MS SurfChem

  • 脱着の列挙：(+ASSOCIATIVE_DESORPTION) 連鎖的脱着のためのオプション

マイクロキネティクス

製品名：MS Microkinetics

  • 触媒反応解析による選択性の算出（コマンドライン）

反応性

製品名：MS Reactivity

  • Reaction Network Profiler：ガルザ溶媒和エントロピー分配関数のサポート（コマンドライン）
  • ナノリアクター：基本反応ネットワークアルゴリズムの改善

KMC チャージ・モビリティ

製品名：MS Mobility

  • 電荷拡散に基づいて場依存移動度を計算するオプション（コマンドライン）

誘電特性

製品名：MS 誘電体

  • 複素誘電率：カスタムフィッティングパラメータを適用するオプション
  • 複素誘電率：複数のフィッティングによる予測結果の表示
  • 複素誘電率：平衡状態にあるものを入力するオプション構造
  • 複素誘電率：KWWパラメータ計算による処理速度の向上

反応性インターフェースシミュレータ

製品名：MS RIS

  • 固体電解質界面：結合順序を変更するカスタム反応のサポート（コマンドライン）
  • 固体電解質界面：未対電子を追跡するためのアルゴリズムの改善

『クリスタル』構造 の予想

商品：クリスタル『構造 』予測

  • Crystal構造 の予測：UX向上のためのUIの簡素化
  • Crystal構造 の予測：詳細設定に表示されるすべての空間群

フォースフィールドの高度な応用

製品：MS FF アプリケーション

  • QMおよびMDパネルにおける機械学習による力場のサポート

分子動力学シミュレーションを用いた輸送計算

製品名：MS Transport

  • 拡散：ドライバーホスト上でのGPU計算のサポート
  • イオン伝導度：(+IONIC_CONDUCTIVITY) 液体中のイオン伝導度を予測するためのワークフローソリューション
  • 薄板せん断：(+PLANE_SHEAR_VELOCITY_PROFILE) 速度プロファイルのノイズを低減
  • 薄板せん断：(+PLANE_SHEAR_VELOCITY_PROFILE) 粘性速度プロファイルの直接計算
  • 薄板せん断：スラブのずれを防ぐためのせん断領域の制御の改善

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

  • 大規模系における粗視化力場の割り当てを高速化する
  • 粗視化マッピング：CG構造の自動マッピングを行うGUIパネル
  • CG FF Builder：MARTINI のマッピング用不凍液の自動注入
  • CG FF Builder: (+CGFF_BUILDER_MARTINI_NPT)MARTINI 力場パラメータのフィッティングにおけるNPTアンサンブルのサポート
  • CG FF Builder：暗号化された力場パラメータのサポート
  • CG FF Builder：CGマッピングからの出力を入力として読み込む機能のサポート

材料情報学

製品名：MS Informatics

  • 機械学習のプロパティ：トレーニングセットを視覚化するツールチップ化合物空間
  • MD記述子：入力CSVに基づくラベルおよび構成要素数の自動設定

処方 ML

製品名：MS Formulation ML

  • SMILES 文字列を含まない原材料表示のサポート
  • Formulation ML：GUI からのモデル性能の可視化
  • Formulation ML：特徴量の重要度をCSVにエクスポートするオプション
  • Formulation ML：トレーニング中に特徴量の重要度を計算するオプション
  • MLモデルマネージャー：モデルおよびバージョン情報を管理するためのGUI

階層型デバイスML

製品名：MS Layered Device ML

  • OLEDデバイスML：分類モデルのサポート

MSMaestro のビルダーとツール

  • 吸着の列挙：立体障害を受ける原子の吸着精度の向上
  • 吸着の列挙：分子吸着における重複除去
  • Complex Builder：IUPAC名に基づくスケッチされたリガンドの名称候補
  • 複合体合成ツール：二量体有機金属錯体の合成
  • 無秩序系：スナップ・トゥ・グリッドモードおよびアモルファスモードの高速化
  • 「Disordered System」：MLFFへの支援
  • Meta Workflows：MLFFのサポート
  • 高分子：粗視化高分子モデルにおける角度の設定

古典力学

  • 複合二重層：(+COMPLEX_BILAYER_BUILDER) 複雑なタンパク質膜系のためのモデル構築ソリューション
  • 『Diffusion』：MLFFへの対応
  • ポリマーの架橋：改良された架橋アルゴリズムにより処理を高速化
  • 電解質解析：密度分布の等値面をプロットするオプション
  • MD多段階法：高剛性ポリマー用のプリセット緩和プロトコル
  • MD Multistage：OPLS5における収束を促進するためのプリセット緩和プロトコル
  • MD Multistage：電界の単位を選択するオプション
  • MD Multistage：プリセットされた緩和プロトコルの各ステップを表示するオプション
  • MD Multistage：MLFFのサポート
  • 分子堆積：MLFFへの対応
  • ポリマー鎖解析：主鎖原子の検索速度の向上
  • MDに向けた準備：MLFFへの支援
  • 「ラジアル分布関数」パネルが復元され、ユーザーがアクセスできるようになりました
  • 拘束条件の可視化：分子動力学シミュレーションにおけるシステムの拘束条件を表示するツール

量子力学

  • 吸着エネルギー：MLFFのサポート
  • ベータ除去：MLFFのサポート
  • ボンドおよびリガンド の解離：フラグメントの分子式が表示されています
  • ナノリアクター：MLFFへの対応
  • 光電子フィルムの特性：ISC/RISCの再配列エネルギーを計算するオプション
  • 光電子フィルムの特性：ビューアパネルでISC/RISCのシングレット・トリプレット分裂の分布をプロットするオプション
  • プローブグリッドスキャン：MLFFのサポート
  • 反応エネルギー論の列挙：MLFFへの対応
  • Reaction Network Profiler：MLFFのサポート

材料科学教育の教材

教育コンテンツ

ライフサイエンス

材料科学

LiveDesign

2025-3の新機能

  • フリーフォームの列
    • ピックリストの値を定義するためのFreeformカラムのユーザーインターフェースが、ピックリストの値をより迅速に作成できるよう再設計されました
    • Freeformのカラムに3D添付ファイル（「pse」、「mae」、「maegz」、「mmtf」、「pdb」、「pdbgz」、「sdf」）をアップロードし、3Dビジュアライザーで表示する
  • あらすじ
    • 固定されたツールチップは、プロットのエクスポートに含まれます
    • ボックスプロットで、水平および垂直のオーバーレイが可能になりました
  • 詳細検索
    • 「大文字小文字を区別しない」および「いずれかに一致」のオプションが、詳細検索クエリのギアアイコンから選択できるようになりました
    • 「リアル」および「バーチャル」のクイックフィルターオプションが、詳細検索パネルのすべてのエンティティタイプで利用可能になりました
    • 自動更新の詳細検索の実行中に、スクロールが可能になりました。個々の検索条件およびドロワーの上部に対するポインタ操作は無効になっています。
  • シーケンスビューア
    • 非天然の残基 について、ドッキングされたツールチップ付きの化学構造構造 を表示する
    • 残基 対応する参照残基 と一致するものは、文字の代わりにドット(.)で表すことができ、同定 の違いをより簡単に確認できます。
    • クリックしてドラッグしている間、選択範囲がキャンバスの端まで広がるようになりました
    • シーケンスビューアの「データ列」セクションは、折りたたまれた状態で「データ列」チェックボックスを切り替えると、自動的に開くようになりました。
  • データと列のツリー
    • 公開済みの限定アッセイカラムは、D&Cツリーで[LIM]という接頭辞を付けて検索できるようになりました。また、カラム名を完全に入力すると、該当するカラムが検索され、ハイライト表示されます。
  • インポート
    • 管理者ユーザーは、LDClient を使用して、エンティティの「ロットサイエンティスト」として既存のユーザーを任意に指定することができます。ただし、以下の要件を満たす必要があります。1) ユーザー名は、LiveDesign に登録されている既存のユーザー名と完全に一致している必要があります。新しいユーザー名を作成したり、その他の文字列を使用したりすることはできません。2) ロットサイエンティストは、新しいエンティティを登録する際にのみ指定可能であり、既存のエンティティについては更新できません。
  • 管理パネル
    • 管理者ユーザーは、ENABLE_TECHNICAL_USERS プロパティを更新することで、ユーザー一覧にテクニカルユーザーを表示させることができます。
    • Task Engine で最大 40,000 個のタスクを一括削除
  • UXの改善
    • ワンクリックで利用できる「Maestroで表示」リンクが再設計され、「3Dで表示」と「Maestroで表示」のオプションがより明確に区別されるようになりました。
    • 列ヘッダーの並べ替えアイコンが更新されました
    • LiveReport でフィルタリングされた列の列ヘッダーに、フィルタアイコンが表示されるようになりました
    • あるLiveReportから別のLiveReportへ化合物をコピーする際の確認ダイアログが削除されました
    • 管理者ユーザーは、MAX_LOADED_3D_STRUCTURES プロパティを定義することで、3D ビジュアライザーで同時に表示できるエンティティの数を設定できます。
    • 「立体異性体」ツール内でスクロールしても、列ヘッダーは表示されたままになります

修正された点

  • 管理パネル
    • 管理パネルのUIでは、ライセンスファイルのアップロードに失敗することがありましたが、現在は正しくアップロードされるようになりました
    • モデルでは、プロトコルにハイパー制限付きプロジェクトが含まれていない場合でも、そのプロジェクトがモデルに追加可能なオプションとして表示されていました。現在、「モデル」ページには、プロトコルに含まれているプロジェクトのみが表示されるようになりました。
  • フリーフォームの列
    • ピックリストのフリーフォーム列では、改行を含むピックリストの値が選択された場合、色付けルールが正しく適用されていませんでしたが、現在は正しい色が表示されるようになりました。
    • 「コメント」フリーフォーム列の作成は、その列名が他のLiveReport内のいずれかの列のタイトルと一致する場合、以前は失敗していましたが、現在は、その列名が既存の公開済みフリーフォーム列のタイトルと一致しない限り、正常に作成されるようになりました。
  • フィルター
    • LiveReportでフィルターをオフにすると、ブラウザを更新するまでセルが点滅していましたが、現在は正しいセル値が表示されるようになりました。
  • フォーム
    • Forms のウィジェットからテキストをコピーする際、そのウィジェットがドリルダウン・ウィジェットとして設定されているとコピーに失敗していましたが、現在はドリルダウン・ウィジェットからもテキストをコピーできるようになりました
    • 「Forms」のアノテーションウィジェットで入力中に文字が削除されてしまうことが時々ありましたが、現在は削除されなくなりました
  • 数式
    • 複数の値を返す数式では、if() 関数を使用した場合に値が表示されませんでしたが、現在は複数の値が正しく表示されるようになりました
  • リガンド デザイナー
    • リガンド 設計者：.maegz 形式のリファレンスリガンドは、3D ビジュアライザーに表示されませんでしたが、現在は 3D ビジュアライザーに正しく表示されるようになりました。
  • 限定アッセイカラム
    • 「限定アッセイカラムの作成」ダイアログに文字列を貼り付けると、一瞬表示された後に消えていたが、現在はダイアログ上に表示されたままになっている
  • ライブレポート
    • LiveDesign のハイパーリンクをクリックしても、リンク先のLiveReportは開かず、代わりにユーザーが最後に開いたLiveReportが開いていました。現在では、ハイパーリンクをクリックすると、リンク先のLiveReportが正しく開くようになりました。
    • LiveReportに「LiveReport内の存在」という詳細検索条件が含まれている場合、あるプロジェクトから別のプロジェクトへLiveReportをコピーすると失敗していましたが、現在は正常にコピーできるようになりました。
  • テンプレート
    • LiveReportにテンプレートを適用しても、ブラウザのページを更新しない限り、適用されたフィルターは表示されませんでしたが、現在は適用されたフィルターが正しく表示されるようになりました
  • 「フィードバックを送信」ボタンが無効になっています
リリース 2025-2

トレーニングとリソース

オンライン認定コース

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チュートリアル

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その他のリソース